genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2061541--2061615	30	2.5	30	100	0	150	22	44	0	33	1.53
2061726--2061783	30	1.9	31	85	3	82	18	36	0	44	1.50
2061978--2062039	27	2.3	27	100	0	124	40	6	0	53	1.27
2066477--2066522	23	2.0	23	86	4	65	39	4	0	56	1.19
2066578--2066608	13	2.4	13	94	0	53	38	3	0	58	1.15
2067240--2067264	11	2.3	11	100	0	50	36	16	8	40	1.77
2069583--2069638	29	2.0	28	86	10	78	23	5	14	57	1.58
2070931--2070970	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
2071779--2071852	29	2.5	29	86	4	94	50	14	14	20	1.78
2077455--2077529	29	2.6	30	81	14	86	50	2	0	46	1.15
2077594--2077648	19	3.3	17	76	23	55	27	27	1	43	1.65
2082123--2082183	21	3.0	21	79	6	56	44	14	22	18	1.86
2084270--2084316	20	2.3	20	85	10	60	34	4	4	57	1.38
2089920--2089962	20	2.1	20	83	12	52	16	23	0	60	1.35
2102862--2102921	31	2.0	29	90	6	93	40	5	0	55	1.22
2114166--2114325	71	2.2	72	94	1	277	44	16	11	26	1.83
2116130--2116166	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2124432--2124516	41	2.1	41	97	0	161	37	7	4	50	1.51
2125439--2125492	21	2.5	22	85	8	76	27	9	33	29	1.88
2131032--2131071	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
2131017--2131083	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
2131011--2131087	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2134105--2134258	68	2.2	69	88	2	238	20	20	18	40	1.92
2134104--2134262	35	4.6	35	81	3	180	19	22	18	40	1.92
2143129--2143162	14	2.5	13	86	9	50	35	0	0	64	0.94
2146159--2146208	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
2148279--2148311	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2150708--2150765	29	2.0	30	86	3	82	39	3	13	43	1.61
2153120--2153148	14	2.1	14	100	0	58	51	0	13	34	1.42
2156137--2156163	11	2.5	11	100	0	54	25	11	14	48	1.77
2167017--2167059	22	2.0	22	85	0	59	72	4	2	20	1.14
2168181--2168242	31	2.0	31	96	0	115	59	8	3	29	1.42
2172697--2172785	46	2.0	46	80	8	103	49	3	3	43	1.35
2174917--2174985	31	2.3	31	84	2	95	31	14	15	37	1.88
2178088--2178154	31	2.2	31	86	0	89	43	5	11	38	1.66
2178824--2178854	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
2178938--2178990	2	26.5	2	88	0	79	54	0	0	45	0.99
2196810--2196834	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2198033--2198097	31	2.1	31	91	0	103	40	13	6	40	1.70
2202422--2202476	26	2.2	25	86	3	74	34	0	3	61	1.13
2202433--2202477	6	7.2	6	85	9	63	33	0	0	66	0.92
2202823--2202869	24	2.0	24	95	0	85	25	0	4	70	1.05
2202823--2202884	24	2.6	24	87	5	72	22	0	6	70	1.09
2203919--2203975	20	2.8	21	79	10	57	35	1	5	57	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2211727--2212075	181	1.9	179	87	2	502	30	11	13	44	1.79
2214784--2214814	16	1.9	16	93	0	53	54	6	6	32	1.51
2225349--2225429	42	1.9	42	89	0	126	19	12	48	19	1.80
2231738--2231773	7	5.6	7	87	12	51	61	13	0	25	1.33
2233494--2233523	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
2234482--2234513	12	2.7	12	95	0	55	71	0	9	18	1.12
2234533--2234562	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2235198--2235269	3	23.7	3	83	8	92	63	1	1	33	1.11
2252638--2253306	223	3.0	227	89	3	1048	40	17	17	24	1.91
2252638--2253265	228	2.8	224	92	2	1032	39	16	18	25	1.91
2275593--2275626	14	2.4	14	90	0	50	26	0	2	70	1.01
2276119--2276152	14	2.5	14	95	4	61	14	0	35	50	1.44
2276855--2277160	154	2.0	151	96	1	567	23	22	20	33	1.98
2278560--2278584	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2280540--2280654	57	2.0	57	96	0	212	53	4	9	32	1.53
2282780--2282813	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2285487--2285527	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2289056--2289142	21	4.1	20	79	7	75	36	22	21	18	1.95
2289056--2289141	23	4.0	23	77	11	101	37	23	22	17	1.94
2290342--2290373	16	2.1	16	94	5	57	40	0	0	59	0.97
2290329--2290381	27	2.1	26	86	10	74	43	0	0	56	0.99
2293787--2293815	4	7.2	4	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2295202--2295248	18	2.7	19	75	18	57	34	0	12	53	1.39
2318969--2318995	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
2319687--2319749	27	2.3	26	71	7	63	55	11	7	25	1.62
2320004--2320061	24	2.4	25	86	11	77	68	5	6	18	1.31
2320032--2320072	18	2.2	20	86	8	59	68	0	14	17	1.22
2327111--2327161	25	2.1	25	85	3	68	31	7	9	50	1.64
2331512--2332107	133	4.5	132	84	2	723	17	12	17	51	1.76
2337955--2337980	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2338036--2338069	2	17.0	2	93	0	59	47	2	0	50	1.16
2338579--2338675	3	31.3	3	74	10	61	62	2	6	28	1.30
2338649--2338689	21	2.0	21	85	0	55	56	0	7	36	1.27
2343345--2343386	17	2.5	17	88	0	66	64	9	0	26	1.24
2346215--2346275	27	2.4	25	75	17	63	44	6	4	44	1.51
2346655--2346723	16	4.6	16	67	24	51	49	0	1	49	1.09
2348309--2348342	7	4.9	7	88	0	50	35	0	0	64	0.94
2351263--2351309	22	2.1	22	84	0	58	19	2	8	70	1.24
2351273--2351330	28	2.2	26	84	12	73	18	0	12	68	1.19
2356835--2356911	18	4.2	19	73	17	54	59	1	1	37	1.14
2362044--2362097	23	2.5	22	85	8	67	42	0	1	55	1.10
2362066--2362105	20	2.0	20	85	0	53	47	0	0	52	1.00
2363071--2363149	30	2.6	30	89	0	122	39	1	44	15	1.54
2364078--2364443	182	2.0	182	100	0	732	22	16	16	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2385097--2385138	15	2.8	15	82	10	50	59	0	2	38	1.10
2385388--2385464	37	2.1	37	81	11	88	51	2	11	33	1.52
2399002--2399054	26	2.1	25	82	3	61	35	0	0	64	0.94
2400386--2400623	121	2.0	121	90	0	377	26	11	23	38	1.89
2409495--2409553	27	2.2	28	84	6	77	67	0	0	32	0.91
2409582--2409626	20	2.2	21	84	11	58	57	8	2	31	1.41
2409871--2409940	10	7.3	10	76	12	58	28	2	1	67	1.14
2409870--2409947	28	2.8	27	75	7	75	30	2	1	65	1.14
2409871--2409947	18	4.1	19	73	17	61	29	2	1	66	1.13
2410004--2410195	89	2.1	88	85	8	262	34	9	20	35	1.85
2411555--2411579	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2418790--2418852	26	2.3	28	78	5	67	58	6	11	23	1.55
2428918--2429022	42	2.5	42	81	6	122	39	17	19	24	1.92
2433438--2433512	27	2.8	27	97	0	141	29	28	17	25	1.97
2437448--2437501	25	2.4	21	77	17	54	27	5	7	59	1.47
2440891--2440958	24	2.8	24	80	6	84	41	1	0	57	1.08
2442868--2442893	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
2442861--2442982	39	3.1	39	81	10	160	34	2	0	63	1.08
2442892--2442921	8	3.6	8	95	4	51	30	0	0	70	0.88
2442891--2442965	9	8.0	9	76	18	64	34	1	0	64	1.02
2454621--2454681	30	2.0	30	96	0	113	47	9	4	37	1.58
2456116--2456146	14	2.2	14	94	0	53	61	6	9	22	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456600--2456630	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
2456725--2456966	50	4.8	50	92	0	394	24	23	31	20	1.98
2464232--2464291	22	2.6	23	84	5	77	46	5	11	36	1.62
2464241--2464300	22	2.7	24	82	10	74	43	6	16	33	1.74
2469512--2469544	17	1.9	17	93	0	57	33	18	9	39	1.82
2474939--2474997	31	1.9	31	86	6	84	37	5	1	55	1.32
2475227--2475271	22	2.0	22	82	0	54	31	4	0	64	1.13
2479169--2479231	31	2.0	31	90	0	99	50	9	4	34	1.56
2479470--2479536	31	2.2	31	83	5	82	46	19	10	23	1.81
2485759--2485805	23	2.0	23	100	0	94	29	40	21	8	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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