genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8715515--8715642	20	6.5	20	69	13	88	29	7	2	60	1.35
8715576--8715657	20	4.2	19	72	14	58	32	4	1	60	1.25
8715622--8715761	67	2.1	66	80	7	149	27	6	2	64	1.29
8715858--8716130	89	3.1	89	83	5	326	28	11	22	37	1.89
8736480--8736575	37	2.6	37	85	5	122	46	1	4	47	1.28
8736698--8736751	16	3.4	16	92	0	90	29	24	5	40	1.77
8747411--8747507	49	2.0	49	81	0	113	45	13	17	23	1.84
8747737--8747788	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
8750871--8750934	24	2.6	25	73	11	69	17	28	14	40	1.88
8750914--8751044	25	5.3	25	69	10	90	19	25	18	35	1.95
8750877--8751044	73	2.3	74	80	10	193	19	26	17	36	1.94
8750999--8751056	25	2.3	25	82	5	73	22	25	20	31	1.98
8752995--8753052	26	2.2	26	84	6	73	17	22	22	37	1.93
8753128--8753247	25	4.9	25	68	7	75	20	27	20	31	1.97
8757574--8757677	24	4.2	25	71	12	90	16	27	18	37	1.92
8757535--8757656	49	2.4	50	82	9	133	14	28	18	37	1.91
8757693--8757753	25	2.4	25	86	5	79	21	27	21	29	1.98
8757693--8757773	25	3.2	25	82	6	76	20	24	22	32	1.98
8759739--8759795	28	2.0	28	93	0	96	56	10	7	26	1.59
8761811--8761848	3	13.0	3	94	5	69	34	0	31	34	1.58
8763990--8764035	23	2.0	22	84	12	58	63	8	2	26	1.35
8768488--8768522	17	2.0	17	88	5	52	71	0	17	11	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8768662--8768689	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8783126--8783350	44	5.1	44	67	12	138	26	26	24	22	2.00
8783112--8783362	89	2.8	89	90	0	378	26	25	25	23	2.00
8785278--8785318	21	2.0	21	95	0	73	36	2	4	56	1.34
8796640--8796670	6	5.2	6	100	0	62	16	16	51	16	1.77
8800861--8800905	18	2.6	18	76	16	58	24	33	0	42	1.55
8805077--8805188	32	3.5	32	82	9	147	42	10	10	35	1.74
8805295--8805363	33	2.1	33	94	0	120	8	20	33	37	1.83
8807334--8807455	23	5.3	23	85	3	156	28	24	21	25	1.99
8807334--8807454	46	2.6	46	88	0	179	28	24	21	24	1.99
8807679--8807717	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
8810128--8810161	12	2.7	13	81	9	52	64	0	5	29	1.17
8810446--8810503	31	1.9	31	85	3	82	44	8	8	37	1.66
8814277--8814311	18	1.9	18	88	0	52	37	0	22	40	1.55
8822997--8823047	20	2.6	20	84	3	68	56	1	0	41	1.10
8826386--8826528	37	3.9	37	74	10	123	51	11	18	18	1.76
8826386--8826513	37	3.5	37	76	6	134	52	9	20	17	1.72
8832384--8832461	35	2.2	35	81	4	93	50	14	15	20	1.78
8832344--8832461	37	3.2	37	77	4	98	48	14	15	22	1.80
8835204--8835243	2	20.0	2	100	0	80	0	0	50	50	1.00
8835325--8835453	43	3.0	44	79	16	160	22	17	27	31	1.97
8835558--8835603	23	2.0	23	100	0	92	34	13	13	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8838088--8838206	37	3.2	36	80	10	116	52	10	19	17	1.74
8845221--8845250	15	2.0	15	93	0	51	23	26	3	46	1.68
8846435--8846464	6	5.2	6	92	8	53	16	0	0	83	0.65
8852875--8852930	29	1.9	29	89	7	87	35	8	0	55	1.31
8854509--8854563	27	2.0	27	89	0	83	18	12	10	58	1.63
8860526--8860576	21	2.4	21	76	0	57	64	5	5	23	1.38
8861337--8861379	19	2.4	17	81	14	50	48	6	6	37	1.57
8867445--8867479	15	2.3	15	95	0	61	62	14	0	22	1.31
8867869--8867925	29	2.0	29	89	6	89	66	1	1	29	1.12
8876075--8876143	23	3.0	23	77	22	74	56	2	1	39	1.23
8881625--8881674	21	2.4	21	86	0	64	40	8	12	40	1.72
8887321--8887392	38	1.9	38	85	2	101	38	1	0	59	1.06
8891955--8891983	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
8892878--8892908	16	1.9	16	100	0	62	25	19	25	29	1.99
8896189--8896226	20	2.1	18	85	14	51	28	0	13	57	1.36
8896697--8896808	46	2.4	46	96	0	206	43	16	18	21	1.87
8896827--8896997	45	3.8	45	86	3	220	36	15	21	26	1.93
8896965--8897084	46	2.6	45	85	3	152	45	19	18	16	1.85
8896785--8897018	90	2.6	90	74	5	222	41	17	17	23	1.90
8897003--8897072	22	3.1	22	63	15	52	51	15	17	15	1.77
8903185--8903461	51	5.5	51	77	7	285	28	15	27	28	1.96
8903185--8903479	102	2.9	102	90	1	423	29	15	26	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8908813--8908854	21	2.0	21	85	4	57	23	26	28	21	1.99
8909699--8909734	15	2.5	15	90	4	56	19	5	2	72	1.17
8910179--8910207	11	2.6	11	100	0	58	37	0	0	62	0.96
8919987--8920045	31	1.9	31	86	6	84	23	15	13	47	1.81
8920115--8920229	60	1.9	60	82	7	144	39	20	15	25	1.91
8924114--8924173	28	2.1	29	84	3	77	51	1	0	46	1.10
8925103--8925166	32	2.0	32	100	0	128	28	9	18	43	1.81
8925915--8925940	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
8925996--8926056	23	2.7	22	80	16	63	60	4	3	31	1.34
8927487--8927534	24	2.0	24	88	8	71	27	0	10	62	1.27
8947066--8947139	26	2.8	26	81	4	87	51	9	10	28	1.68
8949842--8950038	38	5.2	38	79	4	191	32	27	20	18	1.96
8955603--8955763	88	1.8	88	89	4	254	47	11	4	35	1.62
8958304--8958341	16	2.4	16	100	0	76	36	0	34	28	1.58
8958320--8958429	45	2.6	43	77	9	120	34	5	28	31	1.80
8958574--8958608	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8958650--8958835	59	3.1	58	70	19	166	51	3	2	43	1.32
8958554--8958841	120	2.4	120	91	2	479	49	4	1	44	1.34
8958589--8958789	61	3.3	60	68	16	155	48	5	2	42	1.40
8960795--8960821	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
8961149--8961179	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8961751--8961909	41	3.9	41	85	4	205	27	21	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8961765--8961949	41	4.5	41	82	4	180	29	20	29	21	1.98
8961755--8961949	82	2.4	82	80	5	209	29	20	28	21	1.98
8966743--8966834	39	2.3	40	81	7	114	52	6	3	38	1.44
8967581--8967686	41	2.6	41	92	1	176	49	16	8	26	1.74
8972670--8972696	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8973531--8973590	30	2.0	31	93	3	104	26	18	10	45	1.81
8974006--8974066	30	2.0	30	100	0	122	44	22	13	19	1.85
8974886--8974951	34	1.9	34	87	6	98	45	15	7	31	1.74
8975619--8975666	20	2.4	21	75	10	55	16	8	2	72	1.18
8975670--8975706	12	3.2	12	92	3	58	8	0	8	83	0.80
8975660--8975701	21	2.0	22	86	13	61	11	0	7	80	0.88
8975727--8975788	23	2.9	21	81	9	63	41	0	4	53	1.22
8975745--8975788	20	2.1	22	87	8	65	40	0	0	59	0.98
8975767--8975824	11	5.0	12	75	25	54	39	0	0	60	0.97
8975778--8975822	22	2.1	21	88	8	65	40	0	0	60	0.97
8975882--8975910	14	2.1	14	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8975937--8976033	34	2.9	33	80	14	110	39	1	2	57	1.17
8976000--8976050	20	2.5	20	87	6	68	39	0	0	60	0.97
8976013--8976037	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
8975998--8976057	21	3.0	20	81	13	70	41	0	0	58	0.98
8976123--8976153	13	2.5	12	90	10	53	67	0	0	32	0.91
8986483--8986547	3	21.7	3	77	0	67	63	3	0	33	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8986481--8986541	21	2.7	23	82	12	90	62	3	0	34	1.12
8986486--8986539	21	2.6	21	100	0	108	59	3	0	37	1.15
8987394--8987463	5	14.2	5	85	8	99	61	1	0	37	1.05
8995465--8995497	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
8999611--8999799	43	4.4	43	81	7	204	18	20	28	32	1.96
8999787--8999907	43	2.8	43	81	6	147	28	29	18	23	1.97
9000040--9000069	9	3.2	9	90	9	51	66	3	0	30	1.07
9000233--9000344	21	5.3	21	83	0	116	5	41	16	35	1.72
9000233--9000334	42	2.4	42	85	0	132	4	43	16	35	1.70
9000321--9000485	66	2.5	66	87	3	208	13	27	19	39	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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