genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   

This is table  80  of  198  ( 23681 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25278849--25278886	19	2.0	20	94	5	69	18	34	10	36	1.85
25278851--25278896	20	2.3	19	85	7	56	23	34	10	30	1.89
25280797--25280830	11	2.9	12	82	8	52	20	5	2	70	1.21
25284750--25284810	24	2.7	23	82	7	72	34	18	9	37	1.83
25284913--25284944	11	3.1	11	82	17	50	62	18	0	18	1.33
25284913--25284950	9	4.0	9	93	6	58	57	21	0	21	1.40
25284913--25284959	9	4.8	10	86	7	53	55	21	0	23	1.44
25285054--25285090	19	1.9	19	94	0	65	54	10	5	29	1.57
25285044--25285170	54	2.4	54	89	0	191	44	14	7	32	1.74
25285108--25285146	19	2.1	19	90	0	60	51	12	7	28	1.67
25295977--25296058	35	2.3	35	87	4	121	29	15	13	41	1.86
25302603--25302647	18	2.5	17	82	13	54	73	4	15	6	1.21
25302601--25302652	18	2.8	18	75	16	52	67	3	19	9	1.35
25311157--25311289	66	2.0	66	91	0	212	33	17	10	38	1.84
25312489--25312528	21	1.9	21	94	0	71	37	10	10	42	1.72
25314807--25315151	39	8.8	39	92	0	503	46	21	3	28	1.69
25316887--25316943	20	2.9	20	84	2	71	22	15	35	26	1.94
25322193--25322639	39	11.5	39	88	1	639	46	21	2	29	1.65
25325060--25325555	27	18.4	27	81	4	459	43	17	16	22	1.87
25325060--25325564	54	9.4	54	81	2	532	43	17	16	22	1.87
25325060--25325550	81	6.1	81	81	5	519	44	17	16	22	1.87
25325849--25325957	28	3.9	28	90	0	146	22	22	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25347303--25347352	23	2.2	23	100	0	100	50	22	16	12	1.77
25348090--25348136	25	1.9	24	82	4	58	53	10	17	19	1.72
25349252--25349326	33	2.2	34	88	2	107	42	13	6	37	1.70
25351081--25351130	18	2.5	20	84	9	59	4	18	4	74	1.14
25356228--25356290	6	10.8	6	81	6	58	73	4	4	17	1.19
25357960--25358013	21	2.5	22	82	17	69	68	1	5	24	1.21
25357934--25358032	14	7.2	13	76	13	76	71	3	4	21	1.16
25361753--25361787	18	1.9	18	88	11	54	74	5	0	20	1.02
25362407--25362514	54	2.0	53	90	1	171	53	12	8	25	1.65
25381018--25381068	10	5.1	10	74	9	50	29	15	29	25	1.96
25381020--25381068	20	2.5	20	86	0	71	28	16	30	24	1.96
25388068--25388167	25	3.9	25	73	2	74	30	22	26	22	1.99
25388232--25388290	26	2.3	25	88	2	91	37	23	22	16	1.94
25389316--25389364	25	1.9	26	83	4	64	40	6	4	48	1.47
25395040--25395086	20	2.4	19	82	3	58	27	21	0	51	1.48
25396059--25396377	44	7.3	43	67	12	119	23	27	25	23	2.00
25396066--25396787	88	8.2	88	88	2	1020	22	25	24	27	2.00
25396317--25396555	44	5.3	48	63	19	136	25	25	23	25	2.00
25398019--25398065	7	6.6	7	87	4	67	17	10	0	72	1.12
25398028--25398075	21	2.4	19	77	16	60	10	10	0	79	0.95
25407886--25408331	51	8.8	50	76	6	346	27	15	26	30	1.96
25407886--25408330	102	4.4	101	81	7	476	27	15	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25414174--25414225	27	1.9	27	92	0	86	13	19	32	34	1.90
25414054--25414361	103	3.0	103	88	1	458	19	18	28	33	1.96
25415920--25416000	26	3.2	25	65	28	62	22	16	29	32	1.95
25416227--25416258	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
25422479--25422514	17	2.1	17	100	0	72	44	22	11	22	1.84
25436004--25436074	21	3.2	20	71	21	70	36	19	5	38	1.76
25437456--25437739	138	2.1	138	92	0	469	46	5	7	41	1.54
25440275--25440303	15	1.9	15	100	0	58	13	27	0	58	1.36
25446896--25446942	17	2.7	17	80	3	58	55	0	6	38	1.26
25449118--25449192	29	2.6	29	95	0	132	28	25	30	16	1.96
25459117--25459303	50	3.6	50	79	4	167	27	20	28	23	1.99
25459555--25459593	12	3.2	12	85	0	51	56	5	20	17	1.60
25459556--25459604	20	2.5	20	86	3	73	59	6	22	12	1.55
25461939--25462129	81	2.4	80	80	1	202	24	25	8	41	1.83
25461953--25462129	54	3.3	52	78	7	158	24	25	8	41	1.83
25461939--25462129	27	7.1	26	78	9	143	24	25	8	41	1.83
25473482--25473552	25	2.8	25	84	0	97	18	23	15	42	1.88
25484967--25485128	41	4.0	40	84	4	209	19	25	18	35	1.95
25485025--25485080	21	2.8	19	74	12	58	14	26	17	41	1.88
25485045--25485109	21	3.1	21	68	12	62	21	29	16	32	1.96
25485366--25485630	131	2.0	131	93	1	451	34	4	21	40	1.72
25491791--25491851	20	2.9	22	64	11	56	24	26	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25491757--25491980	41	5.5	40	77	5	157	21	24	16	37	1.94
25491757--25491995	81	3.0	80	77	3	228	21	23	16	37	1.93
25495926--25496049	25	5.0	25	79	7	126	26	23	20	29	1.99
25495930--25496049	50	2.4	50	81	5	145	26	24	20	28	1.99
25512193--25512228	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
25513478--25513507	13	2.2	14	94	5	53	13	0	13	73	1.10
25513661--25513764	43	2.5	42	88	3	147	24	29	17	28	1.97
25513985--25514014	13	2.2	14	94	5	53	13	0	13	73	1.10
25514804--25514859	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
25514835--25514874	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
25514884--25515063	68	2.9	61	89	8	265	40	5	9	45	1.58
25514947--25514974	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
25514863--25515033	68	2.5	68	97	1	319	39	4	8	47	1.54
25515130--25515173	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
25517942--25518134	50	3.7	50	83	4	224	22	27	22	26	1.99
25522032--25522090	30	2.0	30	82	0	73	37	10	18	33	1.85
25522348--25522534	45	4.2	45	86	4	247	21	17	28	32	1.96
25522348--25522528	89	2.0	88	87	3	256	21	17	29	31	1.96
25545227--25545274	21	2.3	21	88	0	69	39	4	29	27	1.75
25549046--25549451	131	3.1	130	79	6	453	37	14	13	34	1.85
25568141--25568180	18	2.2	18	86	0	53	65	2	25	7	1.32
25571122--25571166	20	2.3	19	84	7	54	31	11	33	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25577252--25577294	18	2.5	17	84	3	59	23	11	20	44	1.84
25594844--25594918	36	2.1	36	100	0	150	34	13	5	46	1.66
25596068--25596094	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
25600276--25600339	32	2.0	32	96	0	119	45	17	9	28	1.79
25609793--25610040	50	4.9	50	79	5	223	23	27	21	27	1.99
25609793--25610038	100	2.4	102	78	8	250	23	26	21	27	1.99
25616779--25616902	50	2.5	50	82	3	153	19	28	25	27	1.99
25620512--25620657	37	4.0	36	84	4	159	39	29	14	16	1.88
25620512--25620657	74	2.0	73	82	1	175	39	29	14	16	1.88
25632832--25632885	20	2.7	20	71	11	56	38	5	9	46	1.59
25653141--25653165	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
25658683--25658795	59	1.9	59	88	1	172	42	1	5	50	1.35
25659110--25659293	71	2.6	70	80	5	192	30	5	32	31	1.80
25659111--25659293	35	5.2	35	79	2	170	30	5	32	31	1.80
25677141--25677184	22	2.0	22	86	0	61	52	4	13	29	1.60
25697188--25697734	272	2.0	272	89	0	824	30	17	21	30	1.96
25701623--25701647	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
25708971--25709437	175	2.7	174	82	4	528	32	19	13	34	1.90
25708902--25709438	263	2.0	264	83	3	672	32	19	13	34	1.91
25708889--25709438	88	6.3	88	79	3	534	32	19	13	34	1.90
25711809--25712407	93	6.4	93	84	1	671	30	17	27	24	1.97
25716084--25716128	21	2.1	21	84	8	56	42	17	20	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25717611--25717677	32	2.1	32	88	0	98	22	44	14	17	1.86
25723406--25723451	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
25727748--25727958	45	4.8	43	81	10	239	30	19	24	25	1.98
25727750--25727999	44	5.6	44	81	11	253	29	20	24	25	1.99
25727750--25727958	89	2.3	89	92	0	337	30	19	24	25	1.98
25727750--25727993	89	2.7	88	87	3	294	29	20	23	26	1.99
25727664--25728086	44	9.8	42	73	12	241	29	20	23	27	1.99
25734291--25734336	23	2.1	22	92	8	76	30	6	4	58	1.43
25734650--25734682	16	2.1	16	88	11	50	3	9	0	87	0.63
25734771--25734812	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198