genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891--935	21	2.2	20	84	4	54	31	8	11	48	1.69
957--1096	10	13.4	10	68	15	61	28	6	15	50	1.68
1141--1182	20	2.2	20	86	4	59	23	0	14	61	1.32
1221--1289	21	3.3	21	79	0	75	23	8	10	57	1.59
1368--1415	20	2.3	22	86	13	66	29	12	10	47	1.74
1078--1717	310	2.1	310	84	3	833	26	6	15	51	1.68
1530--1606	21	3.7	20	74	10	64	27	11	14	46	1.79
1882--1932	21	2.5	20	90	0	75	27	7	15	49	1.72
1849--2010	10	15.6	10	64	17	55	25	6	19	48	1.72
2246--2313	30	2.2	31	84	7	86	27	7	16	48	1.72
2521--2599	21	3.8	21	75	9	63	24	7	11	56	1.60
2842--3006	10	15.9	10	65	14	57	26	6	14	52	1.66
2855--2924	21	3.3	21	82	4	79	24	8	14	52	1.69
2928--2973	21	2.2	21	84	7	58	23	6	17	52	1.68
3765--3815	21	2.5	20	75	12	50	29	3	19	47	1.68
3865--3903	11	3.7	10	80	12	51	25	2	15	56	1.52
4210--4249	10	3.9	10	83	6	53	30	2	15	52	1.55
4211--4287	21	3.7	21	81	8	77	25	7	12	53	1.66
4584--4632	21	2.3	21	82	0	62	26	14	16	42	1.86
4924--4973	21	2.4	21	86	0	73	28	12	12	48	1.76
5200--5245	19	2.4	19	85	3	65	23	0	2	73	0.94
5303--5371	31	2.2	31	82	5	77	27	4	15	52	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5323--5381	21	2.8	20	82	12	66	30	5	16	47	1.69
5313--5381	10	6.8	10	70	15	52	28	4	17	49	1.66
5328--5410	41	2.0	41	83	6	105	28	6	13	51	1.64
5653--5703	21	2.4	21	77	6	59	23	5	21	49	1.71
5945--6001	21	2.8	20	81	5	78	24	10	12	52	1.70
5956--5997	9	4.4	9	81	18	50	26	9	14	50	1.73
5910--6170	10	25.4	10	64	15	52	26	6	14	52	1.65
6057--6128	22	3.4	21	73	11	67	22	4	13	59	1.51
6056--6147	42	2.2	42	82	7	107	25	5	13	56	1.58
6120--6164	20	2.2	20	82	17	58	26	4	13	55	1.57
6277--6331	21	2.6	21	79	0	65	25	12	9	52	1.68
6359--6402	19	2.3	19	84	15	63	29	4	13	52	1.60
6606--6651	21	2.2	21	84	0	56	23	10	17	47	1.79
5723--7559	951	1.9	946	83	6	2329	25	7	14	51	1.69
6865--6939	21	3.6	21	75	7	64	25	12	17	45	1.82
7191--7356	10	15.9	10	67	15	59	27	7	16	48	1.73
7192--7323	32	4.2	31	69	12	88	26	7	15	50	1.71
6077--7233	610	1.9	617	85	5	1597	25	7	14	51	1.70
7193--7282	11	8.5	10	72	9	54	24	7	14	53	1.67
7193--7282	21	4.2	20	79	8	81	24	7	14	53	1.67
6676--8083	342	4.2	340	83	5	1625	26	7	14	51	1.68
7878--7914	10	3.4	11	88	11	58	29	2	8	59	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7878--7966	21	4.2	20	76	9	65	25	6	12	55	1.61
7941--8210	117	2.3	116	77	9	271	28	5	15	50	1.67
8113--8200	10	8.5	10	74	12	61	31	4	17	46	1.68
8320--8361	21	2.0	21	81	9	50	26	9	11	52	1.68
8373--8417	22	2.0	23	82	4	56	33	4	13	48	1.62
10055--10264	114	1.8	115	87	4	316	31	6	14	47	1.69
10206--10345	10	13.4	10	68	13	68	27	6	14	51	1.66
10206--10251	12	4.3	11	78	13	51	28	0	13	58	1.35
10214--10334	53	2.3	51	81	9	136	27	7	13	52	1.67
10006--10292	116	2.5	114	79	8	330	29	6	14	49	1.68
10090--10337	116	2.2	114	82	9	292	30	6	13	49	1.67
10359--10396	20	1.9	20	88	0	58	26	0	10	63	1.27
10412--10499	10	8.4	10	70	21	56	21	3	18	56	1.55
10422--10500	21	3.8	20	72	12	70	21	3	16	58	1.54
10756--10819	30	2.1	30	82	5	76	23	4	23	48	1.69
10983--11071	11	8.4	10	74	12	63	25	3	15	55	1.56
10983--11072	21	4.2	23	72	12	66	25	3	15	55	1.56
11239--11308	20	3.6	20	75	11	74	28	0	11	60	1.32
11253--11584	21	15.9	21	66	15	68	31	4	13	51	1.60
11290--11955	10	63.9	10	64	18	98	29	5	14	50	1.64
11396--11495	42	2.4	42	77	12	107	30	4	14	52	1.59
11375--11620	116	2.1	117	83	5	302	30	4	13	50	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11641--11709	21	3.3	21	74	6	61	33	2	13	50	1.56
11791--11851	21	2.9	21	71	9	52	27	3	21	47	1.66
11724--11827	53	2.0	51	81	11	120	29	7	16	46	1.75
11885--11964	22	3.7	21	77	11	65	28	3	16	51	1.61
11683--12172	260	1.9	257	86	5	711	29	4	14	51	1.62
12282--12319	12	3.3	12	85	14	53	31	2	7	57	1.41
12274--12319	22	2.1	22	87	0	65	30	2	10	56	1.46
12543--12592	10	4.9	10	80	4	55	28	8	20	44	1.79
15158--15213	29	1.9	29	82	13	71	50	0	1	48	1.11
15218--15261	9	4.9	9	80	8	54	6	11	0	81	0.86
15223--15261	17	2.3	16	83	12	51	7	10	0	82	0.86
15825--15858	17	2.0	17	94	0	59	32	20	5	41	1.76
19344--19369	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
21956--22016	10	6.0	10	73	17	54	27	3	19	49	1.64
21953--22034	41	2.0	41	83	9	105	30	3	17	48	1.64
22465--22503	21	1.9	20	89	5	60	41	12	17	28	1.87
23333--23400	21	3.3	21	72	12	59	27	1	20	50	1.57
23331--23534	10	19.7	10	68	16	87	28	4	18	48	1.67
23479--23534	21	2.8	20	81	10	62	32	1	17	48	1.58
23661--23706	21	2.2	21	84	7	58	28	6	13	52	1.65
23912--23963	22	2.4	22	84	9	63	28	0	19	51	1.47
23912--24562	10	62.7	10	63	17	77	30	4	15	50	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23920--23963	22	1.9	24	86	9	65	29	0	20	50	1.49
24124--24180	21	2.8	20	75	2	60	29	7	12	50	1.66
24265--24306	21	2.0	21	85	0	57	21	7	23	47	1.75
24339--24481	11	13.5	11	69	13	77	30	3	13	52	1.57
23923--24608	342	2.0	339	88	3	1013	30	4	14	50	1.63
24316--24384	32	2.2	32	84	5	86	24	2	17	55	1.56
24389--24481	21	4.4	22	78	14	97	34	4	8	52	1.52
24388--24601	10	21.1	10	68	18	104	33	3	11	51	1.54
24552--24679	58	2.2	58	100	0	256	31	6	10	51	1.62
24740--24778	20	2.0	20	85	10	53	28	2	20	48	1.62
24870--24909	20	2.0	20	85	9	55	42	2	7	47	1.45
25073--25150	41	1.9	41	84	10	106	29	5	15	50	1.65
25299--25350	27	2.0	26	82	14	63	26	15	0	57	1.38
25993--26035	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
26117--26201	31	2.8	30	80	8	91	21	17	7	54	1.67
26271--26340	32	2.2	31	80	9	79	30	30	17	22	1.97
44359--44389	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
45160--45209	26	1.9	26	84	8	66	40	6	28	26	1.79
45755--45795	2	20.5	2	94	0	73	51	46	0	2	1.14
50182--50229	20	2.4	20	79	6	53	52	18	2	27	1.57
55290--55403	39	2.9	40	84	5	144	30	11	30	27	1.91
58455--59010	282	1.9	285	84	6	750	28	15	17	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66262--66367	36	2.9	36	91	0	167	27	30	12	30	1.93
67619--67678	28	2.1	28	81	6	68	40	20	15	25	1.90
70231--70271	20	2.0	20	95	0	73	46	12	4	36	1.63
74137--74221	27	3.1	27	67	9	66	18	37	21	22	1.94
74549--74619	27	2.6	27	84	4	90	19	21	26	32	1.97
75218--75248	15	2.1	15	93	0	53	16	0	0	83	0.64
75830--75892	29	2.2	29	97	0	117	14	17	20	47	1.82
75866--75990	37	3.3	37	76	12	128	24	20	15	40	1.91
76878--76920	17	2.6	16	78	10	50	25	0	11	62	1.29
84674--84771	27	3.6	26	67	13	72	21	29	22	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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