Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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This is table  191  of  198  ( 23681 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
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Copy
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Period
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Indices
Period
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Number
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Indels
Score
A
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42
1.54
59453041--59453934
126
7.1
126
83
6
1073
39
16
15
28
1.89
59453041--59453934
249
3.6
250
84
5
1139
39
16
15
28
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59456435--59456469
18
1.9
18
94
0
61
34
8
31
25
1.86
59457235--59457277
20
2.2
19
84
12
52
46
4
2
46
1.36
59458628--59458687
31
1.9
32
86
10
88
55
8
0
36
1.30
59472943--59472970
11
2.5
11
100
0
56
67
17
7
7
1.37
59475200--59475246
24
2.0
24
95
4
87
48
17
8
25
1.74
59477825--59477849
6
4.2
6
100
0
50
20
0
0
80
0.72
59478299--59478418
57
2.1
57
89
6
179
45
0
6
47
1.29
59487069--59487236
84
2.0
83
97
1
318
23
13
14
47
1.80
59495874--59496073
63
3.2
63
92
2
339
37
7
18
37
1.79
59499509--59499593
25
3.2
25
65
26
66
56
4
7
31
1.47
59499493--59499627
55
2.5
55
98
0
261
57
5
5
31
1.45
59501511--59501543
12
2.8
12
90
9
50
66
0
0
33
0.92
59501524--59501575
18
2.9
18
80
8
61
65
0
0
34
0.93
59507431--59507456
12
2.2
12
100
0
52
30
15
26
26
1.96
59512505--59512534
14
2.1
14
93
0
51
3
26
0
70
1.03
59512835--59512950
3
38.7
3
92
0
97
0
42
0
56
1.05
59525716--59525748
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
59536178--59536211
16
2.1
16
88
0
50
23
14
20
41
1.89
59538727--59538896
42
4.0
42
86
1
234
28
29
15
25
1.96
59544400--59544519
51
2.4
49
77
9
125
54
1
0
43
1.16
59544443--59544480
17
2.2
18
85
4
51
57
0
0
42
0.98
59551953--59552006
25
2.2
25
96
3
101
51
3
14
29
1.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59555281--59555315
16
2.1
16
89
10
52
62
0
5
31
1.18
59559209--59559272
23
2.8
23
79
9
76
31
6
3
59
1.38
59561299--59561392
40
2.4
39
80
5
100
36
25
24
13
1.93
59561654--59562274
229
2.7
229
88
1
911
28
18
21
31
1.97
59562735--59562790
21
2.7
20
79
17
60
25
0
32
42
1.55
59562852--59562909
7
8.3
7
76
17
50
18
0
41
39
1.51
59562852--59562909
15
4.1
14
77
22
59
18
0
41
39
1.51
59567505--59567561
28
2.0
28
89
0
87
36
19
33
10
1.86
59567537--59567607
21
3.4
21
80
0
79
36
16
42
4
1.68
59567952--59568014
31
2.0
31
96
0
117
22
20
31
25
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198