genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  79  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24912597--24912735	37	3.8	37	81	2	138	46	16	4	32	1.66
24912618--24912738	64	1.9	64	89	5	190	45	16	4	33	1.67
24918116--24918251	66	2.1	66	92	0	227	40	18	27	13	1.89
24918601--24918905	43	7.1	43	92	2	506	26	18	26	28	1.98
24920247--24920289	18	2.4	19	84	7	54	32	0	13	53	1.41
24920373--24920434	19	3.3	19	84	8	74	62	0	8	29	1.23
24920330--24920434	9	11.8	9	74	17	85	61	0	5	32	1.19
24924977--24925217	50	4.7	50	85	3	275	22	28	22	26	1.99
24929668--24929806	69	2.0	69	97	0	260	41	20	15	23	1.90
24930215--24930274	25	2.4	25	77	2	68	33	20	21	25	1.97
24952062--24952203	49	2.9	49	84	2	185	27	18	21	33	1.96
24958001--24958031	6	5.2	6	92	0	53	64	3	0	32	1.09
24961902--24962189	50	5.8	50	91	0	425	26	21	30	21	1.98
24961849--24962245	100	3.9	100	84	4	440	27	21	28	22	1.99
24964845--24964888	21	2.1	21	100	0	88	36	9	18	36	1.82
24968507--24968540	16	2.1	17	88	5	52	41	8	17	32	1.80
24970418--24970719	29	10.4	29	79	4	245	34	11	27	26	1.91
24970418--24970811	116	3.4	115	80	2	385	34	12	27	25	1.92
24970562--24970820	29	8.9	29	76	8	188	36	13	26	23	1.92
24970562--24970821	58	4.5	58	75	6	240	36	13	26	23	1.92
24998295--24998328	17	2.0	17	88	0	50	61	5	11	20	1.50
25001334--25001698	27	13.6	27	76	0	246	38	20	19	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25001383--25001714	54	6.2	54	75	6	289	37	19	20	22	1.94
25001383--25001718	108	3.1	109	83	6	427	37	19	20	23	1.94
25001735--25001831	24	4.0	24	83	0	122	27	7	19	45	1.77
25001812--25001869	24	2.4	24	88	0	89	17	6	27	48	1.72
25001738--25001855	48	2.5	48	81	0	128	25	7	22	44	1.78
25001938--25001994	27	2.1	27	84	12	73	21	26	21	31	1.98
25001997--25002050	26	2.1	26	82	0	63	12	22	31	33	1.92
25002041--25002165	32	3.9	31	88	2	178	21	21	20	36	1.95
25012800--25012918	57	2.1	57	95	0	211	31	25	17	25	1.97
25014369--25014429	28	2.2	27	82	2	68	36	13	0	50	1.41
25016358--25016384	7	3.9	7	100	0	54	74	0	11	14	1.08
25018073--25018131	25	2.4	25	82	5	75	40	18	15	25	1.90
25018087--25018168	25	3.2	25	78	1	74	46	12	18	23	1.82
25020899--25020950	26	2.0	26	92	0	86	13	25	34	26	1.93
25020717--25020982	104	2.6	104	89	4	412	18	19	30	30	1.96
25027732--25027998	104	2.6	103	91	4	419	18	20	30	30	1.96
25029281--25029320	20	1.9	20	85	10	53	42	5	15	37	1.68
25035225--25035371	75	2.0	74	84	1	195	45	9	14	30	1.76
25035348--25035630	138	2.1	137	90	2	442	41	6	6	45	1.55
25035406--25035620	67	3.1	67	65	21	165	43	6	5	44	1.53
25038526--25038582	10	5.5	10	79	8	51	57	10	1	29	1.42
25039740--25039769	15	1.9	16	93	6	53	36	13	6	43	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25043823--25043867	18	2.3	20	82	17	60	35	4	0	60	1.17
25048290--25048335	21	2.2	21	88	0	65	21	34	19	23	1.96
25048732--25048775	15	2.9	15	96	0	79	34	25	9	31	1.87
25058361--25058626	40	6.7	40	85	1	309	32	16	31	19	1.94
25058361--25058630	120	2.2	120	84	1	353	32	17	30	20	1.95
25066902--25066949	24	2.0	24	83	4	60	68	10	8	12	1.39
25073121--25073162	10	4.2	10	78	9	50	40	11	26	21	1.88
25073125--25073191	9	6.8	10	71	18	52	35	11	28	23	1.91
25073125--25073191	20	3.4	19	80	13	82	35	11	28	23	1.91
25079151--25079179	10	3.0	10	95	5	51	48	10	20	20	1.79
25081386--25081452	9	6.8	10	74	14	59	37	11	26	23	1.90
25081386--25081452	20	3.4	19	82	13	91	37	11	26	23	1.90
25081382--25081423	10	4.2	10	84	9	59	42	11	23	21	1.86
25089216--25089351	50	2.6	52	87	8	179	25	21	31	22	1.98
25089265--25089443	50	3.6	50	78	3	148	27	21	27	22	1.99
25097239--25097269	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
25104157--25104194	2	19.0	2	88	0	58	0	47	5	47	1.24
25109351--25109410	6	10.2	6	87	3	50	70	10	0	20	1.16
25109339--25109379	18	2.4	16	88	8	55	75	4	2	17	1.08
25109339--25109381	17	2.5	17	82	17	54	74	4	2	18	1.10
25109372--25109429	6	9.8	6	94	1	91	65	13	0	20	1.26
25128341--25128399	22	2.7	22	97	0	109	47	15	10	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25134445--25134726	50	5.6	50	86	0	375	22	31	20	25	1.98
25134241--25134577	168	2.0	168	92	1	568	23	28	20	27	1.99
25139597--25139628	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
25141570--25141626	17	3.6	16	73	17	57	57	1	3	36	1.26
25147236--25147282	17	2.6	18	86	6	60	25	6	38	29	1.81
25147787--25147826	6	6.3	6	88	5	53	75	0	7	17	1.03
25151628--25151786	44	3.7	44	76	12	168	30	26	18	25	1.98
25151628--25151792	86	1.9	85	85	6	226	30	26	18	24	1.98
25156200--25156233	7	4.7	7	88	3	50	79	0	2	17	0.86
25165136--25165202	21	3.2	21	87	2	91	55	8	23	11	1.64
25165133--25165224	21	4.1	22	80	7	71	55	9	21	13	1.66
25176251--25176285	15	2.3	15	90	0	52	40	22	20	17	1.92
25179399--25179430	12	2.7	12	100	0	64	18	25	34	21	1.96
25181123--25181187	30	2.2	30	85	0	85	24	29	24	21	1.99
25182890--25182916	13	2.1	13	100	0	54	48	14	14	22	1.81
25193278--25193524	50	4.8	50	79	3	217	28	20	27	23	1.99
25204289--25204329	22	1.9	21	85	14	57	68	2	14	14	1.32
25210827--25210866	21	1.9	21	89	0	62	5	17	32	45	1.70
25214037--25214062	9	2.9	9	100	0	52	34	11	0	53	1.37
25217339--25217392	20	2.7	20	94	0	90	51	9	7	31	1.61
25217881--25217931	26	2.0	26	84	7	68	41	0	23	35	1.55
25217883--25217968	40	2.2	40	80	2	93	43	2	17	37	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25218597--25219601	44	22.8	44	62	10	169	28	18	23	28	1.98
25218527--25219672	132	8.7	132	92	0	1875	28	18	23	28	1.98
25220006--25220090	19	4.5	19	89	0	125	41	7	12	38	1.71
25219999--25220090	38	2.4	38	94	0	166	40	7	14	38	1.74
25219999--25220116	19	5.9	21	83	5	99	38	6	15	38	1.74
25220807--25221268	245	1.9	245	97	0	870	35	18	18	27	1.94
25221727--25221756	10	3.0	10	95	0	51	16	40	10	33	1.82
25223065--25223108	22	1.9	24	81	9	56	29	15	13	40	1.86
25226068--25226092	10	2.5	10	100	0	50	28	20	32	20	1.97
25229026--25229079	21	2.6	21	80	8	65	11	20	5	62	1.47
25229095--25229149	15	3.8	15	85	2	69	3	23	0	72	1.00
25237074--25237128	28	2.0	28	82	3	67	18	20	3	58	1.54
25237118--25237182	33	2.0	32	81	3	76	13	27	1	56	1.46
25237168--25237218	15	3.5	14	79	10	66	3	17	0	78	0.90
25237168--25237229	21	3.0	21	88	4	81	4	20	1	72	1.12
25238125--25238169	12	3.7	12	91	5	72	13	4	6	75	1.15
25238124--25238170	13	3.7	13	91	5	78	12	4	6	76	1.12
25245271--25246563	658	2.0	647	87	4	1897	27	17	18	36	1.93
25249031--25249075	20	2.2	20	84	7	56	53	8	6	31	1.58
25249042--25249080	20	2.0	20	94	0	69	46	12	10	30	1.75
25256472--25256501	15	1.9	16	93	6	53	80	0	13	6	0.91
25256485--25256538	6	9.0	6	79	0	63	75	0	20	3	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25256551--25256616	28	2.4	28	80	7	82	68	0	16	15	1.22
25256473--25256587	12	9.2	13	69	22	52	73	0	18	7	1.13
25258098--25258124	14	1.9	14	100	0	54	33	22	14	29	1.94
25267101--25267150	16	3.1	16	75	13	57	12	24	8	56	1.62
25267142--25267186	12	3.8	12	82	2	56	15	20	2	62	1.43
25267170--25267209	17	2.3	17	86	4	53	7	15	5	72	1.24
25274589--25274626	18	2.2	18	86	9	53	7	18	5	68	1.34
25274647--25274688	12	3.7	12	81	18	54	11	16	2	69	1.29
25275834--25275904	25	2.8	26	76	6	74	21	7	2	69	1.26
25275847--25275904	13	4.5	13	72	24	52	18	6	1	72	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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