genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   

This is table  54  of  97  ( 11551 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21690324--21690389	26	2.7	24	79	6	78	27	13	22	36	1.92
21690454--21690577	45	2.8	45	77	0	131	29	17	18	33	1.94
21690815--21690890	22	3.3	21	72	16	62	35	1	5	57	1.29
21690988--21691088	48	2.0	51	85	14	140	45	0	4	49	1.23
21691176--21691216	15	2.7	15	88	7	57	48	0	0	51	1.00
21691237--21691291	28	2.0	28	85	7	76	45	0	1	52	1.11
21693982--21694006	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21721922--21721962	21	1.9	22	85	5	57	17	21	26	34	1.95
21723731--21723783	28	1.9	28	88	11	83	30	22	22	24	1.99
21724541--21724569	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
21725004--21725056	23	2.3	22	81	12	61	0	26	0	73	0.83
21730733--21730770	20	1.9	20	84	10	51	10	42	23	23	1.85
21730881--21730923	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
21737763--21737802	19	2.1	19	85	0	53	25	42	7	25	1.80
21749703--21749762	23	2.6	23	89	0	84	33	38	1	26	1.67
21749772--21749890	43	2.8	43	80	2	123	21	32	20	26	1.97
21750675--21750713	19	2.1	19	90	0	60	41	12	23	23	1.88
21754464--21754543	35	2.3	35	80	4	81	27	12	32	27	1.93
21758076--21758117	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
21764182--21764223	21	2.0	21	86	4	59	33	0	19	47	1.49
21764235--21764307	37	2.0	37	94	0	128	28	12	38	20	1.89
21772281--21772317	12	3.0	13	84	11	51	2	13	0	83	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21772286--21772317	16	1.9	16	93	6	55	0	15	0	84	0.63
21781203--21781431	113	2.0	112	98	1	449	33	20	11	34	1.88
21783878--21783994	43	2.7	43	77	5	119	24	34	15	25	1.95
21786272--21786407	43	3.2	43	84	4	150	21	32	16	29	1.95
21793500--21793635	43	3.2	43	83	4	150	23	34	14	27	1.94
21804198--21804257	29	2.1	29	96	0	111	40	13	33	13	1.83
21805919--21806030	36	3.1	36	87	2	145	27	35	15	21	1.93
21806878--21807009	67	2.0	65	95	4	230	36	17	16	28	1.92
21808184--21808223	21	1.9	21	84	0	53	30	2	20	47	1.63
21809770--21809805	18	1.9	18	88	5	54	30	2	8	58	1.42
21817345--21818605	171	7.4	170	80	5	1348	34	14	13	38	1.85
21817345--21818605	342	3.7	342	86	3	1634	34	14	13	38	1.85
21817345--21818605	513	2.5	513	84	3	1574	34	14	13	38	1.85
21819154--21819179	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21824006--21824046	2	20.0	2	85	5	55	48	2	2	46	1.28
21824287--21824317	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
21828132--21828267	67	2.0	68	89	1	211	37	23	12	26	1.90
21828125--21828259	35	4.0	34	70	12	89	34	23	12	28	1.92
21830275--21830344	26	2.7	27	79	16	76	34	17	11	37	1.85
21840425--21840503	35	2.3	35	97	0	149	30	7	30	31	1.85
21843365--21843401	19	1.9	19	94	0	65	18	21	29	29	1.97
21843950--21844075	42	3.0	42	85	3	146	20	33	19	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21849104--21849198	44	2.2	44	92	0	154	23	9	30	36	1.86
21850195--21850309	35	3.3	35	83	2	142	25	11	32	31	1.91
21857383--21857434	24	2.2	23	83	10	61	30	0	5	63	1.18
21857902--21858047	35	4.4	33	73	12	120	35	28	12	23	1.91
21857875--21858047	67	2.6	66	85	5	249	34	27	12	25	1.92
21857902--21858030	32	3.9	34	73	9	122	34	27	12	25	1.92
21857883--21858053	35	5.1	33	68	14	118	36	26	12	23	1.91
21861516--21861561	20	2.2	21	80	3	58	52	0	8	39	1.33
21862508--21862533	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
21863660--21863711	28	1.9	27	84	7	70	28	21	19	30	1.97
21868178--21868352	66	2.6	67	82	10	216	34	28	13	24	1.92
21869795--21869986	54	3.6	54	90	0	294	21	39	17	21	1.92
21876841--21876883	2	21.0	2	90	4	68	51	0	2	46	1.13
21876900--21877116	54	4.0	53	86	2	256	24	39	14	21	1.90
21876898--21877114	108	2.0	108	86	5	305	25	40	13	20	1.90
21880609--21880671	31	2.1	31	87	3	92	14	11	46	28	1.78
21889356--21889397	22	1.9	22	100	0	84	14	28	19	38	1.90
21891384--21891474	29	3.2	29	78	9	89	41	19	9	28	1.84
21891812--21891854	22	2.0	22	95	0	77	30	20	18	30	1.97
21891819--21891972	64	2.4	64	82	0	182	25	25	20	29	1.99
21898394--21898434	19	2.2	19	86	0	55	19	21	26	31	1.97
21898774--21898800	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21900659--21900689	10	3.1	10	95	0	53	0	38	3	58	1.15
21903064--21903115	20	2.6	20	87	0	86	21	42	7	28	1.80
21903775--21903882	35	3.1	35	87	0	135	25	12	30	31	1.92
21947015--21947044	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21947085--21947165	42	1.9	42	87	0	117	20	32	19	27	1.97
21952266--21952310	16	2.8	16	74	12	56	51	0	0	48	1.00
21959221--21959261	21	1.9	22	90	5	66	51	7	24	17	1.70
21959221--21959265	20	2.2	21	84	11	58	55	6	22	15	1.63
21959219--21959266	21	2.3	20	79	10	60	56	6	22	14	1.61
21961676--21961729	28	2.0	27	88	3	81	33	18	18	29	1.95
21965068--21965106	12	3.2	12	81	0	51	0	28	0	71	0.86
21965563--21965702	74	1.9	74	86	2	201	45	15	15	23	1.85
21969742--21969893	74	2.0	75	81	3	173	43	15	16	25	1.86
21972170--21972218	21	2.3	20	76	10	53	22	8	26	42	1.81
21978987--21979105	37	3.2	37	87	0	184	28	10	35	25	1.90
21982631--21982750	58	2.1	57	87	1	168	38	16	8	36	1.79
21984414--21984525	37	3.0	37	93	5	199	25	37	10	26	1.88
21984783--21984921	70	2.0	69	98	0	260	28	25	15	29	1.96
21986705--21987178	180	2.6	178	82	6	496	35	13	16	34	1.88
21988754--21988801	20	2.4	19	80	16	53	45	10	2	41	1.50
21990396--21990422	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21992983--21993101	43	2.8	43	76	2	114	20	36	19	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21995761--21995791	15	2.1	15	100	0	62	41	25	6	25	1.79
21998695--21998804	35	3.2	32	75	17	107	31	27	13	27	1.94
21998648--21998814	67	2.5	66	87	6	239	33	26	14	25	1.94
21998657--21998814	32	4.7	33	71	12	117	33	25	15	25	1.95
22005300--22005516	80	2.7	79	85	5	267	31	26	11	29	1.91
22008750--22008795	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
22008868--22008979	42	2.7	41	82	10	136	20	33	23	22	1.97
22013679--22013708	15	1.9	16	93	6	53	63	6	0	30	1.20
22013847--22013903	14	4.1	14	75	22	57	73	1	1	22	1.02
22014137--22014253	36	3.3	36	80	2	139	32	6	11	49	1.65
22025600--22025633	17	2.0	17	100	0	68	17	41	17	23	1.90
22031059--22031102	18	2.4	18	84	0	61	27	27	2	43	1.67
22036167--22036198	6	5.3	6	100	0	64	15	0	50	34	1.45
22039726--22039763	14	2.7	14	95	0	67	31	21	26	21	1.98
22039993--22040022	15	2.0	15	93	0	51	50	0	3	46	1.18
22041211--22041270	32	1.9	31	83	10	77	28	25	20	26	1.99
22041455--22041522	35	1.9	35	87	0	100	58	11	0	29	1.33
22041680--22041712	15	2.1	17	88	11	52	39	6	6	48	1.53
22046795--22046827	17	1.9	17	88	11	50	42	15	3	39	1.62
22046992--22047138	28	5.1	27	81	14	161	38	11	9	40	1.74
22046980--22047143	59	2.8	58	86	3	222	40	11	9	38	1.75
22046980--22047141	29	5.6	29	78	7	159	40	11	9	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22047002--22047143	29	4.9	28	83	6	176	37	12	10	39	1.78
22048968--22049008	22	1.9	21	85	5	55	68	0	0	31	0.90
22051954--22052121	86	2.0	86	88	4	250	35	20	12	30	1.90
22063739--22063784	23	2.0	23	100	0	92	30	8	17	43	1.79
22065028--22065256	114	2.0	114	81	3	264	30	16	26	27	1.96
22065389--22065460	34	2.1	34	87	2	101	45	20	13	19	1.84
22067827--22067862	18	2.1	18	89	5	56	52	0	0	47	1.00
22072484--22072690	103	2.0	104	90	9	327	21	23	24	29	1.99
22075189--22075227	20	2.0	20	94	0	69	51	12	0	35	1.40
22075138--22075295	71	2.2	71	79	4	167	46	12	13	28	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97