genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  85  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27245978--27246042	33	1.9	34	93	3	114	33	7	15	43	1.75
27252619--27252715	45	2.2	43	92	3	158	19	9	14	56	1.65
27252685--27252713	14	2.1	14	100	0	58	20	6	6	65	1.40
27256156--27256184	11	2.6	11	100	0	58	79	0	6	13	0.93
27259077--27259105	11	2.6	11	100	0	58	79	6	0	13	0.93
27260200--27260257	18	3.2	18	90	0	89	67	3	18	10	1.35
27260221--27260301	30	2.7	29	77	7	90	61	1	24	12	1.38
27260251--27260290	18	2.2	18	86	0	53	62	0	27	10	1.27
27262013--27262101	20	4.4	20	81	5	117	24	34	15	24	1.95
27269975--27270026	26	2.0	26	92	0	86	26	36	23	13	1.92
27269943--27270209	105	2.6	103	86	5	385	30	30	19	19	1.96
27270538--27270601	30	2.2	30	82	2	76	31	25	6	37	1.81
27272889--27272937	20	2.5	20	77	12	64	24	16	34	24	1.95
27274353--27274421	20	3.5	20	83	0	93	24	15	33	26	1.95
27276139--27276178	18	2.2	18	86	0	53	10	27	0	62	1.27
27276172--27276229	18	3.2	18	90	0	89	10	20	3	65	1.38
27280308--27280365	25	2.4	24	80	8	64	32	12	10	44	1.75
27281809--27281891	42	2.0	42	92	0	139	33	20	8	37	1.83
27287873--27288007	60	2.2	60	92	0	225	28	16	16	39	1.90
27299613--27299646	16	2.0	17	88	11	52	26	17	23	32	1.97
27315742--27315791	13	3.8	13	86	10	57	4	22	4	70	1.21
27315731--27315798	34	2.0	34	82	8	84	5	22	2	69	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27315752--27315791	13	3.2	13	89	7	64	5	22	0	72	1.04
27315753--27315791	12	3.2	12	92	3	60	5	23	0	71	1.05
27316304--27316410	53	2.0	53	96	0	196	10	24	14	50	1.74
27339978--27340008	12	2.6	12	100	0	62	32	6	19	41	1.77
27344938--27344973	18	2.0	18	100	0	72	33	27	22	16	1.95
27358537--27358589	14	3.7	15	78	12	67	1	24	1	71	1.06
27360297--27360338	21	2.0	21	95	0	75	45	35	0	19	1.50
27360690--27360723	11	3.0	11	86	4	50	26	8	2	61	1.40
27365954--27366194	50	4.7	50	91	3	347	21	30	22	25	1.98
27365897--27366194	100	2.9	100	85	4	328	22	29	21	27	1.99
27365897--27366194	150	1.9	152	82	5	368	22	29	21	27	1.99
27380258--27380385	25	5.1	25	75	11	100	28	18	21	31	1.97
27386103--27386136	17	2.1	16	88	5	50	55	0	5	38	1.24
27387356--27387417	31	2.0	31	90	3	99	30	11	22	35	1.89
27387657--27387712	29	1.9	29	100	0	112	28	12	23	35	1.91
27388971--27389018	22	2.2	22	85	10	64	56	4	14	25	1.56
27402653--27402749	40	2.4	41	87	1	133	20	22	24	31	1.98
27402646--27402761	41	2.9	40	85	1	142	19	22	27	30	1.98
27404964--27405003	20	2.0	21	85	5	55	75	7	7	10	1.20
27406652--27406886	100	2.3	104	81	8	259	22	30	21	25	1.99
27406701--27406891	50	3.7	52	81	8	212	21	31	20	25	1.98
27423512--27423735	50	4.3	52	81	5	235	20	27	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27425934--27426209	75	3.7	74	89	3	403	42	5	9	42	1.59
27426945--27426997	13	4.1	13	76	9	63	33	26	9	30	1.88
27427016--27427055	12	3.3	12	82	0	53	17	52	0	30	1.45
27427016--27427055	18	2.2	18	90	0	62	17	52	0	30	1.45
27429187--27429251	33	2.0	33	93	0	112	47	1	26	24	1.61
27429291--27429342	23	2.3	22	83	3	59	63	7	17	11	1.50
27429753--27429795	22	1.9	23	90	4	70	39	0	23	37	1.55
27430008--27430050	22	2.0	21	86	4	59	30	0	6	62	1.21
27431002--27431065	34	1.9	33	81	9	76	34	0	1	64	1.03
27431909--27431944	17	2.1	17	89	0	54	27	0	11	61	1.30
27433145--27433187	11	3.7	11	82	11	50	46	0	2	51	1.13
27435536--27435720	64	3.1	57	66	25	144	28	10	4	56	1.52
27435427--27435745	125	2.6	124	88	3	457	30	10	4	55	1.53
27445162--27445326	43	3.9	42	78	7	154	27	15	26	30	1.96
27449939--27449969	16	1.9	16	100	0	62	19	12	16	51	1.76
27452207--27452278	17	4.0	18	77	15	60	62	5	2	29	1.32
27453637--27453734	48	2.0	48	94	0	169	31	17	20	30	1.95
27460721--27460783	4	15.8	4	100	0	126	49	25	0	25	1.51
27465365--27465645	41	6.9	41	88	0	393	20	19	30	28	1.98
27465994--27466040	14	3.3	15	82	8	62	27	0	31	40	1.57
27466024--27466100	21	3.6	21	81	11	84	22	0	41	36	1.54
27466052--27466100	15	3.3	15	80	2	64	22	0	42	34	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27466164--27466211	25	1.9	25	91	0	78	35	2	2	60	1.20
27466386--27466447	7	8.9	7	85	0	79	22	0	48	29	1.51
27466386--27466447	21	3.0	21	95	0	106	22	0	48	29	1.51
27466796--27466838	19	2.2	20	87	4	61	79	4	2	13	1.00
27471384--27471657	43	6.4	43	86	3	347	27	19	31	22	1.98
27472238--27472275	14	2.7	14	91	0	58	39	15	5	39	1.70
27472976--27473042	33	2.0	33	100	0	134	40	26	8	23	1.84
27478617--27478650	14	2.4	14	90	0	50	50	0	0	50	1.00
27478658--27478716	17	3.5	17	68	22	52	55	1	3	38	1.26
27482830--27482899	21	3.3	21	73	11	63	30	21	31	17	1.96
27486037--27486112	38	2.0	38	97	0	143	28	9	26	35	1.87
27486879--27486935	25	2.3	25	87	3	80	43	21	21	14	1.87
27489721--27490084	180	2.0	180	100	0	728	35	21	12	31	1.90
27494246--27494327	39	2.3	34	77	20	103	37	20	21	19	1.94
27494194--27494378	84	2.2	84	89	1	282	41	19	18	20	1.91
27494188--27494384	45	4.5	45	82	7	244	40	19	19	20	1.92
27511333--27511376	19	2.3	19	84	11	54	50	9	4	36	1.55
27513154--27513250	21	4.5	22	72	11	67	34	29	12	23	1.92
27513706--27513762	30	2.0	28	86	6	78	45	10	15	28	1.79
27528451--27528516	28	2.4	28	97	0	123	39	10	0	50	1.37
27528581--27528634	27	2.0	26	86	10	74	35	25	27	11	1.90
27529201--27529293	18	5.0	19	78	5	100	37	11	0	50	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27529201--27529293	37	2.5	37	96	0	177	37	11	0	50	1.39
27576696--27576770	37	2.0	37	100	0	150	60	5	26	8	1.47
27579906--27579952	21	2.2	21	85	7	60	8	19	38	34	1.82
27582782--27582820	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
27583046--27583167	23	5.3	23	89	3	183	22	19	25	31	1.98
27583046--27583167	46	2.7	46	94	0	208	22	19	25	31	1.98
27585651--27585696	11	4.1	11	88	5	65	41	0	30	28	1.56
27585651--27585696	23	2.0	23	88	12	69	41	0	30	28	1.56
27586458--27586529	29	2.5	29	84	6	85	55	2	4	37	1.34
27586694--27586737	20	2.2	20	91	0	70	20	2	2	75	1.03
27586717--27586775	31	1.9	31	86	13	86	33	0	5	61	1.18
27586693--27586805	10	11.9	9	68	16	50	30	1	3	63	1.21
27586748--27586793	17	2.7	17	86	6	58	34	2	2	60	1.21
27588199--27588223	12	2.1	12	100	0	50	52	8	8	32	1.60
27595227--27595281	21	2.6	22	77	8	60	45	0	12	41	1.42
27595570--27595704	44	3.1	42	80	10	141	25	14	25	34	1.94
27602796--27602886	44	2.1	43	83	4	112	57	16	16	9	1.65
27602796--27602886	43	2.1	42	85	4	119	57	16	16	9	1.65
27605297--27605404	33	3.3	33	88	0	153	40	31	9	18	1.82
27625756--27626097	51	6.8	52	77	9	314	30	26	14	28	1.95
27625756--27626097	102	3.4	103	83	6	407	30	26	14	28	1.95
27625754--27626096	153	2.3	149	78	8	363	30	26	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27627731--27627995	138	1.9	137	92	0	440	43	6	8	41	1.61
27628993--27629083	44	2.1	44	87	0	128	31	9	12	46	1.74
27630259--27630580	158	2.0	160	85	5	431	29	18	22	29	1.97
27631133--27631219	44	2.0	44	93	0	147	27	12	12	47	1.78
27635904--27635971	25	2.6	27	88	11	97	25	26	8	39	1.85
27640006--27640074	35	1.9	36	97	2	131	26	2	18	52	1.60
27641361--27641388	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
27641498--27641537	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
27641486--27641552	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
27641521--27641560	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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