genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8478552--8478591	13	2.9	14	81	7	55	40	7	0	52	1.30
8478777--8478907	43	3.0	43	89	0	154	22	16	29	31	1.96
8478914--8479077	82	2.0	82	100	0	328	26	23	25	24	2.00
8486850--8486901	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
8487010--8487043	14	2.3	15	90	5	52	0	5	35	58	1.22
8487729--8487755	10	2.7	10	100	0	54	14	40	0	44	1.46
8491529--8491705	31	5.7	31	84	0	230	29	10	16	43	1.81
8491533--8491705	93	1.9	92	88	1	265	28	10	17	43	1.82
8494048--8494099	24	2.2	24	89	0	77	38	3	3	53	1.37
8495914--8496020	50	2.2	49	96	3	205	42	16	11	28	1.83
8500495--8500530	18	2.1	17	89	5	54	47	2	5	44	1.41
8502538--8502710	91	1.9	91	83	2	222	35	24	9	31	1.87
8502706--8502882	20	8.9	20	70	10	96	42	9	9	38	1.69
8502705--8502820	40	2.9	41	72	13	123	42	7	10	39	1.68
8502701--8502882	79	2.3	79	84	2	222	42	9	9	37	1.70
8502746--8502918	40	4.5	40	76	11	148	42	10	9	37	1.72
8503030--8503108	20	4.0	20	74	12	81	49	8	6	35	1.59
8503021--8503099	40	2.0	40	87	0	113	46	8	7	36	1.64
8503113--8503165	20	2.6	21	79	8	65	43	20	7	28	1.79
8503210--8503250	20	2.0	20	86	9	57	43	14	7	34	1.73
8503319--8503447	20	6.6	20	69	17	74	43	11	7	37	1.70
8503339--8503456	40	3.0	40	75	9	116	44	12	7	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8503604--8503750	40	3.8	40	84	7	169	34	12	11	41	1.79
8503642--8503736	40	2.4	39	94	5	172	36	10	10	42	1.74
8503604--8503746	20	7.2	20	76	8	132	33	12	11	41	1.80
8503718--8503772	20	2.8	20	83	2	58	45	9	12	32	1.74
8503715--8503780	20	3.4	19	77	10	53	40	7	13	37	1.73
8512460--8512501	19	2.3	19	87	4	59	52	0	2	45	1.13
8512549--8512591	19	2.1	21	83	12	54	65	2	0	32	1.06
8513079--8513111	15	2.1	17	88	11	52	36	0	3	60	1.12
8513095--8513148	22	2.3	24	78	15	60	37	3	5	53	1.42
8515585--8515644	29	2.1	29	96	0	111	45	13	6	35	1.70
8516024--8516076	23	2.3	23	100	0	106	37	24	3	33	1.74
8518581--8518703	43	2.8	43	95	1	219	26	13	26	32	1.94
8522932--8522966	9	4.1	9	85	14	56	57	11	0	31	1.34
8522973--8523014	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
8522988--8523043	23	2.5	23	82	2	69	44	1	1	51	1.22
8523564--8523626	32	2.0	30	84	6	81	46	6	11	36	1.65
8525118--8525177	27	2.1	29	90	6	97	10	0	40	50	1.36
8525449--8525484	7	5.1	7	86	0	54	11	0	38	50	1.38
8525227--8525471	96	2.6	96	81	4	298	37	2	17	42	1.62
8525510--8525922	126	3.3	126	93	0	691	31	19	21	27	1.97
8529064--8529122	21	2.8	21	82	10	59	11	18	38	30	1.87
8529364--8529406	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8529467--8529525	30	2.0	30	82	0	73	11	13	40	33	1.81
8531181--8531237	28	2.1	26	83	6	69	56	1	1	40	1.20
8538903--8538954	22	2.4	22	80	6	61	59	11	3	25	1.49
8543105--8543269	35	4.8	34	79	8	163	40	29	11	19	1.86
8543105--8543269	70	2.4	70	81	6	192	40	29	11	19	1.86
8550552--8550715	35	4.7	35	78	8	165	38	31	10	20	1.86
8551665--8551689	12	2.1	12	100	0	50	24	8	0	68	1.16
8555252--8555305	25	2.2	26	86	6	76	12	9	11	66	1.44
8562402--8562441	5	7.8	5	86	13	55	80	0	17	2	0.83
8562747--8562779	6	5.5	6	100	0	66	33	0	51	15	1.43
8565332--8565370	7	5.6	7	96	0	69	61	0	10	28	1.28
8566744--8566786	16	2.8	16	89	10	63	41	6	16	34	1.75
8569222--8569475	47	5.4	45	86	6	301	39	14	12	33	1.83
8569222--8569478	94	2.7	92	87	4	361	39	14	12	33	1.83
8569250--8569478	47	4.9	47	95	0	386	38	14	11	34	1.83
8569730--8569764	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
8577388--8577450	31	2.0	31	81	0	72	28	20	25	25	1.99
8577332--8577643	111	2.8	110	79	4	335	28	18	25	27	1.98
8582691--8582734	23	1.9	23	95	0	79	59	11	6	22	1.55
8582760--8582814	24	2.3	23	84	9	67	67	21	3	7	1.31
8594469--8594497	6	4.8	6	100	0	58	48	0	51	0	1.00
8595141--8595172	16	2.0	16	100	0	64	37	12	18	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8601823--8601855	12	2.8	12	90	4	50	75	0	9	15	1.03
8602916--8603059	75	1.9	75	91	2	236	42	11	16	29	1.83
8603146--8603220	37	2.0	37	92	5	125	41	8	5	45	1.56
8603042--8603359	175	1.8	176	89	2	505	39	8	6	45	1.61
8617499--8617546	22	2.1	23	84	7	62	27	14	0	58	1.37
8619808--8619910	3	34.3	3	98	0	197	0	33	0	65	1.00
8622162--8622202	3	13.3	3	94	5	73	65	0	34	0	0.93
8623336--8623416	3	27.0	3	97	0	153	1	0	32	66	0.99
8623767--8623806	15	2.7	15	96	0	71	27	2	32	37	1.70
8623900--8623968	5	13.8	5	100	0	138	39	0	0	60	0.97
8625049--8625088	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
8625558--8625620	30	2.1	30	90	0	99	26	4	11	57	1.53
8626424--8626475	22	2.4	22	90	0	77	23	28	15	32	1.95
8626436--8626478	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
8630367--8630396	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
8639538--8639577	13	3.0	13	85	3	53	20	2	25	52	1.59
8639527--8639623	45	2.2	45	88	0	140	20	5	25	48	1.70
8646600--8646842	50	4.8	50	90	2	362	21	31	21	24	1.98
8648604--8648634	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
8650044--8650139	35	2.8	35	81	10	117	27	23	17	31	1.97
8651971--8652057	26	3.4	26	79	1	86	39	29	13	17	1.88
8655075--8655117	19	2.3	18	84	11	52	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8667702--8667786	17	4.7	18	73	15	59	64	2	2	30	1.18
8667701--8667807	55	1.9	56	85	9	148	65	1	1	30	1.14
8667703--8667811	28	3.9	29	70	11	75	64	1	1	32	1.15
8675041--8675089	21	2.3	22	75	10	57	26	30	12	30	1.92
8678125--8678164	21	1.9	21	94	0	71	35	10	15	40	1.80
8678161--8678236	18	4.3	17	73	9	55	44	9	13	32	1.75
8678229--8678279	22	2.4	21	90	6	84	41	7	7	43	1.63
8678256--8678379	42	3.0	42	75	15	141	41	8	8	40	1.67
8678720--8678773	1	54.0	1	81	0	63	0	9	0	90	0.45
8678713--8678772	9	6.7	9	92	5	95	0	11	0	88	0.52
8679132--8679158	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
8679489--8679632	30	4.9	28	80	7	162	41	6	19	32	1.76
8679489--8679632	59	2.5	58	84	5	175	41	6	19	32	1.76
8679467--8679632	89	1.9	89	85	2	235	40	7	20	31	1.79
8679668--8679711	22	2.0	22	90	0	70	34	20	6	38	1.79
8682001--8682054	25	2.1	27	89	6	85	24	14	27	33	1.94
8694405--8694451	21	2.2	21	84	3	58	40	14	10	34	1.81
8694415--8694459	21	2.1	21	95	0	81	37	13	13	35	1.84
8694727--8694871	25	5.7	25	72	9	89	31	22	25	20	1.98
8694947--8695029	26	3.3	26	77	9	91	36	20	25	18	1.95
8701080--8701128	20	2.4	21	83	10	57	59	12	2	26	1.44
8701672--8701736	2	32.5	2	93	0	112	47	0	3	49	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8707703--8707737	17	2.1	17	94	0	61	31	17	14	37	1.89
8710403--8710455	18	3.0	17	77	5	52	37	3	0	58	1.16
8714847--8715098	87	2.8	88	83	6	285	38	20	10	30	1.86
8715231--8715279	19	2.5	20	80	6	64	55	0	0	44	0.99
8715281--8715343	19	3.4	18	78	6	63	61	3	4	30	1.32
8715514--8715588	19	3.7	21	77	10	75	29	8	2	60	1.39
8715556--8715658	29	3.5	29	77	7	109	31	6	1	60	1.34
8715512--8715598	39	2.3	38	78	11	97	29	6	2	60	1.35
8715583--8715676	30	3.2	28	78	10	100	30	5	2	61	1.30
8715556--8715676	59	2.1	58	87	7	174	30	6	2	60	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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