genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8638129--8638409	47	6.0	46	76	4	240	22	34	17	25	1.96
8638128--8638431	94	3.2	94	79	3	290	23	33	16	25	1.96
8638131--8638409	141	2.0	141	82	2	337	22	33	17	26	1.96
8638159--8638441	141	2.0	141	80	2	318	23	34	16	25	1.95
8640431--8640466	18	2.0	18	88	0	54	11	52	5	30	1.59
8643347--8643389	23	2.0	20	82	13	50	25	0	2	72	0.97
8644308--8644422	44	2.5	46	81	2	135	43	6	1	47	1.40
8644323--8644392	22	3.1	22	71	13	54	45	5	2	45	1.41
8644427--8644492	33	2.1	32	86	8	91	48	7	0	43	1.31
8644463--8644553	45	2.0	45	85	4	121	46	6	1	46	1.36
8644505--8644581	18	3.9	19	77	13	68	48	2	1	48	1.23
8645866--8646182	160	2.0	160	88	1	474	35	12	17	34	1.88
8651077--8651121	23	2.0	23	82	8	56	62	0	0	37	0.96
8651097--8651147	21	2.6	21	78	9	54	62	0	3	33	1.13
8663717--8663746	15	2.0	15	93	0	51	36	0	3	60	1.14
8679029--8679069	2	21.5	2	90	9	68	48	51	0	0	1.00
8679029--8679069	13	3.2	13	96	3	75	48	51	0	0	1.00
8679146--8679188	2	22.0	2	86	13	63	48	48	0	2	1.14
8679146--8679185	13	3.0	13	92	3	62	47	50	0	2	1.14
8679146--8679191	15	3.0	15	90	3	74	50	47	0	2	1.13
8679032--8679259	123	1.9	122	97	1	422	47	27	3	21	1.67
8679633--8679701	30	2.3	30	74	0	75	26	17	20	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8683328--8683365	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
8683531--8683595	30	2.2	29	81	5	69	29	4	21	44	1.72
8684730--8684755	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
8691150--8691193	21	2.1	21	91	0	70	20	36	4	38	1.73
8692829--8692872	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
8693387--8693424	12	3.2	12	82	14	51	44	7	28	18	1.78
8693546--8693622	38	2.0	38	94	0	136	37	22	9	31	1.85
8693852--8693908	30	1.9	30	89	7	89	38	12	15	33	1.85
8693919--8693981	31	2.0	32	87	3	92	36	14	15	33	1.88
8694791--8694824	18	1.9	18	94	5	61	52	8	8	29	1.62
8696742--8696935	103	1.9	101	82	8	241	45	9	19	25	1.81
8697662--8697702	21	2.0	21	95	0	73	39	9	9	41	1.71
8705727--8705758	15	2.1	15	94	0	55	68	0	0	31	0.90
8705723--8705917	33	6.1	33	72	20	114	65	0	3	31	1.10
8705726--8705859	55	2.5	53	83	11	145	64	0	4	30	1.13
8705726--8705859	26	5.2	25	74	18	98	64	0	4	30	1.13
8705754--8705859	55	1.9	56	88	5	162	62	0	5	32	1.19
8706235--8706267	13	2.4	14	90	5	50	39	3	0	57	1.14
8707506--8707566	2	30.5	2	93	0	104	52	0	0	47	1.00
8712240--8712293	4	13.5	4	90	0	81	1	3	44	50	1.30
8712240--8712293	6	9.0	6	93	0	81	1	3	44	50	1.30
8712240--8712293	10	5.4	10	90	0	81	1	3	44	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8730270--8730322	22	2.4	22	90	0	79	26	7	33	32	1.84
8736911--8736943	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
8743556--8743606	14	3.6	14	80	20	54	23	3	0	72	1.01
8743553--8743605	19	2.8	18	81	13	54	22	3	0	73	0.99
8744601--8744670	3	22.7	3	74	11	52	25	4	2	67	1.23
8745317--8745406	4	23.0	4	72	18	66	1	27	0	71	0.94
8745317--8745391	14	5.4	14	71	15	66	0	28	0	72	0.86
8745337--8745380	17	2.5	18	86	13	65	0	34	0	65	0.93
8745309--8745398	45	2.0	43	89	8	137	0	30	0	70	0.88
8745355--8745406	27	1.9	27	84	7	70	1	28	0	69	0.99
8745520--8745552	15	2.2	15	100	0	66	0	15	0	84	0.61
8745509--8745582	4	18.8	4	76	13	55	0	21	0	78	0.75
8745531--8745582	24	2.2	23	86	3	68	0	25	0	75	0.81
8745566--8745693	24	5.2	24	65	23	61	2	32	3	61	1.24
8745509--8745595	36	2.4	35	83	11	104	0	24	0	75	0.80
8745622--8745686	12	5.3	13	70	17	50	1	33	0	64	1.03
8745648--8745694	20	2.3	20	81	3	58	2	34	0	63	1.06
8745508--8745735	99	2.3	99	76	7	239	3	28	3	65	1.24
8749290--8749374	45	1.9	44	88	7	127	17	15	4	62	1.49
8749422--8749619	101	2.0	100	90	3	317	26	14	12	46	1.80
8750604--8750628	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8750990--8751022	17	2.0	16	94	5	57	36	6	0	57	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8751058--8751102	22	2.1	21	87	4	63	31	4	4	60	1.37
8751906--8751948	20	2.2	20	100	0	86	39	25	18	16	1.91
8762722--8762924	102	2.0	101	99	0	388	36	11	9	41	1.74
8762958--8763588	338	1.9	342	83	6	836	35	9	6	47	1.64
8765043--8765069	13	2.1	13	100	0	54	48	14	22	14	1.81
8768151--8768195	22	2.0	22	100	0	90	4	22	13	60	1.51
8771509--8771538	2	14.5	2	93	6	51	46	3	0	50	1.18
8785110--8785136	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8785314--8785345	15	2.3	15	89	10	50	53	6	0	40	1.26
8788840--8788885	24	1.9	24	100	0	92	43	13	4	39	1.63
8793641--8793677	10	3.6	10	85	7	56	51	18	2	27	1.60
8793762--8793926	83	2.0	82	93	0	276	42	23	3	30	1.71
8795091--8795238	52	2.8	54	73	11	128	43	14	8	33	1.76
8800044--8800103	30	2.0	30	100	0	120	16	13	23	46	1.82
8801131--8801183	21	2.3	23	81	9	65	49	9	33	7	1.64
8803371--8803489	36	3.3	36	81	0	148	31	19	28	20	1.97
8803371--8803534	72	2.2	72	80	3	175	31	20	29	18	1.96
8803502--8803672	87	2.0	87	90	2	272	33	23	24	18	1.97
8804498--8804526	6	4.8	6	100	0	58	31	17	34	17	1.93
8810909--8811094	78	2.4	77	82	8	214	29	7	12	50	1.68
8813336--8813390	25	2.3	23	82	14	67	56	1	0	41	1.10
8814477--8814520	22	2.0	22	86	4	61	63	4	29	2	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8817335--8817362	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
8824854--8824908	26	2.1	26	96	0	101	47	21	7	23	1.76
8826618--8826656	21	2.0	21	85	14	57	46	5	2	46	1.38
8827607--8827667	30	2.1	30	81	3	70	31	4	22	40	1.75
8830748--8830887	65	2.1	66	82	3	167	24	26	3	45	1.69
8830907--8830945	19	2.1	19	85	4	53	0	2	20	76	0.90
8869503--8869577	16	4.8	16	67	18	50	60	0	8	32	1.26
8869574--8869607	17	2.0	17	94	0	59	67	0	0	32	0.91
8871138--8871166	15	2.0	15	93	6	51	3	6	0	89	0.57
8871727--8871820	34	2.8	34	78	4	100	37	25	6	30	1.81
8871659--8871878	119	1.8	119	84	5	302	41	22	6	29	1.79
8871783--8872021	51	4.8	52	72	12	216	43	22	6	28	1.78
8871788--8871968	96	1.9	96	86	2	256	40	23	6	29	1.80
8871884--8872018	50	2.7	50	82	3	164	42	20	8	28	1.80
8871980--8872084	34	3.1	34	82	5	131	40	26	6	25	1.80
8871670--8872149	265	1.8	266	86	2	696	40	23	7	28	1.81
8871956--8872174	119	1.8	118	86	4	316	43	22	7	26	1.80
8872101--8872174	34	2.2	34	85	7	98	41	24	8	25	1.82
8871956--8872344	204	1.9	203	86	3	559	42	22	8	27	1.82
8872101--8872344	119	2.1	119	84	8	320	40	22	8	27	1.83
8872186--8872289	34	3.1	34	84	5	113	37	25	7	28	1.84
8872040--8872256	85	2.6	85	84	5	278	41	23	7	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8872258--8872358	51	2.0	51	88	3	150	43	18	9	27	1.82
8873316--8873374	29	2.0	29	96	0	109	20	28	3	47	1.66
8877823--8877925	5	18.6	5	73	20	64	19	4	1	73	1.11
8877860--8877918	12	4.9	12	87	6	84	22	3	1	72	1.08
8877860--8877905	23	2.0	23	95	0	83	21	2	0	76	0.90
8877823--8877923	18	5.6	17	75	12	87	19	4	1	73	1.12
8879854--8879891	20	1.9	20	84	10	51	60	0	5	34	1.19
8880805--8880844	16	2.4	17	87	4	55	30	0	7	62	1.23
8881616--8881642	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
8881968--8881996	8	3.8	8	90	9	51	0	0	6	93	0.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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