genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  75  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23445010--23445104	43	2.2	43	83	3	111	44	3	26	26	1.69
23447987--23448126	70	2.0	70	100	0	280	67	12	2	17	1.35
23451104--23451173	34	2.1	34	97	0	131	42	11	12	32	1.79
23452158--23452230	27	2.7	27	86	0	92	34	21	15	28	1.94
23452168--23452240	27	2.7	28	84	2	78	27	24	13	34	1.93
23456368--23456408	14	2.9	15	78	7	50	36	7	14	41	1.74
23464266--23464296	15	2.1	15	100	0	62	25	12	6	54	1.62
23478090--23478143	25	2.1	26	86	10	76	31	3	1	62	1.23
23478339--23478393	27	2.0	27	100	0	110	27	21	21	29	1.99
23480968--23481004	10	3.2	12	88	11	51	32	0	2	64	1.07
23485225--23485501	139	2.0	139	92	0	455	33	20	12	32	1.91
23489543--23489812	43	6.3	43	92	1	427	18	18	32	30	1.95
23491814--23491848	17	2.1	17	89	10	54	37	2	0	60	1.12
23493428--23493474	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
23493592--23493631	3	13.3	3	94	0	71	30	0	2	67	1.04
23493664--23493707	23	1.9	23	95	0	79	43	6	0	50	1.29
23493664--23493717	27	2.0	27	89	3	83	40	5	0	53	1.24
23494894--23494933	13	3.1	14	92	7	59	70	0	12	17	1.18
23494897--23494934	6	5.9	7	85	14	55	73	0	10	15	1.09
23497713--23497978	43	6.2	43	82	6	278	32	20	21	25	1.98
23497730--23497976	128	1.9	128	83	8	315	34	20	21	24	1.97
23497718--23497940	85	2.6	86	88	7	337	33	21	21	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23498432--23498489	21	2.8	21	81	0	71	3	41	18	36	1.68
23503996--23504290	25	11.5	26	74	9	207	31	1	20	46	1.60
23503993--23504319	9	37.8	9	70	13	222	31	1	20	46	1.61
23504062--23504190	61	2.1	62	92	4	217	33	2	19	44	1.63
23503998--23504290	34	8.3	34	69	18	174	31	1	20	46	1.60
23504409--23504486	13	6.8	13	69	26	61	29	0	19	51	1.47
23504418--23504605	97	1.9	97	85	9	260	33	0	15	50	1.49
23504514--23504580	21	3.0	22	76	10	66	35	1	14	47	1.54
23504651--23504703	21	2.5	22	84	9	74	56	1	1	39	1.21
23504655--23504701	20	2.3	20	82	10	60	55	2	2	40	1.24
23505182--23505206	13	1.9	13	100	0	50	64	12	0	24	1.27
23508819--23508886	15	4.9	14	71	16	52	41	35	0	23	1.55
23508822--23508859	15	2.5	15	86	0	58	36	42	0	21	1.53
23509388--23509609	41	5.4	40	74	3	129	36	26	21	15	1.93
23510078--23510110	17	1.9	17	88	11	50	39	0	0	60	0.97
23511110--23511139	6	5.0	6	100	0	60	16	33	16	33	1.92
23512576--23512629	24	2.2	24	90	0	90	44	7	9	38	1.65
23514401--23514462	33	1.9	32	87	9	90	54	1	4	38	1.31
23519135--23519198	27	2.4	27	86	2	85	31	14	12	42	1.82
23519339--23519374	18	2.0	18	88	0	54	16	22	0	61	1.35
23520860--23520907	25	1.9	25	87	8	71	39	4	10	45	1.58
23521084--23521141	31	1.9	29	86	13	82	51	5	3	39	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23524577--23524624	24	2.0	24	91	0	78	20	14	29	35	1.93
23531033--23531086	24	2.3	24	83	3	65	20	5	29	44	1.74
23531206--23531259	10	5.6	10	77	16	51	64	24	1	9	1.32
23532852--23532926	18	4.3	18	74	6	82	50	4	12	33	1.58
23532847--23532983	52	2.7	49	80	14	159	54	3	9	32	1.50
23532846--23533002	52	3.1	51	77	16	148	54	3	8	33	1.46
23532969--23533010	20	2.1	20	91	8	68	66	0	0	33	0.92
23535608--23535643	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
23536207--23536253	17	2.9	16	81	12	51	21	0	4	74	0.99
23537297--23537342	12	3.8	13	94	5	71	69	0	6	23	1.11
23537289--23537369	20	3.9	21	77	17	80	72	0	6	20	1.05
23537297--23537373	17	4.5	17	75	13	70	74	0	5	20	1.01
23543541--23543576	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
23551817--23551848	15	2.0	17	88	11	50	59	3	25	12	1.48
23556826--23556922	49	2.0	49	88	8	144	48	11	11	28	1.74
23559850--23559893	17	2.6	17	96	0	79	36	38	11	13	1.81
23560248--23560526	30	9.4	30	75	5	201	21	24	13	41	1.89
23560442--23560497	29	1.9	29	92	0	94	14	25	16	44	1.84
23560252--23560526	149	1.8	149	85	1	390	21	23	13	41	1.89
23560242--23560528	119	2.4	120	78	7	316	20	24	13	40	1.89
23564574--23564622	3	16.3	3	95	0	80	36	0	63	0	0.95
23566548--23566597	24	2.1	24	100	0	100	40	12	12	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23576437--23576495	21	2.8	21	84	5	75	27	27	20	25	1.99
23576592--23576819	122	1.9	122	84	1	305	29	28	16	25	1.97
23580645--23580709	33	2.0	33	93	0	112	27	6	21	44	1.76
23583834--23583928	47	2.0	47	95	0	172	36	9	22	31	1.86
23589810--23589864	21	2.6	21	79	0	56	18	23	38	20	1.93
23589950--23590021	36	2.0	36	100	0	144	19	16	19	44	1.87
23595186--23595301	61	1.9	61	98	0	223	43	19	10	26	1.83
23598330--23598469	20	7.1	19	71	10	111	38	22	29	10	1.86
23604435--23604826	50	7.9	50	77	1	347	26	20	21	32	1.97
23604436--23604826	100	3.9	100	89	0	577	26	20	21	32	1.97
23605457--23605529	38	1.9	37	91	2	119	47	13	15	23	1.80
23609760--23609795	18	2.0	18	100	0	72	11	33	0	55	1.35
23617628--23617678	14	3.4	14	76	12	57	0	11	9	78	0.97
23617627--23617676	19	2.6	20	78	9	59	0	12	10	78	0.98
23617982--23618038	28	2.0	28	96	0	105	50	5	10	33	1.59
23618847--23618930	41	2.0	41	88	4	125	35	30	19	14	1.91
23630928--23631112	27	6.8	27	83	4	230	31	15	25	27	1.95
23635784--23635823	19	2.1	19	86	9	55	47	15	12	25	1.80
23639437--23639489	23	2.3	23	93	0	88	26	9	22	41	1.84
23641556--23641599	20	2.2	20	84	8	54	29	2	4	63	1.26
23644780--23645052	119	2.3	119	79	5	282	36	18	15	29	1.91
23644780--23645067	120	2.4	118	79	5	301	36	18	14	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23646796--23646833	19	2.0	19	94	0	67	0	26	23	50	1.50
23647194--23647226	14	2.4	14	94	0	57	18	15	15	51	1.77
23649322--23649386	13	4.9	13	81	7	78	35	24	9	30	1.87
23661728--23661790	30	2.1	30	94	5	110	22	30	28	19	1.98
23661735--23661800	30	2.2	30	88	0	105	18	28	30	22	1.97
23669250--23669316	23	3.0	22	74	23	68	26	0	29	43	1.55
23677806--23677858	26	2.0	26	82	7	63	50	1	1	45	1.23
23682409--23682433	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
23683190--23683393	90	2.3	90	88	5	299	31	10	22	36	1.87
23683820--23683882	33	1.9	33	90	0	99	26	12	19	41	1.87
23685540--23685564	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
23685503--23685726	51	4.4	51	76	8	190	30	27	16	25	1.96
23693155--23693379	51	4.4	52	80	3	208	28	28	19	24	1.98
23707839--23707992	27	5.7	26	80	4	146	35	12	20	30	1.91
23707839--23707992	81	1.9	81	84	5	204	35	12	20	30	1.91
23707866--23707992	54	2.4	54	87	2	184	35	12	21	30	1.90
23711276--23711316	5	7.6	5	94	5	55	0	17	0	82	0.66
23711276--23711322	6	8.3	6	95	2	64	2	14	0	82	0.75
23712051--23712107	25	2.3	25	78	0	60	29	1	22	45	1.63
23712732--23712790	31	2.0	29	83	12	75	22	8	16	52	1.70
23714034--23714083	22	2.3	21	89	6	73	10	0	46	44	1.37
23717462--23717529	31	2.1	33	89	10	106	52	1	4	41	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23717492--23717544	27	2.0	27	92	0	88	52	0	3	43	1.19
23719365--23719442	41	1.9	41	94	0	138	37	8	7	46	1.64
23722427--23722500	25	3.0	25	83	0	103	29	20	18	31	1.97
23733528--23733565	15	2.6	15	87	4	51	18	31	13	36	1.89
23737122--23737166	22	2.0	22	100	0	90	31	31	0	37	1.58
23740737--23740822	45	1.9	45	92	0	145	33	25	13	26	1.94
23741336--23741535	51	3.9	51	80	4	226	24	17	28	30	1.97
23741531--23741617	45	1.9	45	92	0	147	27	14	26	31	1.95
23743630--23743703	21	3.5	21	94	0	130	28	29	21	20	1.98
23743983--23744011	15	1.9	15	100	0	58	27	20	13	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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