genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19427770--19427917	57	2.5	61	78	14	171	30	20	25	23	1.99
19431859--19431957	38	2.6	39	79	7	114	29	23	17	30	1.97
19438482--19438620	70	2.0	70	94	2	244	30	32	11	25	1.91
19457360--19457428	36	1.9	36	93	0	120	30	23	34	11	1.90
19470548--19470589	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
19470539--19470580	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
19470370--19470586	120	1.8	120	94	0	389	41	2	6	48	1.42
19470800--19470830	16	1.9	16	93	0	53	22	32	6	38	1.80
19471911--19472031	41	3.0	41	87	6	174	34	11	29	23	1.90
19474342--19474391	26	1.9	26	87	0	73	38	14	8	40	1.75
19474354--19474414	26	2.4	25	78	10	61	37	11	8	42	1.71
19481188--19481349	43	3.8	43	84	0	216	28	29	19	23	1.98
19481182--19481369	86	2.2	86	79	1	216	31	27	18	22	1.97
19487546--19487572	14	1.9	14	100	0	54	22	37	14	25	1.93
19489013--19489083	27	2.6	27	86	0	97	15	35	18	30	1.92
19490908--19491006	38	2.6	37	84	4	126	37	2	10	50	1.48
19492255--19492303	15	3.3	15	69	25	50	16	26	10	46	1.78
19492250--19492310	29	2.1	29	96	0	113	18	27	9	44	1.81
19492262--19492323	29	2.1	29	82	5	72	24	22	11	41	1.86
19496369--19496460	42	2.2	42	90	0	139	29	5	13	52	1.62
19502879--19502926	24	2.0	24	95	0	87	39	4	4	52	1.40
19505362--19505387	12	2.2	12	100	0	52	0	42	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19509528--19509573	23	2.0	23	86	0	65	36	21	10	30	1.88
19509364--19509759	216	1.8	216	100	0	792	37	16	10	35	1.83
19513156--19513284	59	2.2	58	82	10	149	51	3	3	42	1.33
19513751--19513791	20	2.0	20	85	9	55	48	9	0	41	1.36
19514900--19514931	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
19519755--19519809	27	2.0	27	85	0	74	21	23	3	50	1.64
19519774--19519822	18	2.6	18	90	6	71	22	22	2	53	1.57
19528302--19528348	11	4.3	12	75	20	50	51	0	6	42	1.27
19528306--19528346	21	2.0	20	85	4	55	48	0	7	43	1.30
19528401--19528507	17	6.2	18	69	21	52	53	1	2	42	1.26
19528426--19528507	37	2.3	35	80	15	96	53	2	2	41	1.27
19537159--19537349	50	3.7	50	80	4	184	23	27	22	26	1.99
19549808--19550002	51	3.8	51	79	6	225	22	16	29	31	1.96
19550224--19550255	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
19556395--19556432	19	2.0	19	94	0	67	15	10	7	65	1.45
19556397--19556438	19	2.2	19	86	0	57	19	11	7	61	1.52
19561062--19561093	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
19574704--19574905	29	6.9	29	84	2	235	37	12	26	23	1.91
19574704--19574967	58	4.5	58	83	3	262	37	13	25	23	1.91
19574709--19574971	29	9.0	30	80	1	214	36	13	25	24	1.92
19576715--19576743	14	2.0	15	93	6	51	27	6	27	37	1.82
19580399--19580638	50	4.7	50	80	7	236	21	26	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19589464--19589585	63	1.9	63	88	0	181	30	19	22	27	1.98
19590178--19590232	22	2.5	22	84	0	74	21	21	10	45	1.82
19593309--19593382	21	3.5	21	96	0	130	39	18	17	24	1.92
19597660--19597852	50	3.9	49	81	4	215	30	25	17	26	1.97
19605024--19605113	24	3.6	23	68	26	58	11	20	2	66	1.33
19605098--19605142	18	2.5	18	86	13	58	4	15	4	75	1.12
19605098--19605131	6	5.5	6	86	6	50	2	14	2	79	0.97
19613858--19613901	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
19614703--19614750	24	2.0	24	100	0	96	41	12	12	33	1.80
19614703--19614759	24	2.5	22	86	8	62	43	12	14	29	1.81
19622688--19622750	25	2.5	26	84	7	76	7	23	1	66	1.27
19622735--19622788	6	9.0	6	88	8	83	3	16	0	79	0.87
19627951--19628036	43	2.0	43	100	0	172	30	20	13	34	1.92
19629816--19629858	2	22.0	2	95	4	79	0	51	0	48	1.00
19633435--19633772	125	2.7	124	92	0	541	30	16	21	31	1.95
19636783--19637026	116	2.1	116	93	1	418	44	6	8	40	1.61
19637020--19637592	23	25.1	23	74	16	350	26	0	25	48	1.53
19637100--19637131	15	2.2	15	94	5	57	21	0	21	56	1.43
19637115--19637556	23	19.4	23	79	11	466	25	0	26	47	1.54
19637115--19637538	68	6.2	66	78	14	368	25	0	26	47	1.54
19637031--19637556	45	11.7	43	76	15	425	25	0	26	47	1.54
19637527--19637586	30	1.9	32	86	6	88	26	0	23	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19638118--19638153	18	2.0	18	94	0	63	38	8	27	25	1.84
19638804--19638828	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
19638999--19639036	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
19639931--19639961	11	2.8	11	90	0	53	51	6	22	19	1.69
19640559--19640589	5	6.2	5	100	0	62	58	0	0	41	0.98
19644903--19645043	38	3.6	37	72	17	108	43	0	2	53	1.20
19644884--19645108	73	3.1	72	73	12	246	43	0	4	51	1.26
19644806--19645010	57	3.4	56	74	19	200	42	0	3	52	1.26
19644974--19645029	20	2.8	20	100	0	112	39	0	0	60	0.97
19644854--19645149	142	2.1	140	94	2	524	42	0	3	53	1.22
19644809--19645177	120	3.1	120	82	13	351	43	0	4	51	1.27
19645308--19645400	44	2.1	46	89	4	145	37	29	4	29	1.76
19645382--19645434	16	3.3	16	86	0	70	26	30	3	39	1.74
19645599--19645632	17	2.0	17	88	0	50	38	14	8	38	1.78
19651347--19651409	21	3.0	21	77	9	74	14	25	20	39	1.90
19651339--19651429	42	2.2	42	89	0	137	15	23	19	41	1.89
19659351--19659393	12	3.4	12	90	6	59	67	4	6	20	1.33
19662435--19662566	50	2.6	51	84	3	176	33	16	12	37	1.86
19670617--19670651	15	2.3	15	86	13	54	71	0	2	25	1.00
19670617--19670652	16	2.3	15	85	4	54	72	0	2	25	0.98
19670591--19670652	31	2.0	31	81	6	72	66	0	3	30	1.08
19672353--19672417	32	2.0	32	96	0	121	36	6	1	55	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19694267--19694351	32	2.7	32	100	0	170	37	7	15	40	1.74
19698978--19699010	12	2.8	12	95	0	57	30	9	12	48	1.71
19710663--19710783	45	2.7	45	82	0	134	38	15	18	27	1.91
19710752--19710798	21	2.2	22	84	3	60	31	17	23	27	1.96
19711676--19711730	11	4.9	11	80	13	51	43	0	30	25	1.55
19718739--19718960	45	5.0	45	84	1	259	33	23	15	27	1.95
19720219--19720277	29	2.1	28	81	15	68	40	16	0	42	1.49
19724077--19724298	45	5.0	45	84	1	268	32	23	16	27	1.96
19727303--19727356	21	2.6	21	80	14	67	46	16	20	16	1.84
19727919--19727945	13	2.1	13	100	0	54	74	0	0	25	0.83
19732318--19732366	24	2.0	24	100	0	98	51	16	20	12	1.76
19736095--19736155	31	2.0	31	96	0	113	47	19	9	22	1.79
19736463--19736505	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
19736548--19736779	43	5.3	43	86	2	268	32	30	18	19	1.95
19736549--19736779	87	2.7	86	83	4	284	32	30	18	19	1.95
19739499--19739866	142	2.6	142	97	0	691	32	11	16	39	1.84
19739746--19739990	124	2.0	123	84	8	327	36	11	14	37	1.82
19741854--19741967	41	2.8	41	98	0	219	28	27	22	21	1.99
19742008--19742140	40	3.4	38	74	9	126	19	21	23	36	1.95
19745648--19745693	19	2.4	20	75	10	51	54	0	4	41	1.20
19745865--19745927	19	3.4	18	91	4	74	38	7	19	34	1.81
19745867--19745920	19	2.8	19	97	0	99	37	9	16	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19745880--19745943	19	3.0	22	86	8	80	37	6	17	39	1.75
19745909--19745953	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
19746119--19746157	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
19747035--19747081	19	2.4	20	78	3	51	31	8	10	48	1.68
19752119--19752208	29	3.1	29	71	15	96	24	25	20	30	1.99
19752200--19752270	31	2.3	31	87	0	97	35	30	14	19	1.91
19752310--19752369	28	2.1	28	90	0	93	25	33	13	28	1.93
19752170--19752409	91	2.7	88	82	5	252	28	30	12	28	1.93
19754241--19754337	38	2.6	38	83	0	131	30	20	17	30	1.96
19775554--19775588	16	2.1	18	89	10	56	2	14	0	82	0.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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