genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25769819--25769902	39	2.1	40	95	2	152	44	2	2	51	1.27
25781365--25781426	23	2.7	23	82	0	70	56	0	0	43	0.99
25781885--25781923	20	1.9	20	84	5	51	76	2	5	15	1.06
25786285--25786355	36	2.0	36	94	0	124	33	26	18	21	1.96
25786790--25786841	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
25787120--25787159	20	2.0	21	95	5	73	0	40	0	60	0.97
25787177--25787249	31	2.4	31	90	0	110	1	32	12	53	1.47
25787273--25787413	70	2.0	70	91	0	228	2	36	3	57	1.31
25787347--25787417	20	3.4	20	70	20	56	2	38	2	56	1.29
25787316--25787409	14	6.7	14	66	22	63	3	37	2	57	1.27
25787273--25787433	70	2.3	70	86	5	218	2	35	3	59	1.27
25787502--25787549	12	3.9	12	77	2	51	0	31	2	66	1.03
25811809--25811833	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
25813037--25813123	29	3.0	27	75	20	70	49	11	13	25	1.76
25818911--25818989	34	2.3	34	97	0	149	16	12	40	30	1.86
25839491--25841862	252	9.5	252	86	3	3020	33	11	7	47	1.67
25839491--25841862	503	4.8	501	85	3	3050	33	11	7	47	1.67
25841380--25841855	233	2.0	233	88	0	711	32	11	8	46	1.70
25842867--25842904	19	2.0	19	89	0	58	26	0	34	39	1.57
25842948--25843003	28	1.9	30	85	7	80	33	16	19	30	1.94
25845623--25845664	19	2.3	19	87	4	68	30	0	26	42	1.55
25849652--25849690	20	2.0	20	89	0	60	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25852373--25852405	16	2.1	16	100	0	66	30	24	0	45	1.53
25854246--25854305	30	2.1	29	81	6	68	30	6	23	40	1.80
25857293--25858233	251	3.8	250	83	3	1067	47	7	10	34	1.66
25858086--25858410	177	1.8	178	86	6	471	46	7	10	36	1.66
25857813--25858662	425	2.0	429	81	5	1022	47	6	10	35	1.64
25856886--25859160	927	2.4	932	88	3	3329	48	7	10	34	1.65
25858240--25859686	251	5.8	251	84	3	1726	49	6	10	33	1.63
25895537--25895602	34	1.9	35	90	3	107	28	24	21	25	1.99
25896425--25896462	17	2.2	17	100	0	76	0	28	10	60	1.30
25898950--25899046	51	1.9	50	85	10	135	49	2	7	41	1.42
25899525--25899562	18	2.1	18	85	9	51	31	5	5	57	1.43
25902413--25902455	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
25906669--25906760	45	2.0	45	83	4	114	44	1	6	47	1.36
25906801--25906910	23	5.0	22	72	13	82	49	0	6	44	1.28
25908117--25908176	18	3.1	18	69	17	57	63	18	0	18	1.31
25908077--25908262	81	2.3	83	85	3	243	58	19	1	20	1.47
25908077--25908262	40	4.6	40	85	3	219	58	19	1	20	1.47
25909255--25909304	16	3.2	15	80	5	55	66	0	28	6	1.15
25909261--25909312	24	2.2	23	82	3	59	69	0	26	3	1.06
25909357--25909630	137	2.0	136	98	1	532	47	6	24	21	1.74
25909798--25909835	15	2.5	15	84	16	51	42	0	2	55	1.14
25909842--25909867	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25910370--25910549	73	2.5	73	84	0	207	41	17	17	23	1.90
25919481--25920179	355	2.0	351	81	7	808	43	8	8	39	1.65
25937502--25937531	5	6.0	5	96	0	51	40	23	0	36	1.55
25955781--25955851	28	2.5	28	86	0	88	28	16	19	35	1.94
25956659--25956710	20	2.6	20	81	6	61	61	9	3	25	1.44
25957630--25957675	22	2.1	21	84	11	58	67	0	0	32	0.91
25958744--25958772	15	1.9	15	100	0	58	34	27	6	31	1.83
25958746--25958785	15	2.7	15	88	0	53	37	27	2	32	1.70
25960255--25960300	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
25965661--25965711	15	3.4	15	81	10	59	50	17	1	29	1.57
25966846--25966883	13	2.9	13	100	0	76	47	0	0	52	1.00
25968042--25968105	29	2.2	29	83	2	76	45	17	6	31	1.73
25968767--25968812	23	2.0	24	87	12	69	30	10	10	47	1.73
25968767--25968812	24	2.0	23	83	12	58	30	10	10	47	1.73
25968996--25969024	12	2.3	13	94	5	51	20	0	0	79	0.74
25968990--25969022	15	2.1	17	88	11	52	18	3	0	78	0.87
25974019--25974056	20	1.9	20	100	0	76	28	5	21	44	1.73
25977888--25977974	25	3.5	25	90	3	113	26	31	16	26	1.96
25977962--25978010	24	2.0	24	96	0	89	34	24	10	30	1.89
25980846--25980899	28	2.0	27	96	3	99	64	5	0	29	1.16
25980846--25980891	14	3.3	14	72	22	51	63	6	0	30	1.20
25986362--25986400	18	2.1	18	85	4	51	46	7	0	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25988603--25988698	38	2.5	39	86	6	133	22	37	15	23	1.93
25988823--25988850	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25993219--25993260	20	2.0	22	86	9	61	71	0	21	7	1.09
25993369--25993440	28	2.6	27	86	4	99	69	0	30	0	0.89
25993394--25993437	21	2.1	21	83	8	54	75	0	25	0	0.81
25997898--25997935	20	1.9	20	94	0	67	36	15	5	42	1.70
26003062--26003142	35	2.3	35	93	0	135	22	7	41	28	1.80
26003272--26003329	29	2.0	29	83	3	73	70	0	25	3	1.03
26003711--26003764	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
26011142--26011200	25	2.4	23	84	13	82	16	25	10	47	1.78
26011233--26011276	5	9.6	5	95	5	60	0	20	0	79	0.73
26011234--26011278	4	10.2	4	97	2	54	0	22	0	77	0.76
26015409--26015444	19	1.9	19	88	5	56	50	0	5	44	1.25
26032626--26032671	20	2.3	20	96	0	83	28	4	21	45	1.71
26032715--26032768	28	2.0	27	88	3	81	31	16	20	31	1.95
26043155--26043200	20	2.3	20	88	7	67	32	4	17	45	1.68
26043245--26043297	28	1.9	27	88	3	79	30	18	22	28	1.98
26043245--26043303	28	2.1	28	84	6	75	30	20	23	25	1.98
26046880--26047040	61	2.6	62	83	1	200	26	15	32	25	1.96
26049864--26049933	22	3.5	22	65	27	64	30	40	10	20	1.85
26049939--26050076	39	3.6	39	82	3	131	28	33	10	27	1.90
26058346--26058441	40	2.4	40	84	6	124	32	19	23	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26058673--26058705	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
26058741--26058915	42	4.1	42	90	5	273	26	35	15	22	1.94
26060952--26061054	36	2.7	38	82	7	113	29	36	13	20	1.91
26060988--26061088	39	2.6	39	84	3	123	26	36	13	22	1.92
26067380--26067439	30	2.1	29	81	6	68	30	6	21	41	1.79
26070657--26070779	42	2.9	41	89	2	165	22	34	24	18	1.96
26081163--26081223	19	3.2	19	67	17	54	19	39	16	24	1.92
26082654--26082682	14	2.0	15	93	6	51	20	20	10	48	1.79
26088651--26088700	23	2.2	23	100	0	100	40	8	22	30	1.82
26096901--26097006	38	2.7	40	80	5	135	26	38	15	19	1.91
26105942--26106017	20	3.8	20	73	11	66	34	17	18	30	1.94
26105966--26106052	35	2.4	36	81	7	97	33	17	17	32	1.93
26105941--26106047	20	5.6	19	69	14	60	31	18	17	31	1.95
26108727--26108764	20	1.9	20	88	0	58	44	18	18	18	1.87
26108830--26109287	229	2.0	229	94	1	794	42	18	14	24	1.88
26114959--26115000	21	2.0	21	90	0	66	35	19	28	16	1.93
26117755--26117789	17	2.1	17	88	0	52	34	22	34	8	1.85
26121970--26122373	204	2.0	204	85	2	553	42	14	19	23	1.88
26132349--26132455	27	4.0	26	81	7	99	24	10	26	39	1.87
26132392--26132455	27	2.4	27	100	0	128	25	10	28	35	1.89
26150490--26150525	17	2.2	16	90	5	54	41	0	16	41	1.48
26154453--26154484	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26167578--26167615	18	2.1	18	100	0	76	47	36	5	10	1.61
26171388--26171445	25	2.3	25	90	0	89	44	8	13	32	1.75
26179533--26179577	18	2.4	18	85	7	54	57	11	22	8	1.60
26181118--26181175	26	2.2	26	96	0	107	27	15	20	36	1.93
26198275--26198333	30	2.0	30	86	0	82	40	11	23	23	1.88
26201689--26201865	29	6.2	29	74	7	137	20	15	28	35	1.93
26201945--26202224	144	1.9	144	82	0	344	20	17	26	35	1.95
26202110--26202426	29	11.0	29	72	5	176	19	18	25	36	1.95
26202417--26202444	14	2.0	14	100	0	56	28	14	28	28	1.95
26213461--26213493	14	2.5	14	90	9	52	48	21	0	30	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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