genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   

This is table  5  of  198  ( 23681 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1585170--1585256	21	4.1	20	81	7	84	36	22	21	18	1.95
1585170--1585255	23	4.0	23	79	11	101	37	23	22	17	1.94
1585170--1585256	44	2.0	41	84	6	111	36	22	21	18	1.95
1586038--1586116	39	2.0	39	97	0	149	35	17	13	32	1.90
1587065--1587126	21	2.8	22	85	9	81	56	0	1	41	1.09
1587173--1587215	10	3.5	13	78	21	56	55	4	0	39	1.20
1587152--1587215	24	2.7	24	87	7	94	54	3	0	42	1.16
1587154--1587231	24	3.3	23	75	13	61	58	2	1	37	1.20
1587222--1587290	36	2.0	35	83	13	90	60	4	0	34	1.16
1601042--1601074	11	3.1	11	91	4	50	39	0	0	60	0.97
1604025--1604072	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
1622093--1622538	44	9.7	44	68	16	190	34	17	17	30	1.93
1622064--1622257	89	2.2	88	83	3	228	37	13	18	30	1.90
1622137--1622446	144	2.2	142	81	8	346	34	18	16	30	1.93
1622758--1622784	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
1633033--1633239	110	1.9	108	89	6	323	28	6	19	44	1.76
1639711--1639743	4	8.2	4	100	0	66	51	0	0	48	1.00
1640782--1640865	43	1.9	44	85	7	118	33	20	15	30	1.94
1641960--1641994	13	2.7	13	100	0	70	17	40	28	14	1.88
1642769--1642795	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
1642915--1642998	27	3.2	27	64	16	77	34	28	17	19	1.95
1642915--1643017	51	2.0	51	98	0	197	33	29	18	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1648728--1648778	26	2.0	26	88	0	75	19	23	27	29	1.98
1651305--1651362	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
1651572--1651603	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
1651698--1651939	50	4.7	50	86	3	295	26	23	29	19	1.98
1651698--1651947	100	2.4	103	88	5	362	26	23	29	20	1.99
1656508--1656866	189	1.9	190	88	1	551	32	15	22	29	1.94
1671601--1671662	23	2.6	24	75	14	74	25	1	19	53	1.54
1675421--1675466	24	2.0	21	84	12	56	34	0	2	63	1.07
1684494--1685351	392	2.2	392	97	0	1603	41	9	12	36	1.74
1696999--1697031	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
1698603--1698669	4	16.8	4	96	0	125	25	1	23	49	1.59
1705110--1705161	23	2.3	23	96	0	95	28	19	21	30	1.97
1727448--1727483	17	2.1	17	100	0	72	66	16	5	11	1.40
1729972--1729999	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
1732482--1732529	19	2.6	19	90	3	80	37	2	12	47	1.53
1732532--1732621	42	2.1	42	87	4	128	30	2	13	54	1.51
1737166--1737213	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
1741941--1741977	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
1742031--1742061	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
1742452--1742508	29	2.0	29	85	0	78	31	24	15	28	1.96
1748712--1749208	48	10.4	48	77	3	338	29	35	22	12	1.91
1748740--1749217	96	5.0	96	79	1	395	30	35	22	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1749373--1749527	48	3.2	48	78	0	157	28	34	21	14	1.93
1749607--1749677	33	2.2	33	81	0	88	39	29	19	11	1.87
1749648--1749884	48	4.9	48	75	3	136	31	36	18	13	1.89
1759038--1759090	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
1763555--1763656	28	3.7	28	76	2	89	16	33	22	27	1.96
1763827--1763876	5	10.0	5	100	0	100	80	0	0	20	0.72
1766227--1766447	72	3.1	72	97	1	408	38	17	21	23	1.93
1768591--1768695	54	1.9	54	88	0	156	41	18	5	34	1.74
1768884--1768909	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1780083--1780124	21	2.0	20	86	13	59	45	4	0	50	1.23
1780083--1780122	20	2.0	20	85	9	55	45	5	0	50	1.23
1782963--1783009	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
1784040--1784311	145	1.9	145	94	3	485	41	15	16	26	1.88
1785117--1785161	18	2.4	18	81	3	54	62	0	4	33	1.15
1785120--1785195	30	2.5	30	83	12	86	61	0	5	32	1.18
1785274--1785307	14	2.3	15	95	5	61	58	2	0	38	1.13
1786686--1786883	106	1.9	106	87	2	290	30	17	13	38	1.87
1790343--1790382	22	1.9	22	85	10	57	37	7	2	52	1.43
1795529--1795669	72	2.0	72	82	2	176	40	11	21	26	1.87
1801808--1801905	44	2.3	42	81	8	108	27	18	23	30	1.98
1816149--1816307	72	2.2	72	85	4	214	41	16	17	24	1.89
1818631--1818685	28	1.9	29	85	3	76	60	5	3	30	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1818807--1818893	43	2.0	43	100	0	174	44	13	9	32	1.76
1826129--1826223	42	2.3	42	90	0	145	40	3	16	40	1.65
1830024--1830076	21	2.5	21	90	0	79	28	37	11	22	1.89
1831847--1831872	12	2.2	12	100	0	52	15	0	0	84	0.62
1832604--1832687	22	3.7	23	73	10	73	34	7	4	53	1.49
1834605--1834672	25	2.7	25	77	4	66	36	5	17	39	1.74
1838244--1838380	72	1.9	71	82	8	170	39	15	18	27	1.90
1849174--1849253	39	2.1	39	90	0	124	35	22	12	30	1.91
1853207--1853314	54	2.0	54	100	0	216	38	22	18	20	1.93
1855800--1855838	14	2.8	14	88	0	51	23	2	25	48	1.63
1855834--1855878	14	3.3	14	81	6	56	28	6	24	40	1.80
1855820--1855872	27	1.9	28	88	3	81	26	5	24	43	1.76
1856507--1856535	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1878572--1878599	13	2.2	13	100	0	56	25	0	75	0	0.81
1884131--1884165	16	2.1	18	89	10	56	28	8	5	57	1.52
1884130--1884169	17	2.3	19	83	16	59	27	7	5	60	1.45
1886439--1886513	39	1.9	39	88	0	114	21	26	28	24	1.99
1891611--1891690	36	2.2	37	80	10	94	11	67	5	16	1.38
1894132--1894177	24	2.0	22	83	8	56	50	6	8	34	1.59
1895515--1895587	36	2.0	36	91	0	119	35	27	10	26	1.90
1897352--1897379	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
1898471--1898519	9	5.4	9	87	4	55	40	20	10	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1898559--1898587	6	4.8	6	100	0	58	17	0	17	65	1.27
1898543--1898600	18	3.0	20	82	12	66	22	3	12	62	1.45
1898628--1898671	18	2.4	18	85	7	54	18	2	36	43	1.63
1906800--1906848	21	2.4	21	80	6	57	46	4	8	40	1.52
1920717--1920745	11	2.6	11	100	0	58	62	0	0	37	0.96
1938609--1938640	16	2.1	15	94	5	55	50	15	21	12	1.77
1941991--1942019	11	2.7	11	94	5	51	48	0	0	51	1.00
1953753--1953996	122	2.0	123	97	0	463	38	13	24	23	1.91
1961561--1961590	9	3.3	9	90	0	51	23	10	23	43	1.83
1964462--1964507	9	5.2	9	89	5	67	21	10	28	39	1.87
1964462--1964506	17	2.6	17	85	3	63	22	11	28	37	1.88
1967445--1967764	157	2.0	158	95	0	579	46	18	14	20	1.83
1969360--1969422	32	2.0	32	100	0	126	31	15	12	39	1.85
1976993--1977031	2	19.5	2	100	0	78	0	0	48	51	1.00
1977172--1977312	60	2.3	60	90	0	210	37	16	12	34	1.85
1979842--1979915	35	2.2	36	78	11	84	35	6	1	56	1.34
1985573--1985601	10	2.9	10	100	0	58	68	0	10	20	1.18
2004189--2004309	58	2.0	60	85	3	165	48	16	7	27	1.72
2009205--2009264	32	1.9	32	86	10	88	36	16	15	31	1.90
2011551--2011606	19	3.0	18	75	15	51	41	0	1	57	1.09
2016045--2016080	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2024229--2024373	72	2.0	73	93	1	247	32	20	14	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2032833--2032885	11	4.6	11	77	9	61	64	0	1	33	1.05
2034545--2034581	18	2.1	18	89	0	56	81	2	10	5	0.96
2043666--2043736	28	2.5	28	83	0	88	47	7	4	40	1.50
2048197--2048254	30	1.9	31	86	10	84	62	13	6	17	1.52
2051470--2051523	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
2052428--2052479	19	2.7	19	77	11	61	44	9	11	34	1.73
2053940--2054006	30	2.3	28	82	12	73	28	10	0	61	1.29
2056901--2056941	18	2.2	19	86	4	57	56	2	2	39	1.26
2056909--2056953	23	2.0	21	87	8	63	60	4	2	33	1.29
2061455--2061482	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198