genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22090812--22090866	25	2.2	25	90	0	83	36	16	14	32	1.89
22114199--22114236	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
22117366--22117398	14	2.3	15	89	5	50	27	0	9	63	1.24
22121635--22121846	35	6.1	35	76	14	199	34	8	13	43	1.74
22121658--22121761	40	2.7	40	86	8	137	35	6	13	44	1.70
22121781--22121860	35	2.3	35	84	4	99	40	8	12	38	1.74
22126876--22126948	37	2.0	37	86	5	103	32	19	12	35	1.89
22126925--22126983	32	1.9	30	93	6	100	30	22	10	37	1.87
22141623--22141660	2	19.0	2	94	0	58	44	0	5	50	1.24
22145852--22145880	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
22154209--22154291	39	2.1	39	84	0	103	30	9	15	44	1.79
22159725--22159919	73	2.7	74	78	7	204	18	21	17	42	1.89
22160674--22160716	19	2.3	19	88	4	70	55	0	0	44	0.99
22161078--22161109	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22162151--22162382	119	2.0	118	89	2	358	22	18	34	24	1.97
22162151--22162382	60	3.9	60	89	1	353	22	18	34	24	1.97
22164799--22164959	62	2.6	62	88	1	241	22	32	19	25	1.97
22167313--22167419	22	4.9	22	85	0	115	37	26	14	22	1.92
22167517--22167543	10	2.7	10	100	0	54	37	22	11	29	1.89
22168824--22168894	36	2.0	36	82	0	88	21	12	33	32	1.91
22170926--22171048	45	2.8	44	76	4	113	39	28	12	19	1.88
22170970--22171020	23	2.2	23	89	0	75	39	35	9	15	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22171038--22171124	22	4.0	21	76	11	77	41	21	14	21	1.90
22171132--22171240	45	2.4	45	86	3	148	37	29	11	22	1.88
22171210--22171397	81	2.3	81	87	0	259	35	35	10	18	1.85
22171367--22171412	22	2.1	22	91	0	74	28	36	10	23	1.89
22171601--22171637	19	1.9	19	88	0	56	29	10	29	29	1.91
22172903--22172927	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
22178998--22179295	99	3.0	99	97	1	571	13	30	10	44	1.78
22182796--22182936	58	2.5	56	81	4	174	30	15	13	40	1.86
22186354--22186386	17	1.9	17	88	11	50	42	12	6	39	1.67
22186528--22186699	28	6.0	28	84	6	184	37	9	9	42	1.72
22186528--22186699	59	3.0	58	84	6	208	37	9	9	42	1.72
22186528--22186693	87	1.9	88	82	6	212	38	9	9	42	1.71
22193188--22193229	21	2.0	22	90	4	68	35	28	9	26	1.88
22194114--22194168	18	3.0	19	82	10	62	69	1	18	10	1.27
22210216--22210258	19	2.3	19	87	0	59	44	18	9	27	1.80
22210469--22210553	40	2.1	40	84	0	107	67	2	1	29	1.11
22215978--22216058	40	2.0	40	95	0	144	35	32	4	27	1.78
22215984--22216050	20	3.3	20	68	15	66	32	31	5	29	1.82
22222096--22222202	37	2.9	38	78	13	107	25	36	18	19	1.95
22224174--22224198	11	2.3	11	100	0	50	28	0	28	44	1.55
22234168--22234276	42	2.6	43	82	5	132	20	36	19	23	1.95
22241077--22241159	43	1.9	43	82	4	105	40	14	36	8	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22241101--22241202	43	2.4	43	83	3	116	42	16	33	7	1.77
22242803--22242856	25	2.2	25	83	9	67	24	25	18	31	1.97
22243256--22243310	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
22253649--22253683	18	1.9	18	88	11	54	0	25	0	74	0.82
22253656--22253686	13	2.3	14	94	5	55	0	25	0	74	0.82
22256430--22256462	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
22258088--22258133	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
22258536--22258581	20	2.3	20	96	0	83	28	4	21	45	1.71
22259512--22259536	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
22260936--22260976	15	2.8	15	88	3	57	24	2	17	56	1.53
22262527--22262635	54	2.0	54	96	0	200	24	26	16	32	1.96
22266508--22266532	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
22267398--22267828	220	2.0	214	98	0	772	34	7	9	46	1.65
22270455--22270613	63	2.5	63	88	2	248	25	16	33	25	1.96
22270672--22270699	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22270999--22271030	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22297900--22297953	28	2.0	27	92	3	90	33	22	14	29	1.94
22301111--22301152	22	2.0	21	81	13	50	57	16	16	9	1.65
22310054--22310129	21	3.7	21	70	7	57	34	17	15	32	1.91
22317451--22317642	28	6.7	27	78	10	150	40	9	12	37	1.76
22317451--22317641	59	3.3	57	81	6	199	40	9	12	37	1.76
22317414--22317642	29	7.9	28	78	7	183	39	10	11	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22326176--22326217	14	3.0	14	86	6	50	71	0	28	0	0.86
22326181--22326218	7	5.4	7	87	9	51	76	0	23	0	0.79
22327837--22327869	12	2.8	12	95	0	57	27	9	21	42	1.83
22329473--22329497	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
22329608--22329710	38	2.6	40	88	8	151	20	16	40	22	1.91
22338346--22338381	18	2.0	18	94	0	63	11	11	19	58	1.62
22344246--22344295	23	2.2	23	85	7	66	0	32	0	68	0.90
22345469--22345639	51	3.3	51	83	1	216	21	8	20	50	1.74
22346753--22346785	15	2.2	15	94	0	57	51	3	0	45	1.16
22346352--22347027	345	2.0	344	84	6	884	40	7	7	44	1.60
22351102--22351206	44	2.4	44	80	10	117	33	11	17	38	1.85
22353820--22353875	20	2.9	20	76	12	55	1	32	0	66	1.03
22353801--22353875	38	2.0	36	82	12	89	2	30	0	66	1.05
22355411--22355969	295	1.9	297	91	1	917	44	21	8	25	1.80
22365169--22365323	71	2.2	71	100	0	310	44	13	18	23	1.85
22371903--22371953	23	2.2	23	82	0	57	9	29	9	50	1.67
22372339--22372490	31	5.4	30	76	17	139	30	17	14	38	1.89
22372385--22372458	26	2.9	25	80	7	87	25	16	16	41	1.88
22372476--22372592	45	2.6	45	80	2	137	30	21	16	31	1.95
22372640--22372729	45	2.0	45	89	4	137	28	20	18	32	1.96
22372526--22372859	114	2.9	113	83	1	371	29	16	15	37	1.90
22372655--22372795	69	2.0	69	85	5	187	29	15	16	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22372705--22372751	24	2.0	24	91	8	78	23	17	14	44	1.85
22372724--22372847	45	2.8	45	84	6	153	29	13	16	40	1.87
22372776--22372987	69	3.0	69	79	9	250	30	15	14	40	1.87
22373948--22373992	22	2.1	22	87	4	65	11	11	17	60	1.59
22378887--22378938	15	3.5	15	79	10	70	42	44	11	1	1.51
22378875--22378978	30	3.5	30	87	0	145	40	45	10	3	1.57
22378875--22378952	15	5.2	15	70	14	54	39	48	7	3	1.50
22383325--22383626	151	2.0	151	90	1	480	32	19	14	33	1.92
22387835--22387891	21	2.8	20	86	7	71	71	0	28	0	0.86
22387837--22387891	26	2.1	26	83	6	67	74	0	25	0	0.82
22393586--22393964	204	1.9	200	82	5	485	35	12	23	28	1.92
22396839--22396932	30	3.2	29	83	8	118	39	5	1	54	1.30
22396878--22396942	30	2.2	30	85	0	85	38	6	0	55	1.25
22397000--22397078	33	2.4	33	78	0	104	49	3	5	41	1.43
22397199--22397240	21	2.0	21	81	13	50	52	14	4	28	1.62
22397710--22397774	33	2.0	33	84	0	85	38	13	6	41	1.70
22400685--22400709	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
22404041--22404081	19	2.2	20	82	13	59	51	0	2	46	1.14
22407140--22407264	42	3.0	42	89	0	178	20	20	35	24	1.96
22411300--22411359	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
22414221--22414274	26	2.1	26	92	0	90	33	24	1	40	1.66
22416447--22416544	49	2.0	49	92	4	162	37	20	8	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22418031--22418184	29	5.3	28	76	14	134	42	8	10	38	1.70
22418037--22418201	90	1.8	90	87	5	244	41	7	9	40	1.67
22418346--22418378	17	1.9	17	88	11	50	45	6	12	36	1.66
22429351--22429402	28	1.9	27	84	7	70	28	21	19	30	1.97
22429448--22429493	20	2.3	20	92	0	74	43	23	4	28	1.73
22432271--22432430	74	2.2	74	82	2	196	24	21	11	43	1.85
22433886--22433931	20	2.3	20	88	7	67	32	4	17	45	1.68
22433976--22434028	28	1.9	27	88	3	79	30	18	22	28	1.98
22433976--22434034	28	2.1	28	84	6	75	30	20	23	25	1.98
22438988--22439039	23	2.4	22	83	6	61	48	0	1	50	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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