genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21822658

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  21  of  59  ( 7025 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7640510--7640600	35	2.6	35	86	10	132	24	14	18	42	1.87
7653452--7653575	63	2.0	63	85	0	167	21	34	12	31	1.90
7653932--7654164	31	7.5	30	81	9	247	25	19	19	35	1.95
7653932--7654164	62	3.8	62	88	1	324	25	19	19	35	1.95
7653938--7654164	93	2.4	93	88	2	332	25	19	18	36	1.95
7657587--7658183	117	5.1	117	84	2	761	21	18	30	29	1.97
7660314--7660584	145	1.9	145	85	1	382	29	20	20	29	1.98
7661962--7662288	31	10.5	31	92	0	530	38	18	17	24	1.92
7662577--7662841	31	8.5	31	90	0	406	38	18	17	26	1.92
7663506--7663905	47	8.5	47	84	0	476	23	31	19	25	1.98
7663568--7663645	23	3.3	23	65	10	68	20	33	20	25	1.97
7663804--7663880	23	3.3	23	67	22	61	19	32	20	27	1.97
7663823--7663928	24	4.5	24	72	17	87	21	32	19	26	1.97
7663934--7663986	23	2.3	23	86	0	70	24	35	11	28	1.90
7664586--7664630	23	2.0	23	86	0	63	26	37	8	26	1.86
7663895--7665198	652	2.0	651	97	1	2452	29	22	13	34	1.93
7666264--7666313	20	2.5	21	83	6	59	38	2	2	58	1.21
7668846--7669103	134	1.9	134	99	0	507	41	10	14	32	1.80
7668868--7669141	134	2.0	133	87	4	372	43	10	14	31	1.80
7672779--7672954	88	2.0	88	100	0	352	32	9	14	43	1.77
7678202--7678307	38	2.7	38	85	2	131	23	35	16	24	1.94
7680508--7680763	35	7.3	35	83	3	302	44	13	6	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7680508--7680756	107	2.4	105	85	3	351	43	13	6	36	1.70
7680489--7680763	142	2.0	139	88	5	410	43	13	6	36	1.71
7695920--7695963	22	2.0	22	86	0	61	38	18	11	31	1.86
7696366--7696412	24	1.9	25	86	4	69	42	12	17	27	1.85
7697588--7697635	21	2.3	20	75	10	51	16	22	4	56	1.58
7697593--7697633	21	1.9	21	85	5	55	19	24	4	51	1.66
7700329--7700444	43	2.7	43	79	2	126	19	37	18	24	1.93
7727119--7727147	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
7727160--7727222	20	3.2	20	90	2	101	30	41	3	25	1.71
7727221--7727339	43	2.8	43	89	2	168	19	37	21	21	1.94
7730051--7730148	32	2.9	34	72	10	103	39	23	12	24	1.89
7730034--7730130	32	2.9	34	72	9	90	35	23	12	28	1.91
7730040--7730156	35	3.4	35	73	10	107	39	26	10	23	1.87
7737977--7738013	5	7.4	5	93	0	65	62	2	0	35	1.10
7738693--7738860	90	1.9	90	82	5	214	41	25	13	20	1.88
7744884--7744930	19	2.5	19	78	0	58	59	2	2	36	1.21
7750227--7750435	61	3.4	60	74	7	188	31	21	21	25	1.98
7750565--7750608	14	3.1	14	90	0	52	50	6	0	43	1.29
7750565--7750596	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
7750807--7750833	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7750937--7750999	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
7754729--7754809	40	2.0	40	100	0	162	46	8	24	19	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7761506--7761667	36	4.6	36	81	6	165	30	36	12	20	1.90
7761536--7761668	67	1.9	71	85	10	186	29	38	12	19	1.89
7762939--7763061	43	2.9	42	87	3	174	26	14	21	36	1.93
7765344--7765588	80	3.1	80	85	4	325	31	11	23	32	1.91
7771005--7771109	54	2.0	53	90	1	165	20	29	15	35	1.93
7771446--7771677	31	7.5	31	91	0	358	24	18	19	37	1.93
7775355--7775685	86	3.9	86	87	2	477	20	21	30	27	1.98
7775355--7775685	171	1.9	172	88	1	504	20	21	30	27	1.98
7775616--7775746	61	2.1	62	82	1	156	22	19	28	30	1.98
7777187--7777416	81	2.8	80	85	1	307	27	31	17	22	1.97
7777994--7778320	151	2.2	151	89	2	496	30	21	22	25	1.98
7779840--7779991	31	4.9	31	83	0	178	37	22	14	25	1.92
7779840--7779991	62	2.5	62	86	0	214	37	22	14	25	1.92
7780112--7780423	55	5.7	55	80	3	331	48	29	11	10	1.73
7780113--7780418	111	2.8	109	82	5	366	49	28	11	11	1.73
7780041--7780418	166	2.2	170	82	6	453	48	28	11	11	1.74
7781057--7781117	23	2.7	23	76	0	59	22	37	9	29	1.87
7780982--7781306	104	3.2	102	81	3	395	23	35	12	28	1.92
7780886--7781112	126	1.8	126	84	0	310	22	35	13	28	1.92
7781270--7781433	23	7.1	23	83	1	157	25	35	10	28	1.90
7781016--7781341	104	3.2	101	77	7	323	23	34	13	28	1.92
7781458--7781529	23	3.1	23	89	0	99	22	37	15	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7781356--7781550	104	1.9	104	89	2	302	25	34	11	28	1.91
7781717--7781765	22	2.2	22	78	7	55	34	22	12	30	1.91
7789566--7789916	191	1.8	191	98	0	675	34	14	21	29	1.93
7793139--7793176	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
7794539--7794563	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
7794804--7794832	15	1.9	15	100	0	58	3	13	55	27	1.55
7797533--7797603	30	2.4	29	86	13	94	9	7	14	69	1.37
7798778--7798822	16	2.7	17	86	3	65	75	0	2	22	0.91
7798782--7798820	17	2.2	18	90	4	62	79	0	2	17	0.84
7798782--7798820	18	2.2	18	90	0	60	79	0	2	17	0.84
7799646--7799709	30	2.1	30	94	0	110	51	7	15	25	1.70
7808635--7808697	30	2.1	30	87	0	90	36	7	7	47	1.62
7809856--7809893	20	1.9	20	88	0	58	65	10	15	7	1.45
7809985--7810087	51	2.0	50	94	1	179	38	11	29	19	1.87
7813032--7813068	15	2.5	15	100	0	74	29	29	27	13	1.94
7821981--7822060	37	2.2	36	88	2	115	28	15	25	31	1.95
7821995--7822087	37	2.5	39	79	11	106	30	12	25	31	1.93
7841186--7841392	54	3.8	54	86	0	261	26	35	12	26	1.92
7847037--7847088	22	2.4	22	86	0	77	23	17	23	36	1.95
7847455--7847537	2	42.5	2	84	9	109	51	3	0	43	1.19
7855197--7855300	38	2.7	40	83	4	140	22	15	39	23	1.91
7860078--7860187	43	2.6	43	89	0	157	19	34	19	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7866210--7866370	63	2.5	64	86	4	211	25	16	31	26	1.97
7869898--7869980	4	20.5	4	85	7	98	0	31	0	68	0.90
7882632--7882732	37	2.7	37	95	0	175	18	39	13	27	1.89
7884202--7884247	21	2.3	21	81	7	60	26	0	10	63	1.27
7907340--7907381	19	2.2	19	87	8	59	61	0	16	21	1.34
7908108--7908145	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
7908243--7908317	39	1.9	39	91	0	123	28	22	26	22	1.99
7912353--7912455	38	2.6	40	81	3	111	23	40	14	21	1.90
7919045--7919178	37	3.4	37	73	20	128	22	13	38	25	1.90
7925968--7926131	81	2.0	81	89	2	249	23	14	37	25	1.92
7927327--7927371	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
7927952--7928126	95	1.9	94	85	1	242	26	26	19	26	1.99
7928372--7928462	38	2.4	38	90	0	146	27	29	7	35	1.85
7928376--7928502	44	3.0	43	83	8	149	27	30	7	34	1.84
7942028--7942087	25	2.4	25	82	0	75	26	30	16	26	1.97
7944282--7944472	81	2.4	81	92	0	310	26	37	14	21	1.92
7944331--7944489	44	3.8	44	69	18	131	27	36	13	22	1.92
7946178--7946220	19	2.3	19	88	4	61	44	4	0	51	1.22
7947720--7947838	43	2.8	43	89	2	177	21	21	37	19	1.94
7947730--7947851	43	2.8	43	88	2	174	22	18	39	18	1.92
7949287--7949322	19	1.9	19	88	5	56	77	0	16	5	0.94
7949757--7949992	26	8.6	27	73	16	130	30	16	10	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7949876--7950129	26	9.5	27	72	13	114	33	12	10	42	1.78
7955090--7955149	28	2.1	28	81	6	68	31	18	23	26	1.97
7955394--7955452	30	1.9	31	83	10	77	50	3	20	25	1.63
7956286--7956332	17	2.6	18	80	10	60	57	0	8	34	1.29
7957873--7958305	214	2.0	214	97	0	821	37	16	8	36	1.80
7958711--7958778	29	2.3	29	84	0	91	44	14	10	30	1.79
7959943--7960016	35	2.1	35	82	9	89	28	33	12	25	1.92
7962513--7962681	28	6.0	28	85	8	225	34	15	9	40	1.80
7962480--7962677	28	6.9	29	84	9	203	35	15	9	39	1.80
7962513--7962681	57	3.0	55	83	8	196	34	15	9	40	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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