genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  55  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16642076--16642303	58	3.9	59	74	10	182	36	11	27	25	1.90
16642080--16642318	87	2.7	86	80	5	248	36	12	26	24	1.91
16642111--16642317	29	7.1	29	79	4	175	36	12	26	24	1.91
16645803--16645827	9	2.8	9	100	0	50	68	0	24	8	1.16
16647828--16647886	26	2.3	26	90	0	91	37	11	13	37	1.82
16668821--16668892	29	2.4	29	84	6	92	40	11	30	18	1.85
16668854--16668980	67	1.9	67	88	3	193	39	11	25	23	1.89
16675612--16675746	40	3.4	40	81	0	171	27	18	20	34	1.96
16676139--16676225	31	2.8	33	81	10	110	27	14	16	41	1.87
16676152--16676225	31	2.4	31	90	0	112	24	14	18	41	1.89
16680113--16680596	242	2.0	243	97	0	907	32	7	15	45	1.74
16688831--16688863	16	2.1	16	100	0	66	18	0	51	30	1.46
16689194--16689236	19	2.2	20	84	12	54	37	0	16	46	1.47
16689385--16689425	20	2.0	22	90	9	68	46	0	0	53	1.00
16689379--16689434	5	11.6	5	75	21	57	42	0	0	57	0.99
16694566--16694603	19	2.0	19	85	10	51	42	0	15	42	1.47
16695916--16695953	13	2.8	13	85	14	51	60	2	7	28	1.38
16696094--16696128	17	1.9	19	88	11	56	45	0	25	28	1.54
16696214--16696299	21	4.0	22	73	15	63	16	19	24	39	1.91
16696591--16696628	18	2.1	18	85	9	51	50	2	10	36	1.51
16699579--16699833	129	2.0	132	84	2	345	23	29	20	26	1.99
16699583--16699833	43	5.8	43	82	3	297	23	30	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16704844--16704924	7	11.3	7	76	10	67	46	35	0	17	1.48
16704845--16705020	14	12.3	14	71	13	99	46	32	0	20	1.55
16704869--16704924	8	7.5	8	78	9	57	46	37	0	16	1.47
16704846--16704922	29	2.7	29	97	2	147	49	35	0	15	1.45
16704960--16705020	7	8.6	7	80	3	68	50	27	0	21	1.49
16704972--16705015	15	3.0	15	86	3	63	47	34	0	18	1.49
16705041--16705074	14	2.4	14	90	0	50	52	32	0	14	1.42
16705280--16705456	41	4.3	41	83	5	200	31	28	19	20	1.97
16705298--16705456	41	3.9	41	87	0	228	28	29	20	22	1.98
16705563--16705642	42	1.9	42	84	0	106	26	23	15	35	1.94
16710251--16710319	32	2.2	32	100	0	138	28	27	18	24	1.98
16710293--16710532	50	4.7	50	76	8	173	22	28	20	29	1.98
16717855--16718040	50	3.6	50	80	4	174	24	27	18	29	1.98
16727649--16727699	24	2.1	24	85	0	66	21	29	7	41	1.81
16732697--16732742	24	1.9	24	81	0	56	50	10	15	23	1.75
16734285--16734350	26	2.5	26	82	4	80	34	0	3	62	1.11
16734308--16734348	7	6.1	7	77	11	50	31	0	2	65	1.05
16734315--16734355	19	2.3	19	87	8	59	36	0	2	60	1.10
16734624--16734659	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
16737730--16737761	14	2.1	16	88	11	50	68	3	3	25	1.18
16740958--16740987	11	2.9	10	90	9	51	40	43	0	16	1.48
16743432--16743465	17	2.0	17	100	0	68	52	5	17	23	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16744634--16744899	35	7.4	34	68	13	111	22	21	22	33	1.97
16744632--16744899	109	2.5	109	82	3	317	22	21	22	33	1.97
16760672--16760748	38	2.0	38	100	0	154	23	18	23	35	1.96
16762157--16762224	33	2.1	33	94	0	118	35	14	17	32	1.91
16768994--16769066	38	1.9	37	86	8	103	31	21	1	45	1.61
16769054--16769097	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
16769157--16769335	45	4.0	45	90	1	254	32	25	16	25	1.96
16773496--16773568	38	1.9	37	86	8	103	31	21	1	45	1.61
16773556--16773599	23	1.9	22	82	17	54	38	25	0	36	1.56
16773685--16773810	44	2.8	45	90	2	193	32	26	19	21	1.97
16776693--16776765	26	2.8	27	87	4	96	38	21	19	20	1.94
16776925--16777329	27	15.0	27	83	0	452	20	16	20	42	1.89
16785370--16785421	10	5.0	10	81	11	52	63	0	1	34	1.06
16785370--16785422	21	2.5	22	76	14	58	62	0	1	35	1.06
16789176--16789251	40	1.9	40	91	0	125	28	21	26	23	1.99
16789350--16789578	41	5.9	39	74	15	161	22	20	31	26	1.98
16789349--16789552	41	5.2	39	76	16	174	21	20	31	26	1.98
16789430--16789581	74	2.1	74	94	0	268	21	21	30	26	1.98
16789471--16789537	33	2.0	33	83	11	84	19	20	31	28	1.97
16789765--16789947	75	2.4	74	93	3	305	20	2	30	46	1.62
16789894--16790040	7	20.6	7	74	10	84	21	0	31	46	1.51
16789765--16790040	14	18.9	14	69	16	123	21	1	31	46	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16789897--16790040	29	5.0	29	74	9	116	21	0	32	45	1.52
16790684--16790747	20	3.2	20	76	12	69	43	0	7	48	1.32
16804345--16804372	12	2.3	12	100	0	56	7	21	42	28	1.79
16805422--16805497	30	2.5	30	84	0	107	26	27	10	35	1.89
16805482--16805677	30	6.5	30	71	9	130	21	25	12	40	1.88
16805482--16805677	60	3.3	59	70	6	160	21	25	12	40	1.88
16805602--16805675	29	2.5	30	82	2	87	20	27	9	43	1.82
16822462--16822705	50	4.9	50	84	1	240	27	22	29	20	1.99
16822906--16822954	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
16824816--16824844	13	2.1	14	93	6	51	24	10	0	65	1.23
16829486--16829511	12	2.2	12	100	0	52	23	30	30	15	1.95
16833782--16833841	27	2.2	27	84	0	75	20	16	25	38	1.93
16833794--16834149	27	13.2	27	79	2	324	17	17	19	45	1.85
16841116--16841192	26	3.0	26	88	0	100	37	22	22	18	1.94
16841350--16841669	27	11.9	28	79	9	283	18	18	17	45	1.86
16841355--16841669	54	5.9	53	80	5	330	18	18	17	45	1.86
16841358--16841668	161	1.9	161	86	3	448	18	18	16	45	1.85
16845242--16845284	16	2.7	16	88	0	68	27	6	30	34	1.83
16847543--16847623	36	2.2	36	91	2	126	50	8	11	29	1.67
16853683--16853832	74	2.0	74	97	0	282	26	21	21	30	1.98
16867968--16868166	29	6.8	29	86	4	258	22	27	14	36	1.92
16873950--16874039	29	3.1	29	84	6	128	20	25	12	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16875395--16875419	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
16879991--16880027	7	5.6	7	90	9	60	10	16	0	72	1.10
16879991--16880027	13	2.8	13	88	11	58	10	16	0	72	1.10
16881133--16881203	28	2.6	28	88	6	110	19	18	28	33	1.95
16887921--16887953	12	2.6	13	85	4	50	66	0	0	33	0.92
16892502--16892616	20	5.8	20	74	4	106	34	20	33	12	1.89
16893366--16893421	28	1.9	29	82	13	71	42	21	3	32	1.70
16897425--16897484	19	3.2	19	71	17	54	16	5	3	75	1.12
16900671--16900724	25	2.2	25	86	6	74	20	27	20	31	1.97
16905895--16906391	94	5.3	94	83	2	556	27	21	17	33	1.96
16906077--16906224	44	3.2	44	70	23	133	24	23	20	31	1.98
16905895--16906391	188	2.7	187	85	4	612	27	21	17	33	1.96
16924552--16924607	19	2.9	19	75	17	53	53	0	0	46	1.00
16930331--16930425	31	3.1	31	79	0	109	22	21	13	43	1.87
16932429--16932501	27	2.7	27	84	0	92	36	10	23	28	1.89
16941397--16941518	63	1.9	63	91	0	199	25	22	14	36	1.93
16941904--16942130	113	2.0	113	95	0	409	27	20	26	25	1.99
16950195--16950233	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
16950484--16950722	50	4.7	50	81	3	253	23	28	20	27	1.99
16953448--16953519	25	2.9	25	82	0	90	22	26	22	29	1.99
16955524--16955551	14	2.0	14	100	0	56	50	28	0	21	1.49
16959800--16959851	25	2.0	27	85	7	72	15	3	5	75	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16963723--16963775	23	2.3	22	73	20	54	73	0	1	24	0.93
16964002--16964041	17	2.2	17	86	8	53	52	12	5	30	1.60
16988988--16989072	28	3.0	28	87	0	116	27	22	25	24	2.00
16989452--16989871	27	15.6	27	78	10	373	22	14	19	44	1.87
16989438--16989871	54	8.1	53	81	7	448	22	14	18	44	1.87
16989438--16989871	81	5.4	81	83	6	485	22	14	18	44	1.87
16992441--16992478	20	2.1	18	85	14	51	57	13	0	28	1.36
16997310--16997366	24	2.4	25	83	13	75	52	0	7	40	1.28
17005030--17005080	24	2.1	25	82	7	61	62	5	3	27	1.36
17018796--17018931	50	2.7	51	83	8	179	27	16	26	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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