genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7973052--7973092	2	20.5	2	89	0	64	43	4	51	0	1.23
7981245--7981303	16	3.7	16	69	22	52	62	0	3	33	1.12
7981377--7981504	43	3.1	41	70	14	100	50	0	1	46	1.10
7981393--7981472	35	2.3	36	82	8	94	52	0	2	43	1.14
7981465--7981495	15	2.1	14	94	5	53	48	0	0	51	1.00
7984662--7984869	107	2.0	107	87	0	283	23	21	21	34	1.97
7985960--7986202	76	3.2	77	83	2	310	31	12	25	29	1.93
7991531--7991644	46	2.5	44	81	12	133	46	5	0	47	1.31
7991574--7991644	23	3.1	23	76	11	83	43	1	1	53	1.18
7991682--7991775	45	2.1	45	83	0	116	47	4	2	45	1.34
7993409--7993485	15	5.4	14	71	22	63	51	0	0	48	1.00
7993407--7993485	28	2.8	28	96	3	142	51	0	0	48	1.00
7993424--7993472	13	3.6	13	78	10	62	55	0	0	44	0.99
8006950--8006983	16	2.1	17	94	5	61	32	8	17	41	1.80
8012837--8012885	25	2.0	25	83	0	62	18	26	44	10	1.81
8018014--8018060	14	3.4	14	76	5	60	51	8	12	27	1.69
8018360--8018456	30	3.2	30	92	0	149	18	32	32	15	1.92
8018478--8018566	30	3.0	30	83	0	115	16	31	34	16	1.92
8018367--8018567	111	1.8	111	93	0	348	17	35	32	14	1.91
8040810--8040898	40	2.2	40	76	9	92	31	8	33	25	1.87
8049119--8049160	13	3.0	15	80	16	54	52	2	0	45	1.13
8053145--8053196	25	2.1	25	100	0	104	51	0	7	40	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8055542--8055636	39	2.4	39	79	6	104	29	20	8	42	1.81
8062436--8062471	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8062516--8062551	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8064886--8064922	3	12.3	3	94	0	65	32	0	2	64	1.07
8065380--8065420	17	2.5	17	88	11	59	43	0	0	56	0.99
8067462--8067497	14	2.5	15	95	4	65	47	2	5	44	1.41
8068090--8068152	16	4.0	16	78	10	58	55	0	0	44	0.99
8068471--8068507	15	2.5	15	86	0	56	51	0	5	43	1.24
8072601--8072625	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
8084741--8084769	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
8096251--8096301	25	2.1	24	81	3	57	58	0	1	39	1.09
8097384--8097448	22	3.0	22	79	0	76	49	20	6	24	1.71
8108066--8111159	251	12.4	251	79	6	2645	34	13	7	44	1.72
8109190--8111159	253	7.8	252	81	3	2019	34	13	7	44	1.73
8108068--8111159	504	6.2	503	80	6	2709	34	13	7	44	1.72
8111167--8111896	252	2.9	250	80	6	742	44	7	12	35	1.71
8112645--8112685	21	1.9	22	90	5	66	56	7	19	17	1.64
8112643--8112690	21	2.3	20	79	10	60	60	6	18	14	1.55
8112644--8112691	22	2.2	21	81	3	60	62	6	16	14	1.51
8116140--8116195	22	2.5	22	91	0	94	28	7	16	48	1.72
8116229--8116295	24	2.9	23	80	4	80	32	25	13	28	1.93
8116229--8116302	23	3.2	23	78	3	85	33	24	13	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8116229--8116331	47	2.2	46	81	11	113	36	24	11	27	1.90
8116380--8116431	22	2.4	22	80	0	59	46	23	11	19	1.82
8117048--8117089	15	2.8	15	79	13	50	52	4	2	40	1.35
8121442--8121471	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
8126242--8126335	45	2.1	45	85	0	125	45	5	4	44	1.45
8142880--8142923	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
8155817--8155879	31	2.0	31	100	0	126	44	12	17	25	1.84
8159560--8159640	33	2.5	33	87	0	108	67	2	2	27	1.15
8170978--8171019	20	2.1	20	86	8	59	16	11	23	47	1.80
8178027--8178057	15	2.1	15	93	0	53	22	0	16	61	1.34
8178869--8178906	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
8186709--8186746	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
8188832--8188906	34	2.2	34	85	4	98	21	16	25	37	1.93
8192616--8196365	251	14.8	251	75	8	2504	34	11	6	47	1.65
8193497--8193529	17	1.9	17	88	11	50	48	9	3	39	1.50
8192590--8196357	503	7.4	501	79	7	3127	34	11	6	47	1.65
8194043--8194075	17	1.9	17	88	11	50	48	9	3	39	1.50
8193030--8194118	546	2.0	548	95	1	1947	35	10	6	47	1.63
8199437--8199482	20	2.3	20	92	0	74	45	19	4	30	1.70
8200322--8200354	16	2.0	17	88	5	50	39	3	6	51	1.42
8204713--8205632	243	3.7	247	78	9	844	45	5	11	36	1.66
8206458--8206512	19	2.9	19	89	5	76	49	1	1	47	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8206474--8206510	11	3.6	11	79	20	53	54	0	0	45	1.00
8211399--8211622	105	2.1	105	97	0	421	23	52	4	19	1.64
8211539--8211591	21	2.3	24	81	9	67	26	54	0	18	1.44
8211655--8211681	3	9.0	3	100	0	54	33	66	0	0	0.92
8221529--8221564	17	2.1	18	89	5	56	83	0	5	11	0.80
8224604--8224765	45	3.6	45	83	2	200	34	19	21	24	1.96
8224735--8224789	24	2.3	24	90	0	83	43	21	12	21	1.86
8224759--8224931	45	3.8	45	84	1	222	33	20	21	24	1.97
8224655--8224879	114	2.0	114	88	1	335	34	20	21	24	1.96
8224690--8224841	69	2.2	69	84	6	209	35	19	21	23	1.96
8224599--8224946	159	2.2	160	86	4	472	34	19	21	24	1.96
8247955--8248005	24	2.0	27	85	11	72	66	0	1	31	1.03
8252549--8252623	25	2.9	24	73	13	60	17	5	6	70	1.28
8252568--8252618	15	3.3	15	72	17	50	17	1	9	70	1.24
8254197--8254246	27	1.9	25	84	8	64	58	6	0	36	1.23
8254673--8254711	15	2.6	15	83	0	51	17	5	35	41	1.72
8254941--8254996	15	3.5	15	79	11	58	50	0	3	46	1.19
8254949--8254990	8	5.1	8	86	11	50	57	0	2	40	1.12
8256121--8256202	42	2.0	41	83	6	105	40	21	14	23	1.90
8256219--8256308	20	4.7	20	68	15	64	57	2	0	40	1.11
8257631--8257715	26	3.3	26	70	15	77	40	14	14	31	1.85
8257631--8257759	51	2.5	51	85	0	177	40	15	14	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8257656--8257749	25	3.7	25	77	8	91	44	18	8	28	1.78
8260621--8260658	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
8268640--8268674	18	1.9	18	88	0	52	2	22	5	68	1.24
8269258--8269293	18	1.9	19	88	5	56	30	0	27	41	1.56
8271883--8271932	25	2.0	25	100	0	100	44	24	0	32	1.54
8272980--8273023	21	2.1	21	87	8	63	40	9	27	22	1.84
8277363--8277415	28	1.9	27	85	11	72	30	20	16	32	1.95
8277460--8277505	20	2.3	20	96	0	83	45	21	4	28	1.71
8282843--8282886	22	2.0	22	81	0	52	40	18	9	31	1.81
8286321--8286440	56	2.1	56	98	1	231	38	15	15	30	1.89
8290729--8290755	9	3.0	9	100	0	54	55	0	44	0	0.99
8316566--8316833	139	1.9	138	84	0	356	32	20	11	35	1.89
8318581--8318626	24	1.9	24	86	0	65	21	13	17	47	1.81
8319787--8319811	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
8322971--8323000	10	3.0	10	95	0	51	40	6	40	13	1.71
8329601--8329634	15	2.3	15	100	0	68	17	0	0	82	0.67
8343025--8343107	30	2.8	31	78	12	93	48	2	13	36	1.55
8343280--8343313	15	2.3	15	90	5	52	50	0	0	50	1.00
8343295--8343335	17	2.4	17	92	8	66	56	0	0	43	0.99
8353555--8353634	40	2.0	39	90	7	117	27	0	70	1	0.95
8372085--8372115	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
8375300--8375330	3	10.7	3	93	6	55	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8379505--8379562	2	31.0	2	83	13	79	51	0	0	48	1.00
8379505--8379571	27	2.6	26	82	13	84	47	0	0	52	1.00
8381153--8381209	11	5.2	12	76	18	61	40	0	0	59	0.97
8381264--8381317	24	2.3	23	84	12	67	22	1	0	75	0.89
8381263--8381315	20	2.7	20	80	17	65	22	1	0	75	0.90
8381767--8381791	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
8388500--8388627	61	2.1	61	94	1	222	38	14	6	40	1.72
8394078--8394142	33	2.0	33	96	0	121	38	10	9	41	1.72
8429450--8429487	18	2.0	20	85	10	53	13	0	13	73	1.09
8435324--8435364	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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