genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  89  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28679930--28680021	36	2.6	35	84	3	121	28	25	21	25	1.99
28684003--28684118	28	4.2	28	83	5	128	30	22	23	24	1.99
28684005--28684109	56	1.9	55	86	9	151	28	24	22	23	1.99
28684533--28684864	80	4.1	80	82	5	384	20	16	19	43	1.88
28684533--28684868	27	12.5	27	83	5	369	20	16	19	43	1.88
28689725--28689772	24	2.0	25	83	4	62	62	10	0	27	1.27
28690118--28690275	83	1.9	82	79	8	178	19	19	22	37	1.94
28700574--28700650	31	2.5	31	97	0	145	27	35	32	5	1.79
28703379--28703498	43	2.8	42	84	1	141	27	17	25	29	1.98
28706172--28706227	28	2.0	28	82	6	69	37	23	19	19	1.94
28706822--28706920	39	2.6	38	86	1	135	49	8	5	37	1.54
28719142--28719198	28	2.0	29	86	10	82	26	24	12	36	1.91
28732790--28732858	35	2.0	35	88	0	102	18	13	33	34	1.90
28737146--28737255	20	5.6	20	67	6	80	36	20	31	10	1.88
28740659--28740683	10	2.5	10	100	0	50	20	0	8	72	1.10
28748462--28748542	35	2.3	34	83	12	101	46	19	3	29	1.67
28748950--28749044	20	4.8	20	74	5	84	36	18	28	15	1.92
28748939--28749059	40	3.0	40	84	1	154	38	18	28	14	1.90
28760610--28760638	14	2.1	14	100	0	58	65	13	6	13	1.45
28763298--28763348	21	2.4	21	100	0	102	21	29	13	35	1.92
28764194--28764268	6	12.5	6	91	0	96	16	26	0	57	1.39
28773078--28773198	49	2.4	49	80	4	136	23	26	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28773118--28773309	50	3.8	50	79	0	159	21	27	19	30	1.98
28781088--28781114	14	1.9	14	100	0	54	44	7	0	48	1.31
28785361--28785416	25	2.2	26	93	3	96	53	0	10	35	1.36
28787787--28787830	20	2.2	20	88	4	63	25	29	20	25	1.99
28798775--28798799	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
28799202--28799296	48	2.0	48	89	4	147	31	13	14	40	1.85
28815513--28815540	12	2.3	12	100	0	56	10	28	14	46	1.78
28826027--28826066	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
28826012--28826078	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
28826006--28826082	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
28828825--28828852	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
28830957--28831248	114	2.6	114	80	5	340	25	23	24	26	2.00
28831200--28831395	73	2.7	73	81	4	225	27	22	21	28	1.99
28831198--28831415	74	2.9	74	81	4	244	25	21	23	29	1.99
28835405--28835431	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28835791--28836112	9	36.7	9	82	6	383	48	18	0	33	1.51
28841593--28841649	21	2.7	21	94	0	96	36	15	42	5	1.70
28842037--28842245	42	5.0	42	79	4	197	24	21	20	33	1.97
28842064--28842243	85	2.1	84	82	2	216	24	21	21	32	1.98
28846217--28850076	553	7.0	553	91	1	5998	42	23	12	21	1.86
28849899--28849932	17	2.0	17	94	0	59	73	5	8	11	1.24
28856861--28856901	21	2.0	21	85	4	57	68	4	9	17	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28862159--28862216	24	2.3	26	91	5	93	34	22	24	18	1.96
28862159--28862241	26	3.3	26	78	17	77	33	21	24	20	1.97
28862209--28862312	25	4.2	25	75	7	104	34	20	26	18	1.95
28862157--28862348	74	2.6	74	76	13	196	34	21	24	18	1.96
28865484--28865517	17	2.0	17	94	0	59	38	2	11	47	1.55
28871437--28871591	59	2.6	58	85	5	188	38	3	17	40	1.66
28871472--28871594	59	2.1	60	95	1	221	35	2	19	42	1.65
28871521--28871716	96	2.0	94	84	7	252	39	3	18	38	1.68
28873645--28873684	7	5.7	7	100	0	80	57	15	0	27	1.38
28874855--28874895	22	1.9	21	90	5	64	46	0	31	21	1.52
28881963--28881990	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
28882443--28882543	7	14.1	7	78	8	69	19	0	41	38	1.52
28887285--28887698	43	9.6	43	87	2	544	19	17	28	34	1.95
28889115--28889149	14	2.5	14	90	0	52	40	8	14	37	1.76
28894456--28894530	25	3.0	25	82	3	71	33	18	24	24	1.97
28907217--28907295	9	9.0	9	80	8	83	45	20	0	34	1.51
28910335--28910360	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28912332--28912694	175	2.1	175	96	0	663	32	15	20	31	1.93
28916339--28916618	133	2.1	133	93	0	479	29	21	22	26	1.99
28917934--28917976	16	2.8	15	72	6	50	46	2	4	46	1.36
28927333--28927509	40	4.3	41	82	8	150	32	29	16	21	1.95
28934105--28934239	40	3.3	40	80	7	130	34	28	15	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28936149--28936202	24	2.2	25	83	3	65	14	12	1	70	1.25
28936271--28936316	21	2.1	23	92	8	78	39	0	2	58	1.10
28936342--28936383	19	2.2	19	87	8	59	52	0	0	47	1.00
28936345--28936392	19	2.7	18	75	9	53	56	0	0	43	0.99
28936467--28936510	22	2.1	20	91	8	70	43	0	0	56	0.99
28936423--28936498	29	2.6	29	75	12	82	40	0	1	57	1.07
28936467--28936510	20	2.1	22	84	16	58	43	0	0	56	0.99
28936491--28936530	15	2.7	15	92	3	64	37	0	2	60	1.11
28936491--28936541	15	3.8	14	80	17	63	39	0	1	58	1.09
28936469--28936543	15	6.1	12	72	17	57	38	0	1	60	1.06
28936629--28936671	19	2.3	19	95	0	77	48	0	16	34	1.46
28936686--28936743	21	2.7	21	86	5	71	62	0	1	36	1.06
28936959--28937020	22	2.8	22	85	2	79	50	1	1	46	1.20
28936996--28937035	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
28937038--28937157	59	2.1	59	88	1	188	42	5	8	44	1.56
28937223--28937266	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
28938733--28938759	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
28939844--28939981	42	3.2	44	75	11	133	26	16	26	30	1.97
28949254--28949589	120	2.8	120	96	0	618	43	1	5	50	1.33
28949371--28949549	56	3.1	54	65	22	146	43	1	5	49	1.36
28949802--28949855	16	3.4	16	89	0	81	25	35	3	35	1.74
28949882--28949936	21	2.5	20	75	16	56	56	1	3	38	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28949926--28949969	16	2.7	18	86	13	60	63	0	0	36	0.95
28950155--28950217	24	2.7	23	76	16	74	77	6	3	12	1.07
28950280--28950318	8	4.9	8	87	0	60	48	12	25	12	1.77
28950859--28950885	9	3.0	9	100	0	54	22	22	55	0	1.44
28952341--28952371	16	1.9	16	93	0	53	54	0	9	35	1.33
28952776--28953071	113	2.6	114	80	4	339	33	19	21	25	1.97
28953093--28953689	115	5.2	112	77	7	501	31	18	22	26	1.97
28953057--28953689	229	2.8	226	79	5	648	31	18	22	27	1.97
28955965--28956007	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
28956101--28956501	43	9.3	42	84	5	464	31	31	19	18	1.96
28956101--28956501	130	3.1	129	86	3	538	31	31	19	18	1.96
28956101--28956501	173	2.3	172	84	3	536	31	31	19	18	1.96
28956747--28956801	9	6.1	9	86	0	74	3	29	41	25	1.72
28956747--28956801	27	2.0	27	93	6	94	3	29	41	25	1.72
28964512--28964552	19	2.1	20	82	13	50	46	0	4	48	1.23
28964970--28965018	17	2.8	17	90	3	80	32	48	0	18	1.48
28965027--28965073	21	2.2	21	92	3	76	40	38	0	21	1.53
28965715--28965871	42	3.8	39	74	17	113	40	28	15	15	1.88
28965734--28965892	42	3.8	41	74	10	144	40	25	15	18	1.90
28965715--28965871	83	1.9	82	83	11	205	40	28	15	15	1.88
28967193--28967230	19	2.1	19	85	14	53	52	2	10	34	1.50
28967372--28967433	19	3.4	19	66	20	60	32	3	1	62	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28967374--28967468	35	2.7	35	95	0	163	32	4	2	61	1.27
28967480--28967560	9	9.0	9	73	15	69	44	16	1	38	1.55
28967478--28967556	16	5.0	16	77	13	83	44	15	1	39	1.54
28967561--28967623	19	3.3	19	86	0	81	44	0	1	53	1.10
28967759--28967898	12	11.8	12	68	13	83	52	17	2	27	1.55
28967758--28968015	94	2.8	95	86	5	330	52	17	1	27	1.54
28967813--28967972	43	3.6	43	72	14	144	55	16	1	26	1.52
28967852--28968078	9	26.7	9	72	16	137	48	20	0	29	1.55
28967767--28967967	94	2.1	95	95	0	359	54	16	1	27	1.51
28967950--28968078	16	7.6	17	74	14	108	44	23	0	31	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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