genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21009435--21009582	37	4.0	37	86	3	217	26	34	9	29	1.88
21010807--21010853	20	2.3	20	100	0	94	38	17	29	14	1.89
21010816--21010866	20	2.5	20	90	0	75	47	11	29	11	1.76
21010982--21011029	23	2.0	25	88	8	73	16	16	4	62	1.48
21017631--21017856	80	2.8	79	91	2	353	29	10	25	34	1.89
21022253--21022294	19	2.2	19	86	0	57	59	2	0	38	1.10
21023262--21023309	26	1.9	25	84	16	64	45	6	39	8	1.59
21023722--21023917	28	6.8	28	84	6	241	36	12	12	38	1.81
21023722--21023917	57	3.4	57	86	4	268	36	12	12	38	1.81
21031017--21031111	39	2.5	38	83	10	115	27	33	14	24	1.94
21037619--21037672	23	2.3	23	90	0	81	29	38	5	25	1.79
21039260--21039302	18	2.4	18	100	0	86	34	18	6	39	1.78
21053583--21053615	17	1.9	17	88	11	50	42	15	3	39	1.62
21053756--21054081	28	11.8	28	82	9	393	36	13	11	38	1.81
21053841--21053880	20	2.0	20	100	0	80	30	15	10	45	1.78
21054074--21054299	116	2.0	116	91	1	366	39	12	12	34	1.81
21061683--21061720	15	2.6	15	95	4	69	0	28	0	71	0.87
21062626--21062741	39	3.0	39	89	2	162	29	13	31	25	1.94
21069618--21069676	30	2.0	28	87	6	82	32	22	8	37	1.84
21071943--21072002	25	2.4	25	85	0	75	28	28	15	28	1.96
21073345--21073394	19	2.5	20	93	6	84	64	0	32	4	1.12
21078893--21078934	20	2.2	19	86	4	57	59	2	23	14	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21085770--21085880	43	2.6	43	88	2	161	23	20	36	19	1.95
21085772--21085893	43	2.8	43	86	2	156	23	18	37	19	1.94
21087337--21087396	23	2.6	23	89	0	84	33	38	3	25	1.72
21087406--21087505	43	2.3	43	84	3	121	19	36	19	26	1.95
21089574--21089609	12	3.2	12	77	22	51	36	16	13	33	1.89
21090636--21090803	68	2.5	68	80	1	203	36	12	17	32	1.88
21096067--21096321	35	7.3	35	77	7	216	44	13	6	35	1.70
21096067--21096314	106	2.4	106	80	2	288	44	13	6	35	1.70
21111721--21111779	18	3.3	18	69	21	52	49	16	3	30	1.63
21111712--21111896	35	5.2	35	79	5	210	45	13	4	36	1.63
21111711--21111896	71	2.6	70	84	5	239	45	13	4	36	1.63
21111712--21111956	35	7.1	35	76	6	207	44	13	6	36	1.68
21111861--21111925	31	2.1	31	85	0	85	43	12	9	35	1.74
21116896--21116920	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
21117684--21117807	42	3.0	42	81	0	122	22	18	32	26	1.97
21117848--21117919	2	36.0	2	91	0	108	48	1	0	45	1.11
21119556--21119700	29	5.0	28	84	9	173	39	10	13	37	1.78
21119556--21119722	60	2.8	58	85	6	219	38	10	11	39	1.76
21125205--21125490	42	6.8	42	90	0	394	23	21	31	23	1.99
21125198--21125490	84	3.5	84	88	1	435	23	22	31	23	1.99
21128079--21128406	80	4.1	80	88	1	433	34	21	10	33	1.88
21130415--21130455	2	20.5	2	89	0	64	0	46	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21134195--21134253	31	1.9	31	86	3	84	25	23	3	47	1.67
21137232--21137295	3	22.7	3	78	12	64	25	0	42	32	1.55
21137232--21137295	8	7.6	8	78	7	65	25	0	42	32	1.55
21137232--21137297	25	2.6	25	100	0	132	24	0	43	31	1.54
21137619--21137766	60	2.5	59	80	4	152	24	18	22	35	1.96
21141382--21141501	42	2.9	42	89	0	177	24	19	34	22	1.97
21151923--21151964	21	2.0	21	90	0	66	35	21	26	16	1.94
21159056--21159137	43	1.9	43	87	5	121	29	14	32	23	1.94
21159177--21159232	23	2.4	23	90	0	94	25	5	41	28	1.77
21169558--21169638	42	1.9	42	85	7	110	23	32	16	28	1.96
21172702--21172749	17	2.8	17	84	9	53	22	20	2	54	1.55
21175182--21175309	44	2.8	46	68	13	111	44	7	3	44	1.49
21175151--21175490	174	2.0	166	84	4	437	41	6	5	46	1.52
21176457--21176507	16	3.2	16	77	0	57	25	9	43	21	1.83
21183890--21183983	47	2.0	47	100	0	188	46	27	14	10	1.78
21186246--21186349	51	2.0	52	94	1	183	24	5	21	49	1.71
21191213--21191286	29	2.6	28	83	8	96	44	16	5	33	1.70
21191213--21191289	28	2.7	28	84	7	102	42	15	6	35	1.73
21196445--21196487	5	8.6	5	92	7	70	81	0	18	0	0.69
21201369--21201404	18	2.1	18	89	5	56	58	0	5	36	1.22
21202497--21202529	17	1.9	17	88	11	50	42	15	3	39	1.62
21202671--21202807	31	4.6	29	73	16	111	37	12	10	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21202671--21202842	59	2.9	59	82	5	181	38	13	9	37	1.78
21202671--21202842	29	5.9	28	80	8	164	38	13	9	37	1.78
21202671--21202839	88	1.9	89	81	7	209	39	13	9	37	1.77
21205784--21205857	23	3.2	23	88	3	96	31	9	35	24	1.87
21206012--21206064	23	2.3	23	86	0	70	26	16	35	20	1.94
21206024--21206071	23	2.1	23	92	0	78	29	16	35	18	1.93
21206119--21206162	23	1.9	23	85	0	61	27	20	36	15	1.93
21206003--21206414	185	2.2	185	83	1	522	28	16	32	23	1.96
21206093--21206502	185	2.2	184	81	6	445	27	16	33	22	1.95
21206302--21206542	104	2.3	104	84	1	313	28	17	31	21	1.96
21206978--21207194	55	4.0	55	80	3	240	13	13	29	42	1.83
21207227--21207283	23	2.5	23	94	0	96	24	22	31	21	1.98
21217638--21217931	147	2.0	146	97	0	561	34	7	22	35	1.82
21219992--21220032	21	2.0	21	90	4	66	26	4	24	43	1.74
21220024--21220051	11	2.5	11	100	0	56	32	0	14	53	1.41
21220312--21220365	26	2.1	26	96	0	99	40	18	16	24	1.90
21231062--21231172	23	4.8	23	82	3	100	24	27	24	23	2.00
21231083--21231182	23	4.3	23	85	0	137	22	27	26	25	2.00
21231215--21231642	31	13.8	30	86	4	561	40	19	15	24	1.90
21238384--21238423	20	2.0	21	95	5	73	30	17	15	37	1.90
21238797--21238880	28	3.0	28	96	0	150	34	27	11	26	1.91
21239473--21239499	14	1.9	14	100	0	54	62	7	0	29	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21240623--21240667	16	2.9	15	84	12	56	55	11	4	28	1.54
21246745--21246922	55	3.3	55	85	0	250	10	15	32	41	1.81
21246950--21247018	23	3.1	21	87	6	68	24	20	33	21	1.97
21246958--21247018	23	2.7	23	92	0	104	22	21	34	21	1.97
21246999--21247080	31	2.6	31	90	0	119	26	18	21	32	1.97
21251549--21251882	31	10.8	31	81	1	355	37	20	15	26	1.93
21251549--21251884	93	3.6	93	89	0	501	36	20	15	26	1.93
21251932--21252008	31	2.5	31	89	0	118	28	18	29	23	1.97
21252195--21252241	23	2.2	20	82	14	51	48	2	12	36	1.53
21252190--21252370	52	3.6	50	79	8	201	47	4	11	36	1.60
21252293--21252372	17	5.1	15	77	18	74	50	3	10	36	1.54
21253905--21254234	31	10.6	31	83	1	374	39	20	16	23	1.92
21254589--21255066	156	3.1	155	85	2	629	29	19	17	33	1.95
21256732--21256994	31	8.5	31	89	2	298	36	22	18	22	1.95
21256732--21256994	62	4.2	62	88	0	328	36	22	18	22	1.95
21256732--21256994	93	2.8	93	85	1	357	36	22	18	22	1.95
21257466--21257586	53	2.3	53	86	2	172	28	30	17	23	1.97
21257573--21257875	47	6.4	47	78	4	288	21	33	16	28	1.95
21257573--21257877	141	2.2	141	82	3	355	21	33	16	28	1.95
21257573--21257906	94	3.6	94	84	0	373	22	33	16	27	1.96
21263747--21263786	2	20.5	2	84	5	55	50	5	0	45	1.23
21267625--21267656	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21267662--21267698	14	2.4	17	86	13	53	13	0	37	48	1.43
21268733--21268770	15	2.5	15	84	16	51	42	0	2	55	1.14
21268725--21269693	342	2.8	344	82	9	1064	44	7	7	40	1.61
21272765--21272802	19	2.0	19	94	0	67	42	34	0	23	1.55
21276265--21276297	17	1.9	17	88	11	50	42	15	3	39	1.62
21276462--21276526	28	2.3	28	84	5	78	38	9	12	40	1.75
21286645--21286697	28	1.9	27	84	3	70	20	26	22	30	1.98
21286877--21286914	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
21307340--21307428	39	2.4	37	90	7	137	21	13	38	26	1.91
21307692--21307899	62	3.3	62	79	3	222	25	23	19	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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