genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38630433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28184447--28184473	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
28185307--28185359	26	2.0	26	92	0	88	22	30	11	35	1.89
28186349--28186380	13	2.4	14	85	15	50	25	15	0	59	1.36
28188897--28188932	17	2.1	17	89	0	54	11	36	22	30	1.89
28198132--28198177	24	2.0	24	87	12	69	43	15	8	32	1.77
28201198--28201227	6	5.0	6	95	0	51	0	33	13	53	1.40
28206874--28206919	6	7.7	6	95	0	83	32	36	0	30	1.58
28212771--28212822	15	3.5	15	80	15	54	36	1	25	36	1.67
28212781--28212826	15	3.1	15	81	12	58	39	2	19	39	1.64
28213179--28213231	20	2.7	20	84	0	61	35	15	9	39	1.79
28213625--28213691	28	2.4	28	85	2	82	53	5	37	2	1.41
28215033--28215064	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
28216130--28216169	21	1.9	21	85	10	55	35	12	10	42	1.76
28216624--28216661	19	2.0	20	94	5	69	63	21	0	15	1.31
28216810--28216873	29	2.3	27	86	7	85	53	0	7	39	1.30
28221554--28221592	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
28224867--28224892	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28227878--28227910	17	1.9	17	93	0	57	9	9	9	72	1.28
28231188--28231235	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
28232465--28232606	73	1.9	73	84	5	187	40	4	8	46	1.56
28232689--28232828	74	1.9	72	82	2	172	40	5	7	47	1.53
28232911--28232996	35	2.4	35	83	11	104	40	0	3	55	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28234579--28234708	26	5.0	26	73	10	106	37	12	20	30	1.89
28234746--28234821	28	2.7	27	82	9	91	43	19	14	22	1.87
28241543--28241567	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
28248637--28248661	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
28255533--28255582	2	25.0	2	87	0	73	48	6	46	0	1.27
28260943--28260990	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
28261737--28261792	24	2.3	25	81	12	71	55	0	39	5	1.23
28263512--28263560	21	2.4	21	79	3	55	34	20	2	42	1.64
28266597--28266638	15	2.8	15	80	20	52	59	16	4	19	1.54
28267492--28267589	53	1.9	49	84	12	126	54	9	22	14	1.68
28268278--28268311	17	2.1	17	89	10	54	52	0	0	47	1.00
28269783--28269837	2	28.0	2	92	3	94	50	0	0	49	1.00
28272641--28272699	2	30.0	2	89	3	93	47	0	3	49	1.18
28272662--28272729	24	3.0	23	83	10	70	35	0	10	52	1.35
28280080--28280115	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
28287164--28287198	13	2.7	13	90	0	52	68	11	0	20	1.20
28287918--28287992	29	2.6	29	95	0	132	57	14	6	21	1.60
28288246--28288289	19	2.5	17	80	16	54	59	0	2	38	1.10
28288869--28288903	17	2.1	17	100	0	70	28	5	11	54	1.59
28288850--28288879	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
28289263--28289306	2	23.0	2	90	9	74	50	0	0	50	1.00
28289263--28289306	11	3.8	12	88	11	74	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28289708--28289751	2	22.5	2	86	4	63	50	0	4	45	1.22
28289708--28289748	16	2.6	16	96	3	75	51	0	4	43	1.23
28291488--28291524	17	2.1	18	90	10	58	13	0	8	78	0.96
28298661--28298694	14	2.4	14	85	0	50	23	0	41	35	1.55
28306361--28306399	12	3.2	12	81	0	51	23	28	2	46	1.65
28309009--28309500	83	5.9	83	91	0	723	16	33	16	33	1.91
28314388--28314428	21	1.9	22	85	5	57	56	4	17	21	1.60
28314387--28314434	21	2.2	21	77	3	51	62	4	14	18	1.47
28320500--28320524	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28322156--28322188	17	2.0	17	88	5	50	51	3	6	39	1.42
28323549--28324805	629	2.0	628	100	0	2505	33	13	19	33	1.91
28326795--28326975	90	2.0	90	93	0	308	22	19	23	34	1.96
28327985--28328042	15	3.9	14	75	20	55	50	6	29	13	1.68
28327973--28328044	30	2.4	30	93	4	119	50	5	30	13	1.65
28330673--28330726	28	1.9	28	88	0	81	35	16	16	31	1.92
28330661--28330739	24	3.1	24	74	13	77	34	15	16	34	1.90
28332867--28332907	17	2.4	16	84	11	55	60	12	0	26	1.31
28339993--28340024	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
28347123--28347195	37	2.0	37	97	0	137	23	9	24	42	1.84
28357699--28357736	19	2.0	19	94	0	67	44	5	23	26	1.74
28359293--28359364	22	3.2	22	75	11	74	8	12	29	50	1.69
28359231--28359415	90	2.1	90	84	2	237	12	15	25	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28359279--28359539	45	6.0	45	73	8	216	11	14	28	44	1.80
28359332--28359497	82	2.0	82	81	2	190	10	14	30	44	1.78
28359423--28359499	22	3.5	22	72	10	75	9	10	32	48	1.69
28359465--28359506	22	1.9	22	85	0	57	7	16	30	45	1.74
28359301--28359539	127	1.9	127	86	0	343	11	14	29	44	1.80
28359413--28359576	90	1.8	90	80	5	197	12	12	29	45	1.79
28359544--28359589	22	2.1	22	83	0	56	17	6	32	43	1.75
28364554--28364727	45	3.9	45	83	2	208	10	17	25	45	1.81
28364580--28364685	11	9.5	11	66	11	54	11	15	26	47	1.79
28364543--28364738	90	2.2	89	82	3	241	10	17	26	45	1.81
28364605--28364774	90	1.9	90	80	4	200	12	14	28	45	1.80
28374242--28374334	33	2.8	33	96	0	168	63	3	8	24	1.38
28375247--28375271	13	1.9	13	100	0	50	56	0	24	20	1.43
28380403--28380433	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
28380668--28380695	14	2.0	14	100	0	56	14	28	0	57	1.38
28381440--28381487	12	4.3	12	70	20	50	0	29	0	70	0.87
28381455--28381540	4	21.8	4	74	11	70	0	32	0	67	0.91
28381422--28381504	34	2.4	34	80	9	89	2	28	2	66	1.17
28381440--28381507	21	3.1	21	72	18	59	0	29	0	70	0.87
28381443--28381501	30	1.9	30	89	6	91	0	27	0	72	0.84
28381443--28381539	32	2.9	33	84	11	119	0	32	0	67	0.91
28382142--28382188	19	2.6	18	87	12	62	38	4	0	57	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28382527--28382552	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
28390634--28390686	28	1.9	27	88	3	79	28	22	18	30	1.98
28390731--28390776	20	2.3	20	85	7	58	45	19	4	30	1.70
28391583--28391653	4	18.2	4	74	11	58	0	32	0	67	0.91
28391567--28391653	32	2.6	32	84	14	97	0	32	1	66	0.99
28391583--28391650	27	2.5	28	84	11	81	0	33	0	66	0.92
28391583--28391658	27	2.8	25	79	13	80	0	34	0	65	0.93
28391833--28391894	3	21.3	3	79	9	58	22	3	1	72	1.08
28391835--28391895	25	2.5	25	81	7	72	21	3	1	73	1.06
28392302--28392350	19	2.6	19	90	3	73	38	4	0	57	1.18
28394296--28394320	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28396440--28396464	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28397618--28397681	28	2.2	29	86	2	85	45	20	6	28	1.75
28401218--28401242	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28409310--28409343	17	1.9	18	88	5	52	79	5	8	5	1.05
28410154--28410197	21	2.0	22	86	4	63	63	6	0	29	1.20
28417526--28417570	15	3.0	15	84	12	65	55	20	2	22	1.54
28418722--28418960	31	7.7	31	82	0	244	32	22	11	33	1.90
28418716--28418929	94	2.3	93	83	0	266	31	23	12	32	1.92
28418728--28418976	62	4.0	62	82	3	293	32	22	12	32	1.90
28419722--28419777	16	3.6	15	79	13	51	3	10	3	82	0.92
28428779--28429011	115	2.0	115	99	0	457	34	16	16	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28431952--28432027	35	2.2	35	87	0	107	30	15	22	31	1.95
28431954--28432044	35	2.5	35	81	10	103	29	14	24	31	1.94
28432898--28432946	24	2.0	24	84	0	62	38	6	4	51	1.46
28433240--28433373	71	1.9	70	87	4	198	43	8	3	44	1.53
28433390--28433414	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
28440911--28440961	15	3.4	15	86	10	68	27	0	17	54	1.43
28445879--28445912	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
28448369--28448416	18	2.6	18	87	9	62	37	6	0	56	1.25
28454996--28455053	30	2.0	29	82	3	71	34	17	6	41	1.76
28455316--28455382	33	2.0	33	100	0	134	26	26	28	17	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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