genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8444667--8444691	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
8446509--8446554	19	2.4	19	89	7	67	41	2	0	56	1.11
8446897--8446971	39	1.9	39	88	0	114	28	13	12	46	1.78
8447744--8447811	30	2.3	30	89	5	102	38	16	17	27	1.91
8449070--8449100	12	2.6	12	100	0	62	41	25	6	25	1.79
8450511--8450557	14	3.4	14	85	5	69	57	10	0	31	1.33
8452467--8452603	51	2.7	51	78	6	143	38	8	16	36	1.79
8452703--8452745	22	2.0	22	90	0	68	20	13	25	39	1.90
8452732--8452808	21	3.7	21	87	0	100	14	16	35	33	1.89
8452798--8452925	23	5.5	23	83	7	152	23	9	28	39	1.86
8453485--8453601	60	2.0	60	81	3	137	31	7	21	39	1.82
8453707--8454031	22	14.3	22	75	9	147	22	13	27	36	1.92
8453722--8453771	21	2.4	21	82	0	73	18	18	30	34	1.94
8453746--8453985	43	5.3	43	77	13	194	23	14	26	35	1.93
8453809--8453945	26	5.6	26	81	11	121	24	14	25	35	1.93
8453835--8454031	69	2.9	68	84	8	231	22	14	27	35	1.93
8453764--8453985	95	2.4	91	90	3	327	23	13	27	35	1.93
8454043--8454121	22	3.6	22	81	6	90	45	22	8	22	1.80
8454053--8454112	21	2.8	21	84	2	66	45	23	8	23	1.80
8454064--8454122	21	2.7	22	78	5	75	47	25	6	20	1.74
8454521--8454576	22	2.5	22	100	0	112	37	21	17	23	1.94
8458886--8458983	2	49.0	2	77	18	89	44	0	7	46	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8458886--8459014	66	1.9	65	93	3	213	42	0	10	44	1.44
8460571--8460744	90	1.9	90	80	9	203	29	10	13	45	1.78
8461104--8461204	26	3.9	26	75	2	96	39	13	14	31	1.86
8461494--8461630	60	2.3	60	87	0	184	35	9	15	40	1.80
8465674--8465710	19	1.9	19	94	0	65	21	29	0	48	1.50
8468062--8468820	379	2.0	378	93	0	1313	27	15	15	41	1.87
8469165--8469914	385	1.9	386	88	1	1119	28	22	14	34	1.94
8471255--8471296	10	4.0	10	85	11	57	83	0	16	0	0.65
8480806--8480844	6	6.5	6	87	0	60	2	17	35	43	1.63
8482642--8482672	12	2.6	12	100	0	62	0	25	54	19	1.44
8482666--8482759	3	31.3	3	84	0	116	0	24	34	41	1.55
8482668--8482759	12	7.7	12	93	0	157	0	23	33	42	1.55
8482800--8482875	3	25.3	3	73	0	53	3	21	35	39	1.72
8482797--8482873	15	5.1	15	77	0	73	3	19	36	40	1.70
8485110--8485138	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
8487998--8488049	2	26.0	2	88	7	79	48	1	1	48	1.24
8488005--8488049	23	2.0	23	95	0	81	48	0	2	48	1.13
8488108--8488155	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
8487994--8488208	106	2.0	108	96	3	391	40	7	8	42	1.65
8501493--8501520	6	4.7	6	100	0	56	32	14	0	53	1.41
8501834--8501882	25	2.0	25	91	0	80	42	2	44	10	1.49
8501824--8501886	25	2.4	26	81	7	74	46	1	44	7	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8502154--8502178	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
8503582--8503649	7	10.7	6	75	22	52	67	1	2	27	1.13
8503604--8503699	25	3.7	25	73	16	79	64	0	5	30	1.15
8503669--8503721	25	2.1	26	82	3	63	66	0	3	30	1.10
8505192--8505277	36	2.4	34	84	9	102	54	1	1	43	1.15
8507480--8507505	4	6.5	4	100	0	52	26	23	0	50	1.50
8507900--8507924	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8509059--8509103	23	2.0	23	86	0	63	28	8	35	26	1.87
8509069--8509113	23	2.0	23	90	0	72	28	13	35	22	1.92
8509148--8509527	23	16.5	23	67	9	128	32	13	30	23	1.93
8509311--8509414	47	2.2	47	86	3	138	31	17	27	23	1.97
8509579--8509743	81	2.0	81	81	2	188	29	10	32	27	1.91
8509660--8509847	104	1.8	104	87	2	279	27	10	32	29	1.90
8509464--8509899	185	2.4	185	83	3	529	28	12	31	27	1.93
8509660--8509876	104	2.1	104	84	3	276	26	11	33	28	1.92
8510450--8510570	63	1.9	63	89	3	190	27	11	26	34	1.91
8510624--8510732	31	3.5	31	87	0	164	30	16	18	34	1.93
8514947--8515046	31	3.2	31	82	2	121	29	37	10	24	1.87
8515114--8515183	31	2.3	31	85	7	99	25	31	12	30	1.93
8514869--8515215	138	2.5	138	84	2	455	31	29	12	25	1.93
8525072--8525125	2	27.0	2	92	0	90	50	3	0	46	1.19
8533543--8533943	202	2.0	202	87	1	581	38	12	16	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8534807--8534851	19	2.4	19	82	17	58	48	0	0	51	1.00
8534807--8534851	20	2.4	19	82	10	56	48	0	0	51	1.00
8535415--8535457	16	2.6	17	85	3	61	44	4	2	48	1.36
8535585--8535610	12	2.2	12	100	0	52	61	7	7	23	1.49
8536121--8536189	20	3.4	19	69	13	57	53	5	0	40	1.25
8537693--8537756	30	2.1	30	97	0	119	48	10	17	23	1.78
8540909--8540938	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8547410--8547471	29	2.2	25	74	20	61	56	19	12	11	1.66
8548892--8548922	16	2.0	16	93	6	55	41	25	6	25	1.79
8570801--8571114	167	1.9	167	96	0	583	37	9	13	38	1.78
8574221--8574263	20	2.1	21	87	12	63	27	0	0	72	0.85
8574136--8574390	129	2.0	132	95	4	457	25	8	6	60	1.49
8574512--8574559	16	2.9	16	84	12	53	31	0	4	64	1.12
8575263--8575320	23	2.4	25	72	16	59	46	3	18	31	1.66
8576235--8576279	17	2.6	17	86	6	56	40	2	0	57	1.11
8576219--8576523	98	3.2	95	83	8	372	43	5	3	47	1.42
8576450--8576497	17	2.7	18	74	3	53	39	0	0	60	0.97
8576500--8576660	81	2.0	80	100	0	313	54	9	6	28	1.57
8576528--8576655	40	3.2	40	66	14	118	54	9	6	28	1.56
8577021--8577068	15	3.2	15	87	0	78	37	14	0	47	1.44
8577021--8577080	30	2.0	30	90	0	93	38	16	1	43	1.58
8577021--8577080	15	4.0	15	84	0	75	38	16	1	43	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8578428--8578685	129	2.0	129	100	0	516	35	18	12	33	1.88
8587582--8587619	20	1.9	20	84	10	51	65	2	0	31	1.06
8587741--8588415	345	1.9	345	83	5	860	44	7	7	41	1.60
8589097--8589147	25	2.0	25	88	7	77	17	19	5	56	1.61
8602361--8602395	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
8603180--8603310	35	3.7	35	76	0	127	46	18	12	22	1.83
8603484--8603539	29	2.0	28	82	3	67	21	26	3	48	1.66
8605400--8605484	45	1.9	44	90	2	134	47	10	9	32	1.70
8605518--8605575	26	2.2	27	87	3	82	46	0	3	50	1.18
8605543--8605672	68	1.9	69	88	1	199	49	2	7	40	1.44
8606540--8606583	23	1.9	23	90	9	72	15	29	4	50	1.64
8606991--8607057	30	2.3	29	82	7	73	40	11	7	40	1.70
8606974--8607148	83	2.1	81	82	4	199	32	10	13	43	1.79
8607161--8607235	24	3.0	25	77	11	73	30	16	13	40	1.86
8607236--8607290	25	2.2	26	83	9	69	30	7	14	47	1.71
8607239--8607356	26	4.5	26	73	19	86	30	6	12	50	1.66
8607159--8607386	80	2.8	81	80	6	259	30	10	14	45	1.78
8614942--8615100	82	1.9	82	87	0	228	24	10	15	49	1.75
8621473--8621514	21	2.0	21	90	0	66	30	7	28	33	1.84
8627241--8627300	27	2.2	27	82	5	77	41	8	6	43	1.61
8627996--8628181	55	3.4	53	79	3	174	12	11	32	43	1.79
8628210--8628291	23	3.6	23	89	0	128	21	19	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8631826--8632132	31	10.0	31	80	2	341	40	20	17	21	1.91
8632796--8632856	14	4.1	15	81	8	63	47	4	13	34	1.64
8632806--8632853	16	3.1	16	81	6	62	45	4	14	35	1.64
8632806--8632863	14	3.9	15	78	14	59	51	3	12	32	1.56
8634330--8634626	31	9.5	32	70	12	170	41	19	19	20	1.91
8634331--8634626	62	4.8	61	78	5	209	41	19	19	20	1.91
8634330--8634546	93	2.3	93	91	0	344	41	18	20	19	1.91
8634330--8634626	93	3.2	93	85	4	323	41	19	19	20	1.91
8634982--8635485	156	3.2	155	86	1	661	27	20	18	33	1.96
8637134--8637553	31	13.5	31	87	1	473	39	20	15	24	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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