Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  20  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices
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Copy
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Score
A
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Period
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Copy
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Period
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Score
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Period
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11
20
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6051219--6051250
7
4.6
7
100
0
64
28
0
15
56
1.40
6053902--6054032
13
10.2
13
78
9
135
36
4
6
52
1.47
6053902--6054032
40
3.4
37
85
7
158
36
4
6
52
1.47
6053902--6054032
27
5.1
26
78
10
135
36
4
6
52
1.47
6054124--6054272
72
2.1
72
98
0
289
44
12
5
37
1.66
6056547--6056601
9
6.1
9
93
0
92
34
9
41
14
1.77
6058497--6058521
12
2.1
12
100
0
50
24
36
24
16
1.94
6058683--6058776
9
10.4
9
83
4
118
42
23
8
25
1.82
6058883--6058926
18
2.4
18
80
0
52
20
2
36
40
1.65
6061830--6062371
127
4.3
127
92
1
885
25
19
19
35
1.96
6061830--6062371
252
2.1
252
92
2
901
25
19
19
35
1.96
6062563--6062618
13
4.1
14
73
13
53
51
32
0
16
1.44
6062605--6062650
23
2.0
23
95
0
83
52
36
4
6
1.47
6068524--6068562
19
2.2
18
86
9
53
20
0
43
35
1.52
6074578--6074610
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
6074757--6074837
33
2.5
33
83
4
92
29
11
11
48
1.73
6075549--6075578
4
7.8
4
92
7
53
76
0
0
23
0.78
6082476--6082505
3
10.0
3
100
0
60
33
0
0
66
0.92
6084441--6084479
19
1.9
19
85
10
51
46
0
2
51
1.14
6085512--6085553
17
2.6
16
78
17
50
57
9
0
33
1.31
6092038--6092118
41
2.0
41
100
0
162
28
22
14
34
1.94
6097183--6097213
5
6.2
5
92
0
53
22
54
0
22
1.44
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6097425--6097455
15
2.0
16
93
6
55
19
0
6
74
1.03
6097477--6097517
19
2.1
20
86
4
57
19
17
0
63
1.31
6097474--6097532
19
3.1
18
74
11
55
18
11
1
67
1.30
6099124--6099167
6
7.5
6
92
2
72
15
0
2
81
0.78
6100538--6100564
9
3.0
9
100
0
54
22
0
33
44
1.53
6102593--6102627
16
2.2
16
85
5
54
31
8
2
57
1.44
6104780--6104816
19
2.0
19
89
5
58
40
0
8
51
1.32
6105645--6105692
12
4.0
12
77
0
51
22
52
20
4
1.64
6109110--6109167
23
2.5
23
80
0
71
44
18
24
12
1.84
6112862--6112920
21
2.8
20
82
5
64
42
1
11
44
1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198