genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  84  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26901177--26901212	18	2.1	16	90	10	54	61	0	5	33	1.19
26902161--26902203	9	4.6	9	77	11	50	81	16	2	0	0.79
26902153--26902197	20	2.2	21	92	4	74	84	11	2	2	0.80
26902152--26902201	25	2.0	25	88	7	75	84	12	2	2	0.80
26902622--26902726	44	2.4	44	83	0	129	27	22	18	31	1.97
26902772--26903107	44	7.7	44	69	11	138	28	20	18	32	1.96
26902762--26903107	175	2.0	175	92	0	575	28	20	18	32	1.96
26903030--26903128	44	2.2	44	87	0	144	26	24	20	29	1.99
26903170--26903260	46	2.0	46	91	0	146	27	20	18	32	1.96
26903230--26903501	88	3.1	85	75	9	305	27	20	18	32	1.96
26902518--26903385	408	2.1	407	84	4	1079	28	20	18	32	1.96
26903266--26903544	88	3.2	88	72	9	289	27	20	17	33	1.96
26903170--26903418	46	5.6	46	68	13	137	27	21	17	33	1.95
26903188--26903474	87	3.3	86	74	9	285	28	19	19	31	1.97
26903189--26903584	175	2.3	175	91	1	650	28	20	18	32	1.96
26916250--26916285	18	2.1	16	90	10	54	61	0	5	33	1.19
26917583--26917625	8	5.7	7	81	13	50	16	0	2	81	0.79
26917933--26917962	12	2.5	12	94	0	51	36	10	0	53	1.35
26920052--26920112	24	2.5	24	89	0	86	29	9	14	45	1.77
26927287--26927376	27	3.3	27	77	9	94	42	17	18	21	1.90
26934583--26934621	13	2.9	14	88	7	62	53	7	7	30	1.57
26934576--26934633	11	4.6	12	80	18	64	58	6	10	24	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26934576--26934634	14	4.5	13	81	14	68	59	6	10	23	1.54
26938083--26938116	16	2.1	16	88	0	50	29	14	29	26	1.95
26946363--26946423	28	2.2	28	91	2	106	31	9	14	44	1.78
26957885--26958355	217	2.2	218	84	3	617	28	23	19	28	1.98
26958150--26958430	84	3.3	84	72	8	278	30	23	18	27	1.98
26957972--26958862	217	4.1	215	81	6	776	28	23	19	28	1.98
26957889--26958743	390	2.2	390	85	2	1126	28	22	20	28	1.98
26958153--26958526	173	2.2	173	93	0	624	30	23	18	27	1.98
26958153--26958652	173	2.9	172	84	5	523	29	22	19	28	1.98
26957931--26958783	89	9.8	88	66	17	229	28	23	19	28	1.98
26958141--26958955	390	2.1	389	80	4	876	27	23	19	29	1.98
26959112--26959394	132	2.2	130	89	1	422	26	25	20	28	1.99
26965613--26965649	19	1.9	19	94	0	65	62	2	0	35	1.10
26966135--26966173	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
26966342--26966399	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
26966371--26966423	19	3.0	17	78	10	61	35	18	9	35	1.84
26966355--26966412	19	2.8	20	84	10	64	39	17	6	36	1.76
26977447--26978007	138	4.1	138	91	0	890	45	6	7	39	1.58
26978025--26978194	76	2.2	76	86	2	234	34	12	7	45	1.70
26978330--26978632	150	2.0	150	97	0	570	26	19	19	34	1.96
26984669--26985094	140	3.1	138	88	4	631	45	5	7	42	1.55
26988256--26988317	15	3.9	15	76	12	52	59	3	27	9	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26988988--26989131	45	3.2	45	87	5	168	22	17	13	47	1.82
26989021--26989099	21	3.6	21	65	15	52	22	16	13	46	1.82
26992160--26992340	75	2.4	75	89	0	281	46	9	14	29	1.76
26992358--26993055	138	5.1	138	94	0	1198	40	8	6	44	1.59
26992538--26992750	67	3.1	67	65	21	179	41	6	7	45	1.56
26995441--26995479	21	1.9	21	89	5	62	35	0	5	58	1.20
27004988--27005043	26	2.2	26	86	0	76	33	10	10	44	1.74
27014249--27014293	22	2.0	22	87	8	65	28	0	17	53	1.44
27015321--27015487	82	2.0	82	93	2	282	38	23	8	28	1.85
27016744--27016984	50	4.7	51	83	5	272	26	19	29	23	1.98
27017235--27017273	4	9.8	4	82	0	51	51	2	23	23	1.61
27017236--27017274	20	2.0	20	94	0	69	53	2	23	20	1.57
27024351--27024539	50	3.7	50	82	7	218	27	21	28	22	1.99
27039290--27039420	51	2.6	51	85	1	165	25	19	25	30	1.98
27047421--27047471	24	2.1	24	96	0	93	29	19	5	45	1.74
27052774--27052925	39	3.9	39	85	0	205	28	7	22	40	1.82
27052774--27052950	39	4.5	40	85	2	191	28	7	22	41	1.80
27057955--27058016	31	2.0	31	93	0	106	43	8	11	37	1.70
27068986--27069019	11	3.1	11	91	0	50	41	20	20	17	1.91
27071126--27071203	28	2.8	28	86	0	120	30	26	21	20	1.98
27071545--27071831	27	10.7	27	82	6	214	18	18	19	43	1.89
27071557--27071831	54	5.1	53	82	6	279	17	18	18	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27071545--27071831	81	3.6	79	80	7	294	18	18	19	43	1.89
27078777--27078815	14	2.8	14	84	0	51	38	7	10	43	1.67
27080115--27080191	35	2.2	36	90	4	129	51	16	3	27	1.62
27082750--27082775	10	2.6	10	100	0	52	57	23	0	19	1.40
27085364--27085428	28	2.4	28	81	2	78	29	4	12	53	1.58
27087513--27087762	81	3.1	80	83	4	297	17	20	18	43	1.88
27087514--27087762	27	9.2	27	84	5	256	17	20	18	43	1.88
27088086--27088123	6	5.6	7	84	15	53	63	0	36	0	0.95
27089421--27089485	18	3.4	18	75	10	67	67	3	20	9	1.32
27098618--27098692	33	2.2	33	88	2	105	42	10	6	40	1.66
27102610--27102706	27	3.7	25	78	14	97	43	18	18	19	1.89
27111861--27111919	26	2.2	26	96	3	109	47	22	10	20	1.79
27121008--27121086	25	3.2	25	82	7	97	22	18	21	36	1.95
27131864--27131920	26	2.2	26	83	0	69	35	21	5	38	1.76
27132654--27132709	20	2.8	20	83	2	78	25	32	17	25	1.97
27134521--27134588	33	2.1	33	97	0	127	19	25	5	50	1.70
27135415--27135445	12	2.6	12	89	0	53	64	6	12	16	1.47
27138730--27138781	16	3.4	16	73	24	58	32	25	1	40	1.67
27138722--27138781	29	2.1	29	93	0	102	30	26	1	41	1.65
27143248--27143373	45	2.8	46	84	3	157	47	10	18	23	1.79
27147488--27147561	23	3.2	23	92	0	121	29	9	20	40	1.84
27149047--27149284	99	2.3	102	80	5	248	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27149052--27149284	50	4.6	50	80	5	218	24	28	20	27	1.99
27156510--27156555	23	2.0	23	95	0	83	32	8	19	39	1.82
27162445--27162489	20	2.2	21	88	4	65	48	2	6	42	1.41
27164949--27165008	29	2.1	29	83	0	75	45	11	6	36	1.67
27179599--27179645	22	2.0	24	88	8	71	53	0	0	46	1.00
27180000--27180171	86	2.0	86	95	0	308	23	13	25	37	1.92
27181018--27181068	24	2.0	26	88	11	79	21	1	23	52	1.57
27183413--27183448	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
27183552--27183584	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
27189510--27189687	51	3.5	51	82	2	216	24	15	26	33	1.95
27189611--27189691	26	3.2	26	64	28	64	24	14	27	33	1.95
27189698--27189787	45	2.0	46	91	2	146	25	17	23	33	1.96
27194963--27195019	28	2.0	28	100	0	114	38	17	17	26	1.92
27194963--27195028	28	2.4	28	92	0	96	37	18	19	24	1.93
27198482--27198526	20	2.2	20	88	7	65	51	8	6	33	1.59
27202532--27202570	18	2.2	17	82	13	51	5	17	2	74	1.12
27205549--27206806	637	2.0	627	85	6	1676	35	17	17	30	1.93
27209459--27209503	18	2.3	20	85	7	58	75	4	15	4	1.12
27209459--27209508	21	2.5	20	84	9	59	74	4	18	4	1.14
27209532--27209564	13	2.5	14	85	14	52	63	0	24	12	1.28
27211247--27211323	18	4.3	18	89	0	100	7	16	2	72	1.19
27211258--27211325	6	11.3	6	75	6	66	5	17	1	75	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27215821--27215865	20	2.2	20	92	7	74	53	8	4	33	1.52
27217431--27217510	41	2.0	41	87	0	115	47	20	12	20	1.81
27217633--27217668	17	2.1	18	89	5	56	47	11	0	41	1.39
27238047--27238079	12	2.8	12	100	0	66	42	9	9	39	1.68
27239542--27239591	12	4.5	11	76	19	50	72	4	18	6	1.22
27239550--27239624	21	3.7	19	72	13	62	68	2	21	8	1.28
27239564--27239648	18	4.6	18	71	8	62	64	2	22	10	1.36
27241277--27241324	20	2.4	20	85	0	69	25	25	18	31	1.98
27241666--27241707	16	2.6	16	88	0	57	30	11	28	28	1.92
27244169--27244207	18	2.2	18	86	9	53	71	5	17	5	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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