genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21822658

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21138005--21138231	86	2.6	86	70	1	186	36	16	16	30	1.91
21138389--21138472	43	2.0	43	83	4	107	39	16	17	26	1.91
21138521--21138603	43	1.9	43	80	4	96	36	20	22	20	1.95
21140551--21140575	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
21155469--21155493	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
21162179--21162230	25	2.1	25	88	0	77	32	19	13	34	1.90
21166286--21166965	354	1.9	356	90	2	1089	30	13	18	36	1.90
21170342--21171038	354	2.0	353	87	3	997	31	14	17	36	1.90
21178331--21178367	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
21179021--21179080	22	2.8	22	87	7	70	1	26	0	71	0.95
21179019--21179082	4	16.2	4	73	15	53	1	26	0	71	0.94
21182560--21182612	2	26.0	2	96	3	97	49	0	1	49	1.12
21183292--21183513	51	4.4	51	92	1	340	22	24	20	32	1.97
21183540--21183592	23	2.3	23	86	0	79	16	24	20	37	1.93
21183629--21183668	17	2.4	17	91	0	62	30	30	10	30	1.90
21183945--21184248	163	1.9	164	88	2	459	41	8	10	40	1.69
21183945--21184248	81	3.7	82	90	0	441	41	8	10	40	1.69
21184548--21184654	28	3.6	28	79	11	124	44	7	15	31	1.75
21184538--21184654	61	1.9	61	91	0	189	43	7	15	33	1.75
21185411--21185694	40	7.4	39	72	16	245	22	19	20	37	1.94
21185432--21185721	36	7.7	35	71	18	201	21	18	21	38	1.93
21185411--21185739	76	4.3	76	89	3	466	23	18	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21186123--21186256	66	2.0	68	91	4	218	17	19	15	47	1.82
21195711--21196410	354	2.0	355	87	2	1010	31	13	18	37	1.89
21197415--21197763	175	2.0	174	100	0	689	37	13	14	34	1.86
21214503--21214688	101	1.8	102	90	1	302	39	18	10	31	1.85
21238644--21238729	42	2.0	42	100	0	172	33	30	12	23	1.92
21257301--21257339	19	1.9	19	85	10	51	58	10	2	28	1.44
21258426--21258524	51	1.9	51	91	4	164	27	19	14	39	1.90
21258738--21258778	18	2.3	18	87	4	57	29	31	9	29	1.89
21259063--21259256	82	2.4	81	84	4	264	41	6	11	40	1.67
21262107--21263132	515	2.0	513	93	1	1761	33	22	16	28	1.95
21273601--21273647	4	12.2	4	77	8	53	29	0	21	48	1.50
21274431--21274464	14	2.3	15	90	5	52	26	2	0	70	1.01
21278073--21278152	42	1.9	42	89	0	124	45	8	6	40	1.60
21278167--21278219	22	2.4	21	72	9	52	66	16	0	16	1.26
21278202--21278235	8	4.2	8	92	0	50	67	14	0	17	1.23
21278198--21278238	16	2.5	17	88	8	66	65	14	0	19	1.26
21279504--21279568	26	2.3	28	82	15	73	67	9	3	20	1.32
21280946--21280984	19	1.9	19	85	10	51	58	10	0	30	1.31
21282044--21282173	51	2.6	49	84	11	172	29	20	13	37	1.90
21282288--21282350	29	2.2	29	91	0	99	19	26	17	36	1.94
21282385--21282419	18	2.0	18	88	5	54	28	34	5	31	1.81
21282723--21282904	83	2.2	81	86	2	247	41	7	11	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21286417--21286461	2	22.5	2	91	8	74	46	2	0	51	1.13
21302039--21302079	21	2.0	21	85	9	57	29	24	21	24	1.99
21303893--21304325	156	2.7	156	76	7	394	37	12	14	36	1.83
21304424--21304468	8	5.9	8	79	10	58	35	0	15	48	1.45
21304416--21304458	12	3.6	12	78	12	52	34	2	16	46	1.60
21304424--21304468	14	3.1	14	78	12	54	35	0	15	48	1.45
21305589--21305613	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21305644--21305680	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
21306892--21306930	18	2.2	18	86	9	53	35	20	12	30	1.90
21311524--21311560	12	3.1	12	84	0	56	37	0	13	48	1.43
21316947--21316983	18	2.1	18	89	0	56	48	32	8	10	1.67
21319379--21319439	24	2.7	23	75	9	63	67	1	1	29	1.10
21320383--21320529	45	3.2	45	88	3	195	44	10	14	30	1.79
21322091--21322138	10	4.8	10	81	0	51	43	2	6	47	1.40
21322091--21322138	4	12.0	4	77	0	51	43	2	6	47	1.40
21322102--21322138	14	2.6	14	91	0	65	43	0	8	48	1.32
21322602--21322673	27	2.7	26	82	2	81	45	11	9	33	1.72
21323232--21323271	20	2.0	21	85	5	55	72	10	7	10	1.28
21330163--21330196	17	2.0	17	88	0	50	32	2	23	41	1.69
21331087--21331186	45	2.2	45	89	3	148	41	14	15	30	1.86
21333605--21333754	27	5.7	27	79	10	116	35	10	8	45	1.70
21333637--21333693	24	2.3	25	81	3	71	33	12	8	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21333661--21333727	28	2.5	26	85	9	89	32	13	10	43	1.78
21336643--21336688	23	2.0	23	100	0	92	13	26	34	26	1.92
21339431--21339686	104	2.5	104	81	3	320	22	14	32	30	1.93
21339607--21339729	34	3.7	33	84	5	133	18	12	36	32	1.88
21339526--21339808	138	2.1	138	87	1	406	21	11	35	31	1.89
21344196--21344342	45	3.2	45	88	3	204	42	10	15	30	1.81
21345680--21345779	45	2.2	45	92	0	164	42	13	15	30	1.84
21347056--21347145	29	3.2	28	74	12	87	38	11	10	40	1.74
21347196--21347266	27	2.7	27	84	2	99	40	12	9	36	1.77
21353051--21353083	17	1.9	17	93	0	57	63	0	9	27	1.24
21355603--21355888	91	3.1	90	79	3	297	30	20	8	40	1.83
21359578--21359623	23	2.0	23	95	0	83	34	8	15	41	1.78
21363081--21363126	23	2.0	23	95	0	83	36	10	13	39	1.79
21366516--21366574	21	2.8	21	76	0	64	23	11	22	42	1.86
21366587--21366667	23	3.6	23	86	1	101	34	24	13	27	1.93
21366588--21366689	45	2.2	46	78	1	107	35	26	11	26	1.91
21366679--21366769	22	4.1	22	84	0	83	43	16	9	29	1.80
21366715--21366793	22	3.6	22	85	0	104	45	13	10	30	1.77
21370941--21370969	14	2.1	14	100	0	58	65	0	13	20	1.26
21374391--21374436	23	2.0	23	82	4	56	39	2	13	45	1.55
21376761--21376787	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
21378489--21378542	22	2.5	22	78	0	63	40	24	9	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21378698--21378834	51	2.7	52	76	14	140	43	15	4	37	1.67
21396261--21396354	2	46.0	2	89	4	100	45	4	4	44	1.42
21396673--21396706	16	2.1	16	89	10	52	26	0	5	67	1.13
21396673--21396705	15	2.1	16	88	5	50	27	0	6	66	1.15
21398438--21399970	275	5.6	273	80	7	1582	26	12	16	43	1.84
21398438--21399970	552	2.8	548	82	8	1774	26	12	16	43	1.84
21433910--21434093	92	2.0	92	95	0	332	28	14	20	36	1.91
21438876--21438903	6	4.7	6	100	0	56	35	46	0	17	1.49
21445861--21445889	13	2.1	14	93	6	51	55	6	6	31	1.53
21455745--21455809	25	2.6	25	85	0	76	30	1	23	44	1.62
21460284--21460400	60	2.0	59	83	3	146	23	35	18	22	1.96
21460955--21460989	3	12.0	3	93	6	63	31	0	0	68	0.90
21461134--21461231	47	2.1	45	83	7	117	8	37	4	50	1.51
21461149--21461243	45	2.1	46	81	12	110	8	36	4	50	1.52
21461134--21461243	47	2.4	45	80	12	111	7	36	3	52	1.47
21461689--21461731	22	2.0	22	81	9	52	51	0	0	48	1.00
21462094--21462118	7	3.6	7	100	0	50	56	28	0	16	1.41
21467324--21467364	20	2.0	20	100	0	82	48	0	9	41	1.36
21468859--21468910	22	2.4	22	100	0	104	25	28	19	26	1.98
21475451--21475674	118	1.9	119	89	3	353	22	26	12	38	1.90
21476674--21476707	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
21477121--21477164	24	1.9	22	90	9	70	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21477189--21477254	16	4.3	14	77	12	51	46	0	1	51	1.10
21477201--21477255	23	2.4	23	85	8	76	45	0	1	52	1.11
21477201--21477255	15	3.6	15	80	17	60	45	0	1	52	1.11
21477121--21477247	39	3.1	40	76	9	132	49	0	3	47	1.17
21477251--21477290	12	3.3	12	82	0	53	67	2	5	25	1.23
21477495--21477554	21	2.7	23	77	12	72	46	0	5	48	1.24
21477495--21477545	22	2.4	22	80	12	61	50	0	3	45	1.20
21486430--21486730	157	1.9	155	84	5	396	24	20	11	43	1.85
21487113--21487145	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
21493012--21493574	112	5.0	112	92	0	901	33	17	18	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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