genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2043113--2043183	4	17.8	4	85	0	79	47	29	2	19	1.64
2043117--2043185	24	2.9	24	93	0	120	47	30	2	18	1.63
2044324--2044393	29	2.3	30	82	9	79	54	1	1	42	1.18
2044953--2045017	14	4.4	14	72	18	51	32	1	0	66	1.01
2044944--2045017	30	2.4	30	78	14	80	32	1	0	66	1.00
2045282--2045310	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2072778--2072827	14	3.4	14	83	8	55	22	28	32	18	1.97
2090407--2090452	23	2.0	23	86	0	65	43	6	13	36	1.69
2091981--2092086	29	3.6	27	73	19	86	32	3	2	61	1.28
2091971--2092232	62	4.2	63	77	14	230	33	8	1	56	1.40
2097511--2097558	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
2113964--2114010	2	24.5	2	91	8	80	48	0	0	51	1.00
2127562--2127592	14	2.2	14	94	0	53	38	0	9	51	1.35
2146203--2146257	28	2.0	28	85	0	74	38	10	0	50	1.37
2147503--2147558	19	2.9	19	97	0	103	41	0	21	37	1.53
2161575--2161604	15	2.0	15	100	0	60	40	26	6	26	1.81
2165350--2165424	30	2.6	29	83	6	98	33	1	2	62	1.17
2181264--2181309	21	2.2	21	92	0	74	32	15	8	43	1.77
2181675--2181757	41	2.0	41	95	0	148	40	9	4	44	1.58
2201416--2201475	31	2.0	30	83	9	77	36	8	5	50	1.55
2203015--2203061	22	2.1	23	88	4	69	48	10	6	34	1.63
2205010--2205044	13	2.6	14	90	4	54	8	0	5	85	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2205063--2205186	65	1.9	63	98	1	230	58	4	8	28	1.47
2232825--2232875	20	2.5	20	90	0	75	17	15	11	54	1.70
2242581--2242926	82	4.3	80	78	8	330	44	10	11	33	1.74
2242841--2242916	24	3.0	25	79	12	68	46	10	13	30	1.76
2242867--2242916	26	1.9	26	84	8	66	48	10	12	30	1.73
2243035--2243146	27	4.1	27	73	6	82	42	6	7	43	1.57
2243663--2243700	10	3.6	11	79	13	53	60	0	2	36	1.11
2246478--2246503	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2247317--2247376	2	30.5	2	73	9	52	3	55	0	40	1.17
2247356--2247419	4	15.8	4	93	3	101	0	70	0	29	0.88
2248558--2248589	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
2253856--2253903	11	4.5	11	80	15	57	54	0	0	45	0.99
2253860--2253923	21	3.2	19	81	14	67	51	0	1	46	1.10
2253886--2253951	30	2.2	30	89	2	98	48	0	1	50	1.10
2254085--2254125	21	1.9	22	85	5	57	75	2	7	14	1.12
2255150--2255184	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2256461--2256503	18	2.4	18	80	0	50	67	0	27	4	1.10
2256887--2256924	2	19.0	2	88	0	58	44	0	0	55	0.99
2279200--2279241	22	1.9	22	85	0	57	33	7	19	40	1.78
2284456--2284502	13	3.7	13	78	16	53	40	2	0	57	1.11
2284456--2284503	19	2.5	20	80	10	55	39	2	0	58	1.10
2296086--2296122	16	2.3	17	86	9	51	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2316350--2316390	2	22.5	2	81	18	54	46	0	0	53	1.00
2316350--2316390	7	5.6	8	81	18	54	46	0	0	53	1.00
2316351--2316390	17	2.2	19	91	8	66	45	0	0	55	0.99
2339575--2339622	24	1.9	25	87	8	71	52	20	25	2	1.58
2343011--2343044	13	2.7	13	90	4	52	26	2	0	70	1.01
2355677--2355737	27	2.2	27	82	11	70	68	3	1	26	1.14
2355689--2355729	14	2.9	14	80	20	50	68	0	0	31	0.90
2355690--2355747	15	4.1	15	72	19	52	70	0	1	27	0.97
2364325--2364355	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2374321--2374613	98	3.0	100	84	4	387	45	9	12	32	1.75
2382104--2382153	2	25.5	2	95	4	93	48	0	0	52	1.00
2382172--2382226	2	29.0	2	85	10	80	47	0	1	50	1.11
2382173--2382229	11	5.3	11	87	4	89	45	0	1	52	1.11
2389705--2389951	123	2.0	121	95	1	440	42	18	18	21	1.90
2390545--2390592	20	2.4	21	83	13	57	52	2	2	43	1.24
2413744--2414621	437	2.0	436	99	0	1722	25	17	16	40	1.90
2415952--2415984	4	8.8	4	87	12	52	48	0	0	51	1.00
2415952--2415984	15	2.2	15	94	0	57	48	0	0	51	1.00
2415952--2415984	11	2.9	12	91	8	52	48	0	0	51	1.00
2415983--2416053	30	2.5	27	86	13	99	60	0	0	39	0.97
2420798--2420842	15	3.1	15	75	18	58	28	4	8	57	1.48
2420798--2420839	14	2.9	14	76	16	50	28	4	9	57	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2423648--2423685	20	1.9	19	89	5	58	39	0	5	55	1.23
2423652--2423691	20	2.0	20	85	4	55	42	0	5	52	1.23
2425137--2425172	18	2.0	18	94	0	63	30	38	5	25	1.78
2428674--2428723	20	2.5	20	80	6	57	46	4	2	48	1.32
2429557--2429590	3	11.3	3	93	0	59	35	0	0	64	0.94
2436381--2436429	2	24.5	2	79	8	55	48	2	44	4	1.33
2452068--2452406	169	2.0	169	98	0	660	36	17	14	31	1.90
2461301--2461336	17	2.1	18	89	5	56	75	2	11	11	1.16
2461438--2461504	31	2.1	33	88	5	102	61	0	0	38	0.96
2461681--2461716	17	2.0	19	89	10	58	61	0	2	36	1.11
2469932--2469960	7	4.1	7	100	0	58	27	0	72	0	0.85
2471852--2471888	19	1.9	19	88	0	56	27	8	8	56	1.56
2472830--2472897	30	2.3	30	89	0	100	39	17	5	36	1.74
2479137--2479178	2	21.0	2	90	0	66	47	50	0	2	1.14
2486420--2487096	336	2.0	336	99	0	1336	29	18	19	32	1.95
2498892--2499065	83	2.1	84	92	2	287	32	18	15	33	1.92
2518319--2518363	23	2.0	24	86	8	67	28	6	20	44	1.76
2522119--2522150	2	16.0	2	93	0	55	46	3	50	0	1.17
2537226--2537296	29	2.5	28	74	2	70	38	2	2	56	1.29
2546013--2546137	62	2.0	62	100	0	250	23	12	22	41	1.88
2547088--2547162	37	2.0	37	100	0	150	26	8	16	49	1.73
2565742--2565808	24	2.8	24	75	22	68	47	0	4	47	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2574440--2575193	414	1.8	408	83	5	980	45	7	9	37	1.65
2576771--2576827	21	2.6	22	80	5	80	24	10	19	45	1.81
2576868--2577079	22	9.2	23	81	7	175	34	26	14	24	1.93
2576868--2577133	26	11.2	25	75	12	142	35	24	13	25	1.93
2576952--2577152	95	2.1	95	88	1	296	35	23	14	25	1.94
2576930--2577169	95	2.5	94	81	6	277	36	24	14	25	1.93
2581441--2581472	15	2.0	17	88	11	50	68	0	6	25	1.12
2586219--2586271	16	3.4	16	75	15	56	47	5	5	41	1.51
2586219--2586277	31	1.9	31	85	0	82	45	5	5	44	1.47
2586261--2586292	13	2.3	15	89	10	50	40	12	0	46	1.42
2587897--2587951	21	2.6	21	80	11	58	41	0	0	58	0.98
2607810--2607980	94	1.8	94	84	2	236	26	20	9	42	1.83
2609395--2609461	28	2.4	28	75	10	64	56	1	5	35	1.33
2617628--2617658	3	10.0	3	93	6	53	32	0	0	67	0.91
2618000--2618034	8	4.5	8	92	3	54	0	11	0	88	0.51
2618000--2618033	14	2.2	16	90	10	54	0	11	0	88	0.52
2618423--2618473	2	25.5	2	87	0	75	50	5	0	43	1.26
2621416--2621556	67	2.1	67	94	2	248	36	25	11	26	1.90
2627130--2627194	21	3.3	21	66	16	66	56	12	10	20	1.65
2627120--2627197	38	2.1	38	100	0	156	57	10	10	21	1.61
2634253--2634322	2	35.0	2	94	5	124	0	50	0	48	1.01
2634642--2634699	30	1.9	31	85	3	82	22	0	13	63	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2636636--2636682	18	2.7	18	83	3	60	63	0	2	34	1.06
2636639--2636679	17	2.4	17	87	0	55	65	0	2	31	1.05
2652557--2652806	132	1.9	132	85	5	353	38	12	19	30	1.88
2654264--2654361	33	3.3	29	77	12	83	37	7	13	41	1.72
2654277--2654361	33	2.8	30	77	11	91	36	7	11	44	1.68
2654348--2654675	45	7.3	45	83	0	413	29	18	18	33	1.95
2660265--2660300	17	2.1	18	94	5	65	66	0	27	5	1.13
2678766--2678802	2	18.5	2	94	0	65	48	48	2	0	1.15
2683905--2683963	29	2.0	30	83	9	77	38	0	6	54	1.27
2700249--2700297	22	2.2	22	85	3	62	34	2	2	61	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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