genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  66  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20416752--20426112	662	14.6	642	78	11	8767	38	17	10	33	1.84
20410670--20426113	623	24.2	622	78	9	11706	37	17	10	32	1.84
20424433--20426113	665	2.5	659	89	3	2460	38	17	10	33	1.84
20426438--20426490	26	2.0	26	92	7	90	45	5	18	30	1.73
20430986--20431098	33	3.6	31	78	18	128	33	25	23	17	1.96
20430986--20431101	60	1.9	60	92	0	196	32	26	22	18	1.97
20433051--20433096	23	2.0	23	100	0	92	21	17	13	47	1.81
20438056--20438240	102	1.8	102	86	0	271	31	29	21	17	1.96
20441887--20441945	15	3.8	16	84	10	77	42	8	15	33	1.77
20446833--20446875	9	4.7	9	80	5	50	23	2	0	74	0.93
20468342--20468375	15	2.3	15	90	5	52	61	0	0	38	0.96
20470811--20470836	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
20473227--20473324	48	2.0	48	84	3	126	34	7	31	26	1.83
20476501--20476534	10	3.6	9	92	8	50	0	8	2	88	0.62
20476500--20476527	10	2.8	10	100	0	56	0	7	0	92	0.37
20476501--20476534	9	3.7	9	92	4	50	0	8	2	88	0.62
20479778--20479821	22	2.0	22	83	12	56	36	0	11	52	1.38
20479801--20479838	17	2.2	18	85	4	51	42	0	10	47	1.38
20481766--20481790	13	1.9	13	100	0	50	40	16	28	16	1.89
20483653--20483711	25	2.4	25	88	0	82	33	25	18	22	1.96
20498772--20498997	33	6.5	34	69	24	125	33	27	18	20	1.96
20498829--20498967	41	3.6	41	73	22	154	33	26	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20498738--20498925	101	1.9	102	91	5	310	30	27	19	22	1.98
20498827--20498997	75	2.3	75	91	4	276	33	26	19	21	1.97
20498698--20499029	176	1.9	176	91	1	540	31	27	19	21	1.98
20503512--20503557	22	2.3	18	75	25	56	41	17	4	36	1.69
20503517--20503561	22	2.0	22	100	0	90	40	20	4	35	1.72
20506081--20506281	102	2.0	102	92	0	339	31	26	21	20	1.98
20506185--20506321	42	3.5	42	78	17	193	33	27	18	20	1.96
20506183--20506356	75	2.3	75	96	0	321	32	27	21	18	1.96
20506054--20506383	177	1.9	177	92	0	561	31	27	20	19	1.97
20509078--20509107	13	2.4	13	94	5	53	43	0	43	13	1.43
20539122--20539156	16	2.2	16	94	0	61	45	5	5	42	1.51
20540334--20540405	26	2.7	27	84	2	101	25	27	19	27	1.99
20544997--20545067	35	2.0	35	94	0	124	47	15	15	21	1.82
20546255--20546284	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
20550703--20550882	51	3.5	51	81	3	177	22	16	28	32	1.96
20550804--20550884	26	3.2	26	62	28	64	22	14	29	33	1.94
20550886--20550980	45	2.1	45	90	0	154	28	17	21	32	1.96
20551055--20551127	37	1.9	37	84	13	96	41	2	24	31	1.69
20554947--20554997	26	2.0	26	96	0	93	25	11	25	37	1.90
20555907--20556014	28	3.9	28	93	0	162	26	27	25	19	1.99
20555918--20556028	56	2.0	56	87	3	161	27	27	26	18	1.98
20555918--20556014	28	3.5	28	95	0	167	24	28	27	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20556308--20556396	27	3.3	27	76	7	85	19	21	16	42	1.89
20556358--20556423	25	2.5	27	83	11	84	15	22	15	46	1.82
20563214--20563320	28	3.8	28	86	4	144	27	28	25	18	1.98
20563665--20563940	27	10.3	26	73	8	101	18	18	19	42	1.89
20563686--20563942	54	4.8	54	76	4	243	18	18	19	43	1.88
20563671--20563942	81	3.4	80	77	8	266	18	18	19	43	1.88
20569213--20569257	22	2.1	21	84	12	56	55	0	2	42	1.12
20570053--20570154	41	2.5	40	87	6	141	27	25	19	27	1.99
20570053--20570169	41	2.9	41	82	5	112	28	25	20	25	1.99
20571748--20571772	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
20576493--20576537	21	2.2	20	92	4	72	28	15	20	35	1.93
20590884--20591261	79	4.8	79	88	2	442	42	21	4	30	1.74
20590921--20591261	39	8.7	39	83	3	416	43	21	4	29	1.73
20600577--20600609	11	3.2	11	87	12	52	66	9	0	24	1.20
20601267--20601304	19	2.0	19	85	10	51	39	0	5	55	1.23
20611594--20611712	59	2.0	59	98	0	229	30	10	13	45	1.78
20614851--20614908	27	2.1	27	81	6	64	41	3	3	51	1.35
20628010--20628075	33	2.0	33	93	0	114	24	33	19	22	1.97
20633796--20633889	43	2.2	43	84	0	116	22	28	29	19	1.98
20638691--20638956	48	5.5	48	86	1	318	24	27	21	27	1.99
20638691--20638956	144	1.8	144	86	0	388	24	27	21	27	1.99
20641623--20641785	30	5.4	30	80	4	184	23	25	12	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20641594--20641786	90	2.1	90	87	1	271	22	24	12	40	1.88
20647608--20647652	25	1.9	23	82	13	56	40	24	0	35	1.56
20647831--20648017	51	3.7	50	75	16	188	31	26	17	24	1.97
20647825--20648047	101	2.2	102	77	13	246	30	27	16	25	1.97
20657493--20657531	20	2.0	20	90	10	62	10	23	10	56	1.63
20657817--20657923	50	2.1	50	82	0	133	19	28	24	28	1.99
20664897--20665089	50	3.8	50	83	7	228	23	30	19	26	1.98
20665425--20665482	30	1.9	30	85	0	80	32	25	3	37	1.73
20670039--20670217	30	5.9	30	72	15	86	40	13	21	23	1.89
20669961--20670231	120	2.2	120	87	2	384	38	12	24	24	1.91
20670106--20670178	29	2.4	29	71	13	76	46	10	21	20	1.81
20670029--20670207	60	3.0	59	70	18	161	40	13	22	22	1.89
20673282--20673356	28	2.6	28	87	2	105	34	13	29	22	1.92
20674991--20675052	27	2.3	27	86	5	81	20	22	16	40	1.91
20679979--20680022	21	2.1	21	95	0	79	43	15	13	27	1.85
20695232--20695287	18	3.0	20	70	24	59	62	0	23	14	1.31
20703201--20703489	50	5.7	50	75	6	201	26	21	28	23	1.99
20706259--20706443	51	3.7	50	73	5	185	24	17	25	32	1.97
20706455--20706543	45	2.0	45	95	0	160	24	17	24	32	1.97
20708651--20708741	45	2.0	45	97	0	173	29	16	21	31	1.95
20711293--20711391	37	2.7	37	84	9	139	25	16	16	42	1.88
20716590--20716625	14	2.6	14	100	0	72	5	5	27	61	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20718626--20718670	20	2.2	21	84	4	56	48	0	11	40	1.39
20718969--20719072	43	2.4	42	85	10	131	28	14	25	31	1.95
20719280--20719349	35	2.0	35	100	0	140	42	8	20	28	1.81
20726419--20726449	15	2.1	15	93	0	53	64	6	0	29	1.18
20754849--20754953	43	2.4	43	79	3	113	28	25	15	30	1.96
20756411--20756445	16	2.2	16	100	0	70	48	5	17	28	1.69
20762241--20762345	43	2.4	43	82	0	120	30	29	14	25	1.95
20771690--20771726	19	1.9	19	88	0	56	78	5	2	13	1.03
20801732--20801911	50	3.6	50	82	5	197	23	29	20	26	1.99
20819777--20820014	42	5.6	42	86	4	282	36	22	17	24	1.95
20832370--20832395	13	2.0	13	100	0	52	23	30	7	38	1.83
20834455--20834504	25	2.0	25	100	0	100	24	12	16	48	1.79
20847332--20847397	13	5.1	13	79	0	78	39	24	6	30	1.79
20847332--20847397	26	2.5	26	85	0	96	39	24	6	30	1.79
20856458--20856590	50	2.6	50	80	3	160	22	18	27	31	1.97
20856651--20856738	45	2.0	45	90	0	140	27	17	21	34	1.95
20859217--20859338	47	2.6	47	81	5	122	29	17	24	28	1.97
20862151--20862348	51	3.9	50	82	3	238	25	18	25	30	1.98
20862160--20862348	102	1.9	101	88	5	292	26	17	25	30	1.97
20862343--20862437	45	2.1	45	90	0	145	26	17	24	31	1.97
20863052--20863081	13	2.3	13	100	0	60	43	0	30	26	1.55
20881359--20881432	35	2.1	35	85	9	98	31	9	13	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20881410--20881447	20	1.9	20	88	0	58	34	7	13	44	1.72
20883244--20883427	41	4.5	41	82	0	215	22	27	14	34	1.94
20887099--20887157	29	2.0	30	90	3	93	57	10	1	30	1.42
20889896--20889920	6	4.2	6	100	0	50	0	20	16	64	1.30
20898361--20898607	50	4.8	50	78	4	219	23	28	20	28	1.99
20905055--20905192	50	2.8	49	81	5	145	23	26	20	29	1.99
20910028--20910296	45	6.0	45	90	1	423	28	16	24	30	1.97
20911763--20912031	45	6.0	44	77	5	218	28	21	18	31	1.97
20911529--20911943	225	1.8	227	82	6	536	26	18	20	34	1.96
20912176--20912327	81	1.9	81	91	0	250	22	30	17	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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