genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21164170--21164411	92	2.7	91	84	6	330	35	11	18	34	1.87
21165052--21165143	4	22.2	4	73	18	57	69	7	22	0	1.13
21165052--21165143	13	7.4	12	70	21	57	69	7	22	0	1.13
21165890--21166027	40	3.5	40	70	10	97	26	18	24	30	1.98
21167441--21167493	3	17.7	3	100	0	106	67	0	0	32	0.91
21167935--21167974	16	2.6	15	88	7	62	60	0	2	37	1.11
21177477--21177522	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
21178220--21178264	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
21184790--21184819	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
21185137--21185178	17	2.5	17	100	0	84	40	0	16	42	1.48
21187420--21187723	41	7.4	40	85	3	351	52	7	19	20	1.69
21187420--21187712	82	3.6	82	86	2	403	53	7	18	20	1.68
21187420--21187723	123	2.5	122	86	4	398	52	7	19	20	1.69
21189476--21189515	18	2.2	18	100	0	80	17	7	27	47	1.74
21198635--21198670	18	2.0	18	88	0	54	19	47	13	19	1.83
21198873--21198909	12	3.1	12	96	0	65	40	29	27	2	1.70
21198908--21198947	21	1.9	20	85	10	53	22	52	17	7	1.69
21202630--21202755	60	2.1	60	86	0	180	28	34	25	11	1.90
21204031--21204079	9	5.9	9	83	11	61	59	0	0	40	0.98
21204033--21204145	33	3.4	33	83	10	131	57	0	0	41	1.05
21204032--21204094	9	8.1	8	80	16	55	61	0	0	38	0.96
21204088--21204151	10	5.6	12	71	28	59	57	0	1	40	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21204091--21204153	11	5.6	11	76	16	67	58	0	1	39	1.07
21204068--21204197	35	3.6	36	82	14	151	62	0	2	35	1.08
21204059--21204211	73	2.2	68	82	11	175	61	0	1	36	1.07
21204470--21204539	29	2.3	30	90	4	106	37	7	11	44	1.68
21204491--21204550	29	2.1	29	87	0	84	33	5	11	50	1.61
21204655--21204755	29	3.3	29	81	10	89	41	8	9	39	1.70
21208430--21208479	25	2.0	25	84	0	64	16	20	40	24	1.91
21224626--21224771	41	3.6	40	77	12	138	28	28	19	23	1.99
21224626--21224791	82	2.0	83	81	10	198	28	26	18	25	1.98
21232656--21232801	41	3.6	40	77	12	138	28	28	19	23	1.99
21232656--21232821	82	2.0	83	81	10	198	28	26	18	25	1.98
21235906--21235949	22	2.0	22	91	4	72	22	4	13	59	1.53
21235908--21235961	22	2.4	23	72	12	58	20	1	12	64	1.36
21239276--21239344	26	2.7	26	82	8	86	36	14	18	30	1.91
21246945--21247339	46	8.7	46	87	2	471	22	21	16	40	1.91
21246945--21247339	91	4.3	91	86	3	476	22	21	16	40	1.91
21246945--21247339	137	2.9	137	85	4	485	22	21	16	40	1.91
21247124--21247243	24	5.2	24	59	15	63	25	21	14	39	1.91
21247275--21247391	45	2.6	45	87	0	162	21	21	16	41	1.90
21246990--21247387	91	4.4	90	84	5	326	22	20	15	40	1.90
21247125--21247402	45	6.1	45	80	5	161	22	20	16	40	1.91
21253525--21253620	44	2.2	44	90	0	147	33	6	26	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21258963--21259006	18	2.4	18	92	0	70	36	6	18	38	1.77
21260500--21260538	15	2.7	15	84	7	55	64	10	2	23	1.37
21270626--21270653	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
21272842--21272881	20	2.0	20	95	0	71	47	5	7	40	1.54
21273336--21273637	107	2.9	104	86	4	421	31	17	17	32	1.94
21285267--21285506	40	5.8	41	77	11	265	33	23	20	22	1.97
21285271--21285510	84	2.9	84	90	3	385	34	22	20	22	1.97
21287534--21287834	107	2.8	107	90	1	487	31	18	18	31	1.95
21288164--21288326	81	2.0	81	100	0	326	29	26	8	34	1.86
21294426--21294547	49	2.5	49	82	5	140	32	16	27	22	1.96
21300800--21300879	42	1.9	42	94	0	142	32	30	15	22	1.94
21302431--21302471	21	2.0	21	90	0	64	65	12	12	9	1.46
21305640--21305676	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
21307753--21307839	23	3.8	23	87	0	129	31	5	28	34	1.81
21312035--21312079	19	2.3	19	82	14	56	6	15	2	75	1.11
21312026--21312079	20	2.7	19	85	8	63	7	16	1	74	1.14
21314503--21314589	23	3.8	23	84	0	120	32	5	27	34	1.81
21316702--21316780	18	4.5	18	70	16	67	60	2	1	35	1.18
21318530--21318660	59	2.2	60	80	8	142	41	16	3	38	1.66
21318690--21318736	19	2.5	19	89	0	67	63	4	2	29	1.25
21325057--21325155	39	2.5	39	90	0	144	27	4	24	44	1.71
21328036--21328164	42	3.1	42	86	6	190	29	31	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21328035--21328184	43	3.5	44	85	5	191	32	28	17	22	1.96
21328543--21328588	21	2.2	21	84	0	56	4	45	13	36	1.63
21336900--21336927	6	4.7	6	100	0	56	85	14	0	0	0.59
21338038--21338065	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21338306--21338422	11	11.4	11	79	15	92	58	0	2	38	1.12
21338314--21338389	28	2.7	26	86	11	98	63	0	0	36	0.95
21338282--21338442	80	2.0	80	84	4	209	62	0	1	35	1.11
21346824--21346950	59	2.2	57	81	4	148	48	6	20	24	1.72
21350978--21351028	20	2.4	21	87	6	68	45	9	11	33	1.74
21351253--21351494	34	7.2	34	92	0	337	21	26	15	36	1.93
21351254--21351494	66	3.6	67	90	1	358	21	26	15	36	1.93
21354350--21354392	21	2.0	23	81	9	54	32	11	11	44	1.77
21361948--21362114	90	1.9	90	88	2	255	31	25	11	31	1.91
21376036--21376121	45	1.9	45	92	0	145	32	24	16	26	1.96
21376185--21376216	12	2.7	12	95	0	55	34	28	12	25	1.92
21376123--21376261	63	2.2	63	92	5	226	30	26	18	23	1.98
21376197--21376373	51	3.5	48	75	9	149	30	26	17	25	1.97
21376189--21376375	101	1.9	101	82	11	224	31	26	17	25	1.97
21393286--21393311	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
21397697--21397849	76	2.0	76	91	2	245	41	20	10	28	1.85
21399551--21399601	23	2.2	24	80	16	63	56	17	0	25	1.41
21401167--21401212	22	2.0	23	87	4	67	50	2	2	45	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21401268--21401341	32	2.3	32	83	6	87	40	2	9	47	1.50
21401208--21401440	105	2.2	108	89	3	355	41	7	7	43	1.61
21401438--21401473	6	6.0	6	93	0	63	19	0	47	33	1.50
21401442--21401481	18	2.2	18	86	0	53	20	2	45	32	1.64
21401499--21401576	15	5.2	15	74	22	67	23	0	33	43	1.54
21401521--21401557	12	3.0	12	92	4	56	24	0	40	35	1.55
21401526--21401594	6	11.0	6	73	14	59	20	1	42	36	1.61
21401534--21401606	33	2.3	32	86	9	105	17	1	39	41	1.58
21401511--21401608	45	2.2	45	88	0	142	19	1	37	41	1.58
21401660--21401699	7	5.9	7	83	16	57	52	0	0	47	1.00
21404017--21404116	51	2.0	51	84	4	130	46	3	26	25	1.67
21404078--21404138	22	2.8	22	80	14	65	42	3	29	24	1.70
21404097--21404138	11	3.8	11	81	6	50	45	4	28	21	1.72
21406145--21406171	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21407800--21407844	19	2.3	19	80	3	54	37	0	0	62	0.96
21409162--21409195	17	2.0	17	88	0	50	50	11	2	35	1.54
21410177--21410246	8	8.6	8	73	14	63	22	0	4	72	1.01
21410173--21410245	24	3.0	24	91	2	119	23	0	5	71	1.07
21413237--21413289	17	3.1	18	76	15	51	60	20	1	16	1.45
21416364--21416411	24	2.0	25	87	4	71	16	8	6	68	1.35
21416540--21416573	14	2.5	14	90	4	52	50	32	0	17	1.47
21418862--21418929	22	3.1	21	80	19	77	67	8	10	13	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21422887--21422922	18	2.0	18	100	0	72	11	5	44	38	1.63
21423848--21423881	17	2.0	17	88	11	52	64	0	0	35	0.94
21428749--21429574	132	6.3	131	88	2	1034	25	24	19	29	1.98
21428897--21429462	44	12.9	44	66	8	265	25	24	19	30	1.99
21428749--21429574	264	3.1	264	89	2	1187	25	24	19	29	1.98
21461437--21461470	7	4.7	7	85	7	50	70	0	0	29	0.87
21476523--21476579	15	3.5	15	73	17	60	49	1	0	49	1.11
21477046--21477078	13	2.4	14	90	5	50	30	15	12	42	1.83
21483575--21483604	9	3.2	9	90	9	51	76	0	23	0	0.78
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