genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24970734--24970809	25	3.0	25	80	3	98	32	10	14	42	1.80
24971529--24971566	20	1.9	20	88	0	58	5	10	2	81	0.94
24996239--24996295	28	2.0	28	100	0	114	15	7	21	56	1.63
24997576--24997627	16	3.2	16	89	5	79	57	7	3	30	1.45
25011522--25011573	24	2.2	23	86	3	68	36	3	15	44	1.65
25023053--25023097	21	2.1	21	91	0	72	35	17	11	35	1.86
25028405--25028429	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
25046622--25046680	26	2.3	26	79	5	66	1	28	3	66	1.18
25049468--25049498	15	2.1	15	93	0	53	25	48	0	25	1.52
25052753--25052951	71	2.8	72	81	7	226	24	20	17	37	1.94
25053265--25053317	25	2.1	25	100	0	106	37	7	7	47	1.60
25061127--25061165	20	2.0	20	85	10	53	2	23	0	74	0.94
25068997--25069323	47	7.0	47	79	0	339	27	18	32	21	1.97
25069323--25069424	53	1.9	53	91	0	168	26	17	28	27	1.98
25069924--25070186	31	8.5	31	87	2	325	24	17	22	36	1.94
25069924--25070186	92	2.8	93	84	4	343	24	17	22	36	1.94
25069926--25070187	123	2.1	123	85	2	355	24	16	21	36	1.94
25071849--25072173	156	2.1	156	87	0	461	32	18	18	29	1.95
25072525--25072825	31	9.5	31	83	5	300	22	18	20	38	1.94
25072756--25072828	38	1.9	38	97	0	137	21	17	17	42	1.89
25074384--25074521	14	8.7	14	68	24	55	36	9	3	50	1.52
25074384--25074536	16	9.5	16	71	19	86	36	9	3	49	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25074378--25074531	52	3.1	51	81	10	169	35	9	3	51	1.50
25075742--25076065	31	10.5	31	88	0	441	23	17	20	37	1.94
25088220--25088258	20	2.0	20	85	9	55	15	10	12	61	1.56
25090358--25090401	23	1.9	23	90	0	70	27	11	29	31	1.91
25090859--25091098	31	7.6	31	87	4	318	40	20	15	23	1.91
25092002--25092044	15	2.6	17	75	17	54	53	0	2	44	1.13
25092045--25092091	18	2.6	18	96	0	85	57	0	0	42	0.98
25100193--25100372	89	2.0	89	87	0	261	36	18	17	27	1.94
25101799--25101825	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
25103701--25103747	24	2.0	24	91	0	76	19	25	10	44	1.82
25106320--25106360	21	2.1	19	86	9	55	60	9	0	29	1.28
25106603--25106646	12	3.7	12	78	0	52	25	27	11	36	1.90
25106588--25106736	24	6.2	24	84	1	154	20	21	14	44	1.86
25106569--25106758	24	7.9	24	80	4	132	20	19	14	45	1.84
25110323--25110368	22	2.1	22	87	0	65	32	19	8	39	1.82
25126251--25126313	2	31.5	2	93	0	108	49	47	1	1	1.20
25144042--25144074	17	1.9	17	88	11	50	78	3	9	9	1.05
25144339--25144392	22	2.5	22	93	0	90	38	5	3	51	1.43
25144805--25144880	36	2.1	36	97	0	143	36	18	7	36	1.80
25147407--25147498	42	2.2	42	84	0	112	26	22	29	21	1.99
25167303--25167327	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
25169750--25169785	19	1.9	19	88	5	56	50	8	30	11	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25173415--25173473	30	2.0	30	83	6	75	49	8	15	27	1.73
25176875--25176918	20	2.2	20	80	4	54	52	2	0	45	1.13
25178979--25179021	15	2.8	15	78	3	50	41	0	0	58	0.98
25179945--25179983	21	1.9	19	85	10	51	25	10	10	53	1.66
25180564--25180603	21	2.0	20	85	5	53	45	10	17	27	1.80
25183531--25183632	45	2.3	45	85	9	131	45	0	5	48	1.33
25183655--25183714	28	2.1	28	84	0	75	41	8	0	50	1.33
25184561--25184621	17	3.5	17	68	24	54	6	14	24	54	1.64
25189201--25189239	18	2.2	19	81	13	55	30	0	0	69	0.89
25198735--25198777	21	2.0	21	81	0	50	30	9	34	25	1.87
25211434--25211477	20	2.2	20	84	12	54	54	6	4	34	1.47
25220315--25220346	16	2.0	16	100	0	64	43	12	12	31	1.80
25224567--25224643	29	2.7	29	72	0	82	25	20	15	37	1.92
25227819--25227946	68	1.9	67	91	1	211	33	13	19	33	1.90
25230900--25231101	61	3.3	59	74	10	167	31	21	20	26	1.98
25230954--25231125	60	2.8	60	83	0	218	30	21	19	28	1.98
25233617--25233737	6	19.8	6	84	9	120	38	0	9	51	1.35
25233610--25233737	14	9.3	14	84	3	143	39	0	9	50	1.40
25233610--25233735	20	6.2	20	89	3	162	38	0	9	50	1.40
25233774--25233968	42	4.6	42	80	2	203	23	35	20	21	1.96
25233773--25233968	84	2.3	84	81	1	232	23	35	19	20	1.96
25241206--25241332	42	3.0	41	82	5	157	20	33	22	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25244799--25245108	155	2.0	154	98	1	595	35	9	21	33	1.86
25248767--25248951	99	1.9	99	82	4	239	28	12	25	33	1.93
25250261--25250379	32	3.8	31	78	14	136	58	2	16	21	1.50
25250261--25250425	62	2.8	58	83	9	185	56	3	17	23	1.55
25250261--25250440	32	6.0	28	74	19	116	58	2	17	21	1.50
25250261--25250435	58	2.9	59	80	9	171	58	2	17	21	1.52
25252297--25252978	345	2.0	342	89	2	1046	43	17	12	26	1.84
25255535--25255569	17	2.1	17	89	5	54	77	0	20	2	0.90
25259000--25259042	23	1.9	22	85	4	59	30	6	2	60	1.35
25263707--25263940	120	1.9	123	90	4	377	30	7	0	61	1.27
25265651--25265727	29	2.6	29	81	2	91	36	7	2	53	1.44
25271663--25271761	49	2.0	49	84	3	128	37	15	8	39	1.77
25274868--25274981	52	2.2	53	83	1	140	34	24	16	24	1.96
25283926--25284095	73	2.4	71	81	6	182	37	18	17	27	1.93
25287435--25287638	102	2.0	101	95	0	363	28	27	15	27	1.96
25288602--25288648	19	2.5	20	76	13	55	61	0	0	38	0.96
25289628--25289965	164	2.0	168	89	3	524	27	13	10	48	1.75
25294201--25294234	12	2.7	13	90	9	61	55	0	0	44	0.99
25294588--25294623	17	2.1	18	94	5	65	33	5	11	50	1.61
25297602--25297645	17	2.5	17	88	3	61	36	2	11	50	1.51
25305113--25305140	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25308435--25308524	29	3.1	29	81	1	99	30	17	25	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25312429--25312488	30	2.0	30	100	0	120	20	6	30	43	1.77
25313511--25313581	35	2.0	35	97	0	133	33	16	18	30	1.93
25326997--25327036	19	2.1	19	100	0	80	47	5	5	42	1.47
25333118--25333162	19	2.4	19	85	3	56	40	4	2	53	1.33
25339119--25339160	18	2.2	20	87	8	61	35	21	14	28	1.92
25344678--25344813	63	2.2	63	85	2	175	43	20	12	23	1.86
25347423--25347505	2	39.5	2	82	9	87	45	6	2	44	1.41
25347546--25347624	42	1.9	41	86	2	113	24	31	18	25	1.98
25354047--25354084	17	2.2	17	90	0	58	47	18	0	34	1.49
25356647--25356810	60	2.7	60	85	3	240	34	20	20	24	1.96
25358898--25358963	18	3.7	18	70	22	57	21	12	12	54	1.69
25358964--25359038	23	3.2	23	65	10	62	28	9	10	52	1.67
25358986--25359058	24	3.1	24	61	11	60	24	8	9	57	1.58
25358964--25359058	47	2.0	47	97	0	181	26	8	10	54	1.63
25367332--25367487	42	3.7	43	87	0	199	21	20	34	23	1.97
25367331--25367487	85	1.8	85	83	2	208	21	20	34	23	1.97
25370189--25370223	18	1.9	18	88	11	54	40	20	11	28	1.87
25375695--25375754	25	2.4	25	86	5	77	25	20	28	26	1.99
25394200--25394258	31	1.9	30	82	3	73	44	3	28	23	1.70
25396323--25396361	2	19.5	2	89	0	60	51	2	0	46	1.14
25396764--25396823	25	2.4	25	88	0	93	26	18	31	23	1.97
25401484--25401512	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25402569--25402607	19	2.1	19	100	0	78	33	15	25	25	1.95
25402924--25402972	12	4.4	12	72	27	54	26	0	0	73	0.83
25402923--25402973	22	2.3	21	83	12	59	29	0	0	70	0.87
25402926--25402973	24	2.0	24	84	11	64	27	0	0	72	0.84
25411300--25411387	27	3.3	27	86	0	131	18	23	25	32	1.97
25412472--25412517	12	3.8	12	75	18	51	21	10	2	65	1.35
25413156--25413233	26	3.0	26	84	0	102	35	14	23	26	1.93
25420491--25420528	19	2.0	19	94	0	67	23	0	34	42	1.55
25423473--25423520	24	2.0	24	87	0	69	33	18	4	43	1.69
25424489--25424538	20	2.5	20	83	0	55	42	16	24	18	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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