genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24163123--24163272	50	3.0	50	96	0	264	28	26	22	23	1.99
24172978--24173024	19	2.5	20	79	10	62	72	2	0	25	0.96
24182324--24182587	73	3.6	73	81	3	289	39	17	20	22	1.92
24182975--24183147	35	5.1	35	70	8	151	24	12	26	36	1.90
24182970--24183137	32	5.1	32	67	13	97	23	12	25	38	1.90
24182970--24183172	67	3.0	67	88	0	298	25	13	25	35	1.93
24186953--24187035	34	2.4	34	83	0	112	15	10	33	39	1.82
24186980--24187045	34	1.9	34	84	0	87	18	13	28	39	1.89
24187345--24187385	5	8.4	5	91	8	59	78	0	21	0	0.76
24187390--24187464	25	2.8	26	76	11	73	42	17	28	12	1.84
24193961--24194001	21	1.9	22	85	5	57	51	9	24	14	1.72
24193960--24194007	21	2.2	21	77	3	51	58	8	20	12	1.60
24225300--24225414	44	2.6	44	90	0	185	30	36	7	25	1.84
24228098--24228137	21	1.9	21	84	0	53	65	7	5	22	1.38
24228155--24228193	10	4.1	10	83	9	55	58	10	2	28	1.44
24233959--24234061	29	3.5	27	77	14	82	36	2	2	57	1.29
24234086--24234125	17	2.4	17	91	0	62	22	10	12	55	1.67
24235980--24236013	17	1.9	18	94	5	61	29	0	0	70	0.87
24236702--24236732	10	3.0	10	95	4	53	67	0	0	32	0.91
24242252--24242298	23	2.0	23	87	4	67	61	4	23	10	1.46
24251015--24251059	23	1.9	24	86	4	65	17	4	2	75	1.07
24251674--24251716	9	4.9	9	77	5	52	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24252219--24252280	28	2.2	28	94	0	106	40	16	40	3	1.64
24252907--24252931	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
24253018--24253067	15	3.5	15	71	20	52	70	0	4	26	1.05
24253036--24253076	16	2.4	17	88	8	57	68	0	7	24	1.15
24253458--24253505	17	2.8	17	81	12	53	75	0	2	22	0.91
24253633--24253699	21	3.0	21	79	12	64	71	2	5	19	1.20
24253727--24253758	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24265394--24265719	37	8.8	37	85	3	397	23	16	19	41	1.90
24265394--24265719	75	4.4	74	85	2	395	23	16	19	41	1.90
24265720--24265767	1	48.0	1	78	0	51	89	6	0	4	0.58
24265720--24265766	10	4.7	10	91	0	67	89	6	0	4	0.59
24267825--24267904	7	11.9	7	73	13	53	68	2	3	25	1.18
24267931--24267984	25	2.2	25	83	12	67	75	1	1	20	0.98
24268099--24268171	22	3.0	25	73	20	64	69	2	5	21	1.21
24269542--24269590	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
24269972--24270018	2	24.5	2	87	8	71	46	0	2	51	1.13
24270261--24270396	68	2.0	68	82	0	164	22	30	19	27	1.98
24270549--24270609	32	1.9	32	93	0	104	26	22	9	40	1.85
24278658--24278810	43	3.6	43	86	1	209	23	18	36	20	1.95
24278864--24278941	2	38.5	2	89	7	122	47	1	1	48	1.18
24291512--24291639	61	2.1	60	85	4	175	36	11	14	36	1.83
24297356--24297404	4	12.2	4	100	0	98	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24301436--24301510	37	2.1	36	84	2	96	6	38	14	40	1.73
24302114--24302157	11	3.9	11	85	5	52	25	0	0	75	0.81
24302337--24303315	143	6.8	143	87	2	1250	34	14	21	28	1.93
24302600--24302664	21	3.0	21	86	2	67	29	12	29	29	1.93
24302753--24302807	21	2.6	21	91	2	83	29	12	30	27	1.93
24302896--24302950	21	2.6	21	85	2	65	30	10	29	29	1.91
24303037--24303092	21	2.6	21	85	2	67	30	10	30	28	1.91
24302373--24303373	429	2.3	429	86	2	1413	34	14	21	29	1.93
24303304--24303361	21	2.8	22	80	15	61	27	6	27	37	1.82
24303460--24303563	31	3.4	30	78	7	120	28	16	25	29	1.97
24303446--24303563	61	2.0	60	86	5	166	27	16	25	29	1.97
24310581--24310615	17	2.1	17	88	0	52	5	22	0	71	1.07
24311336--24311365	15	1.9	16	93	6	53	23	0	0	76	0.78
24311331--24311379	20	2.6	20	79	20	61	22	0	0	77	0.77
24311975--24312157	81	2.3	81	98	0	348	38	12	10	39	1.77
24328573--24329883	252	5.3	253	78	8	1259	32	11	8	47	1.70
24335362--24335404	20	2.2	20	87	8	61	20	4	6	67	1.33
24358693--24358727	9	3.8	9	88	3	52	82	5	0	11	0.82
24359092--24359156	27	2.3	30	82	10	75	24	3	9	63	1.39
24359134--24359176	20	2.2	20	83	8	52	23	2	6	67	1.27
24363484--24363524	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
24363903--24363936	5	6.8	5	87	12	52	2	17	0	79	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24363903--24363936	14	2.2	16	90	10	54	2	17	0	79	0.86
24364170--24364248	35	2.3	34	78	4	86	32	25	8	32	1.87
24364277--24364351	22	3.2	22	77	12	62	49	25	4	21	1.67
24364636--24364703	21	3.2	20	72	16	57	1	16	7	75	1.10
24364641--24364692	19	2.6	21	78	9	54	0	13	7	78	0.94
24366153--24366255	38	2.6	39	87	6	147	22	41	16	19	1.90
24366153--24366251	19	5.1	19	66	9	74	21	41	17	20	1.90
24380101--24380158	31	2.0	28	86	10	80	3	24	5	67	1.27
24380170--24380217	22	2.2	22	92	0	78	8	41	14	35	1.76
24380352--24380429	34	2.3	34	84	0	93	33	25	11	29	1.91
24388178--24388209	12	2.4	14	90	10	50	46	0	18	34	1.49
24389429--24389457	11	2.5	12	88	11	51	41	31	13	13	1.84
24389785--24389846	25	2.5	25	84	5	81	53	11	6	29	1.61
24394371--24395212	390	2.1	393	87	5	1216	39	10	4	45	1.60
24395274--24395459	92	2.0	90	96	2	345	40	13	2	42	1.57
24400017--24400054	20	1.9	20	94	0	67	47	18	5	28	1.70
24410301--24410338	20	2.0	20	94	5	69	34	15	26	23	1.95
24411894--24411965	32	2.1	34	82	12	87	51	23	2	22	1.61
24416192--24416220	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
24416172--24416272	52	2.0	51	100	0	193	41	8	6	41	1.63
24416244--24416274	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
24416303--24416417	42	2.7	42	91	0	176	24	18	33	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24421361--24421434	37	2.0	37	89	0	112	22	17	35	24	1.95
24425663--24425751	42	2.1	43	87	2	126	24	16	34	23	1.95
24425793--24425817	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24438461--24438645	41	4.6	39	77	10	153	23	36	17	23	1.95
24445711--24445747	18	2.1	18	94	0	65	32	0	24	43	1.55
24446965--24446999	17	2.1	17	88	0	52	11	37	20	31	1.88
24455126--24455174	25	2.0	24	91	0	71	26	26	8	36	1.84
24455272--24455374	38	2.6	39	78	4	118	21	35	19	23	1.96
24475854--24475884	2	15.5	2	93	0	53	0	51	3	45	1.17
24484804--24485625	47	17.4	47	79	6	840	28	14	33	23	1.94
24484802--24485619	188	4.3	190	86	4	1007	27	15	33	23	1.94
24486247--24486664	31	13.5	31	84	1	478	24	17	22	36	1.95
24486247--24486664	62	6.7	62	88	0	541	24	17	22	36	1.95
24488368--24488662	156	1.9	156	89	1	457	32	16	19	30	1.95
24488961--24489129	31	5.5	31	82	6	182	20	15	23	41	1.90
24488987--24489216	62	3.7	62	75	6	182	23	15	23	37	1.93
24489012--24489216	31	6.6	31	78	3	112	25	15	21	37	1.93
24488958--24489173	93	2.3	92	78	7	215	21	15	23	39	1.92
24490802--24490921	52	2.3	50	81	7	123	37	13	5	43	1.68
24490861--24490906	16	3.1	15	78	18	51	41	13	0	45	1.43
24491022--24491191	31	5.5	31	74	4	128	26	29	18	25	1.98
24491053--24491169	62	1.9	62	83	3	155	29	27	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24492797--24492915	42	2.8	42	87	0	157	25	21	31	21	1.98
24493129--24493271	72	2.0	72	90	2	225	24	25	26	23	2.00
24493915--24494010	31	3.1	31	80	0	129	22	16	19	40	1.91
24497089--24497170	31	2.6	31	88	3	112	31	25	15	26	1.96
24497153--24497229	23	3.3	23	87	0	100	24	32	18	24	1.97
24497191--24497240	23	2.3	21	83	10	57	24	32	14	30	1.94
24497266--24497448	55	3.3	55	78	3	206	43	29	12	14	1.82
24503534--24503571	16	2.4	17	86	8	53	60	10	0	28	1.30
24508692--24509521	416	2.0	413	97	1	1572	30	20	18	30	1.96
24509529--24509648	58	2.1	57	92	1	195	35	18	10	36	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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