genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          97   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27373883--27374690	111	7.1	111	85	3	981	44	26	10	18	1.82
27375333--27375422	30	3.0	30	96	0	162	34	27	13	24	1.93
27376022--27376220	103	1.9	102	91	1	326	36	25	12	25	1.91
27388032--27388075	10	4.2	10	85	8	52	81	0	15	2	0.78
27388031--27388064	17	1.9	18	88	5	52	79	0	17	2	0.86
27388094--27388174	8	9.9	8	73	15	58	46	0	2	49	1.15
27388090--27388183	16	5.8	16	72	18	68	46	0	2	50	1.13
27388245--27388272	8	3.5	8	100	0	56	60	0	0	39	0.97
27388479--27388542	25	2.5	25	87	9	94	56	1	0	42	1.09
27388449--27388552	42	2.4	42	80	6	118	53	1	0	44	1.11
27388745--27388775	16	1.9	16	93	0	53	19	25	6	48	1.72
27391409--27391501	47	2.0	47	95	0	168	41	13	13	30	1.84
27394680--27394728	25	2.0	25	84	8	64	30	20	20	28	1.98
27395174--27395254	35	2.3	36	82	6	94	60	9	0	29	1.29
27396436--27396636	89	2.2	89	92	0	339	26	12	38	22	1.89
27399230--27399266	11	3.4	11	88	0	56	32	18	18	29	1.96
27402225--27402385	59	2.7	59	93	0	277	33	21	13	31	1.92
27415629--27415702	5	14.2	5	76	16	53	24	1	0	74	0.90
27415629--27415697	22	3.2	21	78	15	70	24	1	0	73	0.91
27415632--27415698	15	4.4	15	77	17	59	25	1	0	73	0.92
27422569--27422621	23	2.3	23	90	0	79	28	11	35	24	1.90
27422592--27422786	58	3.4	58	88	0	266	24	12	34	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27422755--27422937	47	3.9	47	85	1	215	28	20	27	23	1.99
27422741--27422952	94	2.3	94	83	1	255	29	21	25	24	1.99
27422756--27422969	47	4.6	47	82	4	209	29	21	25	24	1.99
27423634--27423830	31	6.4	31	86	1	245	27	18	16	37	1.92
27423634--27423830	62	3.2	62	88	2	281	27	18	16	37	1.92
27423634--27423830	93	2.1	92	89	2	297	27	18	16	37	1.92
27427457--27427906	118	3.9	118	83	2	536	29	29	19	21	1.97
27431387--27431426	21	1.9	21	100	0	80	50	5	17	27	1.67
27432513--27432539	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
27434780--27434953	31	5.6	31	87	1	260	40	18	16	24	1.91
27436991--27437036	2	23.0	2	95	0	83	47	0	0	52	1.00
27440670--27440729	25	2.5	24	79	12	61	41	5	6	46	1.52
27440759--27440797	18	2.2	18	90	0	60	43	0	7	48	1.31
27440901--27440946	20	2.4	19	82	10	58	45	8	0	45	1.34
27441015--27441047	17	1.9	17	88	11	50	54	3	0	42	1.15
27441050--27441080	16	1.9	16	93	0	53	61	3	3	32	1.28
27446906--27446987	37	2.2	37	86	0	110	39	20	18	21	1.93
27446925--27446997	37	2.0	37	86	0	101	41	19	19	20	1.91
27447976--27448013	20	1.9	20	88	0	58	36	13	13	36	1.83
27451073--27451137	2	31.5	2	93	6	112	49	1	1	47	1.20
27464448--27464493	6	7.7	6	95	0	74	34	39	15	10	1.82
27464448--27464505	18	3.2	18	90	0	80	37	41	12	8	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27464448--27464499	12	4.3	12	90	0	68	36	40	13	9	1.77
27465416--27465565	39	4.0	36	79	11	140	26	36	11	26	1.90
27465453--27465593	39	3.6	39	87	0	201	26	36	12	24	1.92
27466472--27466523	19	2.7	19	81	3	59	69	0	28	1	0.99
27466485--27466528	15	2.9	15	83	10	54	70	0	27	2	0.99
27475040--27475078	15	2.5	15	87	8	51	82	2	2	12	0.89
27475040--27475079	16	2.5	16	83	0	53	82	2	2	12	0.87
27477257--27477333	35	2.3	33	80	11	84	20	7	9	62	1.50
27478608--27478650	16	2.6	16	88	3	59	20	0	13	65	1.27
27478648--27478688	21	2.0	21	85	9	57	26	2	4	65	1.25
27480839--27480866	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
27494891--27495058	43	3.9	44	83	3	191	26	15	33	24	1.95
27500867--27500912	2	23.5	2	86	4	67	50	4	0	45	1.21
27502532--27502611	40	2.0	40	87	2	117	41	25	15	18	1.89
27504567--27504607	21	2.0	21	95	0	73	48	19	7	24	1.74
27505500--27505533	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
27506218--27506267	2	25.0	2	95	0	91	52	0	0	48	1.00
27517186--27517241	25	2.3	25	87	3	87	19	32	19	28	1.97
27518528--27518587	14	4.5	13	74	19	52	0	26	3	70	1.03
27526354--27526395	16	2.6	16	80	0	57	69	7	2	21	1.25
27530201--27530252	1	52.0	1	100	0	104	0	0	0	100	0.00
27537074--27537151	24	3.2	23	71	10	66	71	3	0	24	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27537087--27537151	18	3.8	17	74	10	60	73	3	0	23	0.97
27537086--27537150	34	2.0	32	84	6	85	73	3	0	23	0.97
27537074--27537192	49	2.4	47	77	13	116	69	4	2	23	1.18
27537510--27537562	27	2.0	27	88	7	81	69	0	5	24	1.09
27537529--27537562	10	3.4	10	91	0	50	70	0	5	23	1.09
27537512--27537559	17	2.8	18	81	6	55	72	0	4	22	1.01
27537775--27537836	13	4.7	13	75	16	65	70	0	1	27	0.96
27537783--27537839	10	5.9	10	73	19	50	70	0	1	28	0.98
27537775--27537839	28	2.4	28	82	7	73	70	0	1	27	0.96
27537775--27537824	25	2.1	25	85	14	70	70	0	2	28	0.99
27537800--27537840	16	2.8	15	86	13	59	70	0	2	26	0.99
27539556--27539722	84	2.0	84	85	0	226	29	11	12	45	1.78
27542366--27542749	207	1.9	207	87	0	561	28	10	18	42	1.83
27544279--27544384	2	54.5	2	79	9	103	48	5	0	44	1.33
27544946--27544989	22	2.0	22	100	0	88	36	18	9	36	1.82
27547271--27547366	47	2.0	47	100	0	192	20	33	4	41	1.72
27547271--27547348	26	3.2	26	64	17	76	19	30	5	44	1.72
27554341--27554430	45	2.0	45	86	4	128	37	23	20	18	1.94
27556986--27557015	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
27562681--27562808	67	1.9	67	93	0	220	27	11	16	44	1.82
27563832--27563863	13	2.4	14	85	15	50	81	6	12	0	0.87
27564146--27564205	28	2.1	28	87	0	84	33	10	18	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27574865--27574899	15	2.3	15	90	0	52	37	22	0	40	1.55
27576266--27576322	29	1.9	30	89	10	91	22	14	12	50	1.75
27578141--27578235	33	2.6	35	80	14	104	25	9	1	64	1.30
27587884--27587947	24	2.6	24	79	20	71	25	6	1	67	1.23
27588249--27588300	14	4.1	13	78	14	54	19	3	1	75	1.06
27588246--27588294	21	2.4	20	77	12	55	20	4	2	73	1.10
27588593--27588620	8	3.5	8	100	0	56	21	0	0	78	0.75
27589943--27589969	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
27590142--27590349	37	5.5	37	77	5	137	43	16	14	25	1.86
27590180--27590358	38	4.7	38	79	3	171	44	18	14	22	1.86
27630819--27630890	22	3.3	22	82	3	92	23	9	20	45	1.81
27630821--27630888	21	3.2	21	83	4	82	23	10	20	45	1.81
27630969--27631275	26	12.6	26	77	10	276	37	26	12	24	1.91
27630909--27631226	71	4.5	70	77	10	210	35	26	11	26	1.91
27630909--27631246	48	7.1	47	74	15	257	36	26	11	25	1.90
27631063--27631275	74	2.9	74	88	3	319	38	27	11	23	1.89
27630948--27631296	169	2.1	166	87	1	500	37	26	12	23	1.90
27631262--27631317	21	2.7	21	91	0	94	33	32	17	16	1.92
27635776--27635837	31	2.0	32	87	9	92	40	24	17	17	1.91
27646624--27646664	18	2.3	18	86	0	55	43	19	9	26	1.82
27646820--27646869	14	3.5	14	81	5	64	16	26	8	50	1.72
27647742--27647773	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27647796--27647850	27	2.1	26	83	10	67	21	7	1	69	1.23
27649390--27650206	445	1.8	442	86	3	1176	29	18	18	33	1.95
27650583--27650634	22	2.6	19	75	18	52	25	1	1	71	1.07
27650617--27650647	12	2.5	13	94	5	55	29	3	0	67	1.06
27650621--27650677	13	4.3	14	72	17	50	24	7	0	68	1.14
27661674--27661699	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27661650--27661750	51	2.0	50	96	3	177	37	1	11	47	1.52
27661725--27661752	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
27667761--27668634	438	2.0	438	92	0	1471	32	21	12	33	1.91
27670989--27671197	43	4.9	43	83	4	255	27	16	33	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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