genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7293686--7293838	12	14.1	11	68	19	56	49	15	0	35	1.49
7293684--7293750	21	3.0	21	72	18	64	47	14	1	35	1.54
7293724--7293873	36	4.5	35	68	24	117	49	15	0	35	1.45
7293686--7293871	48	3.9	44	77	14	192	49	14	0	35	1.48
7293659--7293905	97	2.6	97	94	1	419	51	16	0	31	1.48
7293781--7293847	21	3.0	21	74	18	64	47	14	0	37	1.45
7293891--7294250	9	42.2	9	71	15	221	47	20	2	29	1.63
7293891--7294250	25	14.1	24	77	8	192	47	20	2	29	1.63
7293891--7294250	50	7.2	49	74	9	282	47	20	2	29	1.63
7293993--7294079	37	2.4	36	92	7	149	49	17	2	31	1.59
7296580--7296675	21	4.4	21	78	12	104	38	16	40	4	1.68
7296633--7296672	12	3.3	12	89	0	62	40	15	40	5	1.68
7297109--7297230	42	2.9	41	79	11	131	25	22	21	30	1.99
7297109--7297251	43	3.4	42	81	7	155	25	23	20	29	1.99
7299169--7299203	18	2.0	18	94	5	63	60	5	5	28	1.43
7301868--7301897	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
7302659--7302684	7	3.7	7	100	0	52	23	61	0	15	1.33
7305950--7305988	19	2.1	19	85	9	53	43	12	12	30	1.81
7307041--7307161	58	2.1	58	84	3	163	45	12	9	32	1.75
7310818--7311080	105	2.5	105	84	1	339	35	15	17	30	1.92
7321158--7321193	11	3.3	11	84	0	54	66	0	2	30	1.06
7325194--7325226	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7326511--7326552	22	1.9	22	85	9	59	59	0	2	38	1.10
7329052--7329100	22	2.3	21	82	3	53	61	4	6	28	1.38
7330636--7330663	14	2.0	14	100	0	56	71	7	0	21	1.09
7330786--7330844	27	2.2	26	81	9	64	59	5	3	32	1.36
7330804--7330863	31	1.9	32	86	10	88	58	3	3	35	1.31
7331029--7331072	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
7331025--7331076	27	1.9	27	84	0	68	53	0	9	36	1.34
7331193--7331231	3	13.0	3	88	0	60	64	2	2	30	1.21
7331547--7331644	21	4.7	21	87	8	121	40	15	8	35	1.77
7332089--7332201	44	2.6	44	87	2	156	28	19	22	30	1.98
7332394--7332511	50	2.4	50	81	5	139	27	23	22	25	2.00
7332675--7333522	44	19.3	44	60	6	219	20	24	26	27	1.99
7332653--7333570	88	10.4	88	94	0	1503	20	24	27	28	1.99
7338626--7338653	14	2.0	14	100	0	56	71	7	0	21	1.09
7340220--7340278	3	19.3	3	96	3	109	66	0	0	33	0.92
7340338--7340428	3	29.7	3	86	4	128	62	2	3	31	1.23
7340737--7340783	23	2.0	24	91	4	78	40	17	6	36	1.75
7340737--7340802	21	3.0	24	79	18	81	39	16	7	36	1.77
7340737--7340813	19	3.7	21	84	11	88	41	15	7	35	1.76
7362151--7362175	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
7370009--7370056	24	2.0	25	83	4	62	50	0	0	50	1.00
7387528--7387713	49	3.8	50	77	12	152	34	18	26	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7387528--7387702	25	7.1	25	72	17	134	34	20	26	19	1.96
7390830--7390882	23	2.3	23	93	0	97	20	20	26	32	1.98
7393141--7393190	2	25.0	2	95	0	91	52	0	0	48	1.00
7403188--7403224	19	2.1	19	85	10	51	35	5	13	45	1.66
7404271--7404299	6	4.8	6	100	0	58	34	17	17	31	1.93
7410133--7410189	28	2.0	28	93	0	96	38	12	5	43	1.65
7410307--7410384	33	2.4	33	74	8	77	28	24	14	33	1.94
7410325--7410520	101	1.9	101	90	0	311	28	23	15	31	1.96
7417772--7417953	73	2.5	72	82	6	197	35	13	10	40	1.79
7422152--7422191	17	2.4	17	95	0	71	22	32	17	27	1.96
7423124--7423363	101	2.4	101	87	1	338	29	23	14	32	1.94
7424071--7424096	13	2.0	13	100	0	52	30	23	0	46	1.53
7429502--7429536	17	2.1	17	89	10	54	68	0	0	31	0.90
7429500--7429540	18	2.3	18	84	16	59	68	0	0	31	0.90
7431542--7431569	14	2.0	14	100	0	56	21	14	0	64	1.29
7432971--7433078	29	3.7	29	74	15	87	57	4	0	37	1.20
7433860--7433914	25	2.0	26	86	13	76	61	5	0	32	1.19
7434243--7434285	21	2.0	23	82	17	56	27	32	2	37	1.70
7434406--7434439	13	2.5	13	90	4	50	2	11	2	82	0.89
7447112--7447334	103	2.2	103	88	1	322	43	11	3	42	1.57
7453058--7453103	24	1.9	24	90	0	74	39	2	6	52	1.40
7457686--7457983	88	3.4	85	74	8	251	27	23	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7457824--7457935	44	2.5	44	81	5	129	32	21	17	28	1.96
7473007--7473079	32	2.5	27	78	19	92	26	2	20	50	1.61
7473016--7473086	32	2.2	32	94	0	124	28	2	19	49	1.62
7479109--7479253	23	6.3	23	85	0	200	30	24	22	22	1.99
7479705--7479763	30	2.0	30	82	0	73	28	25	3	42	1.71
7480996--7481037	18	2.3	18	88	8	59	50	2	0	47	1.14
7482312--7482372	30	1.9	31	83	9	79	34	11	14	39	1.82
7482514--7482575	11	6.0	11	82	14	62	58	4	0	37	1.20
7482514--7482575	20	3.0	22	79	13	78	58	4	0	37	1.20
7482582--7482620	20	2.0	20	85	10	53	58	7	0	33	1.26
7483222--7483261	20	2.0	21	85	5	55	50	2	0	47	1.14
7483638--7483667	15	2.0	15	93	0	51	70	0	3	26	1.03
7485551--7485581	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
7486833--7486863	13	2.4	13	94	0	53	0	6	41	51	1.27
7489051--7489086	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
7492947--7493051	51	2.1	50	90	1	165	27	9	20	42	1.82
7500272--7500301	11	2.7	11	89	0	51	13	0	3	83	0.77
7500891--7500946	21	2.5	21	86	13	69	35	0	1	62	1.06
7504205--7504259	21	2.5	22	82	5	58	58	5	1	34	1.32
7504244--7504313	11	6.6	11	73	20	60	62	0	2	34	1.10
7504235--7504317	41	2.1	40	95	4	150	67	0	2	30	1.03
7509317--7509382	34	1.9	34	96	0	123	24	15	13	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7516920--7516966	19	2.5	19	89	0	76	38	4	0	57	1.18
7534462--7534486	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
7534647--7534732	27	3.1	27	83	5	102	41	26	10	20	1.85
7534647--7534710	9	7.2	9	92	1	94	42	26	10	20	1.85
7536545--7536585	22	1.9	21	90	5	64	63	4	0	31	1.15
7536990--7537099	28	3.9	27	70	18	91	29	0	5	65	1.15
7537034--7537080	21	2.2	22	92	3	78	27	0	6	65	1.16
7537033--7537101	29	2.4	28	79	13	68	28	0	5	65	1.16
7538802--7538834	7	4.7	7	96	0	57	9	0	3	87	0.63
7540026--7540057	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
7540372--7540431	27	2.2	27	93	0	102	36	10	23	30	1.87
7540379--7540433	27	2.0	27	100	0	110	38	10	25	25	1.88
7541989--7542053	20	3.3	19	80	10	69	58	4	0	36	1.19
7541988--7542043	19	2.9	19	81	7	69	60	3	0	35	1.14
7543496--7543560	31	2.1	31	85	0	85	35	15	9	40	1.79
7544159--7544566	223	1.8	221	82	4	516	41	11	10	37	1.75
7550635--7550709	13	5.6	14	73	16	61	0	21	2	76	0.92
7550651--7550690	7	5.6	7	93	3	62	0	22	2	75	0.93
7550667--7550724	20	2.9	21	82	10	68	1	22	3	72	1.09
7552067--7552092	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
7552996--7553032	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
7553085--7553115	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7553363--7553405	18	2.3	18	84	11	52	74	2	0	23	0.93
7553811--7553836	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
7554328--7554392	29	2.2	29	86	8	87	20	43	0	36	1.52
7556158--7556203	16	2.9	16	76	0	56	32	0	0	67	0.91
7556159--7556209	25	2.1	25	85	3	68	37	0	0	62	0.95
7558115--7558150	18	1.9	19	88	5	56	63	0	0	36	0.94
7559886--7559952	34	2.0	34	100	0	134	41	29	0	28	1.56
7559947--7559976	13	2.3	13	94	0	51	46	26	0	26	1.53
7560234--7560299	25	2.6	25	80	4	71	28	21	19	30	1.98
7562585--7562666	23	3.4	23	83	8	67	31	20	25	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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