genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21321234--21321440	36	5.9	36	71	8	104	33	11	18	36	1.87
21321752--21321785	17	2.0	17	94	0	59	11	14	29	44	1.81
21324359--21324408	25	2.0	25	96	0	91	20	6	24	50	1.70
21324451--21324570	38	3.2	38	81	2	152	33	16	20	30	1.94
21324426--21324684	76	3.4	75	77	4	245	33	16	18	30	1.93
21324441--21324606	38	4.4	39	78	10	148	33	16	19	30	1.94
21330074--21330178	38	2.7	40	82	11	137	20	13	40	24	1.89
21331436--21331472	19	1.9	19	88	0	56	16	32	10	40	1.83
21332741--21332881	35	4.0	35	93	0	219	26	9	33	30	1.88
21335959--21335986	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
21337724--21337833	56	2.0	56	87	1	141	30	19	17	33	1.94
21338749--21338794	16	2.9	16	80	3	58	17	0	10	71	1.13
21343323--21343425	38	2.6	39	83	8	131	22	39	18	19	1.92
21348014--21348044	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
21348138--21348179	19	2.2	19	87	8	59	54	0	2	42	1.13
21355227--21355251	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21355278--21355403	42	3.0	43	81	3	132	23	30	17	28	1.97
21355312--21355403	42	2.2	42	88	0	139	21	29	19	29	1.98
21357322--21357441	35	3.5	33	76	11	109	32	25	15	27	1.95
21357265--21357452	67	2.8	66	84	4	225	35	25	14	25	1.94
21357352--21357455	32	3.1	33	79	8	129	37	26	13	22	1.91
21366527--21366655	35	3.8	32	76	16	127	34	27	12	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21366544--21366655	35	3.3	33	78	16	131	32	26	13	27	1.94
21366500--21366675	67	2.6	66	89	7	257	35	26	13	24	1.92
21366508--21366678	35	5.1	34	67	19	101	36	26	13	23	1.92
21373111--21373568	216	2.1	216	86	3	623	41	6	4	46	1.52
21373513--21373571	17	3.5	17	76	17	52	47	5	1	45	1.34
21376026--21376081	24	2.3	25	84	3	69	46	3	10	39	1.56
21391250--21391291	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
21391338--21391414	23	3.4	22	75	10	66	41	15	7	35	1.76
21393951--21394061	49	2.3	49	90	0	177	25	16	34	24	1.95
21394650--21394723	21	3.8	20	75	14	73	29	21	28	20	1.98
21394652--21394728	38	2.0	38	92	0	127	29	20	28	20	1.98
21394667--21394727	18	3.3	18	72	17	52	31	21	24	22	1.98
21402789--21402835	22	2.1	22	88	7	69	72	0	27	0	0.85
21404059--21404105	9	4.9	9	80	14	58	27	0	12	59	1.34
21405493--21405522	15	1.9	16	93	6	53	66	0	30	3	1.07
21405492--21405532	15	2.9	14	83	16	50	68	0	29	2	1.03
21405603--21405651	4	12.5	4	76	20	50	69	0	30	0	0.89
21405597--21405651	11	5.1	11	73	20	53	69	0	30	0	0.89
21405603--21405655	18	3.1	18	76	23	69	67	0	32	0	0.91
21406991--21407058	35	1.9	35	93	0	118	25	10	38	26	1.88
21408459--21408494	12	3.0	12	91	0	54	44	5	30	19	1.73
21408963--21409019	30	1.9	30	85	0	78	28	17	15	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21408961--21409027	30	2.2	29	76	7	71	28	14	19	37	1.91
21409046--21409097	16	3.4	17	67	22	51	44	19	17	19	1.87
21409044--21409101	30	1.9	30	96	0	107	41	18	15	24	1.89
21409042--21409121	30	2.7	30	84	0	106	42	17	15	25	1.88
21409255--21409288	13	2.5	14	85	9	52	29	17	8	44	1.79
21410809--21410967	67	2.4	67	83	2	185	31	27	18	23	1.97
21412751--21412803	22	2.4	22	83	0	70	22	9	28	39	1.85
21414261--21414325	14	4.8	14	74	11	64	67	0	32	0	0.91
21414270--21414327	4	14.8	4	72	16	50	68	0	31	0	0.89
21414250--21414320	28	2.5	28	90	2	106	69	0	30	0	0.89
21414250--21414330	28	2.9	28	81	7	94	67	0	32	0	0.91
21417145--21417203	22	2.7	22	81	0	55	30	22	20	27	1.98
21433238--21433301	22	2.9	23	77	13	64	29	7	25	37	1.84
21434168--21434225	22	2.6	22	83	0	71	25	8	29	36	1.86
21436657--21436718	20	3.4	19	77	18	69	0	22	3	74	0.96
21436662--21436726	16	4.1	16	69	13	53	0	23	4	72	1.03
21436836--21436882	7	6.7	7	79	15	53	0	29	2	68	1.02
21436827--21436882	23	2.4	23	84	0	67	0	32	1	66	1.03
21436838--21436883	16	3.1	14	84	12	58	0	30	2	67	1.03
21436831--21437005	70	2.6	67	84	6	201	4	35	4	56	1.39
21450025--21450113	42	2.1	42	91	0	142	25	25	29	19	1.98
21450026--21450149	42	3.0	42	83	4	126	26	22	29	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21450190--21450221	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
21458731--21458865	42	3.1	42	80	4	144	23	33	17	25	1.96
21458859--21458910	24	2.2	24	100	0	104	34	26	7	30	1.85
21461697--21461722	12	2.2	12	100	0	52	30	0	26	42	1.56
21462240--21462328	25	3.4	26	82	13	87	24	16	31	26	1.97
21462940--21462979	19	2.2	19	95	4	73	52	0	2	45	1.14
21464569--21464824	35	7.3	35	78	5	223	43	13	7	35	1.73
21464569--21464817	71	3.6	70	77	5	245	43	13	8	35	1.73
21466310--21466346	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
21466400--21466517	43	2.8	43	85	3	150	22	34	20	22	1.96
21473755--21473867	52	2.2	52	92	4	187	38	14	4	43	1.65
21483192--21483256	2	31.0	2	78	9	58	40	1	6	50	1.37
21483183--21483268	43	2.0	43	97	2	156	34	2	10	51	1.49
21487263--21487315	22	2.4	22	93	0	88	35	13	9	41	1.76
21500743--21500780	20	1.9	20	88	0	58	28	5	26	39	1.78
21502651--21502714	21	2.8	23	75	15	62	42	3	18	35	1.66
21504776--21504828	20	2.7	20	84	0	70	41	15	18	24	1.89
21510266--21510306	21	1.9	22	90	5	66	51	9	24	14	1.72
21510265--21510312	21	2.2	21	81	3	60	58	8	20	12	1.60
21515946--21515984	10	3.8	10	80	6	51	51	20	2	25	1.60
21526213--21526383	29	5.9	28	82	8	198	40	8	11	39	1.72
21526213--21526383	59	2.9	58	86	5	220	40	8	11	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21544939--21545070	43	3.1	42	79	6	122	24	16	35	23	1.95
21564955--21565007	28	1.9	28	84	3	72	30	20	16	32	1.95
21566536--21566663	60	2.1	60	81	2	141	25	19	18	35	1.95
21568144--21568184	21	2.1	19	86	9	55	29	0	9	60	1.28
21572067--21572105	21	2.0	20	90	10	62	41	15	12	30	1.85
21584333--21584380	21	2.3	20	79	10	60	14	22	6	56	1.61
21584338--21584378	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
21585148--21585189	20	2.2	19	84	16	52	30	2	26	40	1.69
21585184--21585316	43	3.0	46	78	8	148	27	16	33	21	1.95
21586268--21586370	38	2.6	40	82	8	122	24	37	15	22	1.93
21607283--21607469	28	6.5	28	81	8	205	39	8	11	40	1.71
21607283--21607469	59	3.2	57	82	7	225	39	8	11	40	1.71
21615154--21615186	18	1.9	17	88	11	50	60	15	0	24	1.35
21635916--21635945	11	2.7	11	89	0	51	36	0	0	63	0.95
21642494--21642576	42	2.0	42	92	0	139	24	31	14	30	1.94
21644124--21644275	42	3.6	42	76	6	146	28	21	28	21	1.98
21646144--21646359	54	4.0	54	84	1	263	25	41	12	20	1.87
21647532--21647640	35	2.9	35	75	17	103	32	24	0	42	1.61
21647542--21647627	41	2.1	41	86	4	120	29	23	1	46	1.60
21647734--21647826	45	2.0	48	89	8	147	8	40	6	44	1.61
21652204--21652240	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
21652294--21652397	43	2.5	42	80	4	120	25	31	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21661062--21661123	26	2.4	26	97	0	115	32	41	3	22	1.70
21662988--21663070	42	2.0	42	90	0	130	24	27	24	24	2.00
21668469--21668766	159	1.9	160	90	0	481	38	14	15	32	1.87
21686442--21686552	37	3.0	37	82	0	114	25	35	12	27	1.92
21687311--21687708	199	2.0	198	97	1	753	33	16	18	31	1.93
21688237--21688370	36	3.6	37	84	5	173	21	13	36	28	1.91
21689387--21689418	16	2.1	16	94	5	57	34	0	0	65	0.93
21690244--21690318	29	2.7	28	81	6	89	32	9	17	41	1.81
21690244--21690339	31	3.3	28	80	12	104	32	10	17	39	1.84
21690257--21690340	31	2.8	32	87	7	113	29	11	16	41	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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