genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21822658

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   

This is table  59  of  59  ( 7025 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21493615--21493645	15	2.1	15	100	0	62	35	19	19	25	1.95
21494581--21494611	4	7.8	4	100	0	62	51	25	0	22	1.48
21502229--21502282	28	1.9	28	92	0	90	24	11	25	38	1.88
21502377--21502403	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21533013--21533051	19	2.0	20	85	14	55	43	25	5	25	1.75
21542363--21542394	15	2.1	15	94	0	55	37	9	18	34	1.83
21544942--21544968	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
21545174--21545199	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21550028--21550076	11	4.3	12	72	15	50	42	0	2	55	1.11
21569812--21569842	12	2.7	12	95	5	55	12	87	0	0	0.55
21579338--21579384	20	2.3	20	78	10	51	61	10	19	8	1.53
21589801--21590668	123	7.1	123	95	0	1529	22	24	15	37	1.93
21597761--21598230	118	4.0	118	92	0	753	42	21	16	20	1.89
21601194--21601254	31	1.9	31	83	9	79	45	3	6	44	1.46
21603461--21603486	6	4.3	6	100	0	52	15	15	34	34	1.89
21609624--21609655	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
21617040--21617067	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21617612--21617637	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
21635158--21635191	1	34.0	1	93	0	59	2	0	97	0	0.19
21646316--21646394	30	2.6	30	85	0	104	15	18	27	37	1.91
21658337--21658376	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
21659248--21659283	2	18.0	2	94	0	63	47	2	50	0	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21659474--21659543	2	36.5	2	78	8	74	47	1	48	1	1.19
21659237--21659763	260	2.0	261	98	1	1015	38	14	30	16	1.89
21659734--21659764	2	15.5	2	93	0	53	45	0	54	0	0.99
21672146--21672170	6	4.2	6	100	0	50	0	52	32	16	1.44
21672074--21672275	111	1.8	111	96	0	377	17	41	15	25	1.89
21681844--21682520	222	3.0	222	95	0	1167	25	25	19	29	1.98
21706398--21706438	6	6.8	6	94	0	73	0	48	17	34	1.47
21707578--21707877	164	1.8	164	91	1	503	37	7	9	46	1.64
21711805--21711993	65	2.9	65	97	0	351	37	8	13	40	1.75
21714236--21714329	46	2.0	46	91	0	152	36	18	7	38	1.79
21714685--21714717	5	6.6	5	92	0	57	36	0	60	3	1.12
21715001--21715027	6	4.5	6	100	0	54	18	33	0	48	1.49
21715312--21715362	6	8.5	6	88	0	66	15	33	21	29	1.94
21717238--21717273	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
21722335--21722389	18	3.2	18	65	15	53	16	23	25	34	1.95
21722331--21722410	33	2.4	33	95	0	142	16	23	23	36	1.94
21725807--21725859	18	2.9	18	85	0	70	39	22	18	18	1.92
21735678--21735740	31	2.1	30	90	3	99	57	9	3	30	1.46
21749569--21749611	22	2.0	22	100	0	86	37	9	41	11	1.74
21752632--21752712	41	2.0	41	92	4	137	48	16	9	25	1.77
21762000--21762046	19	2.5	19	82	6	51	57	0	4	38	1.18
21762395--21762428	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21762597--21762629	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
21766947--21766978	15	2.1	15	94	0	55	53	6	9	31	1.58
21775901--21775976	5	14.4	5	78	14	55	0	30	0	69	0.88
21775901--21775976	11	7.2	11	76	15	63	0	30	0	69	0.88
21775901--21775976	16	4.8	16	70	12	59	0	30	0	69	0.88
21776924--21776962	19	2.0	20	90	5	62	51	5	0	43	1.24
21779096--21779228	27	5.0	27	75	5	117	41	19	6	33	1.76
21779097--21779242	53	2.8	52	78	7	134	40	19	6	33	1.77
21779147--21779253	54	2.1	51	85	7	144	36	22	9	31	1.86
21786971--21787005	12	2.9	12	91	0	52	0	37	11	51	1.38
21800394--21800462	28	2.4	29	82	2	86	20	24	8	46	1.79
21801840--21801882	19	2.3	18	84	4	59	74	4	4	16	1.16
21803255--21803287	17	1.9	17	88	11	50	78	3	9	9	1.05
21805960--21805997	20	1.9	20	94	0	67	31	7	0	60	1.25
21806399--21806458	33	1.9	31	86	10	86	43	8	10	38	1.68
21810304--21810384	40	2.1	39	90	2	126	34	19	16	28	1.93
21814982--21815173	96	2.0	95	98	1	375	35	22	10	30	1.88
21815908--21816229	7	46.3	7	75	7	138	12	1	50	35	1.51
21815910--21816229	14	22.9	14	77	9	173	12	1	50	35	1.51
21815932--21816225	21	14.1	21	78	9	232	13	2	49	35	1.54
21815925--21816228	20	14.3	21	77	11	191	13	1	49	35	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59

The End!