genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2487442--2487479	8	4.6	8	90	6	58	7	0	2	89	0.57
2487442--2487480	9	4.4	9	90	9	55	7	0	2	89	0.56
2487442--2487480	17	2.3	17	95	0	69	7	0	2	89	0.56
2487913--2487961	6	8.3	6	77	20	50	77	0	4	18	0.92
2487927--2487974	22	2.1	23	84	3	62	72	0	6	20	1.05
2487920--2487976	23	2.5	24	77	8	64	71	0	7	21	1.08
2496886--2496981	42	2.3	42	76	7	106	44	17	21	15	1.86
2501214--2501624	104	4.0	102	75	15	339	40	13	14	30	1.85
2502180--2502596	108	3.9	107	88	5	591	30	16	13	40	1.87
2502180--2502584	211	1.9	213	89	5	640	30	16	13	40	1.86
2502530--2502669	72	1.9	72	92	1	235	34	11	12	42	1.78
2502602--2502801	106	1.9	105	86	6	282	32	16	15	36	1.90
2513714--2513743	6	5.0	6	95	0	51	33	63	0	3	1.11
2513923--2513954	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
2517443--2517477	15	2.3	15	90	9	54	54	2	2	40	1.30
2517443--2517477	7	4.7	7	89	10	52	54	2	2	40	1.30
2523399--2523430	16	1.9	17	93	6	57	43	12	0	43	1.42
2528362--2528419	30	1.9	30	89	0	89	34	20	20	24	1.97
2529823--2529872	21	2.6	18	80	17	57	56	0	2	42	1.11
2530241--2530281	20	2.0	21	85	4	57	36	0	2	60	1.10
2531091--2531145	21	2.5	22	79	5	67	36	0	0	63	0.95
2531804--2531841	19	2.0	19	89	0	58	71	13	7	7	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2531791--2531833	22	2.0	22	85	0	59	69	13	9	6	1.35
2532805--2532870	28	2.4	28	94	0	114	42	10	0	46	1.38
2533887--2533937	18	2.7	19	78	3	59	47	1	11	39	1.52
2540924--2540972	22	2.3	22	85	3	64	28	18	24	28	1.98
2544460--2544489	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2547470--2547499	9	3.3	9	90	0	51	36	13	10	40	1.78
2549532--2549591	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
2549806--2549851	9	5.1	9	94	0	83	30	10	13	45	1.77
2549904--2549934	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
2550125--2550189	23	2.8	23	81	4	78	43	21	9	26	1.82
2550320--2550484	46	3.6	46	97	0	303	47	7	8	36	1.62
2550911--2550950	20	2.0	20	95	0	71	22	20	22	35	1.96
2551233--2551265	15	2.1	16	88	5	50	39	36	0	24	1.56
2553132--2553215	25	3.2	26	77	22	86	46	0	0	53	1.00
2553127--2553211	29	2.6	34	75	22	94	44	0	0	55	0.99
2553207--2553240	15	2.1	16	89	10	52	58	0	0	41	0.98
2553153--2553234	25	3.1	26	72	13	71	50	0	0	50	1.00
2558391--2558446	20	2.7	20	91	5	85	85	12	1	0	0.67
2558390--2558446	25	2.3	24	90	6	87	85	12	1	0	0.66
2558393--2558446	5	10.8	5	84	7	65	85	12	1	0	0.69
2560492--2561450	44	22.0	44	69	12	381	30	20	22	26	1.98
2560488--2561182	217	3.2	216	85	4	799	30	20	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2560752--2561014	129	2.0	128	90	2	411	31	19	21	27	1.97
2560927--2561108	98	1.9	98	91	0	301	32	19	19	28	1.96
2560803--2561237	227	1.9	227	91	0	710	31	20	21	27	1.98
2561024--2561482	129	3.6	129	91	2	701	30	21	21	26	1.98
2563430--2563960	109	4.9	110	90	3	826	30	16	18	34	1.93
2563430--2563947	219	2.4	218	92	2	839	30	15	19	34	1.93
2574434--2574482	3	16.7	3	95	4	91	69	0	0	30	0.89
2574553--2574577	5	5.0	5	100	0	50	0	40	0	60	0.97
2575086--2575118	18	1.9	17	88	11	50	21	12	18	48	1.80
2581216--2581260	24	1.9	24	86	4	65	57	2	4	35	1.31
2582580--2582604	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2589947--2590047	50	2.0	51	90	3	159	33	3	3	58	1.35
2591484--2591508	7	3.6	7	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2592108--2592145	3	12.7	3	89	10	60	31	0	0	68	0.90
2598471--2598505	18	1.9	18	94	0	61	31	2	2	62	1.24
2603174--2603205	15	2.1	15	94	0	55	50	21	15	12	1.77
2605271--2605307	20	1.9	19	89	10	58	40	0	27	32	1.57
2607184--2607225	11	3.5	12	83	9	50	28	0	0	71	0.86
2607196--2607225	11	2.6	11	94	5	51	30	0	0	70	0.88
2609067--2609114	26	1.9	25	83	8	62	31	2	4	62	1.26
2609067--2609132	25	2.6	25	78	7	71	31	1	6	60	1.30
2614109--2614136	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2620143--2620219	24	3.2	24	81	0	91	57	10	2	29	1.46
2621185--2621239	23	2.3	25	84	12	80	3	16	7	72	1.21
2623326--2623359	17	1.9	17	88	5	50	11	0	11	76	1.02
2625202--2625296	42	2.3	42	94	0	172	20	16	28	34	1.94
2635784--2635870	42	2.1	42	97	0	165	19	6	6	66	1.38
2636093--2636154	28	2.1	31	82	14	78	0	29	0	70	0.87
2636091--2636256	39	4.7	34	75	15	117	0	31	0	68	0.90
2636121--2636280	4	40.8	4	72	19	108	0	30	0	70	0.88
2636117--2636280	39	4.3	40	76	17	170	0	30	0	69	0.89
2636126--2636280	44	3.8	41	80	14	162	0	30	0	69	0.89
2636090--2636278	83	2.4	76	78	12	200	0	31	0	68	0.90
2636323--2636392	27	2.6	27	93	4	115	15	28	28	27	1.96
2636323--2636401	27	2.9	27	88	0	113	15	30	27	26	1.96
2636454--2636498	23	2.0	23	95	0	81	55	0	6	37	1.26
2642862--2642893	15	2.1	16	94	5	57	53	0	15	31	1.43
2643185--2643238	19	2.8	19	97	0	99	37	16	9	37	1.81
2644606--2645081	105	4.6	105	95	1	811	30	29	20	19	1.97
2645410--2645473	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
2645417--2645473	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
2646841--2647191	88	4.0	88	93	0	542	21	26	25	25	2.00
2646913--2647138	44	5.1	44	65	12	158	22	26	26	24	2.00
2647955--2648018	29	2.3	28	84	7	85	42	18	15	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2651374--2651414	15	2.6	16	85	11	50	24	0	7	68	1.15
2655120--2655450	102	3.2	101	85	5	461	32	26	19	21	1.97
2680167--2680313	74	2.0	74	100	0	294	21	19	18	40	1.91
2686172--2686217	21	2.1	22	88	4	67	39	30	10	19	1.86
2686742--2686787	25	1.9	25	86	8	69	45	4	4	45	1.43
2691694--2691729	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2692235--2692273	18	2.2	17	86	4	51	61	0	2	35	1.10
2693976--2694094	48	2.5	48	93	2	195	29	10	25	35	1.88
2705795--2705844	16	2.9	17	82	8	57	76	4	10	10	1.15
2708582--2708618	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2715399--2715456	21	2.8	19	77	12	62	67	0	0	32	0.91
2717619--2717681	30	2.1	30	93	0	108	57	14	3	25	1.52
2723970--2724029	30	2.0	31	83	3	77	41	0	38	20	1.52
2724243--2724279	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
2730052--2730092	21	2.0	21	90	0	64	39	2	14	43	1.59
2732814--2732852	18	2.2	17	86	13	53	33	2	20	43	1.65
2733064--2733139	23	3.3	23	88	0	125	22	19	26	31	1.98
2736238--2736287	23	2.3	23	86	13	70	28	0	8	64	1.22
2736474--2736514	21	1.9	21	95	5	73	41	2	0	56	1.13
2738627--2738676	25	2.0	25	84	7	66	52	0	2	46	1.12
2747498--2747564	31	2.3	27	80	14	80	41	5	8	43	1.60
2747934--2747960	14	1.9	14	100	0	54	48	7	0	44	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2754217--2754370	74	2.1	74	97	0	290	24	9	25	40	1.85
2760299--2760325	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2762786--2762862	38	2.0	38	94	0	136	29	23	10	36	1.88
2770053--2770112	31	1.9	31	93	0	102	48	13	6	31	1.68
2776729--2776769	15	2.8	14	88	7	55	2	9	2	85	0.78
2781265--2781298	15	2.3	15	89	0	50	52	8	0	38	1.33
2783514--2783574	32	1.9	32	86	0	86	34	16	24	24	1.95
2783756--2783822	21	3.0	21	74	19	64	52	0	0	47	1.00
2783826--2783869	19	2.3	19	88	7	63	70	0	2	27	0.99
2783835--2783875	19	2.2	19	90	0	64	63	0	7	29	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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