genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  73  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22895658--22895826	43	3.9	42	78	8	169	31	25	14	27	1.95
22895664--22895877	44	4.8	44	76	10	177	31	23	15	28	1.95
22902618--22902654	18	2.1	18	89	0	56	51	18	0	29	1.47
22902764--22902797	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
22903804--22903994	51	3.8	50	81	8	235	30	25	14	28	1.95
22911470--22911654	50	3.7	49	84	6	246	30	24	16	29	1.96
22911567--22911649	26	3.2	26	67	21	75	32	24	12	31	1.91
22911473--22911654	101	1.8	100	89	3	285	30	24	15	29	1.96
22915451--22915549	42	2.4	42	82	3	128	21	32	22	24	1.98
22916125--22916222	38	2.6	37	85	3	124	33	27	21	17	1.96
22916195--22916230	16	2.2	16	95	0	63	30	27	27	13	1.94
22923311--22923352	22	1.9	22	85	0	57	30	4	0	64	1.14
22926219--22926284	33	1.9	35	84	9	91	65	12	9	13	1.48
22929510--22929549	12	3.3	12	85	0	62	72	7	7	12	1.27
22929601--22929662	28	2.5	23	75	24	72	30	9	38	20	1.85
22929609--22929664	28	2.0	28	100	0	112	32	10	35	21	1.88
22931242--22931313	10	6.9	10	75	20	67	76	0	4	19	0.95
22931241--22931307	15	4.5	15	77	22	79	76	0	2	20	0.92
22933781--22934122	51	6.7	50	80	7	354	28	15	26	30	1.96
22933781--22934119	102	3.3	101	87	2	441	28	15	26	30	1.96
22933776--22934122	153	2.3	152	82	4	423	28	14	25	30	1.95
22936400--22936489	38	2.4	38	83	3	101	35	42	10	12	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22944023--22944058	12	3.0	13	84	15	51	58	8	16	16	1.61
22947507--22947554	18	2.7	17	83	6	51	29	16	6	47	1.71
22953740--22953776	9	4.1	9	85	0	56	43	13	13	29	1.82
22953991--22954050	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
22956481--22956514	17	2.0	17	88	11	52	50	0	5	44	1.26
22960612--22960643	8	4.0	8	100	0	64	50	12	12	25	1.75
22961754--22961797	20	2.2	20	83	4	52	18	13	6	61	1.54
22962963--22963167	90	2.3	91	83	6	249	40	22	6	30	1.80
22963213--22963262	19	2.8	18	75	19	59	62	0	2	36	1.07
22965361--22965396	17	2.1	17	89	0	54	8	19	8	63	1.47
22965377--22965416	20	2.0	21	85	5	55	10	25	7	57	1.57
22966078--22966118	17	2.4	17	87	0	55	21	2	2	73	1.07
22982378--22982422	18	2.6	18	86	10	58	42	6	15	35	1.73
22982606--22982636	14	2.2	14	94	0	53	58	0	9	32	1.31
22982901--22982977	9	8.6	9	72	17	54	29	2	1	66	1.13
22982898--22982968	18	3.8	19	77	17	78	29	2	1	66	1.15
22982939--22982999	26	2.2	27	80	11	70	36	4	0	59	1.19
22983010--22983049	21	2.0	20	90	5	62	45	2	0	52	1.14
22986143--22986172	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
22998463--22998510	17	2.8	17	77	3	51	75	0	10	14	1.06
22998464--22998528	27	2.4	27	82	10	71	75	3	9	12	1.15
23004184--23004210	14	1.9	14	100	0	54	29	7	14	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23014938--23015942	253	4.0	254	97	0	1838	28	18	9	43	1.81
23017058--23017402	27	12.8	28	82	5	207	28	25	13	32	1.94
23017058--23017401	54	6.4	54	79	5	347	28	25	13	32	1.94
23017081--23017402	81	4.0	81	86	2	407	28	24	13	33	1.93
23020552--23020582	16	1.9	16	93	0	53	48	0	22	29	1.51
23022032--23022063	13	2.3	15	89	10	50	25	21	31	21	1.98
23023722--23023987	37	7.2	37	80	1	282	27	17	19	35	1.94
23023720--23023988	74	3.6	73	87	2	367	27	17	19	35	1.94
23023718--23023987	111	2.4	111	82	1	353	27	17	19	35	1.94
23024085--23024189	14	7.5	14	75	0	102	33	18	14	34	1.91
23024085--23024190	28	3.8	28	79	2	115	33	18	14	33	1.91
23024086--23024249	70	2.3	70	80	2	177	33	18	12	35	1.89
23025075--23025132	17	3.4	18	81	13	70	55	24	0	20	1.44
23026331--23026402	9	8.2	9	77	16	55	47	0	1	51	1.09
23026341--23026406	16	4.0	16	82	5	87	51	0	0	48	1.00
23026346--23026408	8	7.6	8	78	7	72	55	0	0	44	0.99
23026343--23026391	7	6.4	7	84	13	53	51	0	0	48	1.00
23026334--23026423	25	3.6	25	78	11	87	52	0	2	45	1.13
23026438--23026478	20	2.0	21	90	4	66	39	0	2	58	1.11
23026439--23026478	10	4.0	10	84	12	55	37	0	2	60	1.11
23027090--23027128	19	2.1	19	100	0	78	43	10	5	41	1.61
23039542--23039594	25	2.1	25	83	13	65	56	3	3	35	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23047033--23047069	18	2.0	19	89	5	58	51	0	43	5	1.24
23049928--23049957	16	1.9	16	93	6	53	80	0	0	20	0.72
23051477--23051523	11	4.3	11	81	7	51	59	2	2	36	1.21
23054622--23054648	11	2.5	11	100	0	54	62	0	0	37	0.95
23059050--23059086	18	2.0	19	89	5	58	5	43	0	51	1.24
23062411--23062526	58	2.0	58	98	0	223	31	18	15	35	1.92
23066146--23066378	50	4.5	50	82	6	252	24	29	20	25	1.99
23073101--23073397	50	5.8	50	77	2	227	23	27	19	28	1.99
23081205--23081241	18	2.0	19	89	5	58	5	43	0	51	1.24
23090630--23090682	9	6.1	9	78	6	56	47	1	1	49	1.23
23090636--23090680	13	3.5	13	79	8	56	46	2	2	48	1.26
23092368--23092406	20	1.9	21	94	5	71	35	15	7	41	1.76
23092619--23092676	30	1.9	31	86	10	84	37	1	6	53	1.38
23092619--23092691	30	2.4	31	80	11	80	38	2	8	50	1.47
23092645--23092732	37	2.2	41	84	9	112	42	2	6	48	1.42
23092860--23092894	18	1.9	18	100	0	70	42	0	0	57	0.99
23093932--23093972	15	2.7	16	77	11	50	48	0	7	43	1.30
23094124--23094163	18	2.2	19	86	4	55	60	2	2	35	1.24
23095838--23096221	44	8.8	44	70	14	188	28	23	19	28	1.98
23095754--23096309	217	2.5	217	89	2	833	28	22	19	29	1.98
23108402--23108442	15	2.7	16	77	11	50	48	0	7	43	1.30
23111807--23111835	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23122292--23122344	27	2.0	27	92	0	88	16	30	28	24	1.97
23122555--23122594	20	2.0	20	90	5	62	35	2	0	62	1.09
23126071--23126158	44	2.0	42	86	4	122	36	11	2	50	1.51
23144529--23144557	13	2.2	13	100	0	58	44	6	20	27	1.77
23144880--23144933	19	2.8	18	78	10	54	40	9	9	40	1.69
23150126--23150179	21	2.6	21	77	16	60	68	0	1	29	1.00
23150126--23150178	7	7.6	7	78	6	54	67	0	1	30	1.01
23150145--23150178	14	2.4	14	100	0	68	67	0	0	32	0.91
23151785--23151827	22	2.0	22	90	0	68	25	9	27	37	1.87
23151781--23151839	22	2.7	22	79	10	66	28	10	25	35	1.89
23152882--23153015	70	2.0	66	85	5	178	30	11	13	44	1.78
23154092--23154293	72	2.8	72	86	3	264	26	17	23	32	1.96
23155258--23155307	19	2.5	21	87	12	70	32	14	18	36	1.90
23157806--23158004	45	4.4	44	89	3	283	39	21	20	19	1.92
23157868--23158030	45	3.9	38	74	20	123	38	22	20	19	1.94
23164397--23164470	24	3.1	24	76	7	80	10	16	0	72	1.10
23165114--23165325	62	3.4	61	80	6	212	26	21	27	24	1.99
23171473--23171543	34	2.1	34	91	0	115	45	16	7	30	1.75
23173028--23173058	16	1.9	16	93	0	53	19	12	3	64	1.41
23175539--23175565	14	1.9	14	100	0	54	85	7	0	7	0.75
23176172--23176214	19	2.3	19	80	4	52	39	9	34	16	1.80
23182792--23182837	25	2.0	23	83	12	58	13	21	19	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23185757--23185926	85	2.0	85	84	2	225	31	18	18	31	1.95
23186434--23186602	27	5.9	28	70	18	107	49	4	18	27	1.67
23186586--23186656	29	2.4	29	83	4	90	60	4	9	25	1.46
23186679--23186770	27	3.4	27	70	16	82	52	9	18	19	1.73
23186745--23187378	319	2.0	319	93	0	1072	28	18	25	27	1.98
23188355--23188530	94	1.9	94	85	4	248	39	6	16	36	1.75
23188640--23188681	22	2.0	22	95	4	77	40	2	14	42	1.58
23188663--23188832	69	2.5	68	85	7	220	44	5	15	34	1.70
23189127--23189168	22	1.9	22	85	0	57	57	0	0	42	0.99
23190169--23190236	31	2.2	31	97	0	127	60	5	2	30	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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