genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21822658

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   

This is table  6  of  59  ( 7025 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1839227--1839324	43	2.3	43	85	0	142	41	22	12	23	1.87
1839200--1839302	22	4.7	22	74	10	77	41	23	10	24	1.86
1839223--1839326	22	4.8	22	74	5	70	41	23	11	24	1.87
1858288--1858326	21	1.9	20	84	5	51	35	0	2	61	1.10
1859072--1859143	2	35.0	2	90	2	99	45	0	5	47	1.26
1867714--1867876	82	2.0	84	85	4	224	25	10	12	50	1.72
1889306--1889369	2	33.0	2	84	12	80	1	46	0	50	1.11
1891265--1891327	21	2.7	25	76	19	89	47	7	17	26	1.75
1899296--1899429	70	1.9	70	96	0	250	31	12	17	38	1.87
1907639--1907715	33	2.4	33	81	12	81	67	1	2	28	1.12
1907643--1907674	15	2.1	15	94	0	55	68	3	0	28	1.04
1907658--1907724	31	2.1	33	86	10	95	65	1	2	29	1.16
1907749--1907835	34	2.6	32	82	8	93	67	0	4	27	1.10
1909850--1909884	2	18.0	2	88	5	54	48	0	2	48	1.16
1910975--1911026	1	52.0	1	92	0	86	1	1	96	0	0.27
1910975--1911030	29	1.9	29	100	0	112	3	1	94	0	0.35
1916065--1916106	22	2.0	21	95	4	75	42	0	0	57	0.99
1921122--1921194	30	2.5	29	72	12	78	39	0	4	56	1.19
1928806--1928831	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1929191--1929217	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1929237--1929263	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1940683--1940713	15	2.1	15	93	0	53	48	3	3	45	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1942590--1942628	20	1.9	21	84	5	53	33	20	2	43	1.65
1959659--1959688	3	10.0	3	92	0	51	33	0	3	63	1.11
1964425--1964493	14	4.9	13	76	13	57	36	4	1	57	1.27
1965147--1965176	12	2.4	13	88	11	53	66	26	6	0	1.16
1966243--1966635	196	2.0	196	94	3	693	41	11	22	24	1.87
1975233--1975299	24	2.8	24	97	2	125	38	0	0	61	0.96
1976621--1976657	17	2.1	18	90	5	58	62	0	5	32	1.18
1985606--1985638	16	2.0	17	88	5	50	27	9	0	63	1.24
1989742--1989769	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
1998410--1998473	28	2.3	28	89	10	112	39	6	7	46	1.58
1998408--1998482	28	2.5	30	80	12	100	38	5	6	49	1.52
2002055--2002087	16	2.0	17	88	5	50	69	9	6	15	1.34
2015387--2015435	6	7.8	6	82	8	53	0	40	0	59	0.98
2015383--2015554	33	4.9	33	72	12	107	1	46	2	49	1.24
2015377--2015427	26	2.0	26	92	0	84	0	45	0	54	0.99
2015428--2015477	12	4.4	12	82	9	61	2	48	6	44	1.39
2015472--2015572	2	52.5	2	65	11	50	0	48	1	48	1.19
2015472--2015571	18	5.4	19	75	14	68	1	48	2	49	1.19
2015503--2015553	24	2.1	24	85	0	66	0	45	3	50	1.20
2017146--2017199	26	2.1	26	89	0	81	37	12	9	40	1.76
2020212--2020252	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
2040334--2040361	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2042394--2042447	2	27.5	2	96	3	101	50	0	0	50	1.00
2050499--2050554	29	2.0	27	83	16	71	37	16	10	35	1.83
2054291--2054320	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
2059119--2059147	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2059645--2059722	41	1.9	40	89	2	120	17	17	8	55	1.68
2061083--2061275	63	3.1	63	78	3	183	32	10	2	54	1.47
2072330--2072419	44	2.0	44	97	0	171	24	14	11	50	1.75
2088736--2088765	11	2.7	11	94	0	51	73	23	3	0	0.98
2103189--2103227	19	2.0	20	85	5	53	51	20	5	23	1.67
2110892--2110933	17	2.5	17	81	11	50	45	2	0	52	1.13
2111342--2111370	15	2.0	15	93	6	51	75	0	3	20	0.94
2111375--2111491	47	2.6	45	82	10	134	45	1	0	52	1.17
2111375--2111492	16	7.7	15	72	18	84	44	1	0	52	1.16
2111532--2111601	20	3.5	19	73	21	63	57	1	0	41	1.08
2111548--2111651	15	7.1	15	69	13	65	51	0	0	46	1.13
2111536--2111634	40	2.4	39	80	11	110	51	1	1	46	1.14
2111568--2111615	25	1.9	25	91	0	78	52	2	2	43	1.24
2123210--2123270	2	31.5	2	83	6	72	49	1	1	45	1.21
2123436--2123464	9	3.0	10	90	10	51	72	0	27	0	0.85
2127471--2127506	18	1.9	18	88	5	54	16	2	16	63	1.42
2136116--2136151	2	18.5	2	88	5	56	0	50	0	50	1.00
2136124--2136149	13	2.0	13	100	0	52	0	46	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2136122--2136152	15	2.1	15	100	0	62	0	45	0	54	0.99
2137988--2138148	82	2.0	82	84	0	214	37	16	9	36	1.82
2141038--2141074	12	3.1	12	96	0	65	13	16	45	24	1.83
2146020--2146077	22	2.4	24	77	16	66	36	0	1	62	1.06
2158799--2158876	37	2.1	37	100	0	156	28	5	2	64	1.28
2158941--2159079	47	3.0	47	91	4	235	46	9	3	41	1.53
2160079--2160231	79	1.9	79	90	5	247	52	2	22	21	1.59
2161531--2161640	54	2.0	55	89	3	170	23	10	9	57	1.60
2161746--2161907	79	2.0	80	92	2	272	25	20	14	38	1.91
2168994--2169058	26	2.5	24	79	16	60	52	3	4	40	1.38
2189890--2189974	43	2.0	43	95	0	152	45	10	18	24	1.81
2190410--2190453	22	2.1	21	87	8	63	45	0	6	47	1.29
2194458--2194608	77	2.0	77	85	2	205	44	15	5	33	1.71
2195473--2195529	2	30.5	2	77	13	59	49	0	1	49	1.11
2196397--2196440	2	23.0	2	90	9	74	52	0	0	47	1.00
2199721--2199764	23	2.0	22	86	8	63	4	6	31	56	1.46
2200402--2200435	14	2.4	14	100	0	68	52	14	0	32	1.42
2210087--2210128	22	1.9	22	100	0	84	54	19	7	19	1.66
2212654--2212678	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
2214722--2214764	9	4.8	9	77	11	52	34	20	2	41	1.65
2220675--2220716	15	2.9	15	89	3	50	57	0	2	40	1.12
2220664--2220704	22	2.0	20	85	9	55	60	0	0	39	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2220683--2220725	15	2.9	15	86	3	61	53	0	2	44	1.13
2220692--2220745	25	2.2	25	87	9	76	50	0	1	48	1.11
2220717--2220765	15	3.3	15	82	2	55	44	0	0	55	0.99
2220722--2220779	15	4.1	15	70	17	52	44	0	0	55	0.99
2231523--2231571	24	2.0	24	96	0	89	51	10	6	32	1.61
2233768--2233833	29	2.3	29	84	2	80	28	7	19	43	1.78
2243133--2243300	71	2.4	71	97	0	327	23	28	6	41	1.79
2254672--2255208	269	2.0	269	91	0	860	30	13	23	32	1.94
2255509--2255643	54	2.5	54	84	7	170	28	22	10	38	1.87
2255641--2255725	23	3.7	23	79	0	89	21	24	18	35	1.96
2260195--2261038	431	2.0	432	98	1	1633	34	20	11	33	1.89
2262454--2262527	37	2.0	37	100	0	148	37	10	21	29	1.88
2265846--2265884	16	2.7	14	88	11	53	0	15	0	84	0.62
2270118--2270144	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2270721--2270965	130	1.9	129	86	5	352	38	2	3	55	1.31
2270936--2270988	26	2.0	26	85	0	70	39	1	1	56	1.21
2270913--2271015	41	2.5	41	87	1	134	41	1	1	54	1.22
2270849--2271191	158	2.2	158	86	5	478	37	3	3	56	1.32
2271304--2271334	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
2297253--2297298	23	2.0	22	83	4	56	60	10	23	4	1.47
2307008--2307072	28	2.3	30	76	15	75	33	0	0	66	0.92
2307023--2307067	16	2.8	15	87	12	63	24	0	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2307020--2307067	23	2.1	23	92	7	80	25	0	0	75	0.81
2307020--2307067	11	4.2	12	80	20	50	25	0	0	75	0.81
2307032--2307074	12	3.7	12	82	14	54	27	0	0	72	0.85
2307032--2307075	23	1.9	23	86	9	63	29	0	0	70	0.88
2307167--2307245	26	3.0	26	87	7	113	36	21	15	26	1.93
2313518--2313577	2	31.0	2	80	12	63	46	1	50	0	1.11
2313509--2313581	38	2.0	36	91	8	112	45	2	50	0	1.16
2328830--2328879	15	3.6	14	74	17	50	68	0	30	2	1.01
2328915--2328981	31	2.2	31	91	2	118	53	25	11	8	1.66
2330438--2330589	74	2.1	74	97	0	286	38	17	7	35	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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