genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27674803--27674971	80	2.1	80	82	0	212	53	3	5	36	1.42
27674926--27675243	126	2.6	123	83	3	372	54	3	5	37	1.39
27675151--27675184	15	2.3	15	90	10	52	73	0	5	20	1.04
27689197--27689356	45	3.6	45	88	3	232	35	18	16	28	1.93
27689285--27689391	24	4.6	24	69	11	87	36	19	16	27	1.93
27689285--27689436	69	2.2	69	86	2	216	35	19	17	26	1.95
27689242--27689468	114	2.0	114	90	0	355	35	18	17	28	1.94
27689354--27689468	45	2.6	45	91	0	176	34	18	18	28	1.94
27690221--27690255	1	35.0	1	100	0	70	100	0	0	0	0.00
27691824--27691867	14	3.1	14	80	12	54	72	0	0	27	0.85
27691823--27691867	17	2.8	17	83	6	58	73	0	0	26	0.84
27699213--27699252	19	2.0	20	95	4	73	42	27	0	30	1.56
27705551--27705611	32	1.9	32	83	6	79	80	1	8	9	0.98
27706483--27706937	38	12.0	38	79	8	462	21	13	18	45	1.84
27706484--27706937	77	6.0	76	79	6	467	21	13	18	46	1.84
27706490--27706941	115	4.0	115	80	7	499	21	13	18	46	1.84
27706483--27706936	153	3.0	152	86	5	616	21	13	18	45	1.84
27712348--27712397	26	1.9	26	87	0	73	44	4	10	42	1.56
27738967--27738993	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
27739771--27739868	43	2.3	44	80	8	112	28	16	33	21	1.95
27740247--27740344	50	2.0	48	90	4	151	24	19	22	33	1.97
27743871--27743924	26	2.0	27	85	3	74	38	5	7	48	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27759173--27759259	20	4.5	20	72	18	69	25	0	12	62	1.31
27760357--27760390	15	2.3	15	90	5	52	23	0	14	61	1.33
27760363--27760412	25	2.0	26	88	11	77	26	0	18	56	1.42
27773050--27773247	73	2.7	74	82	3	240	41	16	18	23	1.89
27776571--27776610	20	2.0	20	95	0	71	40	7	15	37	1.75
27781552--27781741	73	2.6	73	83	0	254	40	16	19	23	1.91
27785045--27785218	90	1.9	90	82	2	215	29	10	17	41	1.83
27785607--27785752	73	2.0	73	90	0	229	28	20	15	36	1.93
27792560--27792648	25	3.5	25	77	8	108	42	15	8	32	1.78
27792561--27792674	25	4.5	26	73	11	85	41	14	11	32	1.82
27792561--27792677	51	2.3	51	91	2	191	41	15	11	32	1.82
27792560--27792683	26	4.9	25	73	12	101	41	14	12	31	1.82
27792730--27792772	18	2.4	18	80	0	50	44	20	18	16	1.87
27792778--27792836	28	2.1	28	83	0	73	45	13	13	27	1.81
27792836--27792865	14	2.1	15	93	6	53	73	0	13	13	1.10
27797214--27797257	23	1.9	23	86	9	63	22	9	4	63	1.42
27797478--27797530	24	2.2	24	90	6	81	54	0	1	43	1.11
27801045--27801090	17	2.7	17	96	0	83	45	8	0	45	1.34
27801043--27801085	9	4.9	9	80	5	52	51	4	0	44	1.22
27801718--27801769	27	1.9	27	92	0	86	42	11	11	34	1.77
27801726--27801780	27	2.0	27	85	0	74	45	10	10	32	1.74
27801626--27801904	153	1.8	153	81	6	350	40	10	15	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27801726--27802078	127	2.8	124	80	5	388	42	9	14	33	1.79
27802619--27802654	9	4.0	9	85	0	54	83	0	0	16	0.65
27803036--27803928	228	3.9	227	82	1	818	28	25	25	19	1.99
27805524--27805596	32	2.3	32	97	0	137	15	20	9	54	1.68
27825974--27826039	33	2.0	33	100	0	132	18	27	27	27	1.98
27826043--27826179	73	1.9	73	81	6	170	31	11	26	30	1.92
27826232--27826262	16	1.9	16	93	0	53	29	0	48	22	1.51
27826116--27826280	86	1.9	86	83	0	213	23	11	30	34	1.90
27826355--27826456	39	2.6	39	82	0	123	26	14	21	37	1.92
27827276--27827343	34	2.0	34	97	0	127	36	10	17	35	1.84
27837374--27837530	74	2.2	71	78	5	163	26	33	12	27	1.92
27842874--27842919	22	2.0	22	83	4	56	50	2	19	28	1.60
27846871--27846943	34	2.1	37	87	12	111	63	0	5	31	1.17
27847012--27847061	11	4.5	11	72	18	50	60	0	10	30	1.30
27846992--27847079	33	2.7	33	96	0	167	63	0	9	27	1.24
27858234--27858577	116	3.0	116	77	5	268	32	24	19	23	1.97
27858584--27858702	58	2.1	58	88	0	175	26	31	18	24	1.98
27858891--27858953	24	2.7	23	90	7	92	39	14	7	38	1.75
27863340--27863372	17	1.9	17	93	0	57	39	27	6	27	1.80
27866230--27866254	13	1.9	13	100	0	50	32	12	8	48	1.69
27873332--27873369	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
27873535--27873594	30	2.1	29	81	6	68	30	8	23	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27874716--27874750	16	2.2	16	89	0	52	40	2	8	48	1.49
27882365--27882389	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
27888446--27888498	28	1.9	27	84	3	70	20	16	24	37	1.93
27889525--27889570	20	2.3	20	96	0	83	28	4	21	45	1.71
27889615--27889667	28	1.9	27	84	3	70	32	18	20	28	1.97
27897555--27897638	25	3.3	25	76	15	75	13	27	15	44	1.83
27897570--27897650	27	3.1	26	78	7	83	9	27	17	45	1.79
27897636--27897700	5	13.6	5	87	6	75	1	20	1	76	0.94
27898016--27898093	34	2.3	34	88	2	122	39	23	11	25	1.88
27909169--27909216	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
27910383--27910413	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
27919593--27919650	30	1.9	31	86	10	84	50	5	5	39	1.47
27920760--27920805	20	2.3	20	96	0	83	28	4	21	45	1.71
27920850--27920902	28	1.9	27	88	3	79	32	16	22	28	1.96
27993960--27993993	18	1.9	17	88	5	50	41	17	17	23	1.90
27994594--27994641	13	3.7	13	81	10	62	27	4	0	68	1.07
27995717--27995745	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
27996278--27996319	16	2.7	15	85	7	57	2	28	0	69	1.01
27996796--27996843	21	2.2	21	85	10	62	2	12	6	79	1.01
27998692--27998731	17	2.2	19	86	8	57	30	5	2	62	1.29
27999854--27999918	29	2.3	29	78	7	71	44	20	3	32	1.67
28087439--28087463	6	4.2	6	100	0	50	0	16	52	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28094287--28094357	33	2.2	31	82	5	79	64	0	5	29	1.16
28097248--28097285	19	2.0	19	89	0	58	47	23	0	28	1.52
28097698--28097745	15	3.1	15	87	3	60	37	20	6	35	1.78
28099988--28100025	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
28131517--28131610	12	7.3	12	70	13	62	26	2	0	71	0.97
28131523--28131603	33	2.5	32	84	6	108	27	2	0	70	1.00
28131459--28131610	78	2.0	75	82	6	180	28	3	1	66	1.15
28132199--28132291	5	17.4	5	69	20	55	26	3	1	68	1.11
28132180--28132244	15	4.1	15	72	16	51	30	6	0	63	1.19
28132196--28132260	32	2.1	31	91	2	103	29	4	0	66	1.12
28132184--28132253	32	2.4	27	72	20	77	30	5	0	64	1.17
28132184--28132266	32	2.9	27	70	19	69	28	4	1	65	1.21
28132224--28132287	17	3.2	20	75	20	71	26	1	1	70	1.05
28141488--28141561	35	2.1	35	90	2	114	59	14	0	25	1.36
28143386--28143422	18	2.1	18	100	0	74	37	24	16	21	1.93
28146887--28146939	24	2.2	24	100	0	106	30	28	11	30	1.91
28151770--28151832	28	2.2	28	83	5	74	73	0	3	23	0.98
28152408--28152441	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
28153615--28153664	24	2.1	24	100	0	100	46	12	18	24	1.82
28154338--28154374	17	2.2	17	90	0	56	81	2	0	16	0.81
28161602--28161634	5	6.8	5	86	6	50	81	0	18	0	0.68
28162352--28162393	11	3.7	11	79	17	50	80	0	16	2	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28162816--28162883	35	1.9	35	82	5	84	72	0	14	13	1.13
28167021--28167057	18	2.0	19	94	5	67	48	16	21	13	1.80
28168335--28168366	12	2.7	12	90	0	55	50	0	28	21	1.49
28168362--28168418	29	2.0	29	86	3	80	31	15	15	36	1.90
28170684--28170793	39	2.8	38	82	5	130	21	21	25	30	1.98
28173686--28173733	24	2.0	24	95	0	87	27	25	22	25	2.00
28173882--28173921	12	3.3	12	82	0	53	60	0	20	20	1.37
28174227--28174296	33	2.1	33	89	0	104	35	10	8	45	1.68
28176395--28176470	34	2.2	34	97	0	143	26	2	15	55	1.54
28184417--28184447	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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