genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24516617--24516772	37	4.2	37	83	8	219	25	36	9	28	1.87
24521659--24521733	21	3.5	22	83	5	93	53	13	2	30	1.53
24522634--24522668	18	1.9	18	88	0	52	42	17	14	25	1.86
24523364--24523426	27	2.3	27	86	5	92	36	20	7	34	1.82
24527262--24527392	53	2.5	52	82	7	156	32	12	20	35	1.90
24535939--24535979	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
24542174--24542216	15	2.9	15	89	0	68	39	6	20	32	1.80
24542426--24542514	33	2.6	34	89	5	126	31	3	0	65	1.09
24547425--24547528	40	2.6	39	85	8	138	25	35	18	21	1.95
24558867--24558895	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
24569451--24569553	38	2.6	40	82	8	124	23	18	35	22	1.95
24576874--24576952	37	2.1	37	97	0	149	25	36	10	27	1.88
24592178--24592334	65	2.4	65	91	2	244	27	14	27	31	1.95
24592199--24592300	31	3.2	30	66	14	78	29	15	25	29	1.96
24597328--24597367	21	1.9	21	84	0	53	30	2	20	47	1.63
24605607--24605707	45	2.2	45	85	0	130	56	13	24	4	1.57
24609246--24609365	42	2.8	42	83	1	150	25	33	15	25	1.95
24613582--24613738	52	3.0	52	81	5	192	24	12	29	32	1.93
24613720--24613827	35	3.1	34	78	13	114	24	12	32	31	1.91
24621159--24621199	21	2.0	21	85	0	55	24	2	7	65	1.30
24621853--24621886	18	2.0	16	88	11	50	5	11	5	76	1.14
24627009--24627313	36	8.7	35	77	11	290	20	14	36	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24627073--24627314	69	3.5	69	91	3	391	21	14	34	29	1.93
24627368--24627399	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24633819--24633880	31	2.0	32	87	3	90	50	14	20	14	1.78
24644405--24644432	11	2.5	11	100	0	56	53	14	0	32	1.41
24659294--24659336	24	1.9	22	86	13	61	18	27	9	44	1.80
24666892--24666923	14	2.3	15	89	10	50	3	21	0	75	0.95
24667853--24667945	36	2.7	33	91	5	141	23	17	33	25	1.96
24667843--24667945	33	3.0	33	84	8	143	26	15	31	27	1.96
24677103--24677223	37	3.3	37	90	2	190	28	10	37	23	1.89
24681133--24681282	37	4.3	37	78	14	174	24	37	9	28	1.86
24681189--24681245	29	2.0	29	96	0	105	24	40	3	31	1.72
24681152--24681282	66	2.0	66	86	5	185	24	38	8	28	1.84
24684048--24684100	27	2.0	27	92	0	88	24	26	24	24	2.00
24685649--24686072	207	2.0	207	88	0	616	24	20	17	36	1.94
24689428--24689479	20	2.5	20	82	11	61	73	0	26	0	0.84
24693311--24693337	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
24694604--24694641	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
24702177--24702222	24	1.9	24	86	0	65	26	6	6	60	1.46
24702695--24702741	12	4.0	12	78	15	53	55	0	4	40	1.19
24702829--24702871	21	2.2	19	83	8	50	48	0	0	51	1.00
24703564--24703608	19	2.3	20	78	17	51	44	2	2	51	1.26
24703875--24703908	3	11.7	3	87	6	52	64	0	2	32	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24704111--24704183	8	9.2	8	91	7	87	42	6	1	49	1.38
24704116--24704183	6	11.3	6	90	0	100	44	5	0	50	1.26
24704116--24704183	14	4.9	14	94	0	100	44	5	0	50	1.26
24705155--24705189	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
24716914--24716938	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
24718001--24718050	8	6.7	7	84	8	55	62	0	38	0	0.96
24718001--24718044	8	5.8	8	81	7	56	59	0	40	0	0.98
24717973--24718050	15	5.2	15	77	9	79	65	0	33	1	1.01
24718729--24718762	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
24718790--24718828	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
24718702--24718823	61	2.0	60	95	1	217	39	9	7	43	1.64
24733995--24734283	61	4.8	61	89	0	409	24	17	31	26	1.97
24734000--24734283	121	2.3	122	90	0	435	24	16	32	26	1.96
24743303--24743344	14	3.1	13	80	19	50	0	23	4	71	1.05
24745448--24745482	17	2.1	17	100	0	70	45	17	11	25	1.81
24746927--24747893	425	2.2	429	85	5	1267	45	14	13	26	1.82
24748050--24748089	16	2.5	16	84	11	55	67	10	0	22	1.20
24748050--24748089	17	2.5	16	88	8	55	67	10	0	22	1.20
24754786--24754828	20	2.2	20	83	8	52	23	4	6	65	1.37
24755928--24755954	14	1.9	14	100	0	54	29	0	11	59	1.32
24759904--24759963	31	1.9	31	83	6	77	41	5	28	25	1.76
24762469--24762518	25	2.0	25	84	0	64	20	14	32	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24768470--24768526	25	2.3	25	85	8	73	61	10	12	15	1.57
24770261--24770316	28	1.9	30	85	7	80	32	7	19	41	1.79
24771284--24771321	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
24774565--24775009	237	1.9	237	83	1	588	31	21	19	27	1.97
24794210--24794271	26	2.4	24	80	17	70	19	4	1	74	1.09
24794243--24794288	20	2.3	20	75	20	51	23	6	0	69	1.11
24800122--24800158	17	2.2	17	90	0	56	37	32	2	27	1.71
24800262--24800294	17	1.9	17	88	11	50	9	9	3	78	1.05
24800669--24800709	21	2.0	21	86	9	59	19	9	2	68	1.29
24801700--24801749	24	2.1	23	85	3	64	58	0	36	6	1.23
24818317--24818393	33	2.3	33	93	0	136	49	1	1	48	1.17
24820035--24820074	2	20.0	2	89	0	62	45	2	2	50	1.28
24820132--24820277	42	3.5	42	80	0	148	21	19	35	22	1.96
24827470--24827511	2	21.0	2	90	0	66	50	2	2	45	1.27
24844895--24844948	17	3.2	17	84	10	74	25	29	9	35	1.87
24845088--24845174	43	2.0	43	95	0	156	47	25	5	21	1.73
24853709--24853748	19	2.2	18	86	4	53	10	32	0	57	1.32
24856632--24856687	22	2.6	22	91	2	87	26	19	16	37	1.92
24860014--24860211	78	2.5	78	87	3	265	31	13	20	34	1.91
24866161--24866420	68	3.8	68	81	0	313	36	9	17	36	1.82
24868827--24868860	18	1.9	17	88	5	50	2	17	2	76	1.04
24870397--24870455	5	12.4	5	81	15	56	67	0	32	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24870397--24870455	23	2.5	24	82	17	79	67	0	32	0	0.91
24870390--24870450	28	2.2	28	100	0	122	68	0	31	0	0.89
24870412--24870474	18	3.5	18	77	12	67	66	0	33	0	0.92
24871710--24871791	35	2.3	35	85	0	101	29	32	9	28	1.89
24871730--24871810	35	2.3	35	89	0	117	32	29	4	33	1.79
24872644--24872674	10	3.1	10	90	0	53	41	35	0	22	1.54
24875794--24875834	21	1.9	22	90	5	66	46	12	7	34	1.69
24875920--24875964	21	2.1	21	83	0	54	42	13	13	31	1.82
24890853--24891055	73	2.8	72	80	6	198	25	19	15	39	1.91
24899785--24899988	73	2.8	74	82	5	220	24	19	16	39	1.92
24922409--24922459	11	4.7	11	81	11	61	23	1	1	72	1.05
24922602--24922644	23	2.0	22	86	9	61	20	0	0	79	0.74
24923398--24923455	30	2.0	29	86	10	82	12	12	1	74	1.16
24927373--24927414	21	2.1	20	86	8	59	59	9	0	30	1.29
24931817--24931867	21	2.5	20	84	9	59	58	11	0	29	1.33
24938434--24938511	25	3.1	25	96	0	138	32	7	11	48	1.68
24943383--24943418	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
24944119--24944156	11	3.5	11	88	0	58	47	0	28	23	1.52
24945920--24946000	33	2.4	35	87	6	121	38	7	30	23	1.82
24950876--24950953	31	2.5	31	81	12	88	28	21	0	50	1.49
24951269--24951311	19	2.3	18	84	4	50	44	4	4	46	1.45
24953818--24953852	18	1.9	18	88	0	52	42	25	8	22	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24954036--24954127	29	3.2	29	90	0	130	17	22	11	47	1.80
24954036--24954138	29	3.6	29	89	2	129	16	23	10	49	1.77
24962432--24962458	14	1.9	14	100	0	54	59	7	3	29	1.42
24964369--24964411	19	2.3	19	84	8	52	62	0	16	20	1.32
24965197--24965370	88	2.0	87	96	3	325	41	16	10	30	1.82
24966206--24966287	29	2.8	29	86	0	110	18	25	10	45	1.82
24970563--24970631	29	2.4	29	90	7	106	20	13	23	43	1.86
24970714--24970803	26	3.5	25	75	10	92	31	8	16	43	1.79
24970734--24970808	26	3.0	24	81	9	96	32	10	14	42	1.80
24970711--24970807	51	1.9	51	89	0	149	30	9	16	43	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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