genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18399782--18399851	16	4.4	16	92	0	95	32	34	0	32	1.58
18399780--18399841	32	1.9	32	93	0	106	29	35	0	35	1.58
18402244--18402318	33	2.3	33	83	0	105	21	14	13	50	1.77
18405450--18405536	43	2.0	43	84	0	111	26	21	27	24	1.99
18406436--18406470	2	17.5	2	100	0	70	48	51	0	0	1.00
18406677--18406742	20	3.1	21	80	12	64	39	15	27	18	1.90
18427566--18427646	25	3.2	25	80	7	92	30	8	17	43	1.79
18435833--18436184	128	2.7	128	87	2	472	24	23	19	32	1.98
18436258--18436395	44	3.2	44	72	2	143	25	27	25	21	1.99
18436184--18436398	87	2.5	88	83	2	263	23	28	24	23	2.00
18437657--18437702	6	7.7	6	88	11	60	13	13	0	73	1.09
18437670--18437717	12	4.5	10	79	20	53	10	10	0	79	0.95
18437645--18437693	7	7.3	7	86	13	68	14	14	0	71	1.15
18443002--18443045	20	2.1	22	87	8	65	47	2	4	45	1.35
18447774--18447835	21	3.0	21	70	13	65	32	12	35	19	1.90
18447772--18447883	41	2.7	41	84	0	134	36	13	29	20	1.91
18449775--18449838	25	2.6	25	92	0	101	31	18	20	29	1.96
18449794--18449848	25	2.2	25	86	0	74	27	23	21	27	1.99
18463307--18463446	25	5.7	25	75	9	119	15	30	21	33	1.94
18463366--18463446	24	3.3	24	77	8	74	17	30	20	30	1.96
18463317--18463446	49	2.6	49	80	6	138	16	30	20	33	1.94
18463410--18463466	25	2.3	25	78	6	62	22	28	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18467006--18467096	41	2.2	41	84	0	110	26	26	19	27	1.99
18467722--18467762	20	2.0	21	90	4	66	48	12	9	29	1.72
18469615--18469650	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
18472985--18473016	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
18472985--18473019	17	2.1	16	89	5	52	54	0	0	45	0.99
18473049--18473108	21	3.0	20	73	9	59	51	0	0	48	1.00
18473611--18473670	3	20.0	3	94	0	102	35	1	0	63	1.05
18475659--18475729	32	2.2	32	82	5	81	39	12	11	36	1.79
18479982--18480094	35	3.1	35	61	24	81	30	19	13	36	1.90
18479964--18480108	73	2.0	73	100	0	290	31	19	12	37	1.89
18484315--18484368	24	2.2	24	83	0	63	22	16	18	42	1.89
18484890--18484937	20	2.4	19	86	13	69	35	10	0	54	1.35
18490165--18490272	44	2.5	44	81	14	134	23	18	29	28	1.98
18491058--18491253	23	8.4	23	77	3	185	26	14	18	40	1.89
18491073--18491264	47	4.1	46	77	4	161	28	13	17	41	1.86
18491060--18491411	70	4.9	70	85	6	461	27	13	17	41	1.87
18491116--18491403	150	1.9	150	94	0	504	27	13	17	41	1.87
18491186--18491344	80	2.0	80	93	0	273	30	12	14	42	1.83
18491268--18491423	23	6.7	23	80	4	161	26	14	18	39	1.90
18491268--18491423	47	3.3	46	80	3	170	26	14	18	39	1.90
18493719--18493743	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18495145--18495187	18	2.4	19	81	14	56	48	0	30	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18495656--18495680	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18495948--18496015	28	2.4	28	92	0	118	22	0	26	51	1.48
18503054--18503087	10	3.2	10	91	8	50	79	2	0	17	0.86
18512124--18512162	20	2.0	20	90	5	62	41	10	10	38	1.73
18515282--18515451	45	3.8	44	79	5	191	30	12	22	34	1.92
18517881--18517932	27	1.9	27	88	0	77	23	17	19	40	1.91
18517892--18518035	27	5.3	27	79	6	132	22	18	19	40	1.92
18519001--18519053	26	2.0	27	89	10	83	47	15	28	9	1.76
18519471--18519524	25	2.2	25	83	6	65	18	42	12	25	1.86
18523635--18523667	17	2.0	17	88	5	50	48	27	6	18	1.71
18533361--18533399	18	2.2	18	86	13	55	51	5	30	12	1.62
18534120--18534161	19	2.2	19	86	0	57	42	14	2	40	1.58
18543082--18543182	27	3.7	27	86	1	130	35	11	23	28	1.91
18543081--18543210	27	4.7	27	80	4	127	36	13	22	28	1.91
18547432--18547557	43	2.9	43	78	12	141	19	18	28	33	1.96
18548203--18548237	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
18548488--18548756	47	5.7	47	95	0	466	35	11	14	38	1.82
18548922--18549142	47	4.7	47	95	2	376	33	11	14	40	1.83
18548936--18549196	47	5.6	46	88	8	238	32	10	16	40	1.83
18548922--18549196	94	2.9	94	87	7	332	33	10	16	40	1.83
18548986--18549196	22	9.0	23	63	24	59	32	10	16	40	1.83
18550810--18550862	25	2.1	25	82	6	63	67	9	0	22	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18553975--18554009	17	2.1	17	100	0	70	40	11	17	31	1.85
18555707--18555758	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
18555525--18555893	103	3.6	103	92	4	593	18	19	30	30	1.96
18557446--18557504	25	2.4	25	91	0	91	25	18	5	50	1.67
18557459--18557511	25	2.2	24	83	6	63	26	16	5	50	1.67
18559611--18559639	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
18561149--18561205	17	3.4	17	75	4	53	50	1	3	43	1.29
18568570--18568610	19	2.2	19	90	0	64	29	14	2	53	1.54
18569390--18569429	20	2.0	20	90	0	62	40	15	12	32	1.84
18581287--18581341	29	2.0	27	82	13	67	60	10	14	14	1.60
18582557--18582613	17	3.1	17	72	27	53	38	3	3	54	1.35
18584365--18584418	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
18584789--18585136	174	2.0	174	89	0	534	25	18	21	34	1.96
18588874--18588916	16	2.8	15	79	6	50	20	0	9	69	1.15
18591781--18591830	24	2.2	23	82	7	57	34	2	4	60	1.27
18593241--18593312	26	3.0	25	79	18	75	62	1	4	31	1.23
18593243--18593321	18	4.8	18	71	16	55	64	1	2	31	1.15
18593472--18593627	23	6.8	23	72	7	111	52	6	6	34	1.53
18593501--18593632	69	1.9	70	80	1	158	53	4	6	34	1.48
18593501--18593632	46	2.8	46	82	7	142	53	4	6	34	1.48
18593524--18593657	46	2.9	45	77	16	107	55	3	5	35	1.42
18597922--18597968	19	2.5	20	86	6	62	44	10	19	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18600436--18600507	26	3.0	25	79	18	75	62	1	4	31	1.23
18600438--18600516	18	4.8	18	71	16	55	64	1	2	31	1.15
18600667--18600822	23	6.8	23	72	7	111	52	6	6	34	1.53
18600696--18600827	69	1.9	70	80	1	158	53	4	6	34	1.48
18600696--18600827	46	2.8	46	82	7	142	53	4	6	34	1.48
18600719--18600852	46	2.9	45	77	16	107	55	3	5	35	1.42
18604330--18604560	122	1.9	118	92	5	383	42	0	4	51	1.27
18604334--18604528	62	3.2	62	73	14	215	42	1	4	52	1.27
18604495--18604541	18	2.6	18	90	6	69	42	0	0	57	0.98
18604528--18604605	32	2.3	33	76	8	77	43	1	2	52	1.23
18604779--18604824	16	2.9	16	100	0	92	26	30	4	39	1.75
18605666--18605716	26	2.0	25	84	3	66	52	3	0	43	1.19
18605825--18605876	16	3.2	16	86	5	70	32	19	3	44	1.69
18606558--18606591	6	5.7	6	100	0	68	64	0	0	35	0.94
18606853--18606895	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
18612384--18612425	21	2.0	21	95	0	75	40	4	16	38	1.70
18618380--18618432	3	17.7	3	100	0	106	67	0	0	32	0.91
18622089--18622150	31	2.0	31	96	0	115	37	6	37	19	1.78
18630014--18630076	28	2.2	29	91	2	101	28	12	30	28	1.93
18630185--18630268	30	2.8	30	96	1	152	35	8	17	38	1.80
18631631--18631669	19	2.0	21	85	10	55	28	2	25	43	1.68
18642604--18642701	30	3.3	30	85	2	135	52	8	13	26	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18643286--18643318	3	10.7	3	93	6	57	66	0	0	33	0.92
18644228--18644279	4	13.0	4	100	0	104	75	0	0	25	0.81
18644984--18645734	44	17.0	44	63	15	278	20	23	27	28	1.99
18644955--18645810	89	9.7	89	89	2	1224	20	23	26	29	1.99
18644955--18645810	266	3.2	266	91	1	1342	20	23	26	29	1.99
18644955--18645840	355	2.5	353	86	2	1235	21	23	26	28	1.99
18645802--18646146	132	2.6	131	87	4	473	27	24	17	30	1.97
18646149--18646422	45	6.1	45	91	0	413	30	25	14	29	1.95
18651043--18651089	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
18656799--18656957	83	1.9	83	89	2	248	34	13	18	33	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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