genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18798738--18798777	2	20.0	2	94	0	71	47	2	50	0	1.14
18799092--18799147	29	1.9	29	96	0	103	33	17	3	44	1.66
18802437--18802478	15	2.8	15	85	7	50	76	4	4	14	1.12
18808346--18808413	28	2.3	29	85	5	84	38	5	4	51	1.46
18808712--18808745	17	1.9	18	88	5	52	23	20	2	52	1.60
18814580--18814618	10	3.8	10	80	6	51	51	20	2	25	1.60
18817589--18817643	28	2.0	28	85	7	76	29	23	21	25	1.99
18820259--18820304	20	2.3	20	92	0	74	28	6	19	45	1.75
18820611--18820929	171	1.9	171	88	2	489	33	13	14	38	1.86
18823976--18825119	171	6.7	171	81	3	1223	32	14	13	38	1.86
18823976--18827346	341	9.9	341	74	5	2577	31	13	13	37	1.84
18825305--18827346	170	12.0	170	81	6	2180	33	13	14	38	1.85
18827367--18827938	172	3.3	170	82	5	668	35	14	14	36	1.86
18828268--18829844	171	9.2	172	82	5	1687	33	14	13	39	1.85
18828273--18831884	342	10.4	342	77	8	2757	32	14	13	38	1.86
18829659--18830066	222	1.8	222	82	5	520	34	13	13	37	1.84
18829853--18831884	171	11.9	171	79	5	1995	32	14	13	38	1.86
18836093--18841227	171	30.0	171	77	5	4215	33	12	15	38	1.85
18841197--18841280	42	2.0	42	100	0	168	33	19	23	23	1.97
18841241--18841821	171	3.4	170	74	8	493	33	13	14	39	1.85
18841241--18841800	172	3.3	171	77	7	447	33	13	14	38	1.85
18840686--18841783	556	2.0	556	81	3	1289	33	13	14	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18840513--18841954	727	2.0	726	82	4	1780	33	12	15	38	1.85
18841766--18842213	171	2.6	171	78	4	445	31	14	13	40	1.85
18842070--18842360	144	2.0	144	79	8	306	33	14	14	37	1.86
18842215--18842749	172	3.1	169	79	4	550	32	12	16	37	1.87
18843762--18843821	25	2.4	25	85	0	84	26	35	15	23	1.94
18846032--18852049	171	35.0	171	76	6	4724	33	13	14	37	1.86
18846033--18860113	342	41.2	340	72	10	5700	33	13	14	37	1.86
18851914--18852190	141	2.0	143	81	4	328	31	10	14	43	1.79
18852129--18860113	343	23.4	333	73	11	2392	33	13	14	37	1.86
18852055--18860113	171	47.2	171	75	8	5753	33	13	14	37	1.86
18863591--18865810	171	13.0	169	83	3	2538	33	14	14	38	1.86
18863591--18865810	513	4.3	513	85	3	2825	33	14	14	38	1.86
18868710--18871803	171	18.1	170	78	7	2290	33	14	14	38	1.86
18868710--18871492	511	5.4	507	78	7	2092	33	14	14	38	1.86
18868755--18870355	852	1.9	852	84	4	2134	32	13	13	39	1.85
18877216--18877253	20	1.9	20	88	0	58	50	5	2	42	1.39
18875725--18880950	171	30.7	169	76	6	3923	33	13	14	38	1.85
18879939--18879977	18	2.1	18	90	9	60	33	5	7	53	1.51
18895204--18898544	171	19.5	171	76	7	2769	33	13	15	38	1.86
18898569--18909642	171	64.0	171	72	9	5647	34	13	14	37	1.86
18904785--18924667	342	58.0	341	73	8	9807	33	13	13	37	1.85
18909702--18924667	171	87.0	171	73	8	7189	33	13	13	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18909696--18924667	683	21.8	674	74	7	6787	33	13	13	37	1.85
18912574--18924678	171	70.3	171	75	7	8742	33	13	14	38	1.85
18916650--18917031	196	1.9	196	86	2	534	35	13	12	38	1.83
18924785--18924832	19	2.6	19	93	3	80	58	0	6	35	1.23
18924798--18924836	19	2.1	19	90	0	60	64	0	5	30	1.15
18925447--18925489	22	2.0	22	90	0	68	72	0	9	18	1.11
18925822--18925856	18	1.9	18	88	11	54	68	0	28	2	1.04
18925840--18925899	20	2.8	20	80	7	66	66	0	33	0	0.92
18925852--18925915	13	5.0	13	76	16	55	68	0	31	0	0.90
18927232--18927278	22	2.0	24	84	15	64	48	6	25	19	1.72
18933817--18933968	42	3.6	42	77	3	135	26	19	31	22	1.97
18936180--18936321	29	4.9	28	82	10	169	39	9	12	38	1.77
18936180--18936332	59	2.6	58	81	8	184	39	9	12	39	1.75
18936185--18936351	29	5.8	27	79	13	147	39	8	12	38	1.75
18936185--18936351	88	1.9	88	86	7	241	39	8	12	38	1.75
18936493--18936525	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
18946948--18947119	29	5.9	28	81	10	177	38	9	12	38	1.77
18946950--18947119	59	2.9	59	80	12	174	38	9	12	38	1.76
18946953--18947119	88	1.9	88	85	9	234	38	9	12	38	1.76
18947261--18947293	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
18951299--18951347	20	2.5	20	87	9	66	53	0	8	38	1.31
18952352--18952390	20	2.0	20	89	0	60	69	2	28	0	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18952433--18952499	35	1.9	35	84	0	89	32	13	31	22	1.92
18953630--18958794	171	30.2	170	78	6	4585	34	14	13	38	1.85
18953620--18958794	343	15.2	342	80	6	4643	34	14	13	38	1.85
18954525--18954813	155	1.9	156	85	5	406	37	11	13	38	1.80
18956746--18956785	20	2.2	18	83	16	55	40	7	5	47	1.54
18962976--18972830	342	29.0	340	77	7	7555	33	13	14	38	1.85
18962976--18968930	171	35.0	171	78	5	4911	33	13	14	38	1.85
18968944--18972830	170	22.8	168	78	6	3198	34	13	14	37	1.85
18975718--18975826	39	2.8	39	92	0	173	35	22	17	23	1.95
18976153--18976240	42	2.1	42	82	2	104	23	36	17	22	1.94
18983818--18983874	20	2.8	21	76	7	64	43	8	31	15	1.78
18986181--18987345	172	6.8	171	77	5	1083	33	15	14	36	1.88
18986057--18988569	339	7.4	340	77	6	2114	33	14	13	37	1.86
18987422--18988569	171	6.7	171	78	5	1065	33	14	14	38	1.86
18987463--18988569	340	3.3	337	81	4	1185	33	14	13	38	1.85
18993003--18993044	15	2.8	15	92	0	66	50	16	4	28	1.66
18993003--18993052	15	3.4	14	86	8	64	48	16	4	32	1.64
18995420--18995459	19	2.0	20	95	4	73	42	27	0	30	1.56
18995804--18997937	171	12.5	171	76	6	1708	34	13	13	38	1.84
18995804--18997937	341	6.3	338	79	5	2019	34	13	13	38	1.84
19001164--19007093	170	35.1	169	75	7	4075	34	13	14	38	1.85
19003629--19003921	151	1.9	151	81	5	351	34	12	13	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19006353--19006646	152	1.9	152	83	2	376	34	13	14	37	1.86
19006505--19007039	165	3.2	167	82	7	622	36	12	11	39	1.80
19010088--19010712	171	3.7	170	80	4	690	32	12	14	40	1.83
19010751--19011224	169	2.8	165	79	9	501	34	14	13	38	1.85
19010976--19011513	289	1.9	285	82	6	676	36	15	11	36	1.84
19011288--19013287	171	11.7	166	71	12	941	33	13	14	38	1.85
19011863--19011902	17	2.4	17	95	0	71	17	12	25	45	1.83
19011907--19013287	170	8.1	169	77	5	1054	33	13	14	39	1.84
19011907--19013287	341	4.1	337	77	5	1217	33	13	14	39	1.84
19013251--19013315	30	2.2	30	88	0	94	32	1	12	53	1.47
19013281--19013682	171	2.4	170	81	4	488	32	12	12	42	1.80
19013620--19013789	90	1.9	89	81	4	207	30	8	10	51	1.65
19013711--19015848	168	12.7	171	77	6	1730	33	13	13	39	1.84
19015846--19016207	171	2.1	171	86	2	485	38	15	13	32	1.86
19016798--19031191	171	84.5	171	74	8	8649	34	13	13	37	1.85
19016798--19034677	342	52.5	340	74	9	9998	34	13	13	37	1.85
19027673--19034697	341	20.6	339	74	7	4350	34	13	13	38	1.84
19031075--19031356	151	1.9	150	87	2	413	35	12	13	38	1.82
19031225--19031804	171	3.4	169	76	7	530	33	12	13	40	1.82
19032371--19034515	170	12.7	168	73	10	1056	33	13	13	38	1.84
19032373--19034195	683	2.7	674	76	9	1830	34	13	13	39	1.84
19038442--19038929	170	2.9	166	79	7	520	34	14	13	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19041024--19041053	3	9.7	3	92	7	51	63	0	36	0	0.95
19044194--19047152	171	17.4	171	76	7	2135	34	14	13	38	1.85
19044201--19048817	342	13.7	340	77	7	3523	33	13	13	38	1.85
19045673--19046147	153	3.0	155	76	11	390	34	14	12	39	1.82
19047061--19047337	143	1.9	143	85	4	380	33	11	15	39	1.84
19047207--19048844	171	9.6	171	80	4	1599	33	12	14	38	1.84
19047208--19048844	338	4.8	337	79	6	1626	33	12	14	38	1.84
19047207--19048844	508	3.2	506	79	6	1680	33	12	14	38	1.84
19058242--19059223	170	5.8	171	81	5	919	34	12	14	39	1.83
19058242--19059217	339	2.9	338	80	7	1018	34	12	13	39	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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