genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  78  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24499887--24499959	20	3.5	21	74	22	57	5	20	1	72	1.12
24499901--24499953	27	1.9	28	85	11	74	7	20	0	71	1.10
24499887--24499961	14	5.5	13	75	13	53	5	21	1	72	1.13
24499900--24499943	21	2.2	19	84	15	54	9	15	0	75	1.05
24500810--24500865	30	1.9	30	86	13	82	60	8	14	16	1.57
24505260--24505315	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
24512743--24512854	23	4.9	23	78	0	125	36	26	6	30	1.81
24512743--24512854	46	2.4	46	89	0	170	36	26	6	30	1.81
24521330--24541816	655	31.3	655	82	1	23656	35	16	16	26	1.88
24542218--24544068	658	2.8	654	87	0	2437	36	16	15	25	1.88
24554088--24554118	15	2.1	15	93	0	53	35	9	9	45	1.70
24556192--24556218	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
24575313--24575350	19	2.0	19	100	0	76	21	15	15	47	1.82
24574544--24576199	669	2.5	663	91	5	2635	37	16	17	29	1.91
24577035--24578468	653	2.2	654	97	0	2685	38	17	16	27	1.91
24611728--24614034	653	3.5	653	96	0	4294	38	16	16	27	1.91
24633938--24637012	655	4.7	655	96	0	5665	38	16	16	28	1.91
24654771--24655057	29	9.8	29	78	7	242	38	14	25	22	1.91
24661807--24662132	28	11.6	28	80	4	309	35	18	22	24	1.96
24661891--24661942	13	3.8	13	73	9	50	38	17	19	25	1.93
24665099--24665195	33	3.2	33	67	27	104	46	12	9	31	1.73
24667045--24667104	27	2.2	27	87	0	93	20	35	18	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24671528--24671566	20	2.0	19	90	5	60	58	0	12	28	1.34
24671529--24671594	19	3.3	19	80	6	60	62	6	12	19	1.50
24671654--24671708	20	2.7	20	77	5	56	65	9	10	14	1.47
24671823--24671874	19	2.7	19	72	3	59	69	1	11	17	1.27
24671872--24671934	20	3.2	19	72	17	56	63	4	11	20	1.45
24675052--24675121	20	3.5	19	81	11	70	17	2	2	77	1.02
24675052--24675104	21	2.6	21	85	8	56	15	1	1	81	0.87
24675052--24675087	7	5.1	7	100	0	72	13	0	0	86	0.58
24675052--24675121	19	3.5	19	81	14	63	17	2	2	77	1.02
24676341--24676506	83	2.0	83	100	0	332	28	14	25	31	1.95
24677840--24677891	11	5.4	9	82	17	61	71	0	3	25	1.03
24682191--24682317	58	2.2	59	92	4	213	28	12	10	48	1.73
24691275--24691337	30	2.1	30	100	0	126	39	3	26	30	1.72
24695337--24695628	50	5.7	50	80	5	266	26	21	28	24	1.99
24715761--24715864	50	2.1	50	85	0	136	30	22	25	22	1.99
24716116--24716164	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
24719537--24719673	50	2.6	52	81	9	161	24	20	32	21	1.97
24719578--24719702	50	2.5	50	82	0	151	26	24	28	20	1.99
24719977--24720015	20	2.0	20	85	10	53	53	5	23	17	1.63
24727312--24727447	50	2.6	53	82	6	161	24	20	30	24	1.98
24727357--24727463	50	2.1	50	82	0	133	25	21	31	21	1.98
24727756--24727794	20	2.0	20	85	10	53	53	5	23	17	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24738155--24738186	16	2.0	16	100	0	64	25	31	12	31	1.92
24743306--24743336	15	2.1	15	93	0	53	32	9	0	58	1.31
24748062--24748235	62	2.8	62	95	0	303	40	20	4	34	1.73
24749538--24749605	14	5.1	13	74	12	57	82	10	2	4	0.92
24749539--24749593	21	2.8	20	81	13	60	83	9	1	5	0.86
24749582--24749617	14	2.6	14	90	0	54	77	11	11	0	0.99
24750025--24750087	6	10.2	6	77	16	58	82	1	12	3	0.86
24750025--24750086	12	5.5	11	79	9	72	83	1	11	3	0.82
24750026--24750086	7	9.4	7	73	21	53	85	1	9	3	0.78
24750026--24750086	19	3.2	19	84	13	72	85	1	9	3	0.78
24751037--24751699	132	5.0	132	94	0	1101	27	15	26	30	1.96
24751767--24752448	50	13.7	50	68	6	335	29	20	22	26	1.99
24751760--24752098	100	3.4	99	78	5	387	30	20	22	26	1.98
24751924--24752248	150	2.2	150	89	1	490	30	20	22	27	1.98
24752074--24752990	100	9.3	100	80	7	921	29	21	21	26	1.99
24752074--24752991	199	4.7	198	86	4	1160	29	22	21	26	1.99
24751776--24752435	349	1.9	349	91	0	1097	29	21	21	27	1.98
24752076--24752857	389	2.0	390	91	0	1271	29	22	21	26	1.99
24752832--24752991	50	3.2	50	65	3	81	29	22	20	28	1.98
24754600--24754630	15	2.1	15	93	0	53	32	9	0	58	1.31
24755352--24755669	107	3.0	107	88	0	474	30	18	18	32	1.95
24756126--24759906	797	4.7	798	91	2	5999	33	10	20	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24762482--24762521	13	2.9	14	92	7	73	67	5	12	15	1.38
24762562--24762605	19	2.3	19	84	0	61	68	2	11	18	1.30
24764119--24764174	27	2.1	27	86	0	76	44	16	30	8	1.78
24764691--24764797	48	2.2	47	74	21	105	60	5	23	10	1.50
24771538--24771595	30	1.9	30	85	0	80	41	5	27	25	1.76
24771961--24772109	43	3.5	43	85	7	180	21	14	26	37	1.91
24774557--24774612	20	2.8	20	84	10	87	48	0	28	23	1.51
24778224--24778253	10	3.0	10	100	0	60	20	0	10	70	1.16
24787613--24787644	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
24787768--24787866	46	2.2	43	81	12	110	32	24	19	24	1.97
24787870--24788054	101	1.8	102	84	3	257	28	26	20	25	1.99
24787865--24788088	101	2.2	102	77	5	222	27	27	18	26	1.98
24804579--24804614	16	2.2	17	90	5	56	11	52	0	36	1.37
24809920--24809957	20	1.9	20	84	10	51	60	2	0	36	1.11
24826191--24826221	15	2.0	16	93	6	55	70	12	6	9	1.31
24828727--24828795	27	2.7	26	84	4	86	27	21	24	26	1.99
24839856--24839921	33	2.0	33	87	0	96	33	24	9	33	1.87
24851406--24851438	15	2.2	15	100	0	66	33	12	15	39	1.84
24852213--24852247	18	1.9	18	94	0	61	62	8	8	20	1.49
24867279--24867618	43	7.9	42	78	5	254	33	25	18	23	1.97
24867324--24867618	86	3.4	86	78	4	310	33	25	17	22	1.96
24867327--24867599	129	2.1	129	83	2	343	32	26	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24868467--24868777	114	2.7	114	80	8	330	40	21	5	31	1.77
24868468--24868785	137	2.3	137	87	3	453	40	21	5	32	1.77
24868468--24868788	23	14.0	23	73	10	239	40	21	5	32	1.76
24872118--24872234	41	2.9	41	89	2	182	28	29	22	20	1.98
24872302--24872411	39	2.8	38	76	15	116	20	17	20	41	1.90
24872316--24872411	39	2.4	40	82	6	124	20	14	20	43	1.87
24874845--24875266	27	15.6	27	81	4	417	40	20	19	19	1.91
24874865--24875255	81	4.8	79	84	5	480	41	19	19	18	1.90
24884810--24884974	68	2.4	68	81	4	190	25	19	18	36	1.94
24890861--24891155	151	2.0	151	97	0	563	37	16	17	28	1.91
24893239--24893295	22	2.6	22	100	0	114	28	3	21	47	1.67
24898334--24898665	43	7.7	43	86	2	398	26	31	17	24	1.97
24900070--24900097	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24901680--24901705	11	2.4	11	100	0	52	84	7	7	0	0.77
24903135--24903171	7	5.1	7	90	3	56	37	56	0	5	1.22
24903139--24903306	88	1.9	89	91	1	275	44	30	1	23	1.63
24903283--24903349	33	2.0	34	82	11	84	41	25	1	31	1.64
24903400--24903432	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
24903837--24903930	41	2.3	41	90	0	143	24	22	23	29	1.99
24903842--24903948	41	2.6	41	84	1	115	29	23	18	28	1.98
24905706--24905845	74	1.9	73	82	11	178	41	15	15	27	1.88
24905831--24905869	20	2.0	20	84	0	51	43	15	10	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24906921--24906969	20	2.8	17	77	19	55	34	12	4	48	1.59
24907322--24907521	41	4.9	41	88	3	296	16	17	28	38	1.91
24907326--24907586	123	2.1	123	81	6	307	17	18	25	38	1.92
24907956--24908025	16	4.4	16	67	16	56	27	1	21	50	1.57
24907958--24908038	23	3.5	23	72	22	80	23	1	24	50	1.56
24908048--24908089	22	2.0	21	86	13	59	21	0	23	54	1.44
24912139--24912196	29	2.0	29	100	0	116	31	24	3	41	1.71
24912345--24912382	9	4.4	9	83	12	53	44	10	0	44	1.38
24912349--24912380	16	2.0	16	93	0	55	46	12	0	40	1.42
24912596--24912749	9	16.9	9	72	7	114	46	16	4	33	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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