genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21485733--21485802	33	2.1	33	91	0	113	52	5	4	37	1.45
21487537--21487586	18	2.7	17	84	9	55	52	2	10	36	1.47
21487943--21487976	16	2.1	16	94	0	59	38	11	0	50	1.39
21488282--21488319	19	2.0	19	100	0	76	31	15	31	21	1.94
21489942--21490011	25	2.8	25	82	4	79	20	22	28	28	1.98
21492924--21492955	16	1.9	17	93	6	57	53	0	6	40	1.26
21495690--21495730	5	8.0	5	97	2	73	39	0	2	58	1.11
21498877--21499015	56	2.5	56	88	4	217	32	5	16	46	1.69
21504119--21504290	50	3.4	50	83	3	211	28	22	29	19	1.98
21504132--21504311	100	1.8	100	85	0	252	28	21	28	21	1.98
21505008--21505073	13	5.1	13	84	0	96	34	25	9	30	1.87
21505267--21505297	16	1.9	16	93	0	53	51	6	22	19	1.69
21506522--21506562	13	3.2	13	96	0	73	24	29	31	14	1.95
21506851--21506935	9	9.4	9	82	0	107	41	21	11	25	1.87
21506955--21507004	20	2.5	20	80	9	57	26	4	8	62	1.41
21506967--21507015	20	2.5	19	80	9	53	28	2	6	63	1.30
21508908--21509005	25	4.0	25	68	6	65	34	18	25	21	1.96
21509101--21509150	26	1.9	26	84	15	68	38	20	20	22	1.94
21509109--21509183	26	2.9	26	81	13	75	40	20	18	21	1.92
21509647--21509730	42	2.0	42	100	0	168	33	30	16	19	1.94
21510172--21510211	20	2.0	20	85	0	53	17	5	2	75	1.10
21510957--21511020	3	21.7	3	79	9	69	29	3	1	65	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21515819--21515856	13	2.9	13	85	14	60	36	0	15	47	1.46
21515827--21515932	56	1.9	56	90	3	169	32	7	12	48	1.69
21515849--21515967	56	2.1	57	80	13	129	33	10	9	47	1.69
21517569--21517671	9	11.4	9	86	4	136	43	24	7	24	1.80
21517778--21517821	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
21518193--21518239	19	2.6	17	78	12	58	59	0	2	38	1.09
21518197--21518259	27	2.4	25	78	19	65	65	0	3	31	1.09
21518192--21518245	18	2.9	18	78	10	56	59	0	1	38	1.08
21518348--21518412	29	2.3	28	82	10	78	41	0	1	56	1.08
21520968--21521002	13	2.7	13	90	0	52	42	11	0	45	1.40
21522289--21522351	14	4.8	13	72	18	51	6	15	1	76	1.07
21527603--21527755	41	3.8	39	81	10	164	22	24	23	28	1.99
21528569--21528611	7	6.1	7	88	0	68	20	0	51	27	1.48
21532294--21532423	41	3.1	41	82	10	131	25	16	27	30	1.97
21532307--21532446	43	3.3	43	86	6	171	20	17	30	31	1.96
21532723--21532875	20	7.6	20	71	12	98	41	13	5	39	1.67
21532812--21532876	21	3.1	21	84	4	87	40	13	4	41	1.66
21536453--21536516	20	3.2	20	69	8	58	34	18	29	17	1.94
21536434--21536535	40	2.5	40	90	0	150	38	18	28	14	1.90
21546273--21546451	40	4.5	40	82	0	187	35	17	29	17	1.93
21546333--21546427	20	4.8	20	68	8	59	38	21	26	13	1.90
21552953--21552993	20	2.1	20	90	4	66	39	7	4	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21558020--21558054	16	2.2	16	94	0	61	25	17	17	40	1.90
21560318--21560384	33	2.0	33	100	0	134	29	14	20	34	1.93
21561217--21561249	17	1.9	17	93	0	57	57	9	12	21	1.62
21581391--21581457	25	2.5	27	79	11	77	23	25	10	40	1.86
21583774--21583806	15	2.1	16	94	5	59	15	18	6	60	1.54
21585290--21585358	35	1.9	36	97	2	131	26	2	18	52	1.60
21586298--21586440	71	2.0	72	95	1	261	27	9	20	42	1.82
21586631--21586658	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
21586680--21586764	32	2.6	33	77	5	93	44	18	10	25	1.82
21586741--21586817	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
21586757--21586796	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
21586745--21586811	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
21586780--21586819	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
21588730--21588799	25	2.8	25	93	0	113	28	18	18	34	1.95
21601158--21601199	21	2.0	21	95	0	75	28	35	9	26	1.88
21606708--21606754	19	2.5	19	85	0	67	44	17	0	38	1.48
21608582--21608614	15	2.1	17	88	11	52	9	9	0	81	0.87
21613761--21613807	23	2.0	25	91	8	80	40	0	0	59	0.97
21615210--21615246	20	2.0	19	85	15	51	67	8	10	13	1.41
21620207--21620254	17	2.7	18	87	12	64	62	4	2	31	1.26
21620736--21620941	114	1.8	113	89	5	326	27	8	16	47	1.76
21622326--21622496	82	2.1	82	90	2	263	51	16	6	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21622471--21622510	13	3.2	13	89	3	64	52	22	0	25	1.47
21622642--21622904	140	1.9	140	89	2	402	33	12	17	37	1.86
21625078--21625186	54	2.0	54	92	0	182	28	46	2	22	1.65
21627743--21627778	9	3.9	9	88	3	54	22	2	8	66	1.31
21629153--21629238	43	2.0	43	84	4	111	24	9	16	50	1.74
21632276--21632329	28	2.0	27	85	3	72	18	3	16	61	1.49
21637448--21637475	14	2.0	14	100	0	56	35	14	28	21	1.92
21638125--21638165	21	2.0	21	90	0	64	56	12	12	19	1.67
21639101--21639127	13	2.1	13	100	0	54	22	22	7	48	1.75
21645455--21645484	13	2.2	14	94	5	53	56	0	36	6	1.26
21664089--21664118	15	2.0	15	100	0	60	26	46	0	26	1.53
21665409--21665657	50	4.8	50	87	5	320	22	29	21	26	1.99
21665995--21666052	30	1.9	31	82	6	75	27	22	6	43	1.79
21685355--21685436	25	3.3	25	84	3	103	29	25	23	21	1.99
21686578--21686607	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
21694506--21694543	18	2.1	18	95	0	67	31	5	13	50	1.63
21694612--21694693	16	4.9	17	76	15	91	30	0	0	69	0.89
21694611--21694693	33	2.5	34	90	9	136	30	0	0	69	0.88
21697012--21697066	16	3.4	16	89	0	65	23	16	30	29	1.96
21697025--21697066	8	5.2	8	97	0	75	23	11	35	28	1.91
21697056--21697165	4	27.5	4	98	0	211	25	0	24	49	1.57
21698609--21698673	33	2.0	33	93	0	112	60	1	0	38	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21706189--21706255	34	1.9	35	87	3	100	44	13	10	31	1.77
21706633--21706776	9	15.7	9	68	18	57	61	1	4	31	1.25
21706629--21706777	65	2.3	64	77	16	157	60	2	6	31	1.32
21707057--21707094	20	2.0	20	89	5	60	23	2	5	68	1.23
21707201--21707278	32	2.3	33	82	10	88	32	2	2	62	1.22
21707250--21707307	27	2.1	27	84	12	75	25	0	5	68	1.10
21707201--21707290	32	2.7	34	81	8	87	31	2	3	63	1.23
21707231--21707293	19	3.5	19	74	23	57	30	1	4	63	1.24
21707289--21707327	20	2.0	20	94	0	69	25	5	0	69	1.09
21707287--21707329	10	4.3	10	80	11	52	23	4	0	72	1.04
21709598--21709642	22	2.1	21	84	12	56	51	4	6	37	1.49
21711882--21711906	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21713058--21713096	6	6.3	6	93	3	60	12	66	2	17	1.35
21716270--21716316	23	2.0	24	83	4	60	31	10	4	53	1.55
21717506--21717557	26	2.0	27	88	7	81	65	0	3	30	1.10
21722397--21722488	38	2.4	37	83	16	109	41	1	5	52	1.32
21723398--21723440	22	2.0	20	86	8	59	67	18	0	13	1.23
21723430--21723483	17	3.1	17	71	10	54	61	16	9	12	1.56
21726384--21726418	14	2.4	14	85	4	52	31	5	20	42	1.75
21728716--21728813	25	3.9	25	77	8	83	21	28	19	30	1.97
21730536--21730588	26	2.0	26	92	0	88	28	20	20	30	1.98
21731548--21731598	21	2.4	21	90	0	84	23	21	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21733364--21733406	16	2.7	16	85	0	50	51	18	0	30	1.47
21747714--21747789	31	2.5	31	84	0	98	30	13	13	43	1.81
21759945--21760010	16	4.1	16	96	0	123	27	0	34	37	1.57
21780115--21780154	21	1.9	20	85	10	53	67	10	2	20	1.31
21797736--21797837	40	2.5	40	88	0	141	25	23	26	24	2.00
21797598--21798087	154	3.2	153	81	4	567	27	19	23	28	1.99
21797598--21798087	152	3.2	153	82	3	529	27	19	23	28	1.99
21798494--21798554	20	3.0	21	82	4	79	18	1	31	49	1.57
21798491--21798566	14	5.5	13	73	16	55	18	1	30	50	1.55
21798540--21798615	15	5.1	15	76	12	68	21	0	30	48	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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