genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14721708--14721847	50	2.8	50	83	0	154	25	21	30	22	1.99
14722101--14722139	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
14724737--14724968	116	2.0	116	100	0	464	32	10	12	44	1.75
14735270--14735298	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
14737716--14737763	17	2.8	17	84	6	62	45	0	0	54	0.99
14739482--14739519	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
14739498--14739607	45	2.6	43	74	9	111	34	5	27	32	1.80
14739729--14739783	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
14739966--14740108	47	3.1	45	66	18	107	48	3	2	44	1.34
14739958--14740119	44	3.7	43	69	19	109	48	4	2	45	1.35
14739924--14740154	91	2.5	90	84	6	295	47	5	3	43	1.42
14743307--14743378	33	2.2	33	97	0	135	34	5	16	43	1.72
14743445--14743517	33	2.2	33	97	0	137	35	5	16	42	1.71
14743301--14743586	138	2.1	138	98	1	556	36	7	12	43	1.72
14743563--14743683	37	3.3	37	96	0	215	36	8	15	39	1.78
14744551--14744575	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
14744870--14745009	69	2.0	69	87	2	201	41	25	7	25	1.82
14746029--14746140	41	2.8	39	85	5	136	55	9	27	7	1.59
14746030--14746156	41	3.3	37	81	8	119	53	11	27	7	1.63
14748771--14748823	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
14751766--14751809	8	5.4	8	79	15	54	84	2	0	13	0.73
14751766--14751814	16	3.0	15	80	14	53	83	2	2	12	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14751766--14751815	17	3.0	16	82	11	57	82	2	2	14	0.86
14756950--14756998	25	2.0	25	84	8	64	34	16	14	34	1.89
14759020--14759067	20	2.4	20	96	0	87	33	0	27	39	1.57
14760364--14760407	18	2.5	18	81	3	54	59	15	2	22	1.48
14762174--14762206	17	2.0	17	94	5	59	81	0	6	12	0.85
14764810--14764858	25	2.0	25	87	0	71	32	18	14	34	1.91
14767584--14767610	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
14768015--14768062	20	2.4	20	96	0	87	33	0	27	39	1.57
14773627--14773678	20	2.7	20	90	3	79	36	0	26	36	1.57
14784501--14784713	25	8.6	25	83	4	198	26	23	18	31	1.97
14784506--14784713	50	4.2	50	83	1	220	27	23	18	31	1.97
14784530--14784719	74	2.5	75	83	5	226	27	23	18	30	1.98
14784506--14784713	99	2.1	100	83	0	256	27	23	18	31	1.97
14785052--14785086	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
14792379--14792404	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
14792842--14792915	29	2.5	29	86	2	112	16	28	14	40	1.88
14792814--14792915	30	3.4	30	82	4	118	18	28	15	37	1.92
14792903--14792972	29	2.4	29	85	0	95	22	27	14	35	1.93
14800341--14800627	30	9.7	30	75	5	149	23	25	13	37	1.92
14800339--14800531	89	2.2	90	85	2	264	22	27	12	36	1.91
14800371--14800586	89	2.4	88	81	3	229	23	25	13	37	1.92
14800553--14800643	29	3.2	29	81	4	105	21	20	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14803733--14803788	25	2.2	25	93	0	94	28	3	23	44	1.70
14804086--14804201	28	4.2	28	88	2	155	35	16	19	28	1.94
14817064--14817169	29	3.6	29	70	5	95	39	18	16	25	1.91
14817043--14817170	60	2.1	60	82	0	157	40	20	14	25	1.89
14819394--14819485	19	4.8	19	94	0	166	36	8	16	38	1.79
14819394--14819508	38	2.9	38	93	5	185	36	7	16	39	1.78
14819966--14819994	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
14827487--14827577	47	1.9	47	97	0	173	41	19	10	27	1.85
14829668--14829709	17	2.4	17	88	4	57	59	0	2	38	1.10
14838139--14838164	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
14838307--14838340	16	2.2	15	89	5	50	23	17	14	44	1.86
14839027--14839061	18	1.9	18	88	0	52	40	25	8	25	1.84
14840950--14841014	33	2.0	33	90	0	103	35	12	27	24	1.91
14841844--14841959	62	1.9	59	84	5	151	43	5	4	47	1.45
14846706--14846744	19	2.0	20	85	9	55	64	2	2	30	1.21
14846873--14846919	20	2.2	22	85	7	62	48	6	4	40	1.48
14853151--14853181	12	2.6	12	94	0	53	19	19	48	12	1.81
14855763--14855792	16	1.9	15	93	6	51	30	6	16	46	1.73
14857526--14857577	23	2.2	24	86	6	72	57	0	1	40	1.10
14858841--14858912	22	3.3	22	94	0	117	30	16	27	25	1.97
14860277--14860482	43	4.8	43	89	0	277	27	31	17	23	1.97
14860600--14860667	35	2.0	35	82	8	86	57	2	1	38	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14860752--14860836	43	2.0	43	88	0	125	44	11	9	34	1.73
14864783--14864837	7	7.7	7	75	4	56	32	45	0	21	1.52
14864784--14864837	21	2.5	21	85	11	74	33	44	0	22	1.53
14864829--14864869	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
14865126--14865240	14	7.8	14	69	20	56	43	34	2	19	1.65
14865126--14865164	20	1.9	21	94	5	71	51	33	0	15	1.44
14865127--14865313	21	8.9	21	67	15	64	44	32	2	20	1.65
14865265--14865313	14	3.5	14	82	0	62	46	34	0	18	1.49
14865500--14865723	114	2.0	113	84	4	299	26	27	19	26	1.99
14865652--14865797	73	2.0	72	88	4	213	26	23	19	30	1.98
14865505--14866346	186	4.5	187	86	5	1111	26	25	19	28	1.99
14865827--14865966	71	2.0	70	88	1	208	26	23	17	32	1.96
14865989--14866161	72	2.4	73	89	4	253	25	24	22	27	2.00
14866066--14866275	114	1.8	114	88	2	323	26	24	19	29	1.98
14865506--14866346	371	2.3	368	86	4	1143	26	25	19	28	1.99
14866178--14866406	71	3.2	72	88	2	318	26	24	19	30	1.98
14868818--14868866	21	2.3	21	85	0	62	51	4	2	42	1.32
14876097--14876248	36	4.3	36	87	4	211	48	1	9	40	1.48
14876252--14876298	24	1.9	24	83	12	60	36	0	6	57	1.24
14876447--14876513	3	22.3	3	96	0	125	65	0	1	32	1.02
14876641--14876672	16	2.1	16	94	5	57	50	0	0	50	1.00
14876681--14876709	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14877012--14877036	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
14877206--14877257	20	2.7	20	78	3	61	44	1	1	51	1.23
14879333--14879376	3	14.7	3	83	9	54	31	2	4	61	1.28
14879333--14879441	18	5.8	18	67	28	59	30	4	4	60	1.37
14879797--14879827	16	1.9	16	100	0	62	51	9	0	38	1.35
14880214--14880358	74	2.0	74	91	2	238	24	20	21	33	1.97
14883366--14883411	12	3.9	12	75	13	51	80	2	15	2	0.91
14883363--14883411	17	2.9	16	85	11	62	81	2	14	2	0.87
14884287--14885418	50	22.6	50	69	5	638	31	21	21	25	1.98
14884279--14885418	100	11.4	100	87	1	1509	31	21	21	25	1.98
14886706--14887358	50	13.1	50	71	0	401	31	21	21	26	1.98
14886706--14887357	100	6.5	100	86	1	869	30	21	21	26	1.98
14888989--14889035	3	15.7	3	86	8	60	31	4	2	61	1.27
14889326--14889415	20	4.2	21	74	9	67	37	8	2	51	1.46
14889342--14889406	10	6.5	10	72	13	53	40	6	0	53	1.26
14889472--14889497	10	2.6	10	100	0	52	50	7	0	42	1.31
14891172--14891209	20	1.9	20	100	0	76	31	0	7	60	1.25
14891204--14891269	29	2.2	31	78	7	75	27	3	7	62	1.37
14891220--14891269	25	2.0	25	84	7	66	28	4	8	60	1.43
14893044--14893265	113	1.9	114	96	3	412	46	10	13	29	1.76
14902122--14902161	20	2.0	20	90	5	62	57	0	0	42	0.98
14902121--14902162	14	3.1	14	75	6	50	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14903839--14904022	50	3.6	50	77	7	138	26	21	28	23	1.99
14903907--14904030	50	2.5	50	82	0	140	25	21	30	21	1.98
14909980--14910060	34	2.4	34	95	0	144	39	11	14	34	1.82
14909985--14910051	20	3.7	19	70	24	63	40	10	14	34	1.81
14912266--14912332	34	1.9	35	90	3	109	46	10	8	34	1.70
14916432--14916470	19	2.1	18	85	4	51	23	15	17	43	1.87
14919395--14919470	40	1.9	40	84	10	102	44	10	21	23	1.83
14919951--14919981	7	4.3	7	95	4	53	83	0	12	3	0.75
14943495--14943543	25	2.0	25	88	8	73	61	10	2	26	1.39
14957685--14957934	44	5.5	44	70	16	136	31	17	22	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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