genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24064257--24064343	33	2.7	32	82	8	97	28	12	8	50	1.68
24066052--24066102	22	2.4	22	87	6	70	31	0	13	54	1.39
24066796--24066821	9	2.9	9	100	0	52	19	0	11	69	1.18
24067319--24067356	19	2.0	19	89	0	58	42	10	23	23	1.85
24067805--24068659	447	1.9	447	92	0	1442	27	24	13	34	1.93
24069831--24069891	20	3.0	20	81	9	70	32	11	26	29	1.91
24080126--24080160	17	2.0	18	88	5	54	25	11	8	54	1.64
24103330--24103369	20	2.0	20	90	4	64	62	2	12	22	1.42
24104257--24104298	15	2.8	15	92	0	66	76	0	14	9	1.02
24106095--24106136	14	3.2	13	83	12	50	69	2	11	16	1.29
24106115--24106156	16	2.6	16	92	0	75	71	2	9	16	1.23
24107107--24107141	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
24132153--24132198	20	2.3	20	84	0	56	26	28	19	26	1.99
24136343--24136396	19	2.7	20	82	8	65	9	12	1	75	1.11
24138041--24138152	23	4.9	23	78	0	125	30	6	26	36	1.81
24138041--24138152	46	2.4	46	89	0	179	30	6	26	36	1.81
24139775--24139813	19	2.0	20	85	5	53	10	28	15	46	1.78
24140956--24141025	34	2.1	34	100	0	140	25	14	20	40	1.90
24141281--24141324	21	2.1	21	95	0	79	31	2	36	29	1.70
24141292--24141324	11	3.1	11	82	8	50	33	0	36	30	1.58
24145780--24145835	15	4.0	14	77	11	53	8	7	3	80	1.01
24145812--24145847	14	2.5	15	90	4	56	13	8	2	75	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24146146--24146208	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
24147881--24147944	21	3.2	21	66	20	64	50	23	14	12	1.76
24147878--24147956	39	2.0	39	100	0	158	51	22	12	12	1.73
24160633--24160685	13	3.9	14	82	9	74	26	9	0	64	1.24
24160633--24160679	12	3.6	13	91	5	69	23	6	0	70	1.10
24160724--24160759	12	3.0	12	91	0	54	11	5	13	69	1.34
24172921--24172996	34	2.2	34	95	0	134	43	13	7	35	1.73
24173780--24173815	17	2.1	18	89	5	56	47	11	0	41	1.39
24177219--24177248	15	2.0	15	100	0	60	53	6	13	26	1.64
24186376--24186427	15	3.5	14	85	12	68	17	9	1	71	1.22
24186394--24186427	14	2.4	14	95	0	59	17	8	0	73	1.08
24186393--24186434	14	3.0	14	86	6	50	26	9	0	64	1.24
24186475--24186499	13	1.9	13	100	0	50	16	0	8	76	1.02
24187297--24187348	12	4.0	12	76	16	50	13	23	0	63	1.29
24187340--24187397	26	2.2	27	82	11	68	12	22	0	65	1.25
24187340--24187422	27	3.1	27	78	11	75	10	20	1	67	1.28
24187381--24187422	12	3.8	11	78	9	50	7	16	2	73	1.15
24192284--24192321	19	2.0	20	94	5	69	36	10	34	18	1.85
24195740--24195773	17	2.1	16	88	5	50	47	14	0	38	1.45
24199672--24199709	20	1.9	19	94	5	67	31	15	28	23	1.96
24202774--24202803	6	5.0	6	91	0	51	36	30	0	33	1.58
24202830--24202881	6	7.7	6	76	23	50	3	13	0	82	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24202831--24202859	15	1.9	15	100	0	58	3	13	0	82	0.79
24202830--24202881	21	2.5	21	100	0	104	3	13	0	82	0.80
24202835--24202886	15	3.6	14	87	12	70	3	13	0	82	0.80
24203810--24203878	28	2.5	28	88	4	104	13	11	2	72	1.23
24203911--24203960	12	4.0	12	87	7	73	22	10	2	66	1.32
24203911--24203960	13	3.9	13	89	5	75	22	10	2	66	1.32
24203911--24203960	25	2.0	25	92	0	82	22	10	2	66	1.32
24205512--24205553	10	4.3	10	78	6	50	28	11	23	35	1.91
24209282--24209393	23	4.9	23	72	8	93	29	6	27	36	1.81
24209282--24209393	46	2.4	46	87	0	170	29	6	27	36	1.81
24215646--24215679	16	2.3	15	90	10	52	23	5	32	38	1.79
24218539--24218599	20	3.1	19	82	15	70	32	11	29	26	1.91
24220856--24220889	17	2.0	17	88	0	50	14	8	2	73	1.19
24220880--24220916	19	2.0	19	94	5	67	13	5	10	70	1.32
24232995--24233057	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
24238695--24238749	19	2.8	20	80	8	67	7	14	1	76	1.08
24240893--24240955	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
24242088--24242146	30	2.0	30	83	6	75	28	15	25	30	1.96
24243688--24243721	17	2.1	16	88	5	50	47	14	0	38	1.45
24249115--24249151	17	2.1	18	90	5	58	48	10	0	40	1.38
24250046--24250084	19	2.1	19	100	0	78	28	30	10	30	1.90
24253039--24253082	18	2.4	18	88	11	63	72	2	20	4	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24253041--24253101	21	3.2	19	75	11	52	68	1	21	8	1.24
24255319--24255391	29	2.5	29	88	0	110	30	10	13	45	1.78
24255975--24256037	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
24257185--24257243	30	2.0	30	83	6	75	33	15	20	30	1.93
24260120--24260299	39	4.6	39	84	1	218	31	3	21	43	1.71
24261296--24261359	21	2.9	22	86	4	85	26	3	34	35	1.72
24263162--24263329	62	2.7	62	86	0	237	25	23	26	25	2.00
24266756--24266787	13	2.5	13	100	0	64	81	6	0	12	0.87
24266751--24266787	14	2.6	14	87	12	58	81	5	0	13	0.86
24270354--24270408	15	3.8	14	78	7	56	74	1	20	3	1.06
24270354--24270405	14	3.6	15	84	2	54	75	1	19	3	1.06
24271352--24271416	22	2.9	22	79	2	67	36	4	32	26	1.77
24283447--24283484	20	1.9	19	94	5	67	31	15	28	23	1.96
24285491--24285556	23	2.9	22	86	6	87	33	33	4	28	1.78
24290946--24290982	19	2.0	19	94	5	67	13	5	10	70	1.32
24290929--24290967	11	3.4	11	89	7	51	10	5	5	79	1.04
24291268--24291371	23	4.5	23	79	0	118	31	5	27	34	1.81
24291272--24291362	46	2.0	46	95	0	164	29	6	28	35	1.83
24302859--24302883	13	1.9	13	100	0	50	32	28	16	24	1.96
24309413--24309459	20	2.3	20	85	0	58	25	19	29	25	1.98
24324518--24324576	20	3.0	20	82	0	64	37	13	27	22	1.91
24330599--24330632	18	2.0	17	88	11	52	32	26	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24342618--24342672	15	3.8	15	85	2	60	3	20	1	74	1.06
24342628--24342672	14	3.1	14	87	3	54	4	20	2	73	1.11
24344197--24344260	32	2.0	32	100	0	128	28	28	12	31	1.93
24344686--24344723	18	2.1	19	90	5	60	23	7	5	63	1.42
24344755--24344794	12	3.7	11	87	12	57	12	2	5	80	0.98
24349214--24349262	18	2.6	19	78	18	57	73	2	2	22	1.04
24360917--24360941	13	1.9	13	100	0	50	32	28	16	24	1.96
24373284--24373328	18	2.5	17	82	13	54	73	4	15	6	1.21
24373282--24373333	18	2.8	18	75	16	52	67	3	19	9	1.35
24377853--24377890	19	2.0	20	94	5	69	36	10	34	18	1.85
24380760--24380802	18	2.4	18	96	0	77	72	2	16	9	1.21
24383574--24383620	21	2.3	21	81	3	60	31	8	21	38	1.83
24427740--24427770	12	2.6	12	100	0	62	41	19	6	32	1.77
24443331--24443355	13	1.9	13	100	0	50	32	28	16	24	1.96
24451101--24452679	798	2.0	776	83	7	1997	33	17	17	31	1.93
24457591--24457666	20	3.8	20	84	5	93	26	26	15	31	1.96
24457596--24457666	10	7.2	10	70	24	53	26	28	15	29	1.96
24457590--24457666	40	2.0	40	84	7	104	25	25	16	31	1.97
24460522--24460580	27	2.2	27	100	0	118	32	11	6	49	1.66
24463953--24463997	20	2.2	20	85	14	58	28	4	13	53	1.59
24464992--24465039	23	2.1	22	84	7	60	47	12	18	20	1.81
24469668--24469705	20	1.9	19	94	5	67	23	28	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24473079--24473151	29	2.5	29	84	0	101	47	10	9	31	1.71
24477192--24477304	19	6.1	19	74	12	108	45	13	10	30	1.77
24477244--24477303	20	3.0	20	92	2	95	43	15	11	30	1.82
24477320--24477652	170	2.0	170	95	0	594	33	15	21	29	1.95
24481380--24481428	10	4.8	10	82	5	62	28	26	14	30	1.95
24485131--24485170	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
24490589--24490621	17	1.9	17	88	11	50	18	15	24	42	1.88
24493569--24493593	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
24495818--24495855	19	2.0	20	94	5	69	18	34	10	36	1.85
24495820--24495865	20	2.3	19	85	7	56	23	34	10	30	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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