genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  71  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22170210--22170279	34	2.0	35	91	2	115	47	8	2	41	1.49
22171246--22171313	27	2.5	27	80	0	82	27	19	33	19	1.96
22177102--22177136	18	1.9	18	94	0	61	45	11	14	28	1.79
22183523--22183572	6	8.3	6	100	0	100	68	0	32	0	0.90
22184306--22184348	20	2.2	20	87	8	61	55	0	20	23	1.43
22185365--22185397	16	2.1	16	100	0	66	39	6	18	36	1.75
22189461--22189523	27	2.3	27	81	5	74	22	25	31	20	1.98
22190304--22190364	30	2.0	30	93	0	104	34	6	22	36	1.81
22191540--22191669	66	2.0	66	95	0	233	39	17	11	31	1.86
22197333--22197398	13	5.1	13	77	0	60	34	6	21	37	1.78
22199099--22199205	37	2.9	37	98	0	205	42	29	4	22	1.73
22212628--22212684	21	2.8	20	76	20	55	38	1	15	43	1.57
22213664--22213823	47	3.5	47	76	7	127	29	14	25	30	1.95
22224726--22224921	51	3.9	51	81	4	236	23	18	28	30	1.98
22224923--22225010	45	2.0	45	90	4	142	27	18	22	31	1.97
22228185--22228241	30	1.9	30	88	0	87	28	31	24	15	1.96
22229561--22229622	20	3.1	20	85	0	88	40	22	27	9	1.85
22230416--22230457	18	2.3	18	87	0	57	47	14	11	26	1.78
22245621--22245663	23	1.9	22	81	13	52	27	23	4	44	1.73
22260440--22260612	27	6.4	26	77	11	145	19	19	20	39	1.92
22270295--22270354	25	2.4	25	94	2	104	35	13	18	33	1.89
22273129--22273374	50	4.8	50	86	3	294	27	20	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22276394--22276424	16	1.9	16	93	0	53	58	0	6	35	1.24
22279495--22279525	9	3.4	9	95	0	53	41	22	9	25	1.84
22279573--22279626	27	2.0	27	100	0	108	51	7	3	37	1.48
22279755--22279865	39	2.9	39	94	1	188	18	2	25	53	1.58
22280380--22280484	42	2.6	41	87	4	149	34	18	19	28	1.95
22282370--22282437	33	2.1	32	81	10	75	55	1	1	41	1.18
22282414--22282486	16	4.5	16	68	21	53	57	2	0	39	1.13
22282389--22282532	57	2.6	56	81	10	163	54	2	1	42	1.21
22290453--22290505	20	2.6	20	93	3	88	35	7	3	52	1.48
22290456--22290523	20	3.2	21	87	8	86	35	7	4	52	1.49
22292090--22292170	42	1.9	42	87	0	117	48	17	6	28	1.71
22296379--22296414	14	2.6	14	95	0	63	5	16	2	75	1.12
22303279--22303345	35	1.9	35	81	6	82	14	23	8	52	1.70
22309535--22309598	20	3.2	20	80	4	76	42	7	14	35	1.74
22309541--22309605	20	3.2	20	78	4	69	40	6	16	36	1.74
22309571--22309658	20	4.3	20	71	5	77	34	3	14	47	1.61
22309922--22310019	20	4.9	20	73	9	83	36	7	9	46	1.63
22309922--22310019	40	2.5	40	83	3	117	36	7	9	46	1.63
22309994--22310033	20	2.0	20	85	0	53	50	10	0	40	1.36
22310421--22310588	20	8.6	19	72	7	113	46	16	5	32	1.69
22310421--22310588	59	2.8	57	78	7	156	46	16	5	32	1.69
22313089--22313413	145	2.2	144	86	5	440	44	8	3	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22313089--22313413	146	2.2	143	86	6	431	44	8	3	43	1.51
22322043--22322184	71	2.0	71	91	2	232	28	8	18	44	1.79
22329952--22330175	50	4.4	49	81	6	182	23	28	20	28	1.99
22329988--22330221	50	4.6	50	80	8	240	23	28	20	27	1.99
22337101--22337168	14	4.4	16	68	15	54	48	0	1	50	1.10
22337110--22337150	12	3.3	13	76	10	50	51	0	2	46	1.14
22337296--22337362	31	2.2	31	83	5	82	65	4	0	29	1.12
22337787--22337822	18	2.0	18	89	10	56	50	0	2	47	1.15
22339376--22339427	25	2.0	26	85	10	72	59	7	15	17	1.58
22364646--22364721	20	3.8	20	84	3	100	23	27	1	47	1.60
22373330--22373429	40	2.5	41	80	9	116	34	5	12	49	1.62
22373356--22373417	20	3.1	20	83	0	79	33	6	11	48	1.65
22377863--22377898	18	2.0	18	100	0	72	33	22	11	33	1.89
22380037--22380076	20	2.0	20	90	0	62	27	20	5	47	1.70
22387223--22387271	24	2.1	22	81	7	53	48	2	38	10	1.48
22387639--22387691	6	8.8	6	100	0	106	66	0	0	33	0.92
22389756--22389790	15	2.2	17	90	10	56	54	0	0	45	0.99
22392073--22392144	18	3.9	18	80	3	72	29	18	18	34	1.94
22392103--22392165	18	3.4	18	80	2	72	30	20	20	28	1.98
22393124--22393188	31	2.1	31	88	0	94	29	21	23	26	1.99
22395089--22395122	10	3.0	12	83	16	54	70	8	5	14	1.31
22395118--22395162	23	1.9	24	86	4	65	66	2	2	28	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22397317--22397364	18	2.7	17	76	20	53	70	4	16	8	1.27
22402421--22402497	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
22402437--22402476	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
22402425--22402491	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
22404937--22405089	52	3.1	49	78	13	136	32	4	7	56	1.47
22412064--22412138	38	2.0	38	94	0	132	32	38	0	29	1.58
22415293--22415347	24	2.3	24	81	6	67	16	25	25	32	1.96
22415339--22415411	25	3.0	25	75	2	76	20	27	20	31	1.97
22416321--22416347	14	1.9	14	100	0	54	37	25	14	22	1.93
22418934--22419021	44	2.0	43	93	2	149	39	19	12	28	1.88
22420204--22420288	38	2.2	40	85	4	120	44	12	12	29	1.80
22420252--22420359	38	2.8	39	82	2	128	41	12	10	36	1.76
22423094--22423133	21	1.9	21	100	0	80	15	15	50	20	1.79
22424432--22424468	19	1.9	19	100	0	74	40	16	16	27	1.89
22428833--22428933	11	9.2	12	69	17	76	49	15	18	15	1.80
22428839--22428933	22	4.3	22	84	5	129	49	15	18	15	1.80
22428830--22428933	44	2.4	45	85	6	142	49	15	18	17	1.81
22429536--22429657	63	1.9	63	83	0	154	29	31	18	20	1.97
22429606--22429713	50	2.2	50	89	0	162	29	30	21	18	1.97
22435476--22435537	22	2.8	22	78	9	63	45	14	17	22	1.85
22436191--22436679	63	7.8	63	85	1	387	28	29	20	22	1.98
22436174--22436688	189	2.7	188	80	3	525	27	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22442171--22442195	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
22442721--22442832	59	1.9	59	83	0	143	30	4	14	50	1.62
22442940--22442969	16	1.9	15	93	6	51	23	10	20	46	1.80
22443540--22443639	37	2.7	36	84	6	112	31	5	21	43	1.74
22443540--22443643	17	5.8	17	65	23	52	31	4	20	43	1.72
22450667--22450691	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
22462311--22462353	3	14.3	3	95	0	77	34	0	30	34	1.58
22463553--22463592	21	1.9	21	85	10	55	17	22	7	52	1.69
22468770--22468881	17	6.5	17	69	8	82	43	17	9	28	1.81
22469534--22469603	36	1.9	36	85	0	95	41	22	8	27	1.83
22469845--22469980	29	5.1	27	78	14	117	49	17	2	30	1.62
22469841--22469992	27	5.5	28	76	14	131	47	17	3	30	1.66
22476564--22476604	19	2.2	19	86	4	57	21	14	2	60	1.45
22480682--22480715	16	2.1	17	88	5	52	2	14	2	79	0.97
22489755--22489782	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
22491020--22491095	40	1.9	40	88	0	116	31	10	18	39	1.85
22504964--22504999	7	5.1	7	96	0	54	41	5	36	16	1.72
22506232--22506311	36	2.2	37	78	10	94	32	1	3	62	1.21
22506243--22506310	35	1.9	36	84	3	93	30	1	4	63	1.23
22507183--22507207	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
22514397--22514446	24	2.0	25	88	3	75	28	18	4	50	1.65
22523967--22524250	85	3.3	83	82	5	311	21	17	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22523962--22524250	42	6.8	43	75	12	210	22	16	25	35	1.95
22524009--22524250	43	5.7	42	76	11	215	20	16	26	35	1.94
22527978--22528120	24	5.9	25	69	9	73	32	21	27	18	1.97
22535978--22536008	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22537089--22537124	5	7.2	5	87	0	54	25	19	13	41	1.88
22539440--22539490	26	2.0	25	81	14	59	54	1	0	43	1.11
22539522--22539556	16	2.2	16	89	0	52	37	2	34	25	1.71
22539563--22539650	46	2.0	42	84	8	113	34	2	22	40	1.67
22540916--22540967	16	2.8	19	75	22	56	42	3	1	51	1.31
22541079--22541110	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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