genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  72  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22546577--22546626	25	2.0	25	100	0	100	44	8	8	40	1.63
22561869--22561900	16	2.0	16	93	0	55	56	0	3	40	1.15
22563561--22563600	20	2.0	20	95	0	71	27	5	32	35	1.79
22566621--22566665	18	2.8	16	81	15	56	46	0	0	53	1.00
22566624--22566672	8	6.0	8	81	11	55	46	0	0	53	1.00
22566615--22566670	17	3.2	17	82	12	60	44	0	0	55	0.99
22570980--22571031	25	2.1	25	88	0	77	42	13	5	38	1.68
22571295--22571363	23	3.0	23	85	4	86	33	20	26	20	1.97
22577898--22577941	21	2.1	21	100	0	88	40	18	0	40	1.50
22578324--22578375	25	2.1	25	88	0	77	42	13	5	38	1.68
22578640--22578708	23	3.0	23	87	4	95	31	20	27	20	1.97
22584323--22584394	25	2.9	25	89	0	108	27	25	19	27	1.99
22584846--22584953	22	4.9	22	87	0	144	31	14	26	26	1.95
22598400--22598443	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
22599987--22600024	10	3.5	11	86	13	53	34	0	2	63	1.09
22600243--22600285	14	3.0	15	86	10	63	32	20	20	25	1.97
22603925--22603957	12	2.9	12	91	8	52	9	21	9	60	1.54
22606470--22606514	23	2.0	23	82	8	56	48	15	0	35	1.45
22606571--22606605	17	2.1	16	89	5	52	22	20	0	57	1.41
22610001--22610031	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
22610181--22610229	23	2.1	23	84	0	62	42	34	4	18	1.69
22613267--22613292	5	5.2	5	100	0	52	19	61	19	0	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22616516--22616689	89	2.0	88	95	1	312	41	10	14	33	1.80
22620893--22620954	23	2.7	23	74	0	61	59	1	0	38	1.07
22624034--22624086	19	2.9	18	78	8	63	77	3	5	13	1.09
22624034--22624092	19	3.2	19	72	13	52	77	3	5	13	1.05
22626048--22626104	27	2.2	27	87	12	84	61	5	15	17	1.52
22633103--22633146	6	7.0	6	80	10	52	75	0	0	25	0.81
22633104--22633147	20	2.3	19	88	7	70	77	0	0	22	0.77
22633116--22633149	14	2.4	14	85	0	50	79	0	0	20	0.73
22636795--22636844	24	2.1	24	88	0	73	52	10	4	34	1.54
22645844--22645882	14	3.0	13	85	10	53	61	7	0	30	1.24
22647856--22647880	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
22648041--22648126	27	3.2	27	91	0	136	44	25	6	23	1.78
22648042--22648126	9	9.4	9	88	0	107	43	25	7	23	1.79
22648735--22648802	35	2.0	35	82	8	86	23	10	14	51	1.73
22648886--22648992	50	2.1	52	86	5	148	28	12	12	47	1.76
22653705--22653742	18	2.1	18	95	0	67	23	13	13	50	1.76
22658005--22658059	6	9.0	6	93	2	92	67	14	0	18	1.24
22665808--22665844	6	6.2	6	93	0	65	29	48	21	0	1.50
22667371--22667849	172	2.8	172	88	2	683	36	9	18	35	1.83
22670355--22670517	74	2.2	73	91	3	263	51	14	7	25	1.69
22670666--22670735	33	2.1	33	86	0	95	22	14	42	20	1.88
22674907--22674947	15	2.9	14	82	10	57	73	7	0	19	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22674944--22674978	15	2.2	16	95	5	63	62	8	0	28	1.24
22674953--22675466	106	4.9	104	86	6	660	56	13	0	29	1.42
22675379--22675546	81	2.1	80	88	1	212	57	16	1	24	1.46
22675366--22675546	80	2.3	81	86	4	235	57	15	1	25	1.45
22675388--22675551	80	2.0	81	91	1	267	54	17	1	27	1.50
22675707--22675750	14	3.1	14	83	6	54	0	25	0	75	0.81
22675708--22675764	23	2.3	26	82	8	66	0	29	0	70	0.88
22675712--22675779	35	1.9	35	88	8	102	0	32	0	67	0.91
22676879--22676959	19	4.4	19	71	22	57	70	0	29	0	0.88
22676877--22676958	4	20.0	4	77	18	80	69	0	30	0	0.89
22677085--22677416	101	3.3	100	80	11	389	28	0	15	55	1.46
22677202--22677226	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22
22679379--22679569	33	5.8	33	76	4	170	19	43	11	25	1.84
22679728--22679889	73	2.2	73	90	3	245	25	7	16	51	1.70
22682966--22683001	18	1.9	19	94	5	65	2	25	5	66	1.27
22683233--22683274	19	2.2	19	87	8	59	71	0	0	28	0.86
22683614--22683677	28	2.3	27	76	7	65	25	6	3	65	1.31
22687420--22688278	44	19.3	44	65	8	367	20	23	27	28	1.99
22687344--22688290	89	10.6	89	88	0	1311	20	23	26	29	1.99
22690101--22690160	13	4.9	12	75	15	52	1	5	13	80	0.96
22696770--22696860	9	9.1	9	77	15	58	56	0	1	42	1.06
22696795--22696843	11	4.5	11	92	5	73	51	0	2	46	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22696771--22696843	22	3.4	22	78	9	80	52	0	1	46	1.09
22696770--22696882	11	10.9	10	71	19	65	55	0	2	41	1.14
22702006--22702036	16	2.0	16	93	6	55	16	0	12	70	1.16
22704420--22704445	10	2.6	10	100	0	52	76	0	7	15	0.99
22705296--22705350	18	2.9	19	73	13	60	61	1	21	14	1.42
22709544--22709734	51	3.8	50	76	13	203	31	26	17	24	1.97
22709534--22709726	102	1.9	102	86	5	266	31	25	18	24	1.97
22713386--22713542	41	3.8	41	78	7	149	24	14	27	34	1.93
22725700--22725830	27	4.9	27	84	0	163	45	19	15	19	1.86
22726182--22726272	28	3.4	27	82	7	114	21	26	23	28	1.99
22726237--22726306	32	2.1	34	81	5	81	21	25	27	25	1.99
22727084--22727116	17	2.0	16	94	5	57	36	12	33	18	1.88
22733546--22733643	23	4.3	23	89	5	162	32	26	20	20	1.97
22735562--22735666	27	3.9	27	88	0	129	40	22	18	19	1.92
22735555--22735668	54	2.1	54	83	0	147	41	21	18	19	1.91
22735859--22735913	26	2.1	26	82	0	65	23	21	20	34	1.97
22736016--22736107	28	3.4	28	81	3	107	23	23	22	29	1.99
22757658--22757742	41	2.1	41	97	0	161	37	9	15	37	1.80
22762825--22762877	25	2.1	25	82	0	61	22	22	16	37	1.94
22762839--22762901	25	2.5	25	84	0	72	20	25	20	33	1.97
22771689--22771719	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
22773150--22773174	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22773277--22773421	45	3.2	45	81	8	152	42	17	17	22	1.89
22776523--22776552	15	2.0	15	93	0	51	56	0	6	36	1.26
22780006--22780034	7	4.3	7	95	4	51	86	0	0	13	0.58
22780123--22780147	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
22788520--22788587	33	2.1	33	100	0	136	26	14	25	33	1.94
22791137--22791349	93	2.3	93	89	1	329	16	23	14	45	1.84
22799967--22800564	69	8.7	69	79	2	470	34	22	19	23	1.96
22799967--22800562	138	4.3	138	79	2	559	34	22	19	23	1.96
22804559--22804593	3	11.7	3	93	0	52	0	28	0	71	0.86
22804974--22805019	24	2.0	24	91	4	76	34	2	8	54	1.43
22805256--22805286	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22805340--22805376	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
22806994--22807034	9	4.6	9	90	0	64	39	24	9	26	1.86
22806994--22807042	9	5.4	9	85	9	55	40	24	8	26	1.83
22810951--22811027	40	2.0	39	92	5	129	61	10	5	23	1.49
22812634--22812666	14	2.4	14	94	0	57	39	6	21	33	1.78
22813038--22813139	46	2.2	46	91	0	159	41	18	8	31	1.81
22813238--22813274	19	1.9	19	88	0	56	43	21	5	29	1.75
22814223--22814283	32	1.9	32	93	6	106	49	19	3	27	1.64
22814221--22814295	32	2.5	29	82	16	98	49	20	2	28	1.62
22814275--22814317	21	2.0	21	86	8	61	53	16	0	30	1.43
22815703--22815729	4	6.8	4	100	0	54	74	25	0	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22823369--22823441	23	3.5	23	68	31	65	30	4	20	45	1.70
22823369--22823474	22	5.3	22	65	32	76	29	3	20	46	1.68
22823366--22823502	39	3.5	39	90	0	211	30	3	20	45	1.68
22835102--22835199	42	2.3	42	89	0	142	26	27	20	25	1.99
22837059--22837175	23	5.1	23	86	4	173	34	25	21	18	1.96
22860515--22860584	23	3.0	23	80	2	77	31	11	17	40	1.85
22883890--22884009	60	2.0	60	100	0	240	33	16	16	33	1.92
22887206--22887390	46	4.0	46	87	2	257	30	25	8	35	1.86
22887206--22887390	92	2.0	92	89	4	284	30	25	8	35	1.86
22888600--22888647	17	2.9	17	87	3	62	54	16	2	27	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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