genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  64  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19776635--19776670	16	2.2	17	90	5	56	33	11	11	44	1.75
19777843--19777883	20	2.0	20	85	4	55	53	0	0	46	1.00
19778884--19778937	24	2.2	25	78	18	60	37	1	3	57	1.27
19784531--19784624	35	2.7	35	77	0	98	20	26	21	31	1.98
19788737--19788790	20	2.8	20	88	2	74	48	11	12	27	1.76
19792010--19792194	43	4.3	43	77	2	194	19	15	25	40	1.90
19792008--19792194	86	2.2	86	88	3	279	19	14	25	40	1.90
19796008--19796032	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
19797149--19797264	44	2.7	44	81	15	127	24	17	27	31	1.97
19799660--19799713	24	2.2	24	84	12	67	5	20	3	70	1.23
19804534--19804572	19	2.0	21	85	10	55	46	10	0	43	1.37
19805260--19805328	34	2.0	34	97	0	129	33	21	17	27	1.96
19810631--19810788	35	4.5	35	89	1	228	39	31	11	17	1.85
19810631--19810788	69	2.3	69	88	1	226	39	31	11	17	1.85
19815073--19815113	16	2.5	16	88	4	55	26	36	0	36	1.57
19817841--19817882	2	21.0	2	95	0	75	52	0	0	47	1.00
19817915--19817965	24	2.1	24	85	7	68	66	3	1	27	1.20
19818248--19818426	89	2.0	92	82	5	222	39	7	15	36	1.77
19818641--19818665	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
19822892--19822971	38	2.1	39	82	13	96	37	1	5	56	1.29
19822942--19822999	25	2.4	24	81	16	66	34	3	0	62	1.12
19823308--19823380	37	2.0	36	84	7	94	32	2	2	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19823885--19823961	27	3.0	25	74	14	75	45	0	1	53	1.08
19829104--19829229	60	2.1	62	90	3	202	45	10	15	29	1.79
19832489--19832683	50	3.9	50	91	0	291	26	22	30	20	1.98
19832441--19832683	100	2.4	103	86	4	321	26	22	29	22	1.99
19833417--19833466	24	2.1	24	100	0	100	46	0	20	34	1.51
19833404--19833471	24	2.5	28	75	20	81	47	0	19	33	1.50
19840076--19840367	50	5.7	50	83	3	300	27	21	28	22	1.99
19840076--19840318	100	2.4	104	86	4	332	26	21	30	22	1.99
19840082--19840367	150	1.9	152	81	6	355	27	20	29	22	1.98
19840567--19840605	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
19847420--19847463	19	2.2	21	92	8	74	25	4	22	47	1.70
19847433--19847475	19	2.3	19	87	0	59	23	9	16	51	1.73
19852801--19852840	20	2.0	20	100	0	80	45	10	0	45	1.37
19863345--19863493	53	2.8	53	81	4	183	27	25	12	34	1.92
19878197--19878236	21	2.0	20	85	5	53	27	10	17	45	1.80
19884364--19884428	25	2.6	25	80	2	78	16	30	20	32	1.95
19895273--19895370	23	4.3	23	85	2	126	46	28	13	11	1.77
19895284--19895375	45	2.0	46	89	2	141	46	29	14	9	1.76
19907755--19907890	29	4.7	29	66	7	96	23	25	11	39	1.88
19907755--19907890	58	2.3	58	77	2	139	23	25	11	39	1.88
19910219--19910291	30	2.4	30	95	0	128	26	32	24	16	1.96
19912115--19912336	87	2.5	88	84	6	283	22	24	14	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19912115--19912306	29	6.6	29	76	7	174	22	24	14	39	1.91
19914219--19914571	35	9.8	35	76	10	214	39	16	19	24	1.91
19914301--19914562	109	2.4	109	83	1	328	40	17	18	23	1.91
19914247--19914561	73	4.4	71	78	9	250	39	17	19	24	1.92
19916747--19916801	28	2.0	28	100	0	110	36	20	0	43	1.52
19918757--19918951	51	3.8	51	79	6	225	24	15	27	32	1.95
19918958--19919045	46	2.0	44	84	8	115	25	17	23	34	1.96
19919175--19919206	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
19921469--19921760	140	2.1	139	87	0	413	29	21	23	25	1.99
19925015--19925104	35	2.6	35	78	0	90	43	16	12	27	1.84
19934080--19934153	34	2.1	35	85	5	96	40	17	10	31	1.84
19943668--19943760	32	3.0	31	89	4	127	36	16	23	23	1.94
19943679--19943802	29	4.2	29	84	4	151	37	16	24	22	1.94
19948285--19948331	23	2.0	24	91	4	78	8	4	6	80	1.00
19953360--19953408	23	2.1	23	100	0	98	71	0	20	8	1.11
19957664--19957718	16	3.5	15	85	9	65	40	7	21	30	1.81
19957700--19957792	44	2.1	44	90	6	143	33	4	24	37	1.75
19957906--19958023	56	2.1	56	80	3	130	50	5	0	43	1.26
19958120--19958149	14	2.1	14	100	0	60	86	0	13	0	0.57
19965151--19965183	13	2.4	14	90	5	50	39	0	6	54	1.25
19968343--19968494	30	5.1	30	76	3	153	26	24	11	38	1.89
19968343--19968524	90	2.0	90	88	4	269	25	24	11	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19968327--19968494	60	2.8	60	73	5	169	25	25	10	38	1.88
19968385--19968583	30	6.7	30	80	6	172	22	24	11	42	1.86
19971269--19971308	10	4.1	10	83	6	55	2	17	2	77	0.99
19971263--19971307	19	2.4	19	80	0	54	4	17	2	75	1.07
19973394--19973481	45	2.0	45	95	0	158	30	21	13	34	1.92
19985252--19985291	22	1.9	22	90	10	66	50	15	10	25	1.74
19986559--19986607	22	2.3	21	82	10	55	55	8	2	34	1.41
19998206--19998439	74	3.2	74	72	6	244	33	23	19	23	1.97
19998136--19998439	143	2.1	143	87	0	446	32	23	20	23	1.98
19998249--19998439	35	5.4	34	70	12	116	33	24	19	23	1.97
19998582--19998650	36	1.9	35	91	2	111	37	23	1	37	1.64
20003469--20003493	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
20006222--20006262	20	2.0	20	95	0	73	12	29	19	39	1.88
20009810--20009874	31	2.1	31	94	0	112	35	9	13	41	1.77
20012272--20012457	46	4.0	46	92	0	309	34	7	27	30	1.85
20016688--20016810	60	2.0	60	98	0	237	47	7	11	34	1.67
20022071--20022103	6	5.5	6	100	0	66	69	0	0	30	0.88
20022400--20022453	21	2.6	21	94	5	92	38	18	12	29	1.88
20022537--20022565	9	3.2	9	100	0	58	51	0	0	48	1.00
20022764--20022820	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
20027332--20027372	21	2.0	21	90	9	66	31	29	14	24	1.95
20028338--20028379	22	1.9	22	90	0	66	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20028477--20028519	10	4.4	9	83	16	59	62	2	0	34	1.08
20029160--20029287	58	2.2	56	87	5	175	52	2	2	42	1.27
20029187--20029240	21	2.5	22	72	22	60	51	1	0	46	1.11
20029187--20029243	19	2.7	21	79	15	64	52	1	0	45	1.11
20030229--20030260	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
20036561--20036585	8	3.1	8	100	0	50	12	12	24	52	1.72
20039492--20039556	22	3.0	22	74	17	55	69	3	3	24	1.17
20040444--20040506	26	2.2	29	72	21	69	22	19	7	50	1.72
20040862--20040901	9	4.4	9	87	12	64	90	0	10	0	0.47
20040862--20040901	12	3.3	12	89	6	55	90	0	10	0	0.47
20044086--20044124	18	2.0	20	85	14	55	76	0	5	17	0.96
20044478--20044547	3	22.7	3	71	5	50	54	7	5	32	1.51
20044493--20044547	12	4.4	12	80	8	56	54	7	3	34	1.46
20044483--20044547	18	3.5	18	80	4	58	55	7	4	32	1.49
20050869--20051067	94	2.1	96	88	5	294	42	15	10	32	1.80
20051928--20051960	17	1.9	17	88	11	50	66	9	6	18	1.40
20056268--20056368	49	2.1	49	84	3	132	49	9	7	32	1.65
20059947--20059975	15	2.0	15	93	6	51	34	20	0	44	1.52
20061930--20062282	27	13.2	26	79	6	314	19	20	20	39	1.93
20061930--20062376	54	8.2	54	76	7	373	19	20	19	39	1.92
20061983--20062376	134	2.9	132	82	7	391	19	21	19	39	1.92
20062281--20062354	27	2.7	28	87	6	107	20	21	14	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20062285--20062380	27	3.6	27	83	8	90	18	20	16	43	1.88
20062196--20062371	89	2.0	88	81	10	207	18	21	19	40	1.92
20062505--20063258	152	5.0	152	85	0	981	22	31	21	24	1.98
20062505--20063258	304	2.5	304	89	0	1152	22	31	21	24	1.98
20063849--20063882	15	2.3	15	94	0	59	50	17	8	23	1.74
20064027--20064307	27	10.4	27	85	0	346	19	20	22	37	1.94
20070246--20070443	50	3.8	50	83	4	180	27	21	29	21	1.99
20070307--20070492	50	3.8	49	82	3	160	27	24	27	20	1.99
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20082568--20082675	40	2.7	40	85	4	137	10	29	21	38	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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