genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17440568--17440615	10	4.6	10	85	10	60	62	2	2	33	1.18
17445701--17445731	16	1.9	16	100	0	62	38	9	0	51	1.35
17446585--17446656	36	2.0	36	100	0	144	38	11	5	44	1.63
17455244--17455277	15	2.3	15	89	0	50	26	17	14	41	1.88
17457282--17457387	51	2.1	51	96	0	194	33	9	18	37	1.83
17470625--17470682	26	2.2	26	90	3	89	36	13	22	27	1.92
17470608--17470682	27	2.8	27	84	6	91	36	14	22	26	1.93
17473145--17473192	15	3.5	15	67	21	50	56	14	10	18	1.66
17473148--17473201	26	2.1	26	100	0	108	55	11	11	22	1.66
17473638--17473727	37	2.5	36	78	7	92	37	17	17	26	1.93
17475883--17475968	38	2.2	38	87	6	120	25	9	30	34	1.87
17484430--17484482	18	2.9	18	74	15	56	24	1	5	67	1.22
17484728--17484756	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
17499891--17499973	26	3.2	26	83	5	107	33	25	24	16	1.96
17509100--17509174	26	2.9	26	80	2	89	32	24	25	18	1.97
17509247--17509293	24	2.0	25	87	8	71	40	17	25	17	1.90
17522395--17522433	19	2.1	19	100	0	78	25	15	20	38	1.92
17523059--17523089	5	6.2	5	100	0	62	41	19	19	19	1.90
17523840--17523899	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
17524113--17524149	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
17524201--17524249	9	5.4	9	85	0	71	38	20	12	28	1.89
17524201--17524251	18	2.8	18	96	0	93	37	19	11	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17525474--17525507	17	1.9	18	88	5	52	52	8	0	38	1.33
17528048--17528120	19	3.8	19	94	0	128	38	9	15	36	1.80
17528599--17528645	6	7.7	6	92	4	76	21	0	0	78	0.75
17533772--17533804	14	2.3	15	89	5	50	27	12	33	27	1.92
17535201--17535343	45	3.2	45	66	7	121	28	26	25	18	1.98
17535134--17535419	88	3.2	88	92	1	475	25	29	25	20	1.99
17535245--17535386	43	3.3	42	68	5	122	25	29	28	16	1.97
17535140--17535370	44	5.3	43	63	6	122	25	29	24	19	1.99
17535453--17535574	44	2.8	44	86	5	167	27	18	26	28	1.98
17536068--17536238	88	1.9	90	86	2	247	30	21	22	25	1.99
17535938--17536271	44	7.7	43	72	11	175	31	21	20	26	1.98
17538303--17538329	14	1.9	14	100	0	54	55	7	7	29	1.55
17538431--17538462	13	2.5	13	100	0	64	28	40	9	21	1.84
17543602--17543629	8	3.5	8	100	0	56	25	0	0	75	0.81
17548860--17549054	107	1.8	106	81	9	245	29	20	10	39	1.86
17548961--17549027	21	3.2	21	70	16	57	29	22	13	34	1.92
17564295--17564357	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
17566150--17566192	13	3.3	13	86	0	59	23	11	9	55	1.64
17567457--17567505	25	2.0	25	92	8	82	24	14	16	44	1.84
17569483--17569511	6	5.0	6	91	8	51	51	0	0	48	1.00
17569374--17569505	65	2.0	69	83	8	175	50	4	4	40	1.43
17574071--17574366	147	2.0	147	93	0	511	28	25	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17588147--17588239	31	3.0	31	95	0	168	41	16	9	32	1.80
17593920--17593997	25	3.2	25	82	8	106	2	15	8	73	1.19
17594196--17594233	3	12.7	3	94	0	67	68	2	0	28	1.03
17594533--17594625	31	3.0	31	100	0	186	41	16	9	32	1.80
17599660--17599684	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
17606418--17606523	20	5.3	20	73	4	97	39	16	28	16	1.89
17606418--17606544	40	3.2	40	85	0	173	39	16	27	16	1.90
17606431--17606544	20	5.7	20	73	4	104	39	15	27	17	1.90
17606570--17606638	32	2.2	32	100	0	138	43	24	2	28	1.69
17610275--17610332	29	2.0	29	96	0	107	17	22	6	53	1.67
17611144--17611182	20	2.0	20	94	0	69	46	12	28	12	1.79
17615898--17615970	3	24.3	3	100	0	146	0	34	0	65	0.93
17616809--17616885	38	2.0	38	94	0	136	22	16	16	44	1.87
17618964--17618988	9	2.8	9	100	0	50	36	8	0	56	1.29
17630754--17630821	34	2.0	34	100	0	136	52	14	11	20	1.73
17633340--17633501	35	4.6	35	83	2	182	44	30	11	14	1.79
17633337--17633501	70	2.3	70	83	5	215	43	30	11	14	1.81
17636949--17636997	20	2.5	20	86	0	62	16	6	0	77	0.96
17636967--17637013	6	7.2	6	86	13	58	14	0	0	85	0.61
17636969--17637013	7	6.6	7	87	12	67	13	0	0	86	0.57
17636969--17637013	14	3.2	14	90	9	74	13	0	0	86	0.57
17636967--17637013	20	2.3	20	92	7	78	14	0	0	85	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17637918--17637967	26	1.9	26	87	0	73	40	6	2	52	1.38
17638402--17638543	71	2.0	72	90	1	223	29	19	17	33	1.95
17641644--17641779	47	2.9	46	76	8	134	42	18	22	16	1.88
17641868--17641986	42	2.8	42	82	2	123	31	13	23	31	1.93
17642753--17642810	24	2.4	24	91	0	89	34	10	24	31	1.89
17643187--17643744	123	4.4	123	75	12	428	31	15	24	28	1.96
17643447--17643543	51	1.9	51	86	0	140	30	18	22	27	1.97
17643556--17643665	51	2.1	52	83	5	134	29	14	27	29	1.95
17643275--17643795	261	2.0	261	86	2	733	29	16	24	28	1.96
17643857--17644125	132	2.0	131	80	8	305	28	20	24	25	1.99
17644038--17644686	88	7.4	88	85	1	696	28	20	24	26	1.99
17644370--17644600	43	5.3	43	70	4	174	28	19	25	26	1.99
17644501--17644645	45	3.3	44	68	7	114	28	16	26	28	1.97
17644038--17644683	265	2.4	265	81	2	769	28	20	23	26	1.99
17644920--17645171	44	5.8	44	74	6	169	29	21	22	26	1.99
17644965--17645164	88	2.3	89	88	3	289	30	20	22	27	1.98
17646019--17646057	6	6.2	6	91	5	51	15	2	0	82	0.79
17646027--17646057	7	4.6	7	96	4	55	12	0	0	87	0.55
17646963--17647014	28	1.9	26	84	7	68	40	5	1	51	1.37
17647447--17647584	71	1.9	72	91	2	226	28	17	18	35	1.93
17648738--17648763	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
17648738--17648813	39	1.9	39	100	0	152	5	27	14	52	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17648777--17648802	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
17654582--17654630	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
17654582--17654636	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
17654424--17654729	156	2.0	157	96	0	560	46	6	3	43	1.47
17654781--17654871	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
17654852--17654904	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
17661077--17661151	26	2.8	25	75	18	71	54	1	5	38	1.31
17662338--17662387	20	2.5	20	80	0	55	46	16	8	30	1.75
17664124--17664158	17	1.9	19	88	11	56	65	11	2	20	1.37
17664217--17664265	20	2.5	20	81	15	57	75	6	10	8	1.18
17664666--17664771	51	2.1	52	80	5	117	45	15	1	37	1.57
17664789--17664847	20	2.7	23	87	12	81	57	0	0	42	0.98
17665454--17665504	19	2.6	20	81	9	61	35	0	0	64	0.94
17672717--17672778	19	3.2	20	71	11	58	33	3	9	53	1.50
17673439--17673476	19	2.0	19	90	10	60	55	0	0	44	0.99
17674091--17674120	15	1.9	16	93	6	53	23	3	0	73	0.98
17674466--17674522	19	2.9	19	84	7	62	45	15	1	36	1.57
17674619--17674658	19	2.2	19	86	4	55	47	10	5	37	1.59
17678894--17678945	26	2.0	26	100	0	104	42	23	7	26	1.81
17681918--17681943	9	2.9	9	100	0	52	42	34	0	23	1.54
17685627--17685725	42	2.4	42	86	3	137	25	22	31	21	1.98
17687718--17687760	17	2.6	17	85	3	52	69	0	4	25	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17687981--17688034	20	2.7	20	91	0	90	44	9	11	35	1.72
17699869--17699920	26	2.0	27	85	11	72	30	5	0	63	1.18
17709998--17710049	23	2.3	23	86	0	77	42	0	7	50	1.31
17713761--17713848	44	2.0	44	100	0	176	45	11	18	25	1.82
17715380--17715424	23	2.0	23	90	0	72	42	0	8	48	1.34
17738679--17738819	25	5.7	26	76	7	116	32	21	28	17	1.96
17746543--17746655	25	4.6	25	73	17	85	36	23	21	19	1.95
17749378--17749455	28	2.8	28	80	1	86	47	17	12	21	1.81
17752591--17752687	42	2.3	42	81	10	101	26	28	21	22	1.99
17753589--17753744	37	4.2	37	86	0	197	37	30	12	19	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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