genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21822658

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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This is table  23  of  59  ( 7025 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8440538--8440578	2	20.5	2	94	0	73	48	2	0	48	1.14
8440523--8440578	10	5.6	10	89	0	67	46	7	1	44	1.41
8440615--8440730	42	2.7	42	90	1	169	18	32	22	25	1.97
8467166--8467211	20	2.3	20	96	0	83	45	21	4	28	1.71
8474414--8474520	31	3.5	30	82	7	117	44	4	20	29	1.72
8475674--8475884	42	4.8	41	80	10	190	25	33	18	22	1.97
8475762--8475861	50	2.0	50	92	0	164	26	33	17	24	1.96
8478348--8478388	15	2.7	15	92	0	64	31	24	9	34	1.88
8483168--8483226	26	2.3	26	79	5	66	1	28	3	66	1.18
8484079--8484224	42	3.5	42	82	0	193	23	31	21	23	1.98
8484813--8484854	19	2.2	19	83	8	50	47	9	30	11	1.72
8486808--8486858	25	2.0	25	92	0	84	21	11	33	33	1.90
8493279--8493329	22	2.3	22	100	0	102	19	29	23	27	1.98
8495652--8495901	67	3.7	66	81	11	290	28	7	18	46	1.76
8495701--8495850	76	2.0	75	89	1	228	27	8	18	46	1.76
8495644--8495901	139	1.8	141	89	4	396	27	7	18	46	1.76
8498245--8498283	20	1.9	21	89	5	62	17	35	7	38	1.79
8499169--8499325	53	2.9	54	90	3	246	18	10	41	29	1.84
8501681--8501719	20	2.0	19	85	14	53	76	10	10	2	1.10
8503492--8503530	21	1.9	21	89	5	62	76	0	15	7	0.99
8507506--8507581	37	2.0	39	92	5	129	42	13	5	39	1.66
8512464--8512505	21	2.0	22	85	4	59	42	19	11	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8518260--8518338	40	2.0	40	85	2	106	22	22	21	32	1.98
8525687--8525850	82	2.0	81	86	3	222	35	6	32	25	1.82
8525842--8525892	5	10.4	5	82	4	50	76	1	17	3	1.03
8535454--8535506	28	1.9	27	88	3	79	28	22	18	30	1.98
8535551--8535596	20	2.3	20	88	7	67	45	17	4	32	1.68
8538661--8538729	30	2.2	32	82	7	88	52	21	7	18	1.70
8539203--8539285	29	2.9	29	98	0	157	46	0	24	28	1.52
8540380--8540434	20	2.6	21	82	5	67	67	0	30	1	1.01
8540394--8540434	14	2.8	15	79	17	50	68	0	29	2	1.03
8542181--8542207	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
8545186--8545239	16	3.5	16	80	14	69	53	3	29	12	1.56
8557149--8557177	14	2.1	14	93	6	51	65	13	0	20	1.26
8557317--8557389	36	2.0	36	94	0	128	39	15	12	32	1.84
8558514--8558583	19	3.5	21	76	9	65	58	11	1	28	1.41
8558533--8558567	15	2.4	14	90	9	61	57	14	0	28	1.38
8567979--8568016	19	2.1	18	95	5	67	36	0	0	63	0.95
8569372--8569405	13	2.6	14	90	9	54	64	11	0	23	1.26
8570435--8570487	19	2.7	19	73	5	52	49	16	7	26	1.73
8573018--8573055	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
8574289--8574313	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8575491--8575533	15	2.9	14	83	10	50	23	2	18	55	1.54
8575511--8575540	15	1.9	16	93	6	53	20	0	13	66	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8577572--8577596	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
8580110--8580135	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
8582017--8582084	21	3.3	19	81	12	55	2	19	1	76	0.99
8582031--8582109	4	19.5	4	75	16	58	1	22	2	73	1.03
8582031--8582109	23	3.4	24	81	11	69	1	22	2	73	1.03
8582055--8582109	19	2.7	20	88	8	76	0	27	3	69	1.05
8582031--8582109	15	5.4	15	77	15	60	1	22	2	73	1.03
8582893--8582943	12	4.3	12	73	14	52	23	0	3	72	1.01
8582893--8582951	16	3.8	16	73	10	59	23	0	3	72	0.99
8583312--8583354	19	2.3	18	88	4	68	44	4	0	51	1.22
8591450--8591535	44	2.0	44	95	0	154	25	10	13	50	1.74
8593084--8593110	14	1.9	14	100	0	54	59	11	0	29	1.32
8594618--8594771	54	2.9	54	91	0	254	27	38	14	19	1.91
8602094--8602136	14	2.9	14	82	6	50	39	2	4	53	1.34
8617146--8617211	21	3.1	21	72	8	71	53	3	1	42	1.25
8617146--8617211	15	4.6	15	68	24	52	53	3	1	42	1.25
8618707--8618774	33	2.1	33	97	0	127	50	17	4	27	1.65
8620079--8620300	61	3.6	61	83	1	282	24	31	19	24	1.98
8627034--8627103	21	3.3	21	94	4	115	25	17	17	40	1.90
8631572--8631745	29	6.0	28	80	8	177	41	10	11	35	1.76
8631572--8631734	59	2.8	59	87	4	217	40	11	11	37	1.76
8631572--8631745	28	6.0	28	81	11	172	41	10	11	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8633215--8633261	21	2.2	21	81	11	51	55	8	19	17	1.67
8633446--8633539	23	4.1	23	80	2	118	52	1	2	44	1.20
8633885--8633934	17	3.0	17	69	13	50	50	4	10	36	1.55
8638637--8638709	20	3.6	19	74	9	56	34	16	10	38	1.84
8639159--8639425	68	3.9	68	77	5	252	34	18	11	35	1.87
8639247--8639427	67	2.6	68	82	2	211	36	18	9	35	1.84
8639291--8639425	69	2.0	67	85	2	180	35	18	10	35	1.85
8640637--8640671	16	2.2	16	94	0	61	65	20	0	14	1.26
8646502--8646762	129	2.0	129	93	0	441	22	18	31	27	1.97
8648415--8648471	21	2.7	21	100	0	114	38	17	17	26	1.92
8661468--8661508	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
8663643--8663683	14	2.9	14	92	0	64	43	19	0	36	1.51
8667754--8667839	40	2.2	40	91	0	136	24	34	16	24	1.95
8669080--8669135	23	2.4	23	93	0	103	30	17	23	28	1.97
8672264--8672368	43	2.5	42	90	3	158	22	33	19	24	1.97
8673577--8673682	38	2.7	40	86	2	144	22	36	16	24	1.94
8673799--8673824	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8678760--8678891	43	3.1	43	91	0	210	23	34	16	25	1.96
8680109--8680150	21	2.0	21	86	4	59	42	11	2	42	1.54
8680160--8680230	35	2.0	35	86	0	97	35	26	16	21	1.95
8683508--8683539	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
8683563--8683608	19	2.5	19	79	10	51	63	0	10	26	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8694605--8694686	42	2.0	42	92	0	137	31	28	12	28	1.92
8699360--8699388	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8699445--8699481	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
8724844--8724869	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
8726383--8726440	29	2.0	29	80	12	66	51	1	1	44	1.21
8726754--8726803	19	2.7	18	74	20	57	82	0	2	16	0.77
8726754--8726805	13	4.1	13	80	14	63	80	0	1	17	0.80
8756299--8756348	20	2.5	20	100	0	100	36	6	18	40	1.75
8765556--8765585	13	2.3	13	88	0	51	23	0	0	76	0.78
8770552--8770743	96	2.0	97	93	1	332	59	2	6	31	1.35
8771295--8771379	41	2.1	41	86	0	116	17	20	25	36	1.94
8774879--8774954	29	2.7	28	84	8	91	35	10	14	39	1.81
8774904--8774990	31	2.9	30	83	10	97	32	11	12	43	1.78
8774920--8775007	31	2.8	31	82	6	79	31	12	12	43	1.80
8775096--8775242	24	6.1	24	85	0	177	20	14	21	44	1.86
8775221--8775341	44	2.7	44	84	2	152	30	16	17	35	1.92
8776892--8776971	40	2.0	40	97	0	151	12	18	16	52	1.74
8782098--8782238	42	3.4	42	87	0	201	26	21	31	19	1.98
8804971--8805222	126	2.0	125	98	0	486	39	17	13	30	1.87
8816168--8816248	40	2.0	40	92	2	137	19	20	22	37	1.95
8816174--8816260	39	2.2	40	87	2	131	24	20	21	33	1.97
8818601--8818703	38	2.6	40	84	3	138	20	16	40	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8819043--8819083	21	1.9	22	90	5	66	31	26	24	17	1.97
8821143--8821248	38	2.7	38	85	2	140	22	40	16	20	1.91
8824043--8824123	42	1.9	42	94	0	144	22	19	32	25	1.98
8828828--8828852	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8830174--8830230	20	2.8	20	81	0	69	35	19	10	35	1.86
8831260--8831365	41	2.6	41	96	0	194	38	18	20	21	1.93
8838073--8838114	19	2.2	19	100	0	84	28	16	16	38	1.91
8838242--8838360	42	2.8	42	89	0	175	22	22	31	22	1.98
8838401--8838425	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8838467--8838521	2	27.5	2	96	0	101	49	1	0	49	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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